BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G76630.2
Length=3507
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg927059 jgi|Araly1|927059|scaffold_202620.1 2351 0.0
> Ahg927059 jgi|Araly1|927059|scaffold_202620.1
Length=3277
Score = 2351 bits (1273), Expect = 0.0
Identities = 1392/1447 (96%), Gaps = 17/1447 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGGAATTAGAGCAGCTTAAGAAGTCTGTAGAAGAGAACCCAGATGACTCTTCTCTACAA 60
|||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 21 ATGGAATTGGAGCAACTTAAGAAGTCTGTAGAGGAGAACCCAGATGATTCTTCTCTACAA 80
Query 61 TTCGAACTCGGTTTGTATCTGTGGGATAATGGTGGAGATTCAGAGAAAGCGGCGGAGCAT 120
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 81 TTCGAACTCGGTTTGTATCTATGGGATAATGGTGGAGATTCAGAGAAAGCGGCGGAGCAC 140
Query 121 TTTGTGTTGTCGGCGAAATCAGATCCGAATAATGCAGTGGCGTTTAAGTATTTAGGGCAT 180
||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||||||||||||||||||
Sbjct 141 TTTGTGTTGTCGGCGAAATCAGACCCGAATAATGCGGCGGCGTTTAAGTATTTAGGGCAT 200
Query 181 TACTACTCGCGTGTAACGCTTGATCTTAATCGAGCTGCTAAGTGTTATCAGAGAGCAGTG 240
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||
Sbjct 201 TACTACTCGCGTGTGACGCTTGATCTTAATCGAGCTGCTAAGTGTTACCAAAGAGCAGTG 260
Query 241 TTGATAAACCCTAATGATTCTGATTCTGGAGAAGCTTTGTGCGATTTATTTGATAGACAA 300
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 261 TTGATAAACCCTAATGATTCTGATTCTGGAGAAGCTTTGTGCGATTTATTTGATAGACAA 320
Query 301 GGGAAAGAGATTTTGGAAATTGCGGTTTGTCGTGACGCTTCTGAGAAGTCTCCTAAGGCT 360
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 321 GGGAAAGAGATTTTGGAAATTGCGGTTTGTCGTGACGCTTCTGAGAAGTCTCCAAAGGCT 380
Query 361 TTCTGGGCATTTTGTAGATTGGGTTATATTCAGCTTCATCAGAAGAAGTGGTCTGAAGCT 420
|||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 381 TTCTGGGCCTTTTGCAGATTGGGTTATATTCAGCTTCATCAGAAGAAGTGGTCTGAAGCT 440
Query 421 GTTCAGAGCCTACAGCATGCAATTAGAGGTTATCCTACCATGTCTGACTTGTGGGAAGCT 480
||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 441 GTTCAAAGCCTTCAACATGCAATTAGAGGTTATCCTACCGTGTCTGACTTGTGGGAAGCT 500
Query 481 CTAGGCCTTGCTTACCAGCGACTTGGAATGTTTACTGCTGCTATCAAGGCGTATGGCCGC 540
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 501 CTAGGCCTTGCTTACCAGCGACTTGGAATGTTTACTGCTGCTATCAAGGCGTATGGCCGT 560
Query 541 GCCATAGAATTAGATGAGACCAAAATTTTTGCATTAGTGGAAAGTGCAAATATCTTTTTG 600
||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 561 GCCATTGAGTTAGATGAGACCAAAATTTTTGCATTAGTGGAGAGTGCAAATATCTTTTTG 620
Query 601 ATGCTTGGCTCATATAGAAA-G--------------GGTGTGGAGCTATTTGAGCAAGCA 645
|||||||| ||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 621 ATGCTTGGTTCATATAGAAAGGTAACCTTTTTATCCGGTGTGGAGCTATTTGAGCAAGCA 680
Query 646 CTGAAGATTTCACCTCAGAATATTTCTGTGCTCTATGGTCTTGCTTCTGGATTGCTTAGT 705
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 681 CTGAAGATTTCACCTCAGAATATTTCTGTGCTCTATGGTCTTGCTTCTGGATTTCTTAGT 740
Query 706 TGGTCAAAGGAATGCATAAATTTGGGCGCATTTGGATGGGCAGCTTCGTTATTGGAGGAT 765
