BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G75850.1
Length=2712
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg926973 jgi|Araly1|926973|scaffold_202534.1 4052 0.0
> Ahg926973 jgi|Araly1|926973|scaffold_202534.1
Length=2422
Score = 4052 bits (2194), Expect = 0.0
Identities = 2352/2428 (97%), Gaps = 11/2428 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 27 CTGCTGACACACGGAGGAGAAGAAGAAGATGAGAACGCTCGCCGGAGTAGAAGACGAGGA 86
||||||||||||||| | | ||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 CTGCTGACACACGGA-G-G-AGAAG-AGATGAGGACGCTCGCCGGAGTAGAAGACGAGGA 56
Query 87 TAAGTGGCTGGCGGAAGGAATCGCCGGAATCCAGCACAACGCTTTCTTCATGCATCGCGC 146
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 57 TAAGTGGCTGGCGGAAGGAATCGCCGGAATCCAGCACAACGCTTTCTTCATGCATCGCGC 116
Query 147 TTTGGACGCGAATAATCTCAGAGAAGTTCTCAAGTACTCTGCTCTGATGTTATCGGAGCT 206
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 117 TTTGGACGCGAATAATCTCAGAGAAGTTCTCAAGTACTCTGCTCTGATGCTATCGGAGCT 176
Query 207 TCGAACCTCCAAGCTCTCTCCTCAGAAATATTACGATCTCTATATGAGAGCTTTCGATCA 266
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 177 CCGAACCTCCAAGCTCTCTCCTCAGAAATATTACGATCTCTATATGAGAGCTTTCGATCA 236
Query 267 ATTGAGGCAGCTGGAGATTTTCTTTAAGGATGAGAGTAGGCATGGATTACCTGTTGTTGA 326
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 237 ATTGAGGCAGCTGGAGATTTTCTTCAAGGATGAGAGTAGGCATGGATTACCTGTGGTTGA 296
Query 327 TTTGTATGAACTTGTTCAACATGCCGGCAACATATTGCCCAGAATGTATCTGCTATGTAC 386
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||
Sbjct 297 TTTGTATGAGCTTGTTCAACATGCCGGCAACATATTGCCCAGGATGTATCTGTTATGTAC 356
Query 387 GGTCGGGTCTGTTTATATCAAAAGTAAGCAGGCTCCTTCGAAGGATGTACTTAAGGATCT 446
||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||| |||||||| |||||||||||
Sbjct 357 GGTAGGGTCTGTGTATATCAAAAGCCAGCAGGCTCCTTCTAAGGATGTTCTTAAGGATCT 416
Query 447 TGTGGAAATGTGTCGAGGTGTTCAACATCCTATTCGTGGCCTCTTTTTGAGGAGTTATCT 506
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 417 TGTGGAAATGTGTCGAGGTGTTCAACATCCCATTCGTGGCCTCTTTTTGAGGAGTTATCT 476
Query 507 CGCTCAAGTGAGCAGGGATAAGTTACCTGAGATTGGCTCAGACTACGAAGGAGATGCAAA 566
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 477 TGCTCAAGTGAGCAGGGATAAGTTACCTGAGATTGGCTCAGACTACGAAGGAGATGCGAA 536
Query 567 TACTGTGATGGATGCTGTGGAGTTTGTGCTACAAAATTTCACAGAGATGAATAAGCTTTG 626
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||
Sbjct 537 TACTGTGATGGATGCTGTGGAGTTTGTGCTACAAAATTTCACCGAGATGAATAAGCTCTG 596
Query 627 GGTTCGAATACAGCATCAGGGACCAGGAACAGTTCGAGAAAAGCAGGAGAAAGAGAGGAA 686
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 597 GGTTCGAATACAGCATCAGGGACCAGGAACAGTTCGAGAAAAGCAGGAGAAAGAGAGGAA 656
Query 687 CGAACTTCGTGATCTTGTTGGAAAAAATCTGCATGTTCTAGGACAGATAGAAGGTGTTGA 746
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 657 CGAACTTCGTGATCTTGTTGGAAAAAATCTACATGTTCTAGGACAGATCGAAGGTGTTGA 716
Query 747 CCTTGAGATGTACAAAGAGACTGTTCTTCCTAGGGTCTTAGAGCAGGTCGTCAACTGTAA 806
