BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G74850.1
Length=2977
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg476621 jgi|Araly1|476621|fgenesh2_kg.2__1751__AT1G74850.1 4290 0.0
> Ahg476621 jgi|Araly1|476621|fgenesh2_kg.2__1751__AT1G74850.1
Length=2855
Score = 4290 bits (2323), Expect = 0.0
Identities = 2712/2894 (94%), Gaps = 50/2894 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGAACCTAGCAATTCCAAATCCCAACTCACACCACCTCTCCTTCCTCATCCAGAATTCA 60
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1 ATGAACCTAGCAATTCCAAATCCCAACTCACACCAGCTCTCCTTCCTCATCCAAAATTCC 60
Query 61 AGCTTCATCGGAAACCGGAGATTCGCCGACGGCAACCGTCTCCGTTTCCTCTCAGGAGGA 120
|| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||| |||
Sbjct 61 AGTTTCATCGGAAACCGGAGATTCGCCGACGGAAACCGTCTTCGTTTCCTTTCAGGTGGA 120
Query 121 AATCGTAAACCATGCTCCTTCTCCGGTAAAATCAAAGCAAAGACTAAAGATCTCGTTCTC 180
|| |||| |||||||||| || |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||
Sbjct 121 AACCGTAGACCATGCTCCGTCGCCGGTAAAATCAAAGCGAAGACAAAAGATCTCGTTCT- 179
Query 181 GGG-AACCCCTCCGTCTCCGTGGAGAAAGGAAAGTACAGCTACGACGTCGAATCGCTGAT 239
||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 180 GGGAAACCCTTCCGTCTCCGTGGAGAAAGGAAAGTACAGCTACGACGTTGAATCGCTGAT 239
Query 240 TAACAAGCTGAGCAGTCTCCCACCACGCGGGAGCATCGCCAGGTGCTTAGACATATTCAA 299
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 240 TAACAAGCTGAGCAGTCTTCCACCACGCGGGAGCATCGCCAGGTGCTTGGACATATTCAA 299
Query 300 AAACAAGCTTTCGTTGAACGATTTCGCACTCGTGTTCAAAGAGTTCGCTGGTCGCGGCGA 359
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 300 GAACAAGCTTTCGCTGAACGATTTCGCACTCGTGTTCAAAGAGTTCGCTGGTCGCGGCGA 359
Query 360 TTGGCAAAGGTCGCTTCGTCTCTTCAAGTATATGCAACGGCAGATATGGTGCAAACCTAA 419
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 360 CTGGCAAAGGTCGCTTCGTCTCTTCAAGTATATGCAACGGCAGATATGGTGCAAACCAAA 419
Query 420 CGAGCATATCTACACTATTATGATCTCTTTGCTTGGTAGAGAAGGTCTACTAGATAAATG 479
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||
Sbjct 420 CGAGCACATCTACACTATTATGATCTCTTTGCTTGGTAGGGAAGGTCTTCTAGACAAATG 479
Query 480 TCTTGAGGTATTCGACGAAATGCCTAGCCAAGGTGTGTCCCGCAGCGTTTTCTCTTACAC 539
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||
Sbjct 480 TCTTGAGGTATTCGACGAAATGCCTAGCCAAGGTGTGTCACGCAGTGTTTTCTCTTACAC 539
Query 540 TGCTTTGATCAATGCTTATGGTCGAAATGGACGGTATGAGACTTCTCTTGAGCTTCTTGA 599
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 540 GGCTTTGATCAATGCTTTTGGTCGAAATGGACGGTATGAGACCTCTCTTGAGCTTCTTGA 599
Query 600 TAGGATGAAGAATGAAAAGATATCACCTAGTATTTTGACTTACAACACTGTGATTAATGC 659
|||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 600 TAGGATGAAGAACGATAAGATATCACCTAGTATTTTGACTTACAACACAGTGATTAATGC 659
