BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G76950.1
Length=3980
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg476853 jgi|Araly1|476853|fgenesh2_kg.2__1983__AT1G76950.1 6141 0.0
> Ahg476853 jgi|Araly1|476853|fgenesh2_kg.2__1983__AT1G76950.1
Length=3865
Score = 6141 bits (3325), Expect = 0.0
Identities = 3618/3761 (96%), Gaps = 14/3761 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 163 CTCAAAATTAAGTTCCTGAAGATCGGGTTCTAGTCCTTTTCCATCTCGGAGAAGCGTCTT 222
||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 111 CTCAAAATTAAGTTCCTGAAGATCGGGTTCTGGTCTTTTTCCATCTCGGAGAAGCCTCTT 170
Query 223 TAGATCTGGGCAAGCACTGCCATCTTCAAAttttttacc-ttttttCTCCTTCTCTATCT 281
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| ||||||||||
Sbjct 171 TAGATCTGGGCAAGCACTGCCATCTTCAAAAGTTTTACCTTTTTTTCTCTTTCTCTATCT 230
Query 282 CTCTTCACCAACTGGGGTTTGGTTACGGGTTAAATTGATGGTTTCCGAGGCGGCTAGAAC 341
||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| ||
Sbjct 231 CTCTTCACCAACTGGGG-TTGGTTACGGGTTTAATTGATGGTTTCCGCGGCGGCTAGGAC 289
Query 342 CTCGTGGGCTCTTGTTTGTAGATGATGAACGGTCCTTCGTGTAAGGATCGAAGAGGGTGG 401
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 290 CTCGTGGGCTCTTGTTTTTAGATGATGAACGGTCCTTCGTGTAAGGATCGAAGAGGTTGG 349
Query 402 TTCTCTTCTGCTCTGTTTTTCACATGGAATGGCAGATCTTGTGACCTATAGTAATGCCGA 461
| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 350 TGCTCTTCTGCTCTATTTTTCACATGGAATGGCAGATCTTGTGACCTATAGTAATGCCGA 409
Query 462 CCACAACCTTGAACAGGCATTGATTACATTGAAGAAGGGTACTCAACTTTTGAAATATGG 521
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 410 CCACAACGTTGAACAGGCATTGATTACATTGAAGAAGGGTACTCAACTTTTGAAATATGG 469
Query 522 TCGCAAAGGGAAGCCCAAGTTTTATCCTTTCAGACTGTCTAGTGATGAAAAATCTTTGAT 581
||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 470 TCGCAAAGGGAAGCCTAAGTTTTACCCTTTTAGACTGTCTACTGATGAAAAATCTTTGAT 529
Query 582 CTGGATATCAAGTAGTGGTGAAAAGCGACTGAAGTTAGCATCTGTATCTAAAATTGTACC 641
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 530 CTGGATATCGAGTAGTGGTGAAAAGCGACTGAAGTTAGCGTCTGTATCTAAAATTGTACC 589
Query 642 TGGGCAGAGAACTGCTGTTTTCCAGCGTTATCTTCGCCCAGAGAAAGATTACTTATCCTT 701
|||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 590 TGGGCAAAGAACTGCTGTTTTCCAGCGATATCTTCGCCCAGAGAAAGATTACTTATCCTT 649
Query 702 TTCTCTCTTATACAACGGAAAAAAGAAGTCTCTTGACTTGATTTGTAAGGACAAGGTTGA 761
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 650 TTCTCTCTTATACAACGGAAAAAAGAAGTCTCTTGACTTGATCTGTAAGGACAAGGTTGA 709
Query 762 GGCTGAGATTTGGATTGGAGGCCTGAAAACATTAATATCCACTGGGCAAGGCGGGCGCTC 821
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 710 GGCTGAGATTTGGATTGGAGGCTTGAAAACATTAATATCGTCTGGGCAAGGCGGGCGCTC 769
Query 822 AAAAATCGATGGCTGGAGTGGCGGAGGCCTTTCAGTTGATGCCAGCAGAGAATTGACATC 881
|||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 770 AAAAATTGATGGCTGGAGTGGCGGAGGCCTTTCCGTTGATGCCAGCAGAGACTTGACATC 829
