BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G76550.1
Length=2129
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg476813 jgi|Araly1|476813|fgenesh2_kg.2__1943__AT1G76550.1 3343 0.0
Ahg472333 jgi|Araly1|472333|fgenesh2_kg.1__2287__AT1G20950.1 1936 0.0
> Ahg476813 jgi|Araly1|476813|fgenesh2_kg.2__1943__AT1G76550.1
Length=2074
Score = 3343 bits (1810), Expect = 0.0
Identities = 2002/2092 (96%), Gaps = 23/2092 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 13 TCTCTGAGTCTCTCTGACACTCTCACCAACCTAATTTCTCACAAAAACCTAAAAAGTTAT 72
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1 TCTCTGAGTCTCTCTGACACTCTCACCAACCTAATTTCTC-CAAAAACCTAAAAAGTTAT 59
Query 73 CGCCCATGGATTCAGATTTCGGAATCCCCAGAGAACTCTCTCCTCTTCAACAACTCCGAT 132
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 60 CGCCCATGGATTCAGATTTCGGAATCCCCAGAGAACTCTCTCCTCTTCAACAACTCCGAT 119
Query 133 CTCAGTACCACCCTGAGCTTCCTCCTTGTCTCCAGGGGACTACTGTCCGTGTTGAACTTG 192
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||
Sbjct 120 CTCAGTACCACCCTGAGCTTCCTCCTTGTCTCCAGGGGACTACTGTTCGTGTGGAGCTTG 179
Query 193 GTGATGGAACCACTGTGGCAAAGGCTGGTGATGCTCATATCATTGCCCGTGCCTTCCCAC 252
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 180 GTGATGGAACCACTGTGGCAAAGGCTGGTGATGCTCATATCATTGCCCGTGCCTTCCCAC 239
Query 253 ATACTCTAGGCCAGCCTTTGGCTCATTTCCTCAGGGCAACTGCTAAAGTTGCTGATGCTC 312
||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 240 ATACTCTTGGCCAGCCTTTGGCTCACTTCCTGAGGGCAACTGCTAAAGTTCCTGATGCTC 299
Query 313 AGATCATTACTGAACATCCAGTGAAGAGGGTCGGAATTGTGTTCTGTGGAAGGCAGGCTC 372
||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| | |||||| |||||||
Sbjct 300 AGATCATTACTGAACATCCAGCAAAGAGGGTTGGAATTGTGTTTTCTGGAAGACAGGCTC 359
Query 373 CTGGTGGGCACAATGTAGTTTGGGGTCTATACGAGGCTCTCAAAGTGCACAACGCGAAGA 432
|||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 360 CTGGTGGGCACAATGTAGTTTGGGGTCTTTATGAGGCTCTCAAAGTGCACAACGCGAAGA 419
Query 433 ACACTTTGCTTGGATTTTTGGGTGGTTCTGAAGGTCTCTTTGCCCAGAAGACCCTGGAGA 492
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 420 ACACTTTGCTTGGATTTTTGGGTGGTTCTGAAGGTCTATTTGCCCAGAAGACCCTGGAGA 479
Query 493 TCACTGATGAGGTCCTCCAAACTTACAAAAACCAAGGTGGCTATGATATGCTTGGAAGAA 552
|||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 480 TCACTGATGATGTCCTTCAAACTTACAAAAATCAAGGTGGCTATGATATGCTTGGAAGAA 539
Query 553 CCAAGGATCAGATTAGAACAACCGAACAGGTCAATGCTGCACTAAAAGCATGCACGGATT 612
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||
