BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G74600.1
Length=2688
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg476599 jgi|Araly1|476599|fgenesh2_kg.2__1729__AT1G74600.1 3241 0.0
> Ahg476599 jgi|Araly1|476599|fgenesh2_kg.2__1729__AT1G74600.1
Length=2154
Score = 3241 bits (1755), Expect = 0.0
Identities = 2026/2159 (94%), Gaps = 10/2159 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 535 ATGGGTTATTTCTTCTATGAAGTTGTTGAATCGGCTTTGATAGACGTATTCTCTAAGAAT 594
|||||||||||||| |||||||||||| ||||| |||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1 ATGGGTTATTTCTTTTATGAAGTTGTTCAATCGTCTTTGATAGACGCATTCTCTAAGAAT 60
Query 595 CTAAGATTTGAGGATGCTTATAAAGTGTTCCGTGACTCTTTATCTGCTAATGTGTATTGT 654
||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 CTAAGATTTGAGGATGCTTATAAGGTGTTCCGTGACACTTTATCTGCTAATGTGTATTGT 120
Query 655 TGGAACACTATCATAGCAGGGGCACTTAGAAACCAAAATTATGGTGCTGTTTTTGATCTT 714
|||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 TGGAACACTATCATAGCAGGGGCACTAAGAAATCAAAATTATGGTGCTGTTTTTGATCTT 180
Query 715 TTCCATGAAATGTGTGTTGGGTTTCAGAAACCTGATAGTTATACATATTCCAGTGTTTTG 774
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 TTCCATGAAATGTGTAATGGGTTTCAGAAACCTGATAGTTATACATATTCCAGTGTTTTG 240
Query 775 GCTGCTTGTGCTTCCCTTG-AGAAGCTTAGGTTTGGAAAAGTGGTTCAAGCTCGGGTGAT 833
||||||||||| || |||| || ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 241 GCTGCTTGTGCATCTCTTGAAG-AGCTTAGGTTTGGAAAAGTTGTTCAAGCTCGGGTGAT 299
Query 834 CAAATGCGGAGCAGAAGATGTATTTGTTTGTACTGCAATTGTTGACTTATACGCCAAATG 893
|||||||||||| |||||||| |||||||||||| |||||||||| ||||| ||||||||
Sbjct 300 CAAATGCGGAGCGGAAGATGTCTTTGTTTGTACTTCAATTGTTGATTTATATGCCAAATG 359
Query 894 TGGGCATATGGCTGAAGCTATGGAAGTATTCTCCCGTA-TCCCTAACCCTAGTGTTGTAT 952
||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||| | || |||||||| ||||| |
Sbjct 360 TGGTCATATGGCTGAAGCTAGGGAAGTATTCTCCCGTATTTCC-AACCCTAGCGTTGTCT 418
Query 953 CTTGGACAGTAATGCTGTCTGGTTACACAAAGAGTAATGATGCTTTCTCTGCTCTTGAAA 1012
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 419 CTTGGACAGTAATGCTGTCTGGTTACACAAAGAGTAACGATGCTTTCTCTGCTCTTGAAA 478
Query 1013 TTTTCAAGGAAATGAGACACTCAGGTGTTGAGATCAACAACTGTACCGTAACTAGTGTAA 1072
| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |
Sbjct 479 TATTCAGGGAAATGAGACACTCAGGTGTTGAGATCAACAGCTGTACCGTAACTAGTGTGA 538
Query 1073 TCTCTGCTTGTGGTAGACCTTCTATGGTCTGTGAAGCAAGCCAGGTCCATGCTTGGGTCT 1132
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 539 TTTCTGCTTGTGGTAGACCTTCTATGGTCTGTGAAGCAAGCCAGGTCCATGCTTGGGTCT 598
Query 1133 TTAAGAGTGGTTTCTATCTTGATTCCTCAGTGGCTGCCGCTTTGATTAGTATGTACTCAA 1192
|||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||| ||||||
Sbjct 599 TTAAAAGTGGTTTCTATCTTGATACCTCAGTGGCTGCCGCCTTGATTAGTATGAACTCAA 658
