BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G76280.3
Length=2472
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg339800 jgi|Araly1|339800|fgenesh1_pg.C_scaffold_2001899 3675 0.0
> Ahg339800 jgi|Araly1|339800|fgenesh1_pg.C_scaffold_2001899
Length=2403
Score = 3675 bits (1990), Expect = 0.0
Identities = 2283/2421 (94%), Gaps = 33/2421 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 21 ATGTACAGAGCTCTATGGCTTTCTCCATTGCGATTTATTGTGAGCTCGTCGTCGTCAAAG 80
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGTACAGAGCTCTGTGGCTTTCTCCATTGCGATTTATTGTGAGCTCGTCGTCGTCAAAG 60
Query 81 TTAACGCCTTACGTATCTCGAGGACGAGGACTAAGTGGAATTGATAATGGGGCTGGTTGT 140
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 61 TTAACGCCTTACGTATCTCGGGGACGAGGACTAAGTGGAATTGATAATGGGTCTGGTTGT 120
Query 141 TCTTGTTCTCGTAGTGTCACGACAATGATTGGTAATGAATTCATTCGATGCCAAGATGAG 200
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 TCTTGTTCTCGTAGTGTCACGACATTGATTGGTAATGAATTCATTCGATGCCAAGATGAG 180
Query 201 TCAAAGATCTTACAGTTGCAGATTGTTGATGCCCTTCGTTCAGGAGAGAGGCAAGGAGCG 260
||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| |||||||||| |||||
Sbjct 181 TCAAAGATCTTACAGGTGCAGATTGTTGATGCGCTTCGTTCCGGAGAGAGGCCTGGAGCT 240
Query 261 TCAGCAT-TGCTTTTTAAGTTAATACAGGGGAATTATTCACTTAGTGCTGATGATTTTCA 319
||||| | |||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 241 TCAGC-TCTGCTTTTTCAGTTTATACAGGGGAATTATTCACTTAGTGCTCATGATTTTCA 299
Query 320 TGATATTCTAT-ATTATTGTGCTCGATCACCGGATCC------TG---T---GACTTACA 366
||||||||| | |||||||||| |||||||| ||||| || | ||||||||
Sbjct 300 TGATATTCT-TCATTATTGTGCCCGATCACCCGATCCTGTGTTTGTCATGGAGACTTACA 358
Query 367 GTGTAATGTGCAAGAAGGAAATTAGTCTGGACAGCAGATCTTTGTTGTTCATAGTAAAAT 426
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||
Sbjct 359 GTGTAATGTGTAAGAAGGAAATTAGTCTGGACAGCAGATCTTTGTTGTTCATTGTACAAT 418
Query 427 CCCTTTGTAATGGGGGACACTTAGATAAGGCATCAGAGTTTATTCACGCTGTCAGAGAAG 486
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 419 CCCTTTGTAATGGGGGACACTTGGATAAGGCATCAGAGTTTATTCACGCTGTCGGAGAAG 478
Query 487 ATGATCGTATATCTCCTCTTCTGCCTATCTATAACTTTTTTCTTGGAGCCTGTGCACGAA 546
||||| |||| |||||| ||||||| | ||||||| ||||||||| ||||||||| ||
Sbjct 479 ATGATAGTATCTCTCCTATTCTGCCCGTTTATAACTATTTTCTTGGCGCCTGTGCAAAAA 538
Query 547 CGAGAAGCGTATATCACGCTAGTAAATGTTTGGAATTGATGGATCAACGGAGAGTGGGGA 606
||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 539 CGAGAAGTGTATATCATGCTAGTAAATGTTTGGAATTGATGGATCAACGGAGAGTGGGGA 598
Query 607 AGAATGGAATAACTTATGTAGCACTTCTCAAGCTTGCAGTTTTTCAGCGCAATCTATCAA 666
||||| ||||||||||| ||||| | | | | || ||||||||||||||
Sbjct 599 AGAATAAAATAACTTATGCAGCAC-T-T----C-T-CA-------AGCGCAATCTATCAG 643
Query 667 CTGTCAATGATATCTGGAAACACTATGTCAACCACTATAACCTGGATATACTTTCTCTCA 726
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 644 CTGTCAATGATATCTGGAAACACTATGTCGACCACTATAGCCTGGATATACTTTCTCTCA 703
Query 727 GAAGATTCATATGGTCCTTTACAAGGCTAGGGGATTTGAAATCAGCATATGAATTATTGC 786