Sbjct 540 CCAAGGATCAGATTAGAACAACCGAGCAGGTCAATGCTGCACTTAAAGCTTGCACGGATT 599
Query 613 TGAAATTGGATAGCCTAGTTATCATTGGAGGTGTAACATCAAACACAGATGCCGCTCATC 672
||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 600 TGAAATTGGATGGCTTAGTTATCATTGGAGGTGTAACATCAAACACAGATGCCGCCCATC 659
Query 673 TTGCTGAATTTTTTGCTGAAGCAAAATGCTCAACAAAGGTAGTTGGTGTTCCGGTCACTA 732
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 660 TTGCTGAATTTTTTGCTGAAGCAAAATGCCCAACAAAGGTAGTTGGTGTTCCGGTCACTA 719
Query 733 TTAATGGAGATCTTAAGAATCAGTTTGTGGAAGCAAATGTTGGTTTCGATACTACATGCA 792
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 720 TTAATGGAGATCTTAAGAATCAGTTTGTGGAAGCAAATGTTGGTTTCGATACTACTTGCA 779
Query 793 AGGTGAATTCTCAGCTCATTAGCAATATCTGCACCGATGCCCTTTCAGCAGAGAAGTATT 852
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 780 AGGTGAATTCTCAGCTCATTAGCAATATCTGCACCGATGCCCTTTCAGCAGAGAAGTATT 839
Query 853 ATTACTTTGTCCGTCTCATGGGTCGGAAGCATTCACATGTTGCCCTTGAGTGTACACTTC 912
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 840 ATTACTTCGTCCGTCTCATGGGTCGGAAGCATTCACATGTTGCCCTTGAGTGTACACTTC 899
Query 913 AGTCTCACCCCAACATGGTGATACTGGGTGAGGAGGTTACAGCATCTAAGCTCACAATAT 972
||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 900 AGTCTCATCCCAACATGGTTATACTGGGTGAGGAGGTTACAGCATCTAAGCTCACAATAT 959
Query 973 TTGACATCATAAAACAAATCTGTGATGCTGTTCAAGCAAGAGCCGAACAAGACAAAAATC 1032
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 960 TTGACATCATAAAACAAATTTGTGATGCTGTTCAAGCAAGAGCAGAACAAGACAAAAATC 1019
Query 1033 ATGGAGTCATCCTAATTCCTGAAGGGCTTGTTGAGAGTATTCCTGAACTCTATGCTCTGT 1092
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1020 ATGGAGTCATCCTAATTCCTGAAGGGCTTGTTGAGAGTATTCCTGAACTCTATGCTCTGT 1079
Query 1093 TGAAGGAAATTCATGGATTGCTTAAGGAGGGTGTGCAGGTTGATAATATTTCTACTCAGT 1152
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1080 TGAAGGAAATTCATGGATTGCTTAAGGAGGGTGTGCAGGCTGATAATATTTCTACTCAGC 1139
Query 1153 TGTCATCTTGGTCATCTGCTTTGTTTGAGTTTTTGCCTCCATTCATTAAGAAACAGCTAC 1212
||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1140 TGTCACCGTGGTCATCTGCTTTGTTTGAGTTTTTGCCTCCATTCATTAAGAAACAGCTAC 1199
Query 1213 TTCTCCATCCCGAGTCTGATGATTCTGCTCAGCTATCCCAGATTGAGACGGAGAAACTTC 1272
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1200 TTCTCCATCCCGAGTCTGATGATTCTGCTCAGCTATCCCAGATTGAGACGGAGAAACTTC 1259
Query 1273 TGGCTTATCTTGTGGAGACTGAAATGAACAAGCGCTTGAAAGAAGGAACCTACAAAGGGA 1332
