BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G74790.1
Length=2458
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg476615 jgi|Araly1|476615|fgenesh2_kg.2__1745__AT1G74790.1 3603 0.0
> Ahg476615 jgi|Araly1|476615|fgenesh2_kg.2__1745__AT1G74790.1
Length=2324
Score = 3603 bits (1951), Expect = 0.0
Identities = 2221/2348 (95%), Gaps = 32/2348 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 AATTTTATTATTTGATTTTCAGTCCTATCTCTCTTCTCTTGTCTTGTCCTGAGATCAGAT 60
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1 AATTTTATTATTTGATTTTCAGTCCTA-------TCTCTTGTCTTGTTCTGAGATCAGAT 53
Query 61 GTATAAAAAAGAGActtcttttcttcttctctcttgattctctcttcCACTGTCATTATC 120
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 54 GTATAAAAAAGAGACTTCTTTTCTTCTTCTCTCTTGATTGTCTCTTCCACTGTCATTATC 113
Query 121 TTCAAGATTTGTCTCTTGCGAGACTCGATGAAGCTTCATCAATTTCTTGTGTTCCTT-TT 179
||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| || |||||||| ||| ||
Sbjct 114 CTCAAGATTTGTCTCTTGTGAGACTCGATGACGCTTCATCGATCGCTTGTGTT-CTTCTT 172
Query 180 CTTGTTCCTCTCATGTTT-TGCTCTTTCTTCATGGGCTCTTCCTCTCTGTTCCGATTCAA 238
|||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 173 CTTGTTCCTCTCATGTTTCT-CTCTTTCTTCATGGGCTCTTCCTCTCTGTTCCGATTCAA 231
Query 239 GAGCTCCCTCGGAGGTGAATTCGACATTGAGCTTTTGTCCTTACAAAGGAAAAACATGCT 298
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 232 GAGCTCCCTCGGAGGTGAATTCGACATTGAGCTTTTGTCCTTACAAAGGAAAAACATGCT 291
Query 299 GCAATACAATGAAAGATACCAGTTTGATGAAGCAATTTCAAGCTATGAACATTTCCGACA 358
||||||||||| ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 292 GCAATACAATGGAAGATTCCAATTTGATGAAGCAATTTCAAGCTATGAACATTTCCGACA 351
Query 359 AGGGTTGTGCTTCTGTTGTAAAATCAATCCTTTGTGCTAATTGCGATCCTTTTTCATCAG 418
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |
Sbjct 352 AGGGTTGTGCTTCTGTTGTAAAATCAATCCTTTGTGCTAAATGCGATCCTTTTTCATCGG 411
Query 419 ACTTATTCAGAGATAACTCAGATCAGCAGTCTGTTCCAATCCTCTGCAACTCGACCAGTT 478
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 412 ATTTATTCAGAGATAACTCAGATCAGCAGTCTGTTCCAATCCTCTGCAACTCTACCAGTT 471
Query 479 CAGCAAATTCCACAGAGAATTTTTGCTCTGAGACATGGGAGACATGTCAAAACGTCTCCA 538
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 472 CAGCAAATTCCACAGAGGATTTTTGCTCTGAGACATGGGAGACATGTCAAAACGTTTCCA 531
Query 539 TATCGGGTTCTCTTTTCGCTGCCTCATTACAAGGCCGAGCTGGAGCGCC-GTCAAATAAA 597
|||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| | | |||||
Sbjct 532 TATCGGGTTCTCTTTTTGCTGCCTCATTGCAAGGCCGAGCTGGAGCGCCAG-CGAATAAC 590
Query 598 AATGCCTCCAAGCTTGCTGATCTATGGCAGTCCAAAACCGATTTCTGCAGTGCCTTTGGT 657
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 591 AATGCCTCCAAGCTTGCTGATCTATGGCAGTCCAAAACCGATTTCTGCAGTGCCTTTGGT 650
Query 658 GGAGCTAGCTCCAATGAAACTGTTTGCTTCAGCGGTGAGCCAGTTGCTCTTAATGACAAT 717
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 651 GGAGCTAGCTCCACTGAAACTGTTTGCTTCAGCGGTGAGCCAGTTGCTTTTAATGACAAT 710
