BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G75210.1
Length=2274
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg926901 jgi|Araly1|926901|scaffold_202462.1 3217 0.0
> Ahg926901 jgi|Araly1|926901|scaffold_202462.1
Length=1970
Score = 3217 bits (1742), Expect = 0.0
Identities = 1895/1971 (96%), Gaps = 2/1971 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 101 TCGCCGGCGAATTTCCGGTAAATGTCTGAGTGGTTTATCAGTAGGAATCCTACTTTTTCG 160
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1 TCGCCGGCGAATTTCCGGTAAATGTCTGAGTGGTTAATCAGTACGAATCCTACTTTTTCG 60
Query 161 ACGGCATTCCCAAGTAGTTGTATTACAGTTGTAAATCCCAATTTTATTCTCCTTTCTTCA 220
||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 ACGGCATTCCCAAGTAGTTGTTTTACAGTTGTAAAACCCAATTTTATTCTCCTTTCTTCG 120
Query 221 GAATTCGATTCGTATACTCCTCAATGCCTATTTAATAGTTTAACCACCACCATGCGtctc 280
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 121 GAATTCGATTCGTATACTCCTCAATGCCTATTTAATAGCTTAACCACCACCATGCGTCTC 180
Query 281 tctaaacgccaactctcgcttcctctttctctctgct-tctctactttctctcctcGTTC 339
|||||||||||||| || |||||| |||||||||| | |||||||||||||||||||||
Sbjct 181 TCTAAACGCCAACTTTCTCTTCCTTTTTCTCTCTG-TGTCTCTACTTTCTCTCCTCGTTT 239
Query 340 CCGTTTCCATCATTTTCCTGGAAAATATCCAGCTCCTCGAAGAGAATTTCTCCACACTAC 399
|||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||| ||||||| |||| |||| ||
Sbjct 240 CCGTTTCCATCATTTTCCCGGAAAATTTCCAGCTCCTCGTAGAGAATCTCTCTACACCAC 299
Query 400 TGGGACAAGCCAGCTGTGTTTTAAGAGTTCGATGGAAGATCAGAAACCGAGTGCTCTCAG 459
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||
Sbjct 300 TGGGACAAGCCAGCTGTGTTTTAAGAGTTCGATGGAAGATCTGAAACCGACTGCTCTCAG 359
Query 460 TGAAAATGTGTTGCAGTTTCACACTGTGGGCTCCAGAGATGGATGTGACGTTCCCCATGA 519
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| |
Sbjct 360 TGAAAATGTGTTGCAGTTTCACACTGTGGGCTCCAGGGATGGATGTGAAGTTCCCCATAA 419
Query 520 ATGGTCCTCTCCGGAAGGAGGAAAGAAAATTGATATAAGCAACCAAATTTTCTGCAATAG 579
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||
Sbjct 420 ATGGTCCTCCCCGGAAGGAGGAAAGAAAATTGATATAAGCAATCAGATTTTCTGCAATAG 479
Query 580 ATCGCTGAATATGAAAAATATTATTGCCGTAGGCTTTGATATGGACTACACTCTTGCCCA 639
|||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 480 ATCGTTGAATATGAAAAATATCATTGCCGTAGGCTTTGATATGGACTACACTCTTGCTCA 539
Query 640 ATACAAGTCCGAAACTTTCGAGTCCCTTGCTTATGACGGAACTGTCAGGAAATTGGTATA 699
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||
Sbjct 540 ATACAAGTCCGAAACTTTCGAGTCCCTTGCTTATGAAGGAACTGTCAGGAAATTGGTTTA 599
Query 700 TGATTTGGGATATCCAAATGAGCTGCTAGAGTGGACATTTGATTGGAATTACATGGTTAG 759
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 600 TGATTTGGGGTATCCAAATGAGCTGCTAGAGTGGACATTTGATTGGAATTACATGGTTAG 659
Query 760 AGGCTTGGTGCTTGACAAAAAGAGGGGAAACATCTTAAAGATGGATCGCCATAAATACGT 819
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||
Sbjct 660 AGGCTTGGTGCTTGACAAAAAGAGGGGAAACATCTTAAAGATGGACCGCCATAAATATGT 719
Query 820 GAAAGTAGCTTACCATGGGTTTAGGGAGCTCTCTAAGGAAGATAAAGTTGAAATCTATGG 879
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||
Sbjct 720 GAAAGTAGCTTACCATGGGTTTAGGGAGCTCTCTAAGGAAGACAAAGTTGACATCTACGG 779
Query 880 GAGCAGCCTAGTACGAGATTCTTTTGATGAACCCGACTACGCTCTCATAGATACTCTCTT 939
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 780 AAGCAGCCTAGTACGAGATTCCTTTGATGAACCCGACTACGCTCTCATAGATACTCTCTT 839
Query 940 TTCACTGGCCGAAGCCTATTTGTTCGCTCAACTTGTTGACTTTAAAGATAATAACCCTGA 999
||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||
Sbjct 840 TTCACTGGCCGAAGCCTATCTGTTCGCTCAACTCGTTGATTTTAAAGATAATAACCCAGA 899
Query 1000 AAAAGTTCCCAAGGACGTTGATTATGCTCGGATGTATAAAGATGTTCGTGCTGCTGTTGA 1059
||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 900 AAAGGTTCCCAAGGACGTTGATTATGCTCGGATGTACAAAGATGTTCGTGCTGCTGTTGA 959
