BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G74580.1
Length=2292
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg926838 jgi|Araly1|926838|scaffold_202399.1 3729 0.0
> Ahg926838 jgi|Araly1|926838|scaffold_202399.1
Length=2332
Score = 3729 bits (2019), Expect = 0.0
Identities = 2203/2294 (96%), Gaps = 4/2294 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGGGTCCTCCTCTGCTTCCGAAACATGTAACTGCAGTTATAAAATGTCAGAAGGATCCT 60
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 21 ATGGGTCCTCCTCTGCTTCCAAAACATGTAACTGCAGTTATAAGATGTCAGAAGGATCCT 80
Query 61 ATGAAAGCTCTAGAAATGTTCAATTCGATGAGAAAAGAGGTTGGTTTCAAGCATACTTTA 120
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 81 ATGAAAGCTCTAGAAATGTTCAATTCGATGAGAAAAGAGGATGGTTTCAAGCATACTTTA 140
Query 121 TCTACTTACCGCAGTGTCATCGAAAAGCTTGG-ATATTATGGAAAATTCGAAGCCATGGA 179
||||||||||||||| |||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 141 TCTACTTACCGCAGTATCATCGAAAAGCTTGGCCT-TTATGGAAAATTCGAAGCCATGGA 199
Query 180 AGAGGTTTTAGTGGATATGCGGGAGAATGTTGGTAACCATATGCTTGAAGGGGTTTATGT 239
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 200 AGAGGTTTTAGTGGATATGCGTCAGAATGTTGGTAACCATATGCTTGAAGGGGTTTATGT 259
Query 240 TGGGGCAATGAAGAATTATGGTAGGAAAGGGAAAGTTCAAGAAGCTGTTAATGTGTTTGA 299
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 260 TGGGGCGATGAAGAATTATGGTAGGAAAGGGAAAGTTCAAGAAGCTGTTAATGTGTTTGA 319
Query 300 AAGGATGGATTTTTATGATTGTGAGCCTACGGTTTTCTCTTATAATGCTATTATGAGTGT 359
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 320 AAGGATGGATTTTTATGATTGTGAGCCTACGGTTTTCTCTTATAATGCTATTATGAGTAT 379
Query 360 ATTGGTTGATAGTGGTTACTTTGATCAAGCTCACAAGGTGTATATGAGGATGCGGGATAG 419
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 380 ATTGGTTGATAGTGGTTACTTTGATCAAGCTCACAAGGTGTATATGAGGATGCGTGATAG 439
Query 420 AGGTATTACGCCTGATGTTTACTCGTTTACGATTAGGATGAAGTCGTTTTGTAAGACCAG 479
||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||| ||
Sbjct 440 AGGAATAACGCCTGATGTTTACTCGTTTACGATTAGGATGAAGTCTTTTTGCAGGACGAG 499
Query 480 TCGGCCTCACGCTGCTTTGAGGCTTCTTAATAATATGTCTTCTCAAGGCTGTGAGATGAA 539
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 500 TCGGCCTCACGCTGCTTTGAGGCTTCTTAATAATATGTCTTCTCAAGGCTGTGAGATGAA 559
Query 540 TGTGGTTGCTTATTGTACTGTGGTTGGTGGGTTTTATGAGGAGAATTTTAAGGCTGAGGG 599
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 560 TGTGGTTGCTTATTGTACTGTGGTTGGTGGGTTTTATGAGGAGAATTTTAAGGTTGAGGC 619
Query 600 ATATGAGTTGTTTGGGAAGATGCTTGCATCGGGTGTTTCGCTTTGTCTTAGTACGTTCAA 659
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||
Sbjct 620 ATATGAGTTGTTTGGGAAGATGCTTGCATCGGGTGTTTCGCTTTGCCTTAGTACGTTTAA 679
Query 660 CAAGCTTCTACGTGTTCTTTGCAAGAAAGGAGATGTTAAGGAGTGTGAAAAACTACTTGA 719
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 680 CAAGCTTCTACATGTTCTTTGCAAGAAAGGAGATGTTAAGGAGTGTGAAAAACTACTGGA 739