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 717 CCTTGAGATGTACAAAGAGACTGTTCTTCCTAGGGTCTTAGAGCAGGTCGTCAACTGTAA 776
Query 807 AGATAAGTTGGCTCAGTATTATCTGATGGAGTGCATAATTCAAGTCTTTCCTGATGAGTA 866
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 777 AGATAAGCTGGCTCAGTATTATCTGATGGAGTGCATAATTCAAGTCTTTCCTGATGAGTA 836
Query 867 CCATTTGCAGACTCTTGAGACCTTATTGGCTGCTTGTACCCAACTGATGCCAACTGTTGA 926
|||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 837 TCATTTGCAGACTCTTGAGGCCTTGTTGGCTGCTTGTACCCAACTGATGCCAACGGTTGA 896
Query 927 CACGAAGATAGTGTTAACCCAACTAATGGACCGGTTATCAAACTATGCTGCCTCAAGTCC 986
||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 897 CACCAAGATAGTGTTAACCCAACTAATGGACCGGTTGTCAAACTATGCTGCCTCAAGTCC 956
Query 987 AGATGTGTTACACGAATTTTTGCAAGTGGAAGCTTTTGCTAAATTGAGCAATGCAATTGG 1046
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 957 AGATGTGTTACACGAATTTTTGCAAGTGGAAGCTTTTGCCAAATTGAGCAATGCAATTGG 1016
Query 1047 AAAGGTGATAGATACACAGCTTGAGATGCCTATTGTCGGAGCTATGACTCTGTTTGTCTC 1106
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1017 AAAGGTGATAGATACACAGCTTGAGATGCCTATTGTTGGAGCTATGACTCTGTTTGTCTC 1076
Query 1107 TCTTTTGACTTTTACTCTCCGAGTTCATCCTGATCGGCTTGACTATGTGGATCAAGTATT 1166
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1077 TCTTCTGACTTTTACTCTCCGAGTTCATCCTGATCGGCTTGACTATGTGGATCAAGTATT 1136
Query 1167 GGGTGCATGTGTAGTTAAGCTTTCCAGTGTGCCCAAGCTGGAGGACGCCCGTGCAATGAA 1226
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1137 GGGTGCATGTGTAGTAAAGCTTTCCAGTGTGCCCAAGCTGGAGGACGCCCGTGCAATGAA 1196
Query 1227 ACAAGTAGTGGCACTTTTGAGTGCTCCTTTAGAAAAGTACAGTGACATAGTTACAGCTCT 1286
||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1197 ACAAGTAGTTGCACTTCTGAGTGCTCCTTTAGAAAAGTACAGTGACATAGTTACAGCTCT 1256
Query 1287 TACATTGTCAAATTATCCGCGTGTCATGGATCATCTTGATGATGGAACGAACAAAGTAAT 1346
|||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1257 TACATTGTCAAATTATCCACGTGTTATGGATCATCTTGATGATGGAACGAACAAAGTAAT 1316
Query 1347 GGCTATGCTAATTATTCAAAGTATAATGAAAACTGATTCGTGTATATCAACTGCTGATAA 1406
||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1317 GGCAATGCTTATTATTCAAAGTATAATGAAAACTGATTCGTGTATATCAACTGCTGATAA 1376
Query 1407 GGTTGAGGTGCTGTTTGAATTGATAAAAGGACTTATTAAAGATTTGGATGAAACCAACGC 1466
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1377 GGTTGAGGTGCTGTTTGAATTGATAAAAGGACTTATTAAAGATTTGGATGAAACCAACGC 1436
Query 1467 GGAGGAGCTTGACGAGGAGGATTTCCAGGAGGAACAAAATTCAGTAGCCCGTCTCATACA 1526
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1437 GGAGGAGCTTGACGAGGAGGATTTCCAGGAGGAACAAAATTCAGTAGCCCGTCTCATACA 1496
Query 1527 TATGCTTGATAATGAAGAACCAGAGGAGATGCTTAAGATTATATGTGTTGTGAGACGACA 1586
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | ||
Sbjct 1497 TATGCTTGATAATGAAGAACCAGAGGAGATGCTAAAGATTATATGTGTTGTGAGAAGGCA 1556
Query 1587 TCTTATGACAGGAGGACCTCGACGCTTGCCTTTTACTGTTCCCCCACTTGTTTTTTCTGC 1646
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1557 TCTTATGACAGGAGGACCTCGACGCTTGCCTTTTACTGTTCCCCCACTTGTTTTTTCTGC 1616