Query 660 TTGTGCTAGAGGTGGTTTAGATTGGGAGGGTTTATTGGGTTTGTTTGCAGAGATGAGACA 719
|||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 660 TTGTGCTAGAGGCGGCTTAGATTGGGAGGGTTTATTGGGTTTGTTTGCAGAGATGAGACA 719
Query 720 TGAGGGGATACAACCTGATATCGTGACTTATAATACACTGCTTAGTGCTTGTGCTATTAG 779
||||||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 720 TGAGGGGATACAACCCGACATCGTGACATATAATACACTGCTTAGTGCTTGTGCTATTAG 779
Query 780 AGGTTTAGGTGATGAGGCTGAAATGGTTTTTAGGACTATGAATGATGGTGGGATTGTTCC 839
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 780 AGGTTTAGGTGATGAGGCTGAAATGGTTTTTAGGACTATGAATGATGGTGGGATAGTTCC 839
Query 840 GGATTTAACCACATATAGTCATCTAGTTGAGACATTTGGGAAGTTACGCCGGCTGGAGAA 899
|||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 840 GGATCTAACCACATATTCTCATCTAGTTGAGACATTTGGGAAGTTACGCCGGCTGGAAAA 899
Query 900 AGTATGTGATCT-TTTAGGCGAGATGGCCTCCGGCGGTAGTTTGCCGGATATCACTTCTT 958
||| | |||||| | | | |||||||| || || || ||||| ||||||||||||||||
Sbjct 900 AGTGTCTGATCTCCTGA-GTGAGATGGCTTCTGGGGGCAGTTTACCGGATATCACTTCTT 958
Query 959 ATAATGTGTTGTTAGAGGCATATGCGAAATCCGGGTCTATTAAGGAGGCAATGGGGGTCT 1018
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 959 ATAATGTGTTGTTAGAGGCATATGCGAAATCCGGGTCTATTAAGGAGGCAATGGGGGTCT 1018
Query 1019 TCCATCAGATGCAAGCTGCAGGGTGTACGCCGAACGCAAATACATACAGTGTTTTGCTGA 1078
||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||
Sbjct 1019 TCCATCAGATGCAGGCTGCAGGGTGCACGCCGAACGCAAATACATATAGTGTTTTACTGA 1078
Query 1079 ATTTGTTTGGACAGAGTGGGAGGTATGATGATGTGAGGCAGCTTTTTCTTGAGATGAAAT 1138
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1079 ATTTGTTTGGACAGAGTGGGAGGTATGATGATGTTCGGCAGCTTTTTCTTGAGATGAAAT 1138
Query 1139 CAAGCAATACGGATCCTGATGCTGCTACATATAACATTTTGATTGAGGTTTTTGGGGAAG 1198
|||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1139 CAAGCAATACAGATCCTGATGCTGCTACATACAACATTTTGATAGAGGTTTTTGGGGAAG 1198
Query 1199 GGGGGTATTTTAAGGAGGTGGTAACTTTGTTCCATGATATGGTGGAGGAGAATATTGAAC 1258
| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1199 GTGGGTATTTTAAGGAAGTGGTAACTTTGTTCCATGATATGGTGGAGGAGAATATTGAAC 1258
Query 1259 CGGACATGGAGACATATGAGGGTATAATATTTGCTTGTGGGAAGGGGGGACTTCACGAAG 1318
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||
Sbjct 1259 CTGACATGGAGACATATGAGGGTATAATATTTGCTTGTGGGAAGGGAGGACTCCACGAAG 1318
Query 1319 ATGCTAGGAAGATCTTACAATATATGACAGCTAACGATATCGTGCCAAGTTCCAAGGCGT 1378
||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |
Sbjct 1319 ATGCTAGGAAGATTTTACAATATATGACAGCTAATGATATCGTGCCAAGCTCCAAGGCAT 1378
Query 1379 ACACTGGGGTTATTGAAGCGTTTGGGCAGGCTGCTTTATATGAAGAAGCGCTTGTTGCTT 1438
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1379 ACACTGGGGTTATTGAAGCGTTTGGGCAGGCTGCTTTATATGAAGAAGCACTTGTTGCTT 1438