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1260 TAGCTTATCTTGTGGAGACTGAAATGAACAAGCGCTTGAAAGAAGGGACCTACAAAGGGA 1319
Query 1333 AGAAATTCAACGCTATCTGTCACTTTTTTGGTTACCAAGCTCGTGGATCTCTTCCATCAA 1392
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1320 AGAAATTCAACGCTATCTGTCACTTTTTTGGTTACCAAGCTCGTGGATCACTTCCATCAA 1379
Query 1393 AATTCGATTGTGACTACGCCTATGTTCTTGGACATGTATGTTACCACATCCTCGCAGCTG 1452
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1380 AATTCGATTGTGACTATGCCTATGTTCTTGGACATGTATGTTACCACATCCTCGCAGCTG 1439
Query 1453 GTTTGAATGGTTACATGGCGACAGTGACTAACCTGAAGAGTCCTGTAAACAAATGGAAAT 1512
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1440 GTTTGAATGGTTACATGGCAACAGTGACTAACCTGAAGAGCCCTGTAAACAAATGGAAAT 1499
Query 1513 GCGGGGCTGCGCCTATCTCAGCAATGATGACGGTTAAGCGTTGGTCCCAAAATTCTGGTT 1572
| |||||||| || || | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1500 GTGGGGCTGCACCGATTTTAGCAATGATGACGGTTAAGCGTTGGTCCCAAAATTCTGGTT 1559
Query 1573 CTACTACGATTGGTAGACCTGTAATTCATCCAGCTTCAGTTGACTTGAAAGGAAAAGCAT 1632
||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||
Sbjct 1560 CTACTTCGATTGGTAAACCTGTAATTCATCCAGCTTCAGTCGACTTGAAAGGCAAAGCAT 1619
Query 1633 ACGATCTATTGAGACAAAACGCGCAGAAATTCTTGATGGAAGATATGTACCGAAACCCAG 1692
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1620 ACGATCTACTGAGACAAAACGCGCAGAAATTCTTGATGGAAGATATGTACAGAAACCCAG 1679
Query 1693 GACCAGTCCAGTATGATGGTCCAGGTGCAGATGCAAAGGCGGTAAGTCTGTGTGTAGAAG 1752
|||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1680 GACCTGTCCAATATGATGGTCCAGGTGCAGATGCAAAGGCGGTAAGTCTGTGTGTAGAAG 1739
Query 1753 ACCAGGATTACATGGGGAAAATCAAGAAGCTGCAGGAGTATCTTGATCAGGTGAGGACGA 1812
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1740 ACCAGGATTACATGGGGAAAATCAAGAAGCTGCAGGAGTATCTTGATCAGGTGAGGACGA 1799
Query 1813 TTGTGAAACCGGGTTGCTCTCAAGATGTTTTGAAAGCGGCATTGAGTGTTATGGCCTCGG 1872
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1800 TAGTGAAACCGGGTTGCTCTCAAGATGTTTTGAAAGCGGCATTGAGTGTTATGGCGTCGG 1859
Query 1873 TGACTGATGTTCTCACTACGATCTCATCTTCTTCCACCAGCGGTCAGCAATTTGCTTAAA 1932
||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1860 TGACTGATGTTCTCACTACAATCTCATCTTCTTCTACCAGCGGTCAGCAATTTGCTTAA- 1918
Query 1933 GAtttttttATTGTTTTGGTTTTCCCTTTAACCATAAACTTCATTAGctctctctctctc 1992
|| | | ||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||
Sbjct 1919 --TT--------G----G-TTTTCCCTT-AACCATAAACTCCATTAGCTCTCTCTTTCTC 1962
Query 1993 tct--c--tctTTCCATTTTGAAGTCGTCTTCTGATTT-ACGCAAACTTTATTGTTCAAA 2047