Query 718 GATACTACTCCTGACAAGCCGCCTTCTGGTATATGCCTTGAGAAAATTGGAAACGGTTCT 777
|| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| || |||||||||
Sbjct 711 GACACTACTCCTGACAAGCCGCCTTCTGGTTTATGCCTTGAGAAAATCGGGAACGGTTCT 770
Query 778 TACCTCAACATGGTTCCTCACCCTGATGGCTCCAACCGTGCATTCTTCTCTACGCAACCT 837
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 771 TACCTCAACATGGTTCCTCACCCTGATGGCTCCAACCGTGCATTCTTCTCTACGCAACCT 830
Query 838 GGAATAGTATTCTTGGCTGGTATACCGGATCAAGATTCTGGCGGGGTTTTGGATGTGGAT 897
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 831 GGAATAGTATTCTTGGCTGGTATACCGGATCAAGATTCTGGCGGGGTATTGGATGTGGAT 890
Query 898 CCATCTAGCCCATTTGTGGATATGACTGATGAGATTCATTTTGATACTGAGTTTGGGATG 957
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 891 CCATCTAGCCCATTTGTGGATTTGACTGATGAGATTCATTTTGATACTGAGTTTGGGATG 950
Query 958 ATGGGAATGGCTTTTCATCCAAAGTTTGCTCAAAATGGGCGTTTTTTCGCTTCTTTCAAC 1017
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||
Sbjct 951 ATGGGAATGTCTTTTCATCCAAAGTTTGCTCAAAATGGGCGGTTTTTCGCTTCTTTTAAC 1010
Query 1018 TGCGATAAGTCCAAGTGGCCAGGCTGTACTGGAAGGTGCTCATGTAACTCCGATGTGAAC 1077
|| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1011 TGTGATAAGTCCAAGTGGCCGGGCTGTACTGGAAGGTGCTCATGTAACTCCGATGTGAAC 1070
Query 1078 TGTGATCCTTCCAAACTAACTCCTGACAGTGGATCTCAACCATGCCAATACCAAACCGTA 1137
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||
Sbjct 1071 TGTGATCCTTCCAAACTAACTCCTGACAGTGGATCTCAACCTTGCCAATTCCAAACCGTA 1130
Query 1138 ATAGCTGAGTATACAGCCAATTCTACCTCGTCAGACCCTTCTAAGGCAAAGAACGCTAAG 1197
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1131 ATAGCTGAGTATACAGCCAATGGTACCTCGTCAGACCCTTCTAAGGCAAAGAATGCTAAG 1190
Query 1198 CCAACAGAAGTCAGGAGGATTTTCACAATGGGACTTCCCTTCACATCACACCATGCTGGA 1257
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1191 CCAACAGAAGTCAGGAGGATTTTCACAATGGGACTTCCCTTCACATCACACCATGCCGGA 1250
Query 1258 CAGATTCTCTTTGGTCCAGATGGGTACCTATACTTTATGATGGGAGATGGAGGTGGAGGA 1317
|| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1251 CAAATTCTCTTTGGTCCAGATGGGTATCTATACTTTATGATGGGAGATGGAGGTGGAGGC 1310
Query 1318 GCAGACCCGTATAATTTCGCACAGAACAAGAAATCTTTGCTAGGAAAGATCATGAGGCTT 1377
|||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1311 GCAGACCCATATAATTTCTCACAGAACAAGAAATCTTTGCTAGGAAAGATCATGAGGCTT 1370
Query 1378 GATGTAGATAACATTCCTAGTGCTTCTGAGATCTCCAAAATGGGTCTATGGGGAAACTAC 1437
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1371 GATGTAGATAACATTCCTAGTGCTTCTGAGATCTCCAAAATGGGTCTATGGGGAAACTAC 1430
Query 1438 TCTATACCAAAAGACAACCCTTTTCGTGAAGACAAAGAGCTTGAACCTGAAATATGGGCT 1497
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1431 TCTATACCAAAAGACAACCCTTTTCGTGAAGACAAAGAGCTTGAACCTGAAATATGGGCT 1490
Query 1498 GTTGGATTGAGAAACCCTTGGAGATGCAGCTTTGATTCTTCTAGGCCTTCTTACTTCATG 1557
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1491 ATTGGATTGAGAAACCCTTGGAGATGCAGCTTTGATTCTTCTAGGCCTTCTTACTTTATG 1550