Query 1060 TTTGTGCCACCGTGACGGAACTTTAAAGCAGATGGTGGCAAAAGAACCTAATAGGTATAT 1119
|||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 960 TTTGTGCCACCGCGACGGGACTTTAAAGCAGATGGTGGCAAAAGAACCTAATAGGTATAT 1019
Query 1120 CAATGAGGATACCACGATAGTACCCCTTATTAAAATGATCAGAGATTCTGGACGTTCTAC 1179
||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1020 CAATGAGGATACCACTATAGTACCCCTCATTAAAATGATCAGAGATTCTGGACGTTCTAC 1079
Query 1180 ATTCTTAGTAACCAATAGTTTGTGGGACTACACAAATATTGTAATGAACTTTCTCTGCGG 1239
|||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1080 ATTCTTGGTGACCAATAGTTTGTGGGACTACACAAATATTGTAATGAACTTTCTCTGTGG 1139
Query 1240 AGGGCGCACAGTACATGGTCCGCATACTTGCAACTTTGATTGGCTCCAGTATTTTGATGT 1299
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1140 AGGGCGCACGGTACATGGTCCGCATACTTGCAACTTTGATTGGCTCCAGTATTTTGATGT 1199
Query 1300 TGTGATCACTGGCAGTGCAAAACCTGGGTTCTTCCATGAAGATAGCCGTGCTAACCTTTT 1359
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||
Sbjct 1200 TGTGATCACTGGCAGTGCAAAACCTGGTTTCTTCCATGAAGAGAGCCGTGCTAATCTTTT 1259
Query 1360 TGAGGTGGAACCTCAGTCTGGAATGCTTATTAATACTGACAATGGAACACCTATGGCTCA 1419
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1260 TGAGGTGGAACCTCAGTCTGGAATGCTTATTAATACTGACAATGGAACACCTATGGCTCA 1319
Query 1420 GGTGGGAGATCCTTCACCAAAAATCTTACTGAAGAGTAAAGATAAAGGTTGTCGAGTTTT 1479
||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1320 GGTGGGAGATCCTTCACCAAATTTTTTACTGAAGAGTAAAGATAAAGGTTGTCGAGTTTT 1379
Query 1480 TCAAGGTGGAAATGTCGGGCATCTTCACAGTTTGCTCTCAATTGAGTCAAGTTCACAGGT 1539
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1380 TCAAGGTGGAAATGTCGGGCATCTTCACAGTTTGCTCTCAATTGAGTCAAGTTCACAGGT 1439
Query 1540 ACTTTATGTTGGGGATCATATATACGGTGATATCTTGCGCAGCaaaaaaaTACTTGGCTG 1599
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1440 ACTTTATGTTGGTGATCATATATACGGTGATATCTTGCGCAGCAAAAAAGTACTTGGCTG 1499
Query 1600 GAGAACTATGCTTGTAGTTCCAGAATTAGAAAAAGAGGTTGAACTTTTATGGGAACTGAG 1659
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1500 GAGAACTATGCTTGTAGTTCCAGAATTAGAAAAAGAGGTTGAACTTTTATGGGAACTGAG 1559
Query 1660 GAATATGCGTAAGGATCTTATTTTGATGAGAAATGAGCGTGATTCAGTTGAAGACAAAAT 1719
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1560 GAATATGCGTAAGGAACTTATTTTGATGAGAAATGAGCGTGATTCAGTTGAAGACAAAAT 1619
Query 1720 TCATCACTTGAATTGGTCTCTAAAGTTTGAGGATATCAACGAGAATAATAAGCACGAAAT 1779
|||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| |||||
Sbjct 1620 TCATCACTTGAATTGGTCCCTAAAGTTTGAAGATATCAACGAGAATGATAAGCAGGAAAT 1679
Query 1780 GTTATCAGCGCTCAAGGACTTAGAGTCTAAAAGAGATAAAGTACGACAGAGTCATCAACA 1839
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1680 GTTATCAGCGCTCAAGGACTTAGAGTCTAAAAGAGATCAAGTACGACTGAGTCATCAACA 1739
Query 1840 AGCTCAAAGAGAATGTCACCAAAAGTTTCACAAGGTCTGGGGGCAACTGATGAAAACTGG 1899
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1740 AGCTCAAAGAGAATGTCACCAAAAGTTTCACAAGGTGTGGGGGCAACTGATGAAAACAGG 1799
Query 1900 CTACCAGAGTTCTCGATTTGCTCATCAGGTGGAAAGATTCGCATGCCTGTACACAAGCCA 1959
||||||| |||||||||||||||| ||||| || ||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1800 CTACCAGGGTTCTCGATTTGCTCACCAGGTAGAGAGATTTGCATGCCTGTACACAAGCCA 1859
Query 1960 AGTCTCAAACCTACGCTTGTACTCACCAGACAAGTATTACAGACCCAGTGAAGACTTCAT 2019
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1860 AGTCTCAAACCTACGCTTGTACTCACCAGACAAGTATTACAGACCCAGTGAAGACTTCAT 1919
Query 2020 GTCCCATGAATTTCACCTTCTTCCTCTGTGATTCAGCCCAATGACCTCTAT 2070
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1920 GTCCCATGAATTTCACCTTCTTCCTCTGTGATTCATCCCAATGACCTCTAT 1970
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 85626870760
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5