Query 882 AAGCAGTCCAAGTAGCAGTTCTGCCAGTGCTTCACGGGGTCACAGCTCTCCTGGGACTCC 941
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 830 GAGCAGTCCAAGTAGCAGTTCTGCCAGTGCTTCACGGGGTCACAGCTCTCCTGGGACTCC 889
Query 942 CTTTAACATCGATCCAATTACTTCTCCTAAGAGTGCTGAGCCTGAGGTTCCTCCAACTGA 1001
|||||| |||||||| || |||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 890 CTTTAATTTCGATCCAGTTGCTTCCCCTAAGAGTGTTGAGCCTGAGGTTCCTCCAACTGA 949
Query 1002 TTCAGAGAAATCACATGTTGCTTTGGACAACAAAAATATGCAAACAAAGGTATCTGGTTC 1061
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 950 CACAGAGAAATCACATGTTGCATTGGACAACAAAAATATGCAAACAAAGGTATCTGGTTC 1009
Query 1062 AGATGGTTTTCGAGTTAGTGTCTCTAGTGCCCAAAGTAGTTCTAGTCATGGTTCTGCAGC 1121
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1010 AGATGGTTTTCGGGTTAGTGTCTCTAGTGCCCAAAGTAGTTCTAGTCATGGTTCTGCAGC 1069
Query 1122 AGATGACTCAGATGCTCTAGGTGATGTTTACATCTGGGGTGAGGTTATATGTGACAATGT 1181
||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1070 AGATGACTCTGATGCTCTAGGTGACGTTTACATTTGGGGTGAGGTTATATGTGACAATGT 1129
Query 1182 TGTTAAGGTTGGGATTGATAAGAATGCAAGTTATCTGACTACAAGAACGGATGTCCTTGT 1241
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1130 TGTTAAGGTTGGGATTGATAAGAATGCAAGTTATCTGACCACAAGAACGGATGTCCTTGT 1189
Query 1242 GCCAAAGCCATTGGAGTCGAATATTGTCTTGGATGTTCATCAAATTGCATGTGGTGTCAG 1301
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1190 GCCGAAGCCATTGGAGTCGAATATTGTCTTGGATGTTCATCAAATTGCATGTGGTGTCAG 1249
Query 1302 GCATGCTGCATTTGTGACAAGGCAAGGTGAAATTTTTACTTGGGGTGAAGAATCTGGAGG 1361
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1250 GCATGCTGCATTTGTGACAAGGCAAGGTGAAATTTTTACTTGGGGTGAAGAATCTGGAGG 1309
Query 1362 AAGACTGGGTCATGGTATTGGGAAAGATGTTTTTCATCCCCGTCTTGTTGAATCTCTCAC 1421
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1310 AAGACTGGGTCATGGTATTGGGAAAGATGTTTTTCATCCCCGTCTTGTTGAATCTCTCAC 1369
Query 1422 AGCTACTTCATCTGTTGACTTTGTTGCTTGTGGAGAATTCCACACTTGTGCTGTTACACT 1481
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1370 AGCTACTTCATCTGTTGACTTTGTTGCTTGTGGAGAATTCCACACTTGTGCTGTTACACT 1429
Query 1482 GGCTGGAGAGCTCTATACCTGGGGTGACGGCACACATAATGTTGGGCTTCTTGGGCATGG 1541
|||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1430 GGCTGGAGAGCTCTATACATGGGGTGACGGTACACATAATGTCGGGCTTCTTGGGCATGG 1489
Query 1542 CTCTGATATCAGTCACTGGATACCAAAGAGAATTGCCGGTTCTCTCGAGGGGCTTCATGT 1601
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1490 CTCTGATATCAGTCACTGGATACCAAAGAGAATTGCCGGTTGTCTCGAGGGGCTTCATGT 1549
Query 1602 GGCTTCAGTAAGTTGTGGACCCTGGCACACCGCTTTGATAACATCATATGGGAGGCTTTT 1661
|||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1550 GGCTTCGGTAACTTGTGGACCCTGGCACACCGCTTTGATAACATCATATGGGAGGCTTTT 1609
Query 1662 TACATTTGGAGATGGAACATTTGGTGTCTTAGGGCACGGGGACAAGGAAACAGTTCAGTA 1721
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| |||||||||||| ||