Query 1193 AGAGTGGAGATATTGATCTTTCTGAACAGGTTTTTGAGGATCTGGACGATATTCAGAGAC 1252
|||||||||||||| |||| || |||| |||||||||||||||||||||||||| ||| |
Sbjct 659 AGAGTGGAGATATTAATCTCTCCGAACGGGTTTTTGAGGATCTGGACGATATTCGGAGGC 718
Query 1253 AAAATATAGTTAATGTGATGATCACTTCGTTTTCGCAAAGTAAGAAGCCTGGTAAAGCAA 1312
|||||||||| ||||| ||| |||| ||||||||||||| |||||||||||||||||| |
Sbjct 719 AAAATATAGTAAATGTAATGGTCACATCGTTTTCGCAAAATAAGAAGCCTGGTAAAGCTA 778
Query 1313 TAAGACTGTTTACTAGAATGCTTCAGGAGGGTTTGAGAACC-GATGAGTTTAGTGTATGC 1371
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | || ||||||||||||||||||
Sbjct 779 TAAGACTGTTTACTAGAATGCTTCAGGAGGGTTTGA-ATCCTGATGAGTTTAGTGTATGC 837
Query 1372 AGTTTGTTAAGTGTATTGGATTGTTTGAATTTAGGTAAGCAGGTTCACGGTTACACCCTT 1431
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 838 AGTTTGTTAAGTGTATTAGATTGTTTGAATTTAGGTAAGCAGGTTCACAGTTACACCCTT 897
Query 1432 AAAAGTGGGTTGGTTCTTGATCTCACTGTTGGAAGTTCTCTTTTTACATTGTACTCTAAA 1491
|||||||||||| | || |||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| |||
Sbjct 898 AAAAGTGGGTTGATCCTAGATCTCACTGTTGGAAGTTCTCTTTTCACAATGTACTCCAAA 957
Query 1492 TGTGGTAGTTTGGAAGAATCATATAAATTATTCCAGGGGATACCTTTTAAAGACAATGCT 1551
||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 958 TGTGGTAGTTTGGAAGAATCATATAGCTTATTCCAGGAGATACCTTTTAAAGACAATGCT 1017
Query 1552 TGCTGGGCTTCCATGATTTCTGGTTTCAATGAGTACGGTTATCTAAGAGAAGCTATTGGA 1611
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1018 TGCTGGGCTTCCATGATTTCTGGCTTCAATGAGTACGGTTATCTAAGAGAAGCTATTGGA 1077
Query 1612 CTATTCAGCGAGATGCTGGATGATGGGACTAGCCCTGATGAGAGTACTCTAGCTGCTGTT 1671
||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1078 CTATTCAGCGAGATGCTCGATGAAGGGACTAGCCCTGATGAGAGCACTCTAGCTGCTGTT 1137
Query 1672 CTAACTGTGTGTTCTTCTCATCCTTCTCTGCCAAGAGGTAAAGAAATACATGGGTATACG 1731
|||||||| |||||| ||| ||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1138 CTAACTGTATGTTCTACTCTTCCTTCTCTACCAAGAAGTAAAGAAATACATGGGTACACA 1197
Query 1732 CTAAGAGCGGGAATTGACAAGGGAATGGATCTTGGTTCTGCACTAGTAAACATGTATTCA 1791
|||||||| |||||||||| ||||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1198 CTAAGAGCTGGAATTGACAGGGGAATGCCTCTCGGTTCTGCACTAGTAAACACATATTCA 1257
Query 1792 AAGTGTGGCTCACTAAAGTTGGCTAGACAGGTCTACGATAGGCTCCCTGAACTGGATCCA 1851
|||||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1258 AAGTGTGGGTCACTAAAGTTGGCTAGAAAGGTCTATGATAGGCTCCCTGAAATGGATCCA 1317
Query 1852 GTGTCATGTTCATCTTTAATTTCGGGATATTCACAACACGGGTTAATCCAGGATGGCTTC 1911
|| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1318 GTTTCATGTTCATCTTTAATTTCAGGATATTCACAACACGGGTTAGTCCAGGATGGCTTC 1377
Query 1912 CTTC-TATTTCGTGATATGGTCATGTCTGG-TTTTACTATGGACTCCTTTGCAATTTCAT 1969
| || ||||||| ||||||||||||||||| |||| | |||||||||| |||||||||||