Query 1647 AGTTAGGTTGGTGAGGCAGCTAGAATCCCAGGGTGGAGATATAGCAGGAGAAGAT-T-C- 1703
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |
Sbjct 1617 TGTTAGGTTGGTGAGGCAGCTAGAATCCCAGGGTGGAGATATAGCAGGAGAAGATGTTCC 1676
Query 1704 AGCAACCCCGAGAAAGATTTTTCAGATTCTCAACCAGACAATCGAGGTTCT-TACCTCAG 1762
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||
Sbjct 1677 AGCAACCCCGAGAAAGATTTTTCAGATTCTCAACCAGACAATCGAGGTTCTCT-CCTCAG 1735
Query 1763 TTCCATGTCCTGAACTGGCTCTAAGGCTCTACCTTCAGTGCGCAGAGGCCGCAAGTGACT 1822
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1736 TTCCATGTCCTGAACTGGCTCTAAGGCTCTACCTCCAGTGCGCTGAGGCCGCAAGTGACT 1795
Query 1823 GTGATCTTGAGCCTGTTGCTTATGAATTTTTTACCCAAGCATTTATGTTATACGAGGAAG 1882
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||
Sbjct 1796 GTGATCTTGAGCCTGTTGCTTATGAGTTTTTTACCCAAGCATTTATATTATATGAGGAAG 1855
Query 1883 AAATTGCGGACTCGAAGGCACAGGTAACTGCGATTCATCTGATCGTTGGAACCTTGCAAA 1942
||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1856 AAATTGCGGACTCCAAGGCACAGGTAACCGCGATTCATCTGATCGTTGGAACCTTGCAAA 1915
Query 1943 GGATCAATGTCTTTGGTGTTGAAAATAGGGACACCTTGACACATAAGGCAACCGGGTACT 2002
||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1916 GGATCAATGTCTTTGGTATTGAAAACAGGGACACCTTGACACATAAAGCAACCGGGTACT 1975
Query 2003 CAGCAAGGCTTCTTAAGAAGCCTGACCAATGCCGAGCGGTTTACGCATGCTCTCACCTCT 2062
||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1976 CAGCAAGGCTTCTTAAGAAGCCTGATCAATGTCGAGCGGTTTATGCATGCTCTCACCTCT 2035
Query 2063 TTTGGGTCGATGATCCAGATGGTATTAAAGATGGAGAAAGAGTTCTTCTCTGTTTAAGAC 2122
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2036 TTTGGGTCGATGATCCAGATGGTATTAAAGATGGAGAAAGAGTTCTTCTCTGTTTAAGAC 2095
Query 2123 GTGCACTGAGGATAGCGAACGCAGCTCAACAAATGGCTAGTGCAACCAGAGGTAGCAGCG 2182
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2096 GTGCACTGAGGATAGCAAACGCAGCTCAACAAATGGCTAGTGCAACCAGAGGTAGCAGCG 2155
Query 2183 GACCAGTCACGCTGTTTGTTGAAATCTTGAACAAGTACATTTACTTCTTTGAGAAAGGGA 2242
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2156 GACCAGTCACGCTGTTTGTCGAAATCTTGAACAAGTACATTTACTTCTTTGAGAAAGGGA 2215
Query 2243 ATCCACATATCACTCCATCTGATATACAGAGCCTCATAGAATTGATCAACAATGAGATGC 2302
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||
Sbjct 2216 ATCCACATATCACTCCATCTGATATACAGAGCCTCATAGAGTTAATCAACAACGAGATGC 2275
Query 2303 AAAGCGACAACGGTAACACGACAATCCACTCAGATCCC-TTCTTTACAAGTACATTGCGT 2361
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2276 AAAGCGACAACGGTAACACGACAATCCACTCAGA-CCCGTTCTTTACAAGTACATTGCGT 2334
Query 2362 TACATTAAGTTCATAAAACAGAAAGGTGGTTTGATGGGTGAGAAATATGACCCTATCAAG 2421
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2335 TACATTAGGTTCATAAAACAGAAAGGTGGTTTGATGGGTGAGAAATATGACCCTATCAAG 2394
Query 2422 CTGTGACTTAAATCCGAGACACAAGCCT 2449
||||||||| || || |||||||||||
Sbjct 2395 TTGTGACTTATATTCGCGACACAAGCCT 2422
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 102310398070
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5