BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G77010.1
Length=2088
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg927098 jgi|Araly1|927098|scaffold_202659.1 3205 0.0
> Ahg927098 jgi|Araly1|927098|scaffold_202659.1
Length=2068
Score = 3205 bits (1735), Expect = 0.0
Identities = 1942/2044 (95%), Gaps = 6/2044 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 48 TTTTCTCCAAGCTATGGAAGTAGATTGTCGGCGTTATTACGTACGTCTTCTTCAATCATG 107
|||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 8 TTTTCTCCAAGCCATGGAAGTAGATTGTCGTCGTTATTACGTCCGTCTTCTTCAATCATG 67
Query 108 CAGCAGCAGAAATCGCGAAACTTTATGGAGACAAACCAATGGATTGCTCTTGAAGAAGGG 167
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||
Sbjct 68 CAGCAACAGAAATCGCGAAACTTTATGGAGACAAACCAACGGATTGTTCTTGAAGAAGGG 127
Query 168 TTTTCTTAGTTCAATTGTCATTGTTGCTAACCATCTCCTCCAAATGTACTCCCGGTCTGG 227
|||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||| || || ||||| ||||||||
Sbjct 128 TTTTATTAGTTCAATTGTCATTGTTGCTAATCATCTCCTTCAGATATACTCGCGGTCTGG 187
Query 228 TAAAATGGGAATTGCGCGGAACTTGTTCGACGAAATGCCTGATAGAAACTATTTCTCGTG 287
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 188 GAAAATGGGAATTGCACGGAACTTGTTCGACGAAATGCCTGAGAGAAACTATTTCTCGTG 247
Query 288 GAACACTATGATTGAAGGGTACATGAATTCTGGGGAAAAGGGAACGTCTTTGAGGTTTTT 347
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||
Sbjct 248 GAACACTATGATTGAAGGGTACATGAATTCTGGGGACAAGGGCACGTCTTTGAGGTTTTT 307
Query 348 TGATATGATGCCAGAAAGAGATGGGTACTCTTGGAACGTGGTTGTTTCCGGGTTTGCTAA 407
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 308 TGATATGATGCCAGAAAGAGATGGGTACTCTTGGAATGTGGTTGTTTCCGGGTTTGCTAA 367
Query 408 AGCTGGTGAGCTAAGTGTCGCTAGGAGGTTATTCAATGCCATGCCGGAAAAAGATGTTGT 467
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 368 AGCTGGTGAGCTAAGTGTTGCTAGGAGGTTATTCAATGCCATGCCGGAAAAAGATGTTGT 427
Query 468 GACGTTGAACTCTCTGCTTCATGGATATATTTTAAACGGTTATGCAGAGGAAGCTCTGAG 527
|||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| | ||||||||||||||
Sbjct 428 GACGTTGAACTCTCTGCTTCATGGTTATATTCTAAACGGTTATTCTGAGGAAGCTCTGAG 487
Query 528 GTTGTTTAAAGAATTGAATTTTAGCGCTGATGCGATCACATTGACGACAGTTCTTAAAGC 587
|||||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||
Sbjct 488 GTTGTTTAAAGAATTGAAATTTAGCGCTGATGCTATTACATTGACGACAGTTCTTAAGGC 547
Query 588 TTGTGCTGAGTTAGAAGCTTTGAAATGTGGGAAGCAGATACATGCTCAGATTCTGATCGG 647
||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 548 TTGTGCTGAGTTAGAAGCTCTGAAACGTGGGAAGCAGATACATGCTCAGATTCTGATCGG 607
Query 648 TGGTGTTGAATGTGACTCGAAAATGAATAGTTCTTTAGTTAATGTGTATGCAAAGTGTGG 707
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 608 CGGTGTTGAATGTGACTCGAAAATGAATAGTTCTTTAGTTAATGTGTATGCAAAGTGCGG 667
Query 708 TGATTTGAGAATGGCAAGCTATATGCTGGAGCAGATTAGGGAACCTGATGACCATTCTCT 767
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 668 TGATTTGAGAATGGCAAGCTATATGCTGGAGCAGATTGGGGAACCTGATGACCATTCTCT 727
Query 768 ATCTGCCTTAATTTCAGGTTATGCAAATTGTGGGAGAGTGAATGAGTCTAGAGGACTTTT 827
|||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 728 ATCTACCTTAATTTCAGGTTATGCTAATTGTGGGAGAGTGAATGAGTCTAGAAGACTTTT 787
Query 828 CGATAGGAAAAGTAACAGATGTGTAATTCTATGGAACTCTATGATTTCAGGCTATATTGC 887
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||
Sbjct 788 CGATAGGAAAAGTAACAGATGCGTAATTCTATGGAACTCTATGATTTCGGGTTATATTGC 847
Query 888 TAACAATATGAAAATGGAGGCATTGGTTCTTTTCAATGAGATGAGGAATGAAACCCGGGA 947
|||||||||||| | |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 848 CAACAATATGAAATTTGAGGCATTGGTTCTGTTCAATGAGATGAGGAATGAAACCTGGGA 907
Query 948 AGATTCTCGTACGCTGGCAGCGGTTATAAATGCTTGCATCGGTTTGGGCTTCCTAGAGAC 1007
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 908 AGATTCTCGTACGCTGGCAGCTGTTATAAATGCTTGCATTGGTTTGGGCTTCCTAGAGAC 967
Query 1008 TGGTAAACAAATGCATTGTCATGCTTGTAAATTTGGGTTAATTGATGACATTGTTGTAGC 1067
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||