Query 1439 TCAACACCATGCATGAAGTAGGAAGCAATCCAAGTATTGAAACATTCCACTCACTGTTAT 1498
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1439 TTAACACCATGCATGAAGTAGGAAGCAATCCAAGTATTGAAACATACCACTCACTGTTAT 1498
Query 1499 ATTCGTTTGCAAGGGGAGGACTGGTCAAGGAGTCTGAGGCGATTTTGTCCAGGTTGGTGG 1558
|||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1499 ATTCTTTTGCAAGGGGAGGACTAGTCAAGGAGTCTGAGGCGATTTTGTCCCGGTTGGTGG 1558
Query 1559 ATTCTGGTATTCCCAGGAACAGAGATACGTTCAATGCACAGATAGAAGCGTACAAGCAAG 1618
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||
Sbjct 1559 ATTCTGGTATTCCCAGGAACAGAGATACGTTCAATGCACAAATAGAAGCCTACAAGCAAG 1618
Query 1619 GAGGCAAATTTGAAGAGGCTGTGAAGACATATGTAGATATGGAGAAGTCAAGATGCGATC 1678
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1619 GAGGCAAATTTGAAGAGGCTGTGAAGACATATGTAGATATGGAGAAGTCAAGATGCGATC 1678
Query 1679 CTGATGAAAGGACGCTTGAGGCTGTTTTAAGTGTGTATTCTTTTGCGCGGCTTGTTGATG 1738
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||
Sbjct 1679 CTGATGAAAGGACGCTTGAGGCTGTTTTAAGTGTGTATTCTTTTGCGCGACTTGTCGATG 1738
Query 1739 AGTGCAGAGAGCAGTTTGAGGAGATGAAAGCTTCTGATATACTGCCCAGTATCATGTGCT 1798
||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1739 AGTGCAGGGAGCAGTTTGAGGAAATGAAAGCTTCTGATATACTGCCCAGTATCATGTGCT 1798
Query 1799 ACTGTATGATGCTAGCTGTTTATGGGAAGACGGAGAGGTGGGACGATGTCAATGAGTTAT 1858
||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1799 ACTGTATGATGCTAGCTGTGTATGGAAAGACAGAGAGGTGGGACGATGTCAATGAGTTAC 1858
Query 1859 TGGAGGAGATGCTTTCAAATAGAGTATCAAATATTCATCAAGTTATTGGGCAAATGATCA 1918
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1859 TGGAGGAGATGCTTTCAAATAGAGTGTCAAATATTCATCAAGTTATTGGGCAAATGATCA 1918
Query 1919 AGGGAGATTATGATGATGACTCAAATTGGCAGATAGTGGAATACGTGTTGGACAAACTCA 1978
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1919 AGGGAGATTATGATGATGACTCAAATTGGCAGATAGTGGAATATGTGTTGGACAAACTCA 1978
Query 1979 ATTCAGAAGGATGTGGTTTGGGAATAAGGTTTTACAATGCACTTCTGGATGCTTTGTGGT 2038
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1979 ATTCAGAAGGATGTGGTTTGGGAATAAGGTTTTACAATGCACTTCTGGATGCTTTGTGGT 2038
Query 2039 GGCTGGGCCAGAAAGAGCGAGCTGCAAGAGTACTCAATGAGGCAACAAAGCGTGGACTTT 2098
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2039 GGCTGGGCCAGAAAGAGCGAGCTGCAAGGGTACTCAATGAGGCAACAAAACGTGGACTTT 2098
Query 2099 TCCCTGAGTTATTCCGGAAAAACAAACTTGTGTGGTCTGTCGATGTACATAGGATGTCAG 2158
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2099 TCCCTGAGTTATTCCGGAAAAACAAACTTGTGTGGTCTGTTGATGTACATAGGATGTCAG 2158
Query 2159 AGGGTGGCATGTATACAGCACTATCGGTTTGGCTAAATGATATAAATGATATGCTTTTAA 2218
||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2159 AGGGTGGCATGTACACGGCACTATCGGTTTGGCTAAATGATATGAATGATATGCTTTTAA 2218