Sbjct 1378 C-TCTTATTTCGCGATATGGTCATGTCTGGCTTTT-CCATGGACTCCTATGCAATTTCAT 1435
Query 1970 CCATTCTTAAAGCCGCTGCTCTCTCTGACGAATCATCGCTGGGAGCTCAAGTTCACGCCT 2029
||||||||||||| |||| ||||||||| |||||| |||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1436 CCATTCTTAAAGCTGCTGTTCTCTCTGAAGAATCAGAGCTGGGAGCTCAAGTTCATGCCT 1495
Query 2030 ACATCACAAAAATTGGATTGTGCACAGAGCCTTCTGTAGGAAGCTCACTACTGACAATGT 2089
||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||
Sbjct 1496 ACATCACAAAAATCGGATTATGCACAGAGCCTTCTGTAGGAAGTTCATTACTGACAATGT 1555
Query 2090 ATTCGAAATTTGGAAGCATTGACGACTGCTGTAAAGCATTCAGCCAGATCAATGGCCCAG 2149
|||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1556 ATTCCAAATTTGGAAGCATTGAAGACTGCTGTAAAGCATTTAGCCAGATCAATGGCCCAG 1615
Query 2150 ATTTAATAGCGTGGACAGCGCTGATTGCAAGTTATGCTCAACATGGAAAGGCCAATGAAG 2209
||||||| || ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1616 ATTTAATCGCATGGACTGCACTGATTGCAAGTTATGCTCAACATGGAAAGGCCAACGAAG 1675
Query 2210 CGTTACAAGTGTACAATCTTATGAAGGAAAAAGGATTCAAGCCTGATAAAGTGACTTTTG 2269
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1676 CGTTACAAGTGTACTGCCTTATGAAGGAAAAAGGATTCAAGCCTGATAAAGTGACTTTTG 1735
Query 2270 TGGGAGTCTTGTCTGCTTGTAGTCATGGTGGTTTGGTCGAAGAAAGCTATTTCCATCTCA 2329
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||
Sbjct 1736 TGGGAGTCTTGTCTGCTTGTAGTCATGGTGGTTTGGTTGAAGAAGGCTATTTCCATCTCA 1795
Query 2330 ACTCGATGGTAAAAGACTATGGTATCGAACCAGAGAACCGACATTATGTCTGCATGGTCG 2389
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1796 ACTCGATGGTAAAAGACTATGGTATCGAACCTGAGAACCGACATTATGTCTGCATGGTCG 1855
Query 2390 ATGCTTTAGGGAGGTCAGGAAGACTTAGAGAAGCTGAGAGTTTTATCAACAATATGCATA 2449
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || || ||
Sbjct 1856 ATGCTCTAGGGAGGTCAGGAAGACTTAGAGAAGCTGAGAATTTTATCAACACTAGGCCTA 1915
Query 2450 TTAAACCAGACGCCTTGGTCTGGGGAACATTGCTTGCTGCTTGCAAAATTCACGGGGAAG 2509
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |
Sbjct 1916 TTAAACCGGACGCCTTGGTCTGGGGAACATTGCTTGCTGCTTGCAAAATTTACGGGGATG 1975
Query 2510 TTGAACTCGGGAAGGTAGCTGCAAAAAAGGCTATAGAATTAGAGCCATCAGACGCTGGAG 2569
|||||||||||||| |||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1976 TTGAACTCGGGAAGCTAGCAGCCAAAAAGGCTATAGAGTTAGAGCCATCAGACGCTGGAG 2035
Query 2570 CATATATTTCACTCTCGAACATCCTTGCAGAGGTTGGTGAGTGGGACGAAGTGGAGGAAA 2629
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2036 CATATGTTTCACTCTCGAACATCCTTGCAGAGGTTGGTGAGTGGGACGAAGTGGAGGAAA 2095
Query 2630 CTCGTAAGCTGATGAAAGGAACAGGTGTACAGAAAGAACCAGGGTGGAGTTCTGTCTGA 2688
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2096 CTCGAAAGCTGATGAAAGGAACAGGTGTACAGAAAGAACCAGGGTGGAGTTCTGTCTGA 2154
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 101396232190
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5