||| | ||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| |||||
Sbjct 1963 TCTTTCCCTCTTTCCATTTTGAAGTCGTCTTCTGATTGGACGGAAACTTTATTGATCAAA 2022
Query 2048 GTTGAGTTTAGGAAAAGGATATTCAAAGTTAAAGGATTTGAGTAATGCTTTT 2099
||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2023 GTTGAGTTTAGGAAAAGAATATTCGAAGTTAAAGGATTTGGGTAATGCTTTT 2074
> Ahg472333 jgi|Araly1|472333|fgenesh2_kg.1__2287__AT1G20950.1
Length=2138
Score = 1936 bits (1048), Expect = 0.0
Identities = 1579/1836 (86%), Gaps = 34/1836 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 76 CCATGGATTCAGATTTCGGAATCCCCAGAGAACTCTCTCCTCTTCAACAACTCCGATCTC 135
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||
Sbjct 78 CCATGGATTCAGATTTTGGAATCCCCAGAGAACTCTCCCCTCTTCAGCAACTTCGATCTC 137
Query 136 AGTACCACCCTGAGCTTCCTCCTTGTCTCCAGGGGACTACTGTCCGTGTTGAACTTGGTG 195
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || |||||||
Sbjct 138 AGTACCACCCTGAGCTTCCTCCTTGTCTCCAGGGGACTACTGTCCGCGTAGAGCTTGGTG 197
Query 196 ATGGAACCACTGTGGCAAAGGCTGGTGATGCTCATATCATTGCCCGTGCCTTCCCACATA 255
|||||||||||||||| |||||| |||| | || | ||| || || || ||||| ||||
Sbjct 198 ATGGAACCACTGTGGCTGAGGCTGCTGATTCACACACCATGGCTCGCGCTTTCCCGCATA 257
Query 256 CTCT-AGGCCAGCCTTTGGCTCATTTCCTCAGGGCAACTGCTAAAGTTGCTGATGCTCAG 314
| || |||||||||||||||||| ||||| |||| ||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 258 C-CTTAGGCCAGCCTTTGGCTCACTTCCTTAGGGAAACTGCTCAAGTTGCTGATGCTCAC 316
Query 315 ATCATTACTGAACATCCAGTGAAGAG-G-GTCGGAATTGTGTTCTGTGGAAGGCAGGCTC 372
|||||| |||| | |||| | | | | || |||||||| || ||||||||||| ||||
Sbjct 317 ATCATTTCTGAGCTTCCA-TCA-GTTCGAGTTGGAATTGTATTTTGTGGAAGGCAAGCTC 374
Query 373 CTGGTGGGCACAATGTAGTT-TGGGGTCTATACGAGGCTCTCAAAGTGCACAACGCGAAG 431
| ||||| || ||||| | | |||||||| | |||||||||||||| |||||| | ||
Sbjct 375 CAGGTGGACATAATGT-GATCTGGGGTCTTTTTGAGGCTCTCAAAGTTCACAACACAAA- 432
Query 432 AA-CACTTTGCTTGGATTTTTGGGTGGTTCTGAAGGTCTCTTTGCCCAGAAGACCCTGGA 490
|| ||||||||| || |||||||||||||| ||||| || ||||| || ||||| |||||
Sbjct 433 AAGCACTTTGCTAGGCTTTTTGGGTGGTTCCGAAGGGCTATTTGCACAAAAGACTCTGGA 492
Query 491 GATCACTGATGAGGTCCTCCAAACTTACAAAAACCAAGGTGGCTATGATATGCTTGGAAG 550
||| || ||||| | || || |||||||||||||||||||| |||||| |||| |||||
Sbjct 493 GATTACAGATGATATACTTCAGACTTACAAAAACCAAGGTGGTTATGATTTGCTCGGAAG 552
Query 551 AACCAAGGATCAGATTAGAACAACCGAACAGGTCAATGCTGCACTAAAAGCATGCACGGA 610
||| ||||||||||| | |||||| || ||||| || |||||||| ||| | ||||| ||