Query 720 TAAGGTTATCAAAAGAGGTGTTTTACCGAATCTGTTTACTTATAATTTATTCATTCAAGG 779
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 740 TAAAGTTATCAAAAGAGGTGTTTTACCGAATCTGTTTACTTATAATTTTTTCATTCAAGG 799
Query 780 GCTTTGTCAGAGAGGTGAGCTTGATGGTGCGGTTCGTATGGTAGGTTGTCTCATAGAACA 839
||| ||||||| |||||||||||||| ||| ||||||||||||||| |||||||||| ||
Sbjct 800 GCTGTGTCAGAAAGGTGAGCTTGATGCTGCTGTTCGTATGGTAGGTCGTCTCATAGATCA 859
Query 840 GGGACCCAAACCTGATGTCATCACGTATAACAATCTTATATATGGCTTATGTAAGAATTC 899
||| || ||||| ||||| ||||||||||| |||| ||||||||||||||||| |||||
Sbjct 860 GGGGCCAAAACCAGATGTGGTCACGTATAACTATCTAATATATGGCTTATGTAAAAATTC 919
Query 900 CAAGTTTCAGGAGGCAGAGGTTTACTTGGGGAAAATGGTGAATGAAGGGCTTGAGCCTGA 959
||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 920 CAAGTTTCAGGAGGCAGAGGTTTACTTAGGCAAAATGGTGAATGAAGGACTTGAGCCTGA 979
Query 960 TAGTTATACCTATAACACACTAATAGCTGGATATTGCAAAGGTGGGATGGTACAACTTGC 1019
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||
Sbjct 980 TAGTTTTACCTATAACACACTAATAGCTGGATATTGCAAAGGTGGAATGGTGCAACTTGC 1039
Query 1020 AGAAAGGATTGTAGGTGATGCTGTTTTCAATGGATTTGTGCCTGATC-AGTTCACATATC 1078
|||| ||||| ||||| |||||||||||||||| ||||| || || | |||| |||||||
Sbjct 1040 AGAACGGATTCTAGGTAATGCTGTTTTCAATGGGTTTGTCCCCGA-CGAGTTTACATATC 1098
Query 1079 GCTCCTTAATTGACGGGTTGTGTCATGAAGGTGAAACAAACCGTGCTTTAGCTTTATTTA 1138
|||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1099 GCTCCTTAATTGACGGATTGTGTCACGAAGGTGAAACAAACCGTGCTTTAGCTTTATTTA 1158
Query 1139 ATGAGGCCTTAGGGAAAGGGATAAAGCCTAACGTTATTCTTTACAACACACTGATCAAGG 1198
||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1159 ATGAGGCCTTAGGGAAAGGAATAAAGCCTAACGTGATTCTTTACAACACACTGATCAAGG 1218
Query 1199 GATTGTCTAACCAGGGTATGATTCTAGAGGCTGCTCAGTTGGCGAATGAAATGTCTGAAA 1258
||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1219 GATTGTCTAACCAGGGTTTGATTCTGGAGGCTGCTCAGTTGGCGAGTGAAATGTCTGAAA 1278
Query 1259 AGGGTTTGATTCCTGAGGTACAGACTTTTAACATACTCGTAAATGGACTATGCAAGATGG 1318
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1279 AGGGTTTGATTCCCGAGGTACAGACTTTTAACATACTCGTAAATGGATTATGCAAGATGG 1338
Query 1319 GATGTGTTTCTGATGCTGATGGTCTTGTTAAAGTCATGATCTCCAAAGGGTACTTTCCTG 1378
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1339 GATGTGTTTCTGATGCTGATGGTCTTGTTAAAGTCATGATCTCCAAAGGGTACTTTCCTG 1398
Query 1379 ACATATTTACTTTCAACATTTTGATTCATGGTTATTCTACACAGTTGAAAATGGAAAACG 1438
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1399 ACATATTTACTTTCAACATTTTGATTCATGGTTATTCTACACAGTTGAAAATGGAAAACG 1458
Query 1439 CACTTGAGATATTAGATGTTATGTTGGACAACGGTGTTGATCCTGACGTGTACACTTACA 1498
|||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1459 CACTTGAGATCTTAGATGTTATGATGGACAACGGTGTTGATCCTGACGTGTACACTTACA 1518
Query 1499 ACTCTTTGTTAAATGGTCTCTGCAAAACTTCAAAGTTTGAAGATGTGATGGAAACATATA 1558