Sbjct 1610 TACATTTGGAGATGGAACATTTGGTGTGTTAGGGCACGGTGACAGGGAAACAGTTCAATA 1669
Query 1722 TCCAAGAGAAGTTGAATCTCTATCAGGATTGAGAACGATTGCGGTTTCATGTGGGGTTTG 1781
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1670 TCCAAGAGAAGTTGAGTCTCTATCAGGATTGAGAACGATTGCGGTTTCATGTGGAGTTTG 1729
Query 1782 GCACACTGCTGCTGTTGTTGAGATCATTGTCACACAGTCAAACTCAAGTTCTGTATCATC 1841
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1730 GCACACTGCTGCTGTTGTTGAAATCATTGTCACACAGTCAAACTCAAGTTCTGTATCATC 1789
Query 1842 TGGAAAATTGTTCACATGGGGCGATGGAGACAAAAACCGTCTCGGACATGGTGACAAGGA 1901
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1790 TGGAAAATTGTTCACATGGGGTGATGGAGACAAAAACCGTCTCGGACATGGTGACAAGGA 1849
Query 1902 TCCTCGGCTTAAACCAACGTGTGTGCCTGCATTAATTGATTACAACTTTCACAAAATTGC 1961
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1850 TCCTCGGCTTAAACCAACGTGTGTGCCTGCATTAATTGATTACAACTTTCACAAAATTGC 1909
Query 1962 ATGTGGACACAGTTTGACAGTTGGTTTGACCACGTCTGGACAAGTGTTCACAATGGGGAG 2021
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1910 ATGTGGACACAGTTTGACAGTTGGTTTGACAACGTCTGGACAAGTGTTCACTATGGGGAG 1969
Query 2022 TACAGTTTATGGTCAACTTGGGAATTTACAGACTGACGGAAAATTACCGTGTTTGGTGGA 2081
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1970 TACAGTTTATGGTCAACTTGGGAATTTACAGACTGACGGAAAATTACCGTGTTTGGTGGA 2029
Query 2082 AGACAAGCTTGCAAGTGAATTTGTCGAGGAGATCTCCTGCGGGGCATATCACGTGGCAGC 2141
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2030 AGACAAGCTTGCAAGTGAATTTGTCGAGGAGATCTCCTGCGGGGCATATCACGTGGCGGC 2089
Query 2142 CTTAACATCTAGAAATGAAGTTTACACATGGGGTAAAGGAGCCAATGGGAGATTAGGGCA 2201
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2090 CTTAACATCTAGAAATGAAGTTTACACATGGGGTAAAGGAGCCAATGGTAGATTAGGGCA 2149
Query 2202 TGGTGATCTGGAGGATCGAAAAGTACCTACTATTGTGGAAGCTTTGAAGGATAGACACGT 2261
||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2150 TGGTGATCTGGAGGATCGAAAAGTACCAACTCTTGTGGAAGCTTTGAAGGATAGACACGT 2209
Query 2262 AAAATACATTGCTTGCGGATCGAATTACACTGCAGCCATATGTCTTCACAAATGGGTGTC 2321
||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||
Sbjct 2210 AAAGTACATTGCATGCGGATCAAATTACACTGCAGCCATATGTCTGCACAAATGGGTCTC 2269
Query 2322 TGGTGCTGAGCAGTCTCAGTGTTCAACCTGTAGACTGGCTTTTGGGTTTACACGGAAAAG 2381
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2270 TGGTGCTGAGCAGTCTCAGTGTTCAACCTGTAGACTGGCTTTTGGGTTTACACGGAAAAG 2329
Query 2382 ACATAACTGTTACAATTGTGGACTTGTGCACTGTCATTCATGCAGTTCaaaaaaaGCATT 2441
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2330 ACATAACTGTTACAATTGTGGACTTGTGCACTGTCATTCATGCAGTTCAAAAAAAGCATT 2389
Query 2442 CCGAGCTGCACTAGCCCCAAGCGCGGGAAGACTATATCGTGTCTGCGATTCTTGTTATGT 2501
|||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2390 CCGAGCTGCATTGGCCCCAAGCGCGGGAAGACTATATCGTGTCTGCGATTCTTGTTATGT 2449
Query 2502 TAAGCTCAGCAAAGTGTCTGAGATAAACGATACTAACAGAAGGAACAGTGCTGTGCCTCG 2561