Sbjct 553 AACTAAGGATCAGATCAAAACAACTGAGCAGGTGAACGCTGCACTCAAATCTTGCACAGA 612
Query 611 TTTGAAATTGGATAGCCTAGTTATCATTGGAGGTGTAACATCAAACACAGATGCCGCTCA 670
|||||| || ||| |||| |||||||||||||| |||| ||||||||||||||| |||||
Sbjct 613 TTTGAAGTTAGATGGCCTTGTTATCATTGGAGGCGTAATATCAAACACAGATGCAGCTCA 672
Query 671 TCTTGCTGAATTTTTTGCTGAAGCAAAATGCTCAACAAAGGTAGTTGGTGTTCCGGTCAC 730
||| |||||||||||||| | |||||||||| |||| ||||||||||||||||| || ||
Sbjct 673 TCTCGCTGAATTTTTTGCGGCAGCAAAATGCCCAACTAAGGTAGTTGGTGTTCCAGTTAC 732
Query 731 TATTAATGGAGATCTTAAGAATCAGTTTGTGGAAGCAAATGTTGGTTTCGATACTACATG 790
|| ||||||||||| || |||||||||||||| |||||||| ||||| || || | |||
Sbjct 733 TACAAATGGAGATCTCAAAAATCAGTTTGTGGAGGCAAATGTGGGTTTTGACACCATATG 792
Query 791 CAAGGTGAATTCTCAGCTCATTAGCAATATCTGCACCGATGCCCTTTCAGCAGAGAAGTA 850
|||||||||||| ||||||||||||||| |||||| ||||||||||| |||||||||||
Sbjct 793 CAAGGTGAATTCACAGCTCATTAGCAATGCCTGCACTGATGCCCTTTCTGCAGAGAAGTA 852
Query 851 TTATTACTTTG-TCCGTCTCATGGGTCGGAAGCATTCACATGTTGCCCTTGAGTGTACAC 909
|||||| ||| |||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||
Sbjct 853 TTATTA-TTTCATCCGTCTCATGGGTCGTAAGCACTCTCATGTTGCCCTTGAGTGTACAC 911
Query 910 TTCAGTCTCACCCCAACATGGTGATACTGGGTGAGGAGGTTACAGCATCTAAGCTCACAA 969
| |||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 912 TCCAGTCTCATCCAAACATGGTGATACTGGGCGAGGAGGTTTCAGCATCTAAGCTCACAA 971
Query 970 TATTTGACATCATAAAACAAATCTGTGATGCTGTTCAAGCAAGAGCCGAACAAGACAAAA 1029
| |||||||| ||| || |||||||||||||||||||||||||| | | ||||||| |
Sbjct 972 TTTTTGACATTGCAAATCAGATCTGTGATGCTGTTCAAGCAAGAGCAGTAGAAGACAAGA 1031
Query 1030 ATCATGGAGTCATCCTAATTCCTGAAGGGCTTGTTGAGAGTATTCCTGAACTCTATGCTC 1089
||||||||||||| || ||||||||||||||| | | ||||||||||||| |||| ||||
Sbjct 1032 ATCATGGAGTCATTCTCATTCCTGAAGGGCTTATAGTGAGTATTCCTGAAGTCTACGCTC 1091
Query 1090 TGTTGAAGGAAATTCATGGATTGCTTAAGG-AGGGTGT-GCAGGTTGATAATATTTCTAC 1147
|||| |||||||||||||| |||| |||| ||||||| || | | ||||| ||||||||
Sbjct 1092 TGTTAAAGGAAATTCATGGGCTGCT-AAGGCAGGGTGTAGCTGCT-GATAAGATTTCTAC 1149
Query 1148 TCAGTTGTCATCTTGGTCATCTGCTTTGTTTGAGTTT-TTGCCTCCATTCATTAAGAAAC 1206
|||| | ||| |||||||||||||||||||||| ||| || |||||||| ||||||||||
Sbjct 1150 TCAGCTCTCACCTTGGTCATCTGCTTTGTTTGAATTTCTT-CCTCCATTTATTAAGAAAC 1208
Query 1207 AGCTACTTCTCCATCCCGAGTCTGATGATTCTGCTCAGCTATCCCAGATTGAGACGGAGA 1266
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1209 AGCTACTTCTCCATCCTGAGTCTGATGATTCTGCTCAGCTATCCCAGATTGAGACAGAGA 1268