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 741 TGGTCAAAGGAATGCATAAATTTGGGCGCATTTGGATGGGCAGCTTCACTATTGGAGGAT 800
Query 766 GCCCGTAAAGCTGCAAAAGCAAGCAGTGAACTGGCCAGCAGCATGTCTTGTATATGGAAA 825
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 801 GCCCGTAAAGCTGCAAAAGCAAGCAGTGAACTGGCCAGCAGTATGTCTTGTATATGGAAA 860
Query 826 TTGCATGGAGATATTCAGCTTACATACGCAAGATGCTTTCCATGGTCTGGTGGAACTGAA 885
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 861 TTGCATGGAGATATTCAGCTTACATACGCAAGATGCTTTCCATGGTCTGGTGGAACTGAA 920
Query 886 AACTCAGAATTCACTTTGAAGACATTTAGTGATTCAATTCTTTCTTGGAGAAGCATTTGT 945
||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 921 AACTCGGAATTCACTTTGAAGACTTTTAGTGATTCAATTCTTTCTTGGAGAAGCATTTGT 980
Query 946 TACTCAGCTGCATTGTCAGCCAAAGCTTCTTACCAGCGAGCTCTACACTTAGCCCCTTGG 1005
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 981 TACTCAGCTGCATTGTCAGCCAAAGCTTCTTACCAGCGAGCTCTACACTTAGCCCCATGG 1040
Query 1006 CAAGCTAATGTTTATACCGACATAGCCATAACTTGTGATCTTGTTTCAAGTTTAAGCGAT 1065
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1041 CAAGCTAATGTTTATACCGACATAGCCATAGCTTGTGATCTTGTTTCAAGTTTAAGCGAT 1100
Query 1066 GACTCTGATACTTCAAGTTCTTGGAAGCTACCAGAAAAGATGG-TGCTGGGAGCATTATT 1124
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||
Sbjct 1101 GACTCTGATACTTCAAGTTCTTGGAAGCTACCAGAAAAGATGGCT-CTGGGAGCATTATT 1159
Query 1125 GCTGGAATGTGAAAACTCGGAGTTCTGGGTTGCTTTGGGTTGTATGTCTGATAACAGTGC 1184
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1160 GCTGGAATGCGAAAACTCGGAGTTCTGGGTTGCTTTGGGTTGTATGTCTGATAATAGTGC 1219
Query 1185 TTTGAAACTACATGCTTTGATCCGGGCATTGCATTTGGATGTATCTTTAGCCGTTGCTTG 1244
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1220 TTTGAAACTACATGCTTTGATCCGGGCATTGCATTTGGATGTATCTTTAGCCGTTGCTTG 1279
Query 1245 GGCTTTTATGGGCCAGATTTTCAGGGAATCGGATGAAATGAAATTTGCAAAGCAAGCTTT 1304
|||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1280 GGCTTTCATGGGCCAGATCTTCAGGGAATCGGATGAAATGAAATTTGCAAAGCAGGCTTT 1339
Query 1305 TGATTGTGCTAGAAGCATAGATCCTACACTTGCGCTACCTTGGGCTGGCTCAGCTGATAC 1364
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1340 TGATTGTGCTAGAAGCATAGATCCTACACTTGCGCTACCTTGGGCTGGCTCAGCTGATAC 1399
Query 1365 TTATGCGAGGGAGTCAACATCAGATGAGGCTTTTGAGAGTTGTTTACGAGCTGCACAGAT 1424
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1400 GTATGCGAGGGAGTCAACATCAGATGAGGCTTTTGAGAGTTGTTTACGAGCTGCACAGAT 1459
Query 1425 ATCACCT 1431
|||||||
Sbjct 1460 ATCACCT 1466
Score = 2185 bits (1183), Expect = 0.0
Identities = 1311/1374 (95%), Gaps = 4/1374 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1942 GATTCTGCTATCACCAGCATCCAGAAAATGCCAAAGGATTTCTTCCAGAGTTCGAAAATC 2001
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1827 GATTCTGCTATCACCAGCATCCAGAAAATGCCTAAGGATTTCTTCCAGAGTTCGAAAATC 1886
Query 2002 AGCTTTATAGTATCTGCCATCCATTCTCTTGATCAGAGTGATAGACTTCAGTCGATTGTT 2061
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1887 AGCTTTATAGTATCTGCCATCCATTCTCTTGATCTGAGTGATAGACTTCAGTCGATTGTT 1946
