BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G75200.1
Length=2279
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg926900 jgi|Araly1|926900|scaffold_202461.1 3201 0.0
> Ahg926900 jgi|Araly1|926900|scaffold_202461.1
Length=1993
Score = 3201 bits (1733), Expect = 0.0
Identities = 1887/1963 (96%), Gaps = 4/1963 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 96 AGTT-CAAGTCTTCCGTCATGTCTACGACTTCCTCCGTGCGTGTTCGACTAGCTTTCGTT 154
|||| ||| || ||||| ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 4 AGTTCCAA-TCCTCCGTTATGTCAACGACTTCCTCCGTGCGTGCTCGACTAGCTTTCGTT 62
Query 155 GCGTTACTCTCAGCGACGACTTTTTACTGTATCCATAAATATCGTCGCTTGAAACATCTG 214
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||| ||||
Sbjct 63 GCTTTACTCTCAGCGACGACTTTTTACTGTATCCATAAATACCGCCGCTTGAAACGTCTG 122
Query 215 AAAAACCTCTCGTTAAACCCTAGCTCTACATTGAAAGCCAGCAGAGGAAAGATCTTCTTC 274
||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 123 AAAAACCTCTCGTTAAACCCTAGCTCTACCTCGAAAGCCAGCAGAGGAAAGATCTTCTTC 182
Query 275 ATCTCCCAAACTGGTACAGCTAAAGCCTTAGCTCAACGGCTTCACGAGCTATGCGCATCT 334
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 183 ATCTCCCAAACTGGTACAGCTAAAGCCTTAGCTCAACGGCTTTACGAGCTATGCGCATCT 242
Query 335 AACGACATAGCATTTGATATCGTCGATCCACATAGCTACGAACCTGAAGATCTACCTAAA 394
|||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 243 AACGACATAGCATTTGATCTCGTCGATCCACGGAGCTACGAACCTGAAGATCTCCCTAAA 302
Query 395 GAAACCCTAGTTTTATTCATCGCGTCGACTTGGGATGGCGGGAAGCCGCCTAAGAACGGA 454
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 303 GAAACCCTAGTTTTATTCATCGCGTCGACTTGGGATGGCGGGAAACCGCCTAAGAACGGA 362
Query 455 GAGTTTCTTGTGAACTGGCTTGGTGAGAGCGCTGAAGATTTCCGAGTCGGCTCGCTTCTT 514
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 363 GAGTTTCTTGTGAACTGGCTTGGTGAGAGCGCTGAGGATTTCCGAGTCGGCTCGCTTCTT 422
Query 515 CTCTCCGATTGCAAATTCGCTGTTTTCGGTGTCGGGAGCCGTGCGTATGGTGAATCGTAT 574
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 423 CTCTCCGATTGCAAATTCGCTGTTTTCGGTGTCGGCAGCCGTGCGTATGGTGAATCGTAT 482
Query 575 AATGCTGTGGCGAAGGAATTGTCGAGTAGGATGATAGGACTGGGTGGACTCGAGATGATT 634
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 483 AATGCTGTGGCGAAGGAATTGTCGAGTAGGATGATAGGATTGGGTGGACTCGAGATGATT 542
Query 635 CCGGTGGGAGAAGGCGATGTTGATGATGGAGAATTAGATAGAGCATTTCAAGACTGGTGT 694
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||||
Sbjct 543 CCGGTGGGAGAAGGCGATGTTGATGACGGAGAATTAGACAGAGCATTTCAAGATTGGTGT 602
Query 695 GA-TGGAGTTATTAGGGTTCTGAAAGGAGGATCTGCTCAAGAAACAAATGGGGTTTCGCA 753
| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 603 -ACTGGAGTTATTAGGGTTCTGAAAGGAGGTTCTGCTCAAGAAACAAATGGGGTTTCGCA 661
Query 754 GCAGATTGGTGCTGTTGAGGATGATCTGGAGTACTACGATTCAACAGATGAGGAAGATGA 813
||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||
Sbjct 662 GCAGATTGGTGCTGTTGAGAATGATCTTGAGTACTACGATTCAACGGATGATGAAGATGA 721
Query 814 AGACAATGATGCAGACGGAGGTATTGTTGATCTTGAAGATATTGCTGGAAAAGCTCCTTC 873
||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 722 AGAAAATGATGCAGATGGAGGTATTGTTGATCTTGAAGATATTGCTGGAAAAGCTCCTTC 781
Query 874 AAAGAGAAATGGTGTAGTTAAAGTGACTAAAGTTGATGGAAAGAAGGAAATGGTGACCCC 933
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 782 GAAGAGAAATGGCGTAGTTAAAGTGACTAAAGTTGATGGAAAGAAGGAAATGGTAACCCC 841
Query 934 TGTGATTAGAGCAAGCTTAACGAAGCAGGGCTATAAAATTATCGGGTCGCATAGTGGGGT 993
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||||||||||||
Sbjct 842 TGTGATTAGAGCAAGCTTAACGAAGCAGGGCTATAAAATAATTGGTTCGCATAGTGGGGT 901
Query 994 TAAGATATGTAGATGGACAAAGTCACAACTTAGAGGCAGGGGAGGTTGCTACAAGCACTC 1053
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 902 TAAAATATGTAGATGGACAAAGTCACAACTTAGAGGCAGGGGTGGTTGCTACAAGCACTC 961