||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 704 GAAAATTCATATGGTCCTTTACGAGGCTAGGGGATTTGAAATCAGCATATGAATTATTGC 763
Query 787 AACACATGGTGTATCTAGCTTTAAGAGGAGAGTTCTTTGTTAAATCCAACAGAGGAAAAT 846
||||||||||| ||||||||| |||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 764 AACACATGGTGGATCTAGCTTCAAGAGGAGAGCTCTTTCTTAAATCCAACAGAGGAAAAT 823
Query 847 TGCATTCCACGAGACTGTATATTCCTGTACCATCAAAAGATGAAACAGGATCAGAGAAAT 906
||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 824 TGCATTCCACGAGACTGGATATTCCTGTACCAGCAAAAGGTGAAACAGGATCAGAGAAAG 883
Query 907 TTGCTTTTGGAGTAACTGATCGCATTGTGGACTGCAATTCGTCTTCAAAAGTGGCTTTGC 966
||||||||||||||| ||||| || |||||| | |||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 884 TTGCTTTTGGAGTAAATGATCACAATGTGGAGTACAATTCGTCTTCCAAAGTGGCTTTGC 943
Query 967 CGAAAGGTCACAATAAAATCCTTGCTATTAGGGTCCTCAGGTGGTCGTTCAATGATGTGA 1026
||||||||||||| ||||||| ||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 944 CGAAAGGTCACAACAAAATCCCTGCAACTAGGGTCCTCAGGTGGTCGTTCAATGATGTGA 1003
Query 1027 TTCATGCATGTGGACAATCTAAAAACTCTGAGCTAGCGGAGCAGCTAATGCTTCAGATGC 1086
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1004 TTCATGCATGTGGACAATCTAAAAACTCTGAGCTAGCGGAGCAGCTAATGCTTCAGATGC 1063
Query 1087 AAAATCTTGGGTTGCTACCATCAAGTCACACATATGATGGTTTCATTAGAGCTGTTGCAT 1146
||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1064 AAAATATTGGGTTGCTACCATCAAGCCACACATATGATGGTTTCATTAGAGCTGTTGCAT 1123
Query 1147 TTCCAGAAGGATATGAATATGGCATGACACTGTTGAAAGTAATGCAGCAGCAGAATCTGA 1206
|||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1124 TTCCAGGAGGATACGAATATGGCATGACACTGTTGAAAGTCATGCAGCAGCAGAATCTGA 1183
Query 1207 AACCATATGATTCAACTCTAGCTACGGTTG-CAGCCTATTGCAGTAAAGCCCTTCAAGTT 1265
||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1184 AACCATATGATTCAACTCTAGCTACGG-TGTCAGCCTATTGCAGTAAAGCCTTTCAAGTT 1242
Query 1266 GATTTAGCTGAACATCTGCTGGATCAAATATCTGAATGCTCATACTCATATCCTTTCAAT 1325
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||| |||||||||| |||
Sbjct 1243 GATTTAGCTGAACATCTGCTGGATCAAATATGTGAATGCTCGTACGCATATCCTTTTAAT 1302
Query 1326 AACCTTCTTGCTGCATATGACTCCTTGGATCAACCAGAGCGTGCTGTCCGAGTTTTGGCT 1385
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1303 AACCTTCTTGCTGCATATGACTCCTTGGATCAACCAGAGCGTGCTGTCCGAGTTTTGGCT 1362
Query 1386 AGAATGAAAGAGCTAAAACTGCGTCCAGATATGAGGACCTATGAACTGCTCTTTTCCTTA 1445
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1363 AGAATGAAACAGCTAAAACTGCGTCCAGATATGAGGACCTATGAACTGCTCTTTTCCTTA 1422
Query 1446 TTTGGTAATGTAAATGCACCATATGAAGAGGGCAACATGTTGTCCCAAGTAGACTGTTGT 1505
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1423 TTTGGTAATGTAAATGCACCATATGAAGAGGGCAACATGTTGTCCCAAGTAGACTGTTGT 1482
Query 1506 AAAAGGATTAACGCTATAGAAATGGACATGATGAGAAATGGTTTTCAGCACAGTCCTATC 1565
||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1483 AAAAGGATTAATGCTATAGAAATGGACATGGTGAGAAATGGTTTTCAGCACAGTCCTATC 1542
Query 1566 TCAAGGCTGAATGTGCTTAGAGCTCTCGGAGCTGAAGGTATGGTGAATGAGATGATCCGA 1625
||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1543 TCAAGGCGGAATGTGCTTAGAGCCCTCGGAGCTGAAGGTATGGTGAATGAGATGATCCGA 1602