Query 1267 AACTTCTGGCTTATCTTGTGGAGACTGAAATGAACAAGCGCTTGAAAGAAGGAACCTACA 1326
||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||
Sbjct 1269 AACTTCTTGCGTATCTCGTGGAGACTGAAATGAACAAGCGCTTGAAAGAAGGGACATACA 1328
Query 1327 AAGGGAAGAAATTCAACGCTATCTGTCACTTTTTTGGTTACCAAGCTCGTGGATCTCTTC 1386
| |||||||||||||| || || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1329 AGGGGAAGAAATTCAATGCCATATGTCACTTTTTTGGCTACCAAGCTCGTGGATCTCTTC 1388
Query 1387 CATCAAAATTCGATTGTGACTACGCCTATGTTCTTGGACATGTATGTTACCACATCCTCG 1446
|||| ||||| |||||||| || |||||||||||||||||| ||||||| ||| |||||
Sbjct 1389 CATCGAAATTTGATTGTGATTATGCCTATGTTCTTGGACATATATGTTATCACGCCCTCG 1448
Query 1447 CAGCTGGTTTGAATGGTTACATGGCGACAGTGACTAACCTGAAGAGTCCTGTAAACAAAT 1506
|||||||| |||||||||||||||| || || || ||||| || |||||||||||||| |
Sbjct 1449 CAGCTGGTCTGAATGGTTACATGGCAACTGTAACCAACCTAAAAAGTCCTGTAAACAAGT 1508
Query 1507 GGAAATGCGGGGCTGCGCCTATCT-CAGCAATGATGACGGTTAAGCGTTGGTCCCAAAAT 1565
||||||| || ||||| ||||| | |||| |||||| | || |||| ||||||||| ||
Sbjct 1509 GGAAATGTGGTGCTGCACCTAT-TACAGCGATGATGTCAGTGAAGCATTGGTCCCAGGAT 1567
Query 1566 TCTGGTTCTACT--A-CG--A-TTGGTAGACCTGTAATTCATCCAGCT-TCAGTTGACTT 1618
|| ||| |||| | | | |||||||||||| ||||||||||||| | || || ||
Sbjct 1568 GCTAGTTATACTTTAACTTCAATTGGTAGACCTGCAATTCATCCAGCTATG-GTGGATTT 1626
Query 1619 GAAAGGAAAAGCATACGATCTATTGAGACAAAACGCGCAGAAATTCTTGATGGAAGATAT 1678
|||||| ||||||||||| || || ||||| || || || |||||||||||||||||| |
Sbjct 1627 GAAAGGCAAAGCATACGACCTTTTAAGACAGAATGCACAAAAATTCTTGATGGAAGATCT 1686
Query 1679 GTACCGAAACCCAGGACCAG-TCCAGTATGATGGTCCAGGTGCAGATGC-AAAGGCGGTA 1736
|||| ||||||||||||| | | ||||| |||||||| ||||| ||||| |||| | ||
Sbjct 1687 GTACAGAAACCCAGGACC-GCTTCAGTACGATGGTCCTGGTGCGGATGCTAAAG-CAGTG 1744
Query 1737 AGTCTGTGTGTAGAAGACCAGGATTACATGGGGAAA-ATCAAGAAGCTGCAGGAGTATCT 1795
||||| ||||| ||||| || ||||||||||| | ||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1745 AGTCTCTGTGTTGAAGATCAAGATTACATGGG-ACGTATCAAGAAGCTGCAGGAATATCT 1803
Query 1796 TGATCAGGTGAGGACGATTGTGAAACCGGGTTGCTCTCAAGATGTTTTGAAAGCGGCATT 1855
|| |||||||||| ||| |||||||| || || |||||||| || ||||| || ||| |
Sbjct 1804 AGACCAGGTGAGGAAGATAGTGAAACCAGGATGTTCTCAAGACGTATTGAAGGCAGCACT 1863
Query 1856 GAGTGTTATGGCCTCGGTGACTGATGTTCTCACTAC 1891
|||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1864 GAGTGTGATGGCTTCGGTGACTGATGTTCTTACTAC 1899
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 80103785235
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5