Query 2062 GCAAGCACTCGTAGCTATATAACATCACAAGAAGAAATAGTTGCAATGCACTATTTGATA 2121
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1947 GCAAGCACTCGTAGCTATATAACATCACAAGAAGAAATAGTTGCAATGCACTATTTGATA 2006
Query 2122 GCACTCAGCAAATTGCTGAAAACTGGAGCAGGAGATTTCCTTGGATATGAGAAGGGGATT 2181
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2007 GCACTCAGCAAATTGCTGAAAACTGGAGCAGGAGATTTCCTTGGATTTGAGAAGGGGATT 2066
Query 2182 GCCCACCTCAGCAAAGCTATTCATATGTATCCTCATAGTAATTTGATAAGGAACCTGCTT 2241
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2067 GCCCACCTCAGAAAAGCTATTCATATGTATCCTCATAGTAATTTGATAAGGAACCTGCTT 2126
Query 2242 GGATATATTTTGTTAGCTGGTGAAGGAATGAAAGATGCATGTACTGCTAGTAGATGTTGT 2301
|| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2127 GGTTATATTTTGTTAGCTGGTGAAGGGATGAAAGATGCCTGTACTGCTAGTAGATGTTGT 2186
Query 2302 ATCATAAATGTCTCTGAGTGTGCAAATAAGGAAGGTCTGAAGTCCGCATTGGAGGTCCTT 2361
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2187 ATCATAAATGTATCTGAGTGTGCAAATAAGGAAGGTCTGAAGTCCGCATTGGAGGTCCTT 2246
Query 2362 GGTGGAGGATCAGTTGCTTGCAATGTAATTGGCAATACAGCTCCTAGGTTCTCATTTCCG 2421
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2247 GGTGGAGGATCGGTTGCTTGCAATGTAATTGGCAATACAGCTCCAAGGTTCTCATTTCCG 2306
Query 2422 ACATGCCATTGTCAGTATCTGAATGCTCCTGTTGTTGTTGTAGAATTGCAAAGATTCTTG 2481
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||| |||||
Sbjct 2307 ACATGCCATTGTCAGTATCTGAATGCTCCTGTTGTTGTTGTGGAACTGCAAAGACTCTTG 2366
Query 2482 CATCAAGAACCTTCGAACAGCAGTGTAAGATACTTGCTTATTCTGAATCTCGTGCAGAAG 2541
||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2367 CATCAAGAACCTTGGAACAGCGGTGTAAGATACTTGCTTATTCTGAATCTCATGCAGAAG 2426
Query 2542 GCACGTGAGCAGAGATTTCCTCGCCAGCTTTGTAGGGCTATTGAGCGTCTAATATCTGTG 2601
|| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2427 GCCCGTGAGCAGAGATTTCCTCGCCAGCTTTGTAGTGCTATTGAGCGTCTAATCTCTGTG 2486
Query 2602 GCACTCTCTGATGAGACATGTTCGAAAGAAGGCGAATATAAAAAATTCCAGCTTCTGCTT 2661
|||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| |||| |||||| |||||||
Sbjct 2487 GCACTCTCTGATGAGACATGTTCGAATGAAGGCGAGTATCAAAAGTTCCAGAATCTGCTT 2546
Query 2662 TGTGCTTCTGAGAT-TAGTTTACAGATGGGAAATATAGCAGAGTCCATTAACCATGCTCG 2720
||||||||||| || | |||| |||| |||||||||||||||||||||| ||||||| |
Sbjct 2547 TGTGCTTCTGAAATCT-GTTTTCAGAAGGGAAATATAGCAGAGTCCATTGGCCATGCTGG 2605
Query 2721 AAAGGCTTCTTCCCTTTCTCTTCCAAGTAGCTATCTATTTCTAGGACATTTACAACTTTG 2780
|||||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2606 AAAGGCTTCTTCCCTTTCGCTTCCACGTAGCTACCTATTTCTAGGACATTTGCAACTTTG 2665
Query 2781 CCGTGCCTATGCAGCAAATGGGAGTACCAAAAACATGCAAGAGGAATACAGAGCGTGTTT 2840
|||||||||||||||||| |||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2666 CCGTGCCTATGCAGCAAAAGGGAGTACCAGAGACATGCAAGAGGAATACAGAGCGTGTTT 2725
Query 2841 GGAACTCAAGACTGACTCAAATATTGGTTGGATTTGCCTGAAGCTCATAGAATCTCAGTA 2900
||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2726 GGAGCTCAAGACTGACTCAAATATTGGTTGGATTTGTCTGAAGCTCATAGAATCTCAGTA 2785