Query 2219 A-GG-GAG-ATCTTCCTCAACTAGCTGTTGTTGTTTCAGTACGGGGACAGTTGGAGAAAA 2275
| || ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2219 ATGGAGAGGATCTTCCTCAACTAGCTGTTGTTGTTTCAGTACGGGGACAATTGGAGAAAA 2278
Query 2276 GCTCTGCTGCAAGAGAATCTCCTATCGCGAAAGCTGCTTTCTCCTTCTTGCAGGATCATG 2335
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2279 GCTCTGCTGCAAGAGAATCTCCTATCACGAAAGCTGCTTTCTCCTTCTTGCAGGATCATG 2338
Query 2336 TCTCGTCCTCATTTTCCTTCACGGGATGGAATGGAGGTCGCATTATGTGCCAGCGATCTC 2395
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2339 TCTCGTCATCATTTTCCTTCACGGGATGGAATGGAGGTCGCATTATGTGCCAGAGATCTC 2398
Query 2396 AGCTCAAGCAGTTACTGTCAACGAAAGAGCCAAC-TTCAGAAGAATCCGAAAATAAAAAC 2454
|||||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||| ||| ||||||||||
Sbjct 2399 AGCTCAAGCAGTTACTGTCAACGAAAGAACCAACCTT-AGAAGAGTCCCAAAATAAAAAT 2457
Query 2455 CTAGTGGCATTAGCAAACTCGCCAATATTTGC-GGCTGGAACAAGAGCTTCAACAAGCAG 2513
||||| || ||||||||||||||||||||||| || |||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2458 CTAGTTGCTTTAGCAAACTCGCCAATATTTGCTGG-TGGAACAAGAACTTCAACAAGCAG 2516
Query 2514 TGACACGAACCACAGCGGTAACCCTACACAACGAAGAACCAGGACGAAAAAAGAACTAGC 2573
||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||
Sbjct 2517 TGAGACGAACCACAGCAGTAACCCTACACAACGAAGAAACAGGGTGAAAAAAGAACTAGC 2576
Query 2574 AGGGAGCACAGCTTAAGAACTAGACAACGTAGTTTCTGTTGCCAAGTCCAGAAATCAAAG 2633
||||||| |||||||| | | | ||||| |||||||||| ||||||||
Sbjct 2577 AGGGAGCGCAGCTTAA----T--------T--T--CTGTTACCAAGTCCAGCAATCAAAG 2620
Query 2634 -G-CCTCTTCTGCCTTCCTCCATATAGACTGGTGGGTGAAAACTGTGGG-CGTATTTCAC 2690
| ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||| | |||| |||
Sbjct 2621 AGGCCTCTTCTGTCTTCCTCCATATAGACTGGTTGGTGAAAAATGTATCACTTATT-CAC 2679
Query 2691 AAGCACTCCATATCCATGATAACTATGCTATGGTTTCAAGCAGTAGAGTCAACCTCTGTT 2750
|||||||||| ||||||||||||||| |||||| ||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2680 TAGCACTCCATGTCCATGATAACTATGTTATGGTGTCAAGCAGTAGTGTCAACCTCTGTT 2739
Query 2751 AGACAGAAGAAGCTGGAGAAGAAGATAAATGGTGATCTTAGTTTATATGAAGAAGCGTCT 2810
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||
Sbjct 2740 AGACAGAAGAAGCCGGAGAAGAAGATAAATGGTGATCTTAGTTTATATGCATAAGCGTC- 2798
Query 2811 ATATGAAAATCTCAAGTAAGTAGCCAACTAAGTGTTTTGATGGAT-TGTTAGACCCATGA 2869
| | | | | | |||||||||| |||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2799 A-A-G----T---A-G-------CCAACTAAGTATTTTGATGGAAATGTTAGACCCATGA 2841
Query 2870 TTTTGCAGCCATAG 2883
||||||||||||||
Sbjct 2842 TTTTGCAGCCATAG 2855
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 112404312995
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5