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1519 ACTCTTTGTTGAATGGTCTCTGCAAAACTTCAAAGTATGAAGATGTGATGGAAACATATA 1578
Query 1559 AAACTATGGTGGAGAAAGGTTGTGCCCCTAACTTATTCACGTTTAATATACTTCTGGAGA 1618
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1579 AAACTATGGTGGAGAAAGGTTGTGCCCCTAACTTATTCACTTTTAATATACTTCTGGAGA 1638
Query 1619 GTCTATGTAGATACCGCAAACTAGATGAAGCCTTGGGGTTATTGGAGGAAATGAAAAACA 1678
||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1639 GTCTATGTAGATACCACAAACTAGATAAAGCCTTGGGGTTATTGGAGGAAATGAAAAACA 1698
Query 1679 AGAGTGTGAATCCAGATGCGGTTACATTTGGAACGTTGATTGACGGGTTCTGCAAAAACG 1738
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1699 AGAGTGTGAATCCAGATGCGGTTACGTTTGGAACGTTGATTGACGGGTTCTGCAAAAACG 1758
Query 1739 GAGACTTGGATGGAGCATACACGCTGTTCCGGAAAATGGAAGAGGCTTATAAGGTTTCAA 1798
|||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||| ||||| |||||||
Sbjct 1759 GAGACTTGGATGGAGCATACACACTATTCCGGAAAATGGAAGAGGTTTATATGGTTTCAT 1818
Query 1799 GTTCAACGCCAACATATAATATCATCATTCATGCTTTCACTGAGAAGCTAAATGTTACTA 1858
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1819 GTTCAACGCCAACATATAATATCATTATTCATGCTTTCACGGAGAAGCTAAATGTTACTA 1878
Query 1859 TGGCGGAAAAGCTTTTCCAAGAGATGGTTGATCGTTGTCTTGGTCCTGATGGATACACAT 1918
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1879 TGGCGGAAAAGCTATTCCAAGAGATGGTTGATCGTTGTCTTGGTCCTGATGGATACACAT 1938
Query 1919 ACCGGCTTATGGTTGATGGTTTTTGCAAAACGGGAAATGTCAATTTGGGGTACAAGTTTC 1978
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1939 ACCGGCTTATGGTTGATGGTTTTTGCAAAACGGGAAATGTCGATTTGGGGTACAAGTTTC 1998
Query 1979 TACTGGAGATGATGGAAAATGGGTTTATTCCATCTCTCACAACGCTTGGACGTGTAATAA 2038
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1999 TACTGGAGATGATGGAAAATGGGTTTATTCCATCGCTCACAACGCTTGGACGTGTAATAA 2058
Query 2039 ACTGTCTTTGTGTGGAGGATAGAGTTTATGAGGCTGCCGGTATTATCCATCGGATGGTCC 2098
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2059 ACTGTCTTTGTGTGGAGGATAGAGTTTATGAGGCTGCCGGTATTATCCATCGGATGGTCC 2118
Query 2099 AGAAAGGACTGGTCCCTGAAGCTGTGAACACCATTTGTGATGTTGACAAAAAGGAGGTGG 2158
||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| |
Sbjct 2119 AGAAAGGACTGGTCCCTGAGGCTGTGAACACCATTTTTGATCATGACAAAAAGGAGGTAG 2178
Query 2159 CTGCTCCTAAGCTTGTCTTGGAGGATTTGTTGAAGAAGAGCTGTATCACGTATTATGCTT 2218
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| || ||||||||||
Sbjct 2179 CTGCTCCTAAGCTTGTCTTGGAGGATCTGTTGAAGAAGAGCTGTATTACATATTATGCTT 2238
Query 2219 ACGAACTTCTTTTTGATGGCCTTAGAGATAAGAGGCTACGCAAGAAAAAGGGTTTCACAG 2278
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2239 ACGAACTTCTTTTTGATGGCCTTAGAGATAAAAGGCTACGCAAGAAAAAGGGTTTCACAG 2298
Query 2279 TGGTAGCCATATGA 2292
||||||||||||||
Sbjct 2299 TGGTAGCCATATGA 2312
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 86312495170
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5