Sbjct 968 TGGTAAACAAATGCATTGTCATGCTTGTAAATTTGGGTTAGTTGACGACATTGTTGTAGC 1027
Query 1068 TAGCACTTTGCTTGACATGTACTCCAAGTGTGGAAGCCCAATGGAAGCTTGCAAACTTTT 1127
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1028 TAGCACTTTGCTTGATATGTACTCCAAGTGTGGAAGCCCAATGGAAGCTTGCAAACTTTT 1087
Query 1128 CAGTGAGGTCGAATCCTATGACACTATCTTACTTAACAGTATGATCAAGGTATATTTCAG 1187
|||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1088 CAGTGAGGTCGAGTCCTATGACACAATCTTACTGAACAGTATGATTAAGGTATATTTCAG 1147
Query 1188 CTGCGGAAGAATCGATGATGCAAAACGGGTATTTGAGAGAATTGAAAATAAGAGCTTGAT 1247
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1148 CTGCGGAAGAATCGATGATGCAAAACGGGTATTTGAGAGAATTGAAAATAAGAGCTTGAT 1207
Query 1248 TTCTTGGAACTCAATGACTAACGGATTCAGTCAAAATGGTTGTACTGTTGAAACTTTAGA 1307
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||
Sbjct 1208 TTCTTGGAACTCAATGACTAACGGATTCAGTCAAAATGGTTGTCCAGTTGAAACTTTAGA 1267
Query 1308 GTATTTCCA-TCAGATGCATAAGCTGGATTTGCCTACAGATGAGGTTAGCCTCTCTAGTG 1366
||||||| | ||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1268 GTATTTC-AGTCAAATGCACAAGCTGGATTTGCCGACAGATGAGGTTAGCCTCTCTAGTG 1326
Query 1367 TCATTAGTGCGTGTGCAAGTATATCTTCTCTCGAACTCGGTGAGCAAGTTTTTGCGAGGG 1426
||||||||||||||||||| || |||||||| | |||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1327 TCATTAGTGCGTGTGCAAGCATTTCTTCTCTTGGACTCGGTGAGCAGGTTTTTGCGAGGG 1386
Query 1427 CAACTATTGTTGGTCTTGACTCTGATCAAGTAGTATCATCTTCTCTCATTGATCTCTACT 1486
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||| ||||
Sbjct 1387 CAACTATTGTTGGTCTTGACTCTGATCAAATAGTATCATCCTCTCTCATTGATCTATACT 1446
Query 1487 GCAAGTGTGGATTCGTTGAGCATGGCAGGAGAGTATTCGATACAATGGTTAAA-TCAGAT 1545
|||||||||| | ||| ||| |||||||||||||||| || |||||| ||||| ||||||
Sbjct 1447 GCAAGTGTGGGTCCGTCGAGAATGGCAGGAGAGTATTTGACACAATG-TTAAAATCAGAT 1505
Query 1546 GAAGTACCATGGAACTCAATGATATCAGGTTATGCTACGAATGGTCAAGGATTTGAAGCG 1605
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1506 GAAGTACCATGGAACTCAATGATATCAGGTTATGCTACGAATGGTCATGGATTTGAAGCA 1565
Query 1606 ATTGACTTGTTCAAGAAAATGAGTGTTGCTGGTATAAGACCTACTCAGATCACTTTTATG 1665
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||
Sbjct 1566 ATTGATTTGTTCAAGAAAATGAGTGTTGCTGGTATAAGACCCACTCAGATCACCTTTATG 1625
Query 1666 GTTGTTCTAACAGCATGCAATTACTGTGGTTTAGTCGAAGAGGGACGAAAATTGTTTGAG 1725
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | ||||||||||
Sbjct 1626 GTTGTTCTAACAGCATGCAATTACTGTGGTTTAGTCGAAGAAGGAAGGTTATTGTTTGAG 1685
Query 1726 TCAATGAAGGTTG-ATCATGGTTTTGTTCCAGATAAAGAGCATTTTTCATGTATGGTTGA 1784
|||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1686 GCAATGAAG-TTGGATCATGGTTTTGTTCCAGATAAAGAGCATTTTTCATGCATGGTTGA 1744
Query 1785 TCTTTTGGCTCGTGCTGGTTATGTGGAAGAAGCTATAAATCTTGTAGAAGAGATGCCTTT 1844
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1745 CCTTTTGGCTCGTGCTGGTTATGTGGAAGAAGCTATAGATCTTGTAGAAGAGATGCCTTT 1804
Query 1845 CGATGTGGATGGAAGCATGTGGTCATCTATTCTAAGAGGATGTGTAGCAAATGGATATAA 1904
||||| ||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1805 CGATGCGGATGCTAGCATGTGGTCATCTGTTCTAAGAGGATGTGTAGCAAATGGATATAA 1864
Query 1905 AGCCATGGGAAAGAAAGCTGCTGAGAAGATTATAGAGCTTGAACCTGAGAACTCAGTTGC 1964
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1865 AGCCATGGGAAAGAAAGTTGCTGAGAAGATTATAGAGCTTGAACCTGACAACTCAGTTGC 1924
Query 1965 TTATGTGCAGTTGTCCGCTATATTCGCAACCTCGGGAGATTGGGAAAGCTCGGCGCTTGT 2024
|||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1925 TTATGTGCAGTTGTCCGCCATATTCGCAACCTCTGGAGATTGGGAAAGCTCGGCGCTTGT 1984
Query 2025 AAGAAAACTGATGAGGGAGAACAATGTGACAAAGAATCCAGGTTCTAGTTGGACTGATTG 2084
||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1985 AAGAAAACTGATGAGAGAAAACAATGTGACAAAGAATCCAGGTTCTAGTTGGGCTGATTG 2044
Query 2085 TTGA 2088
||||
Sbjct 2045 TTGA 2048
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 78542085190
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5