Query 2901 TAATCTGGAACCTGATGCTAACCTCTTAGAGATGAGCCTACAAGAATGCTCGAGCCAGAA 2960
| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2786 TGATCTGGAACCTGATGCTAACCTCTTAGAGATGAGTCTACAAGAATGCTCGAGCCAGAA 2845
Query 2961 GAAGAATTCATGGAAAGAATGGATGGCTGTATACAGTTTAGCTCGTGGCTTAGATTCTA- 3019
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| || ||||||||||
Sbjct 2846 GAAGAATTCATGGAAAGAATGGATGGGTGTATACAGTTTAGCTCGGGGTTTAGATTCTAT 2905
Query 3020 CAGGGAAAAAAGACTTTTTCTCAGCAGAGGAATTCCTTGCACAAGCTTGTTCGTTGTTAA 3079
| ||||| |||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2906 C-GGGAAGAAAGACTTTTCCTCTGCAGAGGAATTCCTTGCACAAGCTTGTTCATTGTTAA 2964
Query 3080 ATTCAGAGAGCTGTCTACTTCTCTGCCATGGTGCTGTCTGCATGGAGCTGGCTAGACAGT 3139
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2965 ATTCGGAGAGCTGTCTACTTCTCTGCCATGGTGCTGTCTGCATGGAGCTGGCTAGACAGT 3024
Query 3140 CTAATGACTCGCAGTTTCTCTCACTAGCTGTAAAAAGTCTTAGCAAAGTTCAAGCGAGTT 3199
|||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3025 CTAATGACTCGCAGTTCCTCTCACTAGCTGTAAAGAGTCTTAGCAAAGTTCAAGCGAGTT 3084
Query 3200 CATTGTTTCCTTTGCCTATCGTTTATACATTATTAGCTCAAGCACATGGAAGTCTTGGCT 3259
| ||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3085 CGTTGATTCCTTTGCCTATCGTGTATACATTATTAGCTCAAGCACATGGAAGTCTTGGCT 3144
Query 3260 CTAAAGAGAAATGGGAGAAGAATCTTCGTCTGGAATGGTTCTGCTGGCCTCCAG 3313
||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||
Sbjct 3145 CTAAAGAGAAATGGGAGAAAAATCTCCGTCTCGAATGGTTCTGCTGGCCACCAG 3198
Score = 606 bits (328), Expect = 3e-172
Identities = 351/362 (97%), Gaps = 2/362 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1498 ATTTTTGCTTGCATTGAGCAGGCAGTGCAGCGCAGCCCTTATTACCCTGAACCCCATAAC 1557
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1467 ATTTTTGCTTGCATTGAGCAGGCAGTGCAGCGCACCCCTTATTACCCTGAATCCCATAAC 1526
Query 1558 CTCCATGGGCTAGTTTGCGAGGCAAGACATAATTATCACACTGCCATTGCTTCTTATAGG 1617
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1527 CTCCACGGGCTAGTTTGCGAGGCAAGACATAATTATCACACTGCTATTGCTTCTTATAGG 1586
Query 1618 CTAGCACTAGCTGCAATGAGTATTTATCCCGA-AAGTTCAGTAAAATCTCATGCTGGAAA 1676
|||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1587 CTAGCACTAGCTGCAATGAGTATTTACCCCGACAA-TTCAGTAAAATCTCATGCTGGAAA 1645
Query 1677 AGTATCTATAAACTTGGTCAGGTCACTCAGCAAGGCAGGACGATTCAAAGAATCTGTTAT 1736
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1646 AGTATCGATAAACTTGGTCAGGTCACTCAGCAAGGCAGGACGACTCAAAGAATCTGTTAT 1705
Query 1737 GGAATGCGCTAATTTGAAGTCAAAAGGTTTGCTTGATGCCGGAGGTTTGCAAATATATGC 1796
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1706 GGAATGCGCTAATTTGAAGTCAAAAGGTTTGCTTGATGCTGGAGGTTTGCAAATATATGC 1765
Query 1797 TTTCTCTCTGTGGAGGACTGGTCAGAATGATTCGGCTCTTTCAGTGATTAGGGATCTGGC 1856
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1766 TTTCTCTCTGTGGAAGACTGGTCAGAATGATTCGGCTCTTTCAGTGATTAGGGATCTGGC 1825
Query 1857 TG 1858
||
Sbjct 1826 TG 1827
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 132440354040
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5