Query 1054 CTTTTATGGCATTGAGAGTCACAGGTGCATGGAGACAACACCTAGTTTGGCTTGTGCAAA 1113
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 962 CTTTTATGGCATTGAGAGTCACAGGTGCATGGAGACAACACCTAGTTTGGCCTGTGCAAA 1021
Query 1114 CAAATGTGTGTTTTGTTGGAGGCATCACACAAATCCTGTGGGAAAGAGCTGGCAGTGGAA 1173
||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1022 CAAATGTGTCTTTTGTTGGAGGCATCACACCAATCCTGTGGGAAAGAGCTGGCAGTGGAA 1081
Query 1174 GATGGATGAGCCTTCAGTGATTGTGAAAGGCGCTCTTGATCTTCATAAAAATATGATTAA 1233
|||||||||||| || |||||||||||||| |||||||||||||||| ||| ||||||||
Sbjct 1082 GATGGATGAGCCGTCTGTGATTGTGAAAGGTGCTCTTGATCTTCATACAAAGATGATTAA 1141
Query 1234 GCAAATGAAAGGAGTTCCAGGTGTAACTCCAGAGAAATTACAAGAAGGTCTTAACCCAAG 1293
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1142 GCAAATGAAAGGAGTTCCAGGTGTAACTCCAGAGAAATTACAAGAAGGTCTAAACCCAAG 1201
Query 1294 ACATTGTGCGTTATCACTTGTTGGTGAGCCGATTATGTATCCGGAGATCAATGCCCTTGT 1353
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1202 ACATTGTGCGTTGTCACTTGTTGGTGAGCCGATTATGTATCCGGAGATCAATGCCCTTGT 1261
Query 1354 AGATGAGCTACATGGAAGGCGTATTTCTACGTTTTTGGTTACAAATGCACAATTCCCCGA 1413
|||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||
Sbjct 1262 AGATGAGCTACATGGAAGGCGTATCTCTACATTTTTGGTTACTAATGCACAATTCCCTGA 1321
Query 1414 AAAGATTTTGATGATGAAGCCTATCACCCAGTTGTACGTAAGTGTAGATGCTGCCACCAA 1473
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1322 AAAGATTTTGATGATGAAGCCTATCACCCAGTTGTACGTAAGTGTAGATGCTGCCACCAA 1381
Query 1474 AGAGAGCTTGAAGGCCATTGATAGACCTCTCTTTGCTGACTTTTGGGAACGGTTCATTGA 1533
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||
Sbjct 1382 AGAGAGCTTGAAGGCCATTGATAGACCTCTCTTTGCTGACTTTTGGGAGCGGTTTATTGA 1441
Query 1534 CTCCTTGAAAGCTCTCCAAGAGAAGCAGCAGCGAACCGTCTACCGTTTAACACTTGTCAA 1593
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1442 CTCCTTGAAAGCTCTCCAAGAGAAGCAGCAGCGAACCGTCTACCGTTTAACACTTGTCAA 1501
Query 1594 AGGATGGAACACAGAGGAGCTAGATGCTTATTTCAACCTATTCAGCATTGGGAAACCTGA 1653
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1502 AGGATGGAATACAGAGGAGCTAGATGCTTATTTCAACCTCTTCAGCATTGGGAAACCTGA 1561
Query 1654 TTTTATCGAGATCAAAGGCGTCACATACTGCGGATCCTCTGCAACGTCAAAGTTGACAAT 1713
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1562 TTTCATCGAGATCAAAGGCGTCACATACTGCGGATCCTCTGCAACATCAAAGTTGACAAT 1621
Query 1714 GGAGAATGTACCGTGGCACACAGATGTTAAAGCATTCTCAGAAGCTCTGTCTCTGAAGAG 1773
|||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1622 GGAGAATGTACCTTGGCACGCAGATGTTAAAGCATTCTCAGAGGCTCTGTCTCTGAAGAG 1681
Query 1774 CAATGGGGAGTACGAGGTTGCTTGCGAGCACGCCCACTCTTGCTGTGTTCTTCTAGGGAG 1833
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1682 CAATGGGGAGTACGAGGTTGCTTGCGAGCACGCCCATTCTTGTTGTGTTCTTCTAGGGAG 1741
Query 1834 AACGGAAAAGTTCAAAGTGGATGGAAAGTGGTTCACTTGGATTGACTATGAAAAGTTCCA 1893
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1742 AACCGAAAAGTTCAAAGTGGATGGAAAGTGGTTCACTTGGATTGACTATGAAAAGTTCCA 1801
Query 1894 CGATCTGGTTGCTTCTGGAGAACCGTTCACGAGCACAGACTATATGGCTCAAACACCATC 1953
||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1802 CGATCTGGTGGCTTCTGGAGAACCTTTCACGAGCACAGACTATATGGCTCAGACACCATC 1861
Query 1954 GTGGGCGGTTTATGGAGCGCAGGAAGGTGGGTTTGATCCAGGGCAGTTGCGTTACAAGAA 2013
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1862 GTGGGCGGTTTATGGAGCACAGGAAGGTGGGTTTGATCCAGAGCAGTTGCGTTACAAGAA 1921
Query 2014 GGAAAGGAATCATCCTCCTAAACCACAGGCGGTTTTAGCTTAA 2056
||||||| |||||| |||||||||||| |||||| ||||||||
Sbjct 1922 GGAAAGGCATCATCATCCTAAACCACAAGCGGTTCTAGCTTAA 1964
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 85817321985
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5