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2450 TAAGCTCAGCAAAGTGTCTGAGATAAACGACACTAACAGAAGGAACAGTGTTGTGCCTCG 2509
Query 2562 TCTTTCAGGGGAGAATAGAGACAGATTAGATAAATCTGAAATAAGATTAGCTAAATTTGG 2621
||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2510 TCTTTCAGGGGAGAACAAAGACAGATTAGATAAATCTGAAATAAGATTAGCTAAATTTGG 2569
Query 2622 TACATCCAATATGGACCTAATTAAGCAATTGGATAGCAAAGCGGCCAAACAAGGAAAGAA 2681
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2570 TACATCCAATATGGACTTAATTAAGCAATTGGATAGTAAAGCGGCCAAACAAGGAAAGAA 2629
Query 2682 AACTGACACTTTTTCACTCGGTCGCAACTCTCAGCTGCCTTCTTTGTTGCAGCTGAAAGA 2741
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2630 AACTGACACTTTTTCACTCGGTCGCAACTCTCAGCTGCCTTCTTTGTTGCAGCTGAAAGA 2689
Query 2742 TGCTGTGCAGTCTAATATAGGCGATATGCGAAGAGCTACTCCAAAGTTAGCTCAGGCTCC 2801
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2690 TGCTGTGCAGTCTAATATAGGCGATATGCGAAGAGCTACTCCAAAGTTAGCTCCGGCTCC 2749
Query 2802 ATCAGGCATTAGCTCTCGGTCAGTGTCACCTTTCTCTAGGAGATCTAGTCCTCCTCGCTC 2861
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2750 ATCAGGTATTAGCTCTCGGTCAGTGTCACCTTTCTCTAGGAGATCTAGTCCTCCCCGCTC 2809
Query 2862 TGCCACTCCTATGCCTTCAACTTCTGGGCTCTATTT-CCCGGTGGGTATAGCAGATAATA 2920
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| | |||||||||||||| |
Sbjct 2810 TGCCACTCCTATGCCTTCAACTTCTGGGCTCTATTTTCCCG-TCGGTATAGCAGATAACA 2868
Query 2921 TGaaaaaaaCCAATGAAATTCTGAACCAGGAGATCGTTAAGTTACGAACACAGGTTGACA 2980
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2869 TGAAAAAAACCAATGAAATTCTGAACCAGGAGATTGTTAAGTTACGAACACAGGTTGACA 2928
Query 2981 GTCTAACTCAAAAATGTGAATTCCAAGAAGTAGAGCTTCAGAACTCTGTAAAGAAGACTC 3040
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2929 GTCTAACTCAAAAATGTGAACTCCAAGAAGTAGAGCTTCAGAACTCTGTAAAGAAGACAC 2988
Query 3041 AGGAAGCCTTAGCATTAGCAGAGGAGGAATCTGCCAAATCAAGAGCCGCGAAAGAGGCAA 3100
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2989 AGGAAGCCTTAGCATTGGCAGAGGAGGAATCTGCCAAATCAAGAGCCGCGAAAGAGGCAA 3048
Query 3101 TCAAGTCGCTCATAGCGCAGCTCAAAGATGTCGCTGAGAAGTTACCTCCAGGTGAGAGTG 3160
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||
Sbjct 3049 TCAAGTCGCTCATAGCGCAGCTCAAAGATGTAGCTGAGAAGTTGCCTCCTGGTGAGAGTG 3108
Query 3161 TAAAACTCGCGTGCCTTCAAAACGGATTAGACCAGAATGGTTTCCATTTCCCTGAAGAAA 3220
||||| |||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 3109 TAAAATTCGCCTGCCTTCAAAACGGATTTGACCAGAACGGTTTCCATTTCCCTGAAGAAA 3168
Query 3221 ATGGTTTCCATCCTTCAAGGTCGGAATCGATGACTTCATCTATATCTTCAGTTGCACCTT 3280
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || |||||||||||||||||||
Sbjct 3169 ATGGTTTCCATCCTTCAAGGTCGGAATCAATGACTTCGTCGATATCTTCAGTTGCACCTT 3228
Query 3281 TTGACTTTGCCTTTGCAAATGCATCTTGGTCTAATCTCCAATCACCAAAGCAAACGCCTA 3340
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3229 TTGACTTTGCCTTTGCAAATGCATCTTGGTCTAATCTCCAATCACCAAAGCAAACGCCTA 3288