Query 1558 TGTGCTGATGTTGGACAGGACACATATGAAGAGGTGGATCTCATAAGCAAAGGAGGAAAC 1617
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||
Sbjct 1551 TGTGCTGATGTTGGACAGGACACATATGAAGAGGTGGATCTCATTACCAAAGGAGGAAAC 1610
Query 1618 TATGGTTGGCGTGTTTACGAAGGCCCGGATCTTTTCCATCCTGAGTCATCCCCTGGAGGA 1677
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||
Sbjct 1611 TACGGTTGGCGTGTTTACGAAGGCCCGGATCTTTTCCAGCCGGAGTCATCCCCTGGAGGA 1670
Query 1678 AACACATCTGTTAAATCACTAAACCCGATATTTCCTGTGATGGGTTACAACCACTCAGAA 1737
||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1671 AACACATCTATTAAATCATTAAACCCGATATTTCCTGTGATGGGTTACAACCACTCTGAA 1730
Query 1738 GTTGACTCAAGCGGAAAATCAGCTTCAATCACTGGAGGTTACTTTTATAGATCTGAAACT 1797
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||
Sbjct 1731 GTTGACTCAAGCGGAAAATCAGCTTCAATCACTGGAGGGTACTTTTATAGATCTGAGACT 1790
Query 1798 GATCCTTGCATAGCTGGAAGGTACGTATATGCTGATCTATATGGAAATGGCGTGTGGGCG 1857
||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1791 GATCCTTGCATAGCTGGAATGTACGTGTATGCTGATCTATATGGAAATGGCGTGTGGGCG 1850
Query 1858 GGGATTGAAACGCCTGCTAATAGCGGGAGCTTTGTGACCAAAAGAACAACCTTCAGCTGT 1917
||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1851 GGGATTGAAACTCCTGCTAATAGCGGGAACTTTGTGACCAACAGAACAACCTTCAGCTGC 1910
Query 1918 GCCAGTGACTCACCCATGAAATGTAGTGATTCCCCGGGAACTTCAGGGCTCTCCCTAGGG 1977
||| ||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||| | || |||||
Sbjct 1911 GCCGGTGACTCACCCATGAAATGCAGCGATTCTCCGGGAACTTCAGGGTTATCTCTAGGA 1970
Query 1978 TATGTCTTCTCCTTTGGTGAGGATAACAACAAAGACATCTACTTGCTCACAAGCAATGGT 2037
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1971 TATGTCTTCTCCTTTGGTGAGGATAACAACAAAGACATCTACTTGCTTACAAGCAATGGT 2030
Query 2038 GTCTATAGAGTAGTAAGGCCGAGCCGTTGCAACTTGACTTGCTCCAAGGAAAACTCCAC- 2096
||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2031 GTCTATAGAGTGGTTAGGCCGAGCCGTTGCAAGTTGACTTGCTCCAAGGAAAACTCCACG 2090
Query 2097 --AGCTAGAAGAAACCCCGGTACCTCAAGTTCTCCTTCTTCTTCATCGTCTTCTTGTTAT 2154
|||||||||||| || ||| |||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2091 GCAGCTAGAAGAAAACCTGGTCCCTCGAGTTCGCCTTCTTCTTCGTCGTCTTCTTGTTAT 2150
Query 2155 AAGCATATAAATGGTTTCCATGGAAGCTTGGTGGTTTTGTTTGTGTCTCTGTCTTTGATT 2214
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2151 AAGCATATAAATGGTTTCCCTGGAAGCTTGGTGGTTTTATTTGTGTCTCTGTCTTTGATT 2210
Query 2215 CTGCTAGGTTTATTAAACTAATTTG-CAAAAGTTGTTTCTTGTTTGTGTTGAAGAATT-A 2272
|||||||||||||||| ||| ||| ||||||||||||||| || || ||| | || |
Sbjct 2211 CTGCTAGGTTTATTAATCTAGTTTTTCAAAAGTTGTTTCTTCTT-GT-TTGT-G--TTGA 2265
Query 2273 TTATGAGATTGTATGTTCAGGATCTTTTGAGAGAACACAATACATGTATGATGAATGAGA 2332
| | | ||||||| |||| ||||||||||| ||| | ||| |||||||||||||
Sbjct 2266 --A--A-A--GTATGTTGGGGATGTTTTGAGAGAATACA-TGTATG-ATGATGAATGAGA 2316
Query 2333 CCAACGAT 2340
|||| |||
Sbjct 2317 CCAAAGAT 2324
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 92635475840
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5