Query 1626 CACCTGCAAAAGGCTGAGAACCTCAGTGCTCACAGCAATATGTATCTAGGAACGCCTACA 1685
||| ||||||||||||| ||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1603 CACTTGCAAAAGGCTGAAAACCTCAATGTTCACAGCAATATGTATCTAGGAACGCCTACA 1662
Query 1686 TACAACATAGTGCTTCATTCACTTCTCGAGGCAAACGAAACTGACATGGTGATCAATATA 1745
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1663 TACAACATAGTTCTTCATTCACTTCTCGAGGCAAACGAAACTGACATGGTGATCAATATA 1722
Query 1746 TTCAAACGTATGAAATCATGTGGCTGCCCTGCAGACGTTGCTACCTACAATATAATGATT 1805
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1723 TTCAAACGTATGAAATCATGTGGCTGCCCTGCAGACGTTGCTACCTACAATATAATGATT 1782
Query 1806 GATTGTTGCAGCCTTATTCACTCGTATAAATCAGCTTGTGCCCTAGTTTCCATGATGATC 1865
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1783 GATTGTTGCAGCATTATTCACTCGTATAAATCAGCTTGTGCCCTAGTTTCCATGATGATC 1842
Query 1866 CGTGACGGGTTTTCTCCAAAAGCTGTTACATTTACTGCTCTGATGAAGATTTTGTTGAAT 1925
|||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1843 CGTGACGGATTTTCTCCAAAAGCTGTTACGTTTACTGCTCTGATGAAGATTTTGTTGAAT 1902
Query 1926 GATGCGAATTTCGAGGAGGCACTCAATCTCTTGGACCAAGCGGCATTAGAAGAGATACAT 1985
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||
Sbjct 1903 GATGGGAATTTCGAGGAGGCACTCAATCTCTTGGACCAAGCTGCATTGGAAGAGATACAT 1962
Query 1986 CTTGATGTCTTATCATACAACACCATTTTGCGTAAAGCGTTTGAGAAGGGAATGATTGAT 2045
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||
Sbjct 1963 CTTGATGTCTTATCATACAACACCATTTTGCGTAAAGCATTCGAGAAGGGAATGATTGAT 2022
Query 2046 GTGATTGAGTACATAGTGGAGCAAATGCACCGAGAGAAAGTGAATCCAGATCCAACGACA 2105
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2023 GTGATTGAGTACATAGTGGAGCAAATGCACCGGGAGAAAGTGAATCCAGATCCAACGACA 2082
Query 2106 TGTCATTATGTTTTCAGTTGTTATGTGGAGAAAGGGTATCATGCAACAGCTATAGAAGCT 2165
|||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2083 TGTCATTATGTTTTCACTTGTTATGTGGAAAAAGGGTACCATGCAACAGCTATAGAAGCT 2142
Query 2166 TTGAATGTTCTGAGCTTAAGGATGCTCAACGAAGAAGACAAGGAGAGTCTTCAGGACAAG 2225
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||
Sbjct 2143 TTGAATGTTCTGAGCTTAAGGATGCTCAACGAAGAAGACAAAGAGAGTCTTCAGGAGAAG 2202
Query 2226 AAAATAGAGCTAGAGGAAAATTTCGTCATGAGCGAAGACCCTGAAGCTGAAACAAAGATA 2285
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2203 AAAATAGAGCTTGAGGAAAATTTCGTCATGAGCGAAGACCCTGAAGCCGAAACAAAGATA 2262
Query 2286 ATCGAACTGTTCAGAAAATCTGAGGAGCATCTTGCTGCAGCACTTCTGAATCTAAGATGG 2345
|||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2263 ATCGAACTGTTCAGGAACTCTGAGGAGCATCTTGCTGCAGCACTTCTAAATCTAAGATGG 2322
Query 2346 TGTGCAATGCTCGGGGGCCGGATAATATGGTCGGAAGACCAAAGCCCCTGGGCCAGAGCA 2405
||||| |||||||||| ||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2323 TGTGCGATGCTCGGGGCCCGAATTTTATGGTCGGAAGACCAAAGCCCCTGGGCCAGAGGA 2382
Query 2406 CTCTCCAACAAGTACGGTTAA 2426
||||| |||||||| ||||||
Sbjct 2383 CTCTCTAACAAGTATGGTTAA 2403
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 93168739270
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5