Query 3341 GAGCCAGCGAAAGAAACAGCAATGCTTATCCAGCGGACCCACGGCTTAGCAGCAGCGGGT 3400
|||||||||||||||||| | ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3289 GAGCCAGCGAAAGAAACAACCATGCTTATCCAGCAGACCCACGGCTTAGCAGCAGCGGGT 3348
Query 3401 CAGTAATCAGTGAGAGAATCGAGCCTTTCCAGTTCCAGAACAACAGCGACAATGGTTCGA 3460
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||
Sbjct 3349 CAGTAATCAGTGAGAGAAACGAGCCTTTCCAGTTCCAAAACAATAGCGACAATGGTTCGA 3408
Query 3461 GTCAAACAGGAGTTAACAATACTAATCAGGTAGAAGCAGAGTGGATCGAACAGTACGAGC 3520
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 3409 GCCAAACAGGAGTTAACAATACTAATCAGGTAGAAGCAGAGTGGATTGAACAGTACGAGC 3468
Query 3521 CAGGCGTGTATATAACCCTTGTTGCCCTCCACGATGGAACTAGAGATTTACGAAGAGTCC 3580
|||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3469 CAGGCGTGTATATAACCCTTGTCGCCCTCCTCGATGGAACTAGAGATTTACGAAGAGTCC 3528
Query 3581 GCTTCAGCCGAAGAAGATTCGGGGAACATCAAGCTGAGACATGGTGGTCGGAGAATCGGG 3640
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 3529 GCTTCAGCCGAAGAAGATTCGGGGAACATCAAGCTGAGACATGGTGGTCGGAAAATCGGG 3588
Query 3641 AAAAAGTGTACGAAAAATATAATGTAAGAGTATCGGAAAAATCAACGGCTTCTCAAACGC 3700
|||||||||| || ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3589 AAAAAGTGTATGAGAAATATAATGTTAGAGTGTCGGAAAAATCAACGGCTTCTCAAACGC 3648
Query 3701 ATAGAGACAGAGATGAAGAAGAAGAAGACATTCCTCACTAGTAG--TCAGTCTCCTAATA 3758
||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| |||||| ||| | |||||
Sbjct 3649 ATAGAGACAGAGAGGAAGAAGAAGAAGACATTCTTCAGTAGTAGACTCA-TAAGATAATA 3707
Query 3759 ACATTTGTATGATTTTGCCCCATAATTTCCTGTGTCTCT-CTGTTTTGCCCCAAAACTGT 3817
|||||||||||||||||||||||| ||| | || ||||| | |||||||||| ||||| |
Sbjct 3708 ACATTTGTATGATTTTGCCCCATAGTTTTCAGTTTCTCTAC-GTTTTGCCCCGAAACTCT 3766
Query 3818 TCATTGTTCTACTTAAGTCCttttt-tttt-tt-CTCTATCTCGATTCAATCTGTGGGAG 3874
||||||||| |||||| |||||||| |||| || ||||||||||||||||| |||| ||
Sbjct 3767 TCATTGTTCAACTTAACTCCTTTTTCTTTTCTTTCTCTATCTCGATTCAATGTGTG--AG 3824
Query 3875 ATTAATTTTCATGTCCTCTACATGTATGTTGTATATATATA 3915
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 3825 ATTAATTTTCATGTCCTTTACATGTATGTTGTATATATATA 3865
Score = 171 bits (92), Expect = 5e-41
Identities = 106/112 (95%), Gaps = 4/112 (4%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ACTTTCTT-TTTGGCTATTCTTCTCTCTGTCATCGCTGTCTCTGACTTCA-TTGtcttcc 58
|||||||| ||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| | | |||||||||
Sbjct 1 ACTTTCTTCTTT-GCTTTTCTTCTCTCTGTCATCGCTGTCTCTGAC-TGACTTGTCTTCC 58
Query 59 tccttcttcctttttgcttttccgtcgtttttctccgccggatttttctctc 110
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 59 TCCTTCTTCCTTTTTGCTTTTCCGTCGTTTTTCTCCGCCGGATTTTTCTCTC 110
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 150441586069
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5