BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT1G77010.1 Length=2088 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg927098 jgi|Araly1|927098|scaffold_202659.1 3205 0.0 > Ahg927098 jgi|Araly1|927098|scaffold_202659.1 Length=2068 Score = 3205 bits (1735), Expect = 0.0 Identities = 1942/2044 (95%), Gaps = 6/2044 (0%) Strand=Plus/Plus Query 48 TTTTCTCCAAGCTATGGAAGTAGATTGTCGGCGTTATTACGTACGTCTTCTTCAATCATG 107 |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| Sbjct 8 TTTTCTCCAAGCCATGGAAGTAGATTGTCGTCGTTATTACGTCCGTCTTCTTCAATCATG 67 Query 108 CAGCAGCAGAAATCGCGAAACTTTATGGAGACAAACCAATGGATTGCTCTTGAAGAAGGG 167 ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| Sbjct 68 CAGCAACAGAAATCGCGAAACTTTATGGAGACAAACCAACGGATTGTTCTTGAAGAAGGG 127 Query 168 TTTTCTTAGTTCAATTGTCATTGTTGCTAACCATCTCCTCCAAATGTACTCCCGGTCTGG 227 |||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||| || || ||||| |||||||| Sbjct 128 TTTTATTAGTTCAATTGTCATTGTTGCTAATCATCTCCTTCAGATATACTCGCGGTCTGG 187 Query 228 TAAAATGGGAATTGCGCGGAACTTGTTCGACGAAATGCCTGATAGAAACTATTTCTCGTG 287 |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| Sbjct 188 GAAAATGGGAATTGCACGGAACTTGTTCGACGAAATGCCTGAGAGAAACTATTTCTCGTG 247 Query 288 GAACACTATGATTGAAGGGTACATGAATTCTGGGGAAAAGGGAACGTCTTTGAGGTTTTT 347 |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| Sbjct 248 GAACACTATGATTGAAGGGTACATGAATTCTGGGGACAAGGGCACGTCTTTGAGGTTTTT 307 Query 348 TGATATGATGCCAGAAAGAGATGGGTACTCTTGGAACGTGGTTGTTTCCGGGTTTGCTAA 407 |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| Sbjct 308 TGATATGATGCCAGAAAGAGATGGGTACTCTTGGAATGTGGTTGTTTCCGGGTTTGCTAA 367 Query 408 AGCTGGTGAGCTAAGTGTCGCTAGGAGGTTATTCAATGCCATGCCGGAAAAAGATGTTGT 467 |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 368 AGCTGGTGAGCTAAGTGTTGCTAGGAGGTTATTCAATGCCATGCCGGAAAAAGATGTTGT 427 Query 468 GACGTTGAACTCTCTGCTTCATGGATATATTTTAAACGGTTATGCAGAGGAAGCTCTGAG 527 |||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| | |||||||||||||| Sbjct 428 GACGTTGAACTCTCTGCTTCATGGTTATATTCTAAACGGTTATTCTGAGGAAGCTCTGAG 487 Query 528 GTTGTTTAAAGAATTGAATTTTAGCGCTGATGCGATCACATTGACGACAGTTCTTAAAGC 587 |||||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||||| || Sbjct 488 GTTGTTTAAAGAATTGAAATTTAGCGCTGATGCTATTACATTGACGACAGTTCTTAAGGC 547 Query 588 TTGTGCTGAGTTAGAAGCTTTGAAATGTGGGAAGCAGATACATGCTCAGATTCTGATCGG 647 ||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 548 TTGTGCTGAGTTAGAAGCTCTGAAACGTGGGAAGCAGATACATGCTCAGATTCTGATCGG 607 Query 648 TGGTGTTGAATGTGACTCGAAAATGAATAGTTCTTTAGTTAATGTGTATGCAAAGTGTGG 707 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || Sbjct 608 CGGTGTTGAATGTGACTCGAAAATGAATAGTTCTTTAGTTAATGTGTATGCAAAGTGCGG 667 Query 708 TGATTTGAGAATGGCAAGCTATATGCTGGAGCAGATTAGGGAACCTGATGACCATTCTCT 767 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| Sbjct 668 TGATTTGAGAATGGCAAGCTATATGCTGGAGCAGATTGGGGAACCTGATGACCATTCTCT 727 Query 768 ATCTGCCTTAATTTCAGGTTATGCAAATTGTGGGAGAGTGAATGAGTCTAGAGGACTTTT 827 |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| Sbjct 728 ATCTACCTTAATTTCAGGTTATGCTAATTGTGGGAGAGTGAATGAGTCTAGAAGACTTTT 787 Query 828 CGATAGGAAAAGTAACAGATGTGTAATTCTATGGAACTCTATGATTTCAGGCTATATTGC 887 ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || |||||||| Sbjct 788 CGATAGGAAAAGTAACAGATGCGTAATTCTATGGAACTCTATGATTTCGGGTTATATTGC 847 Query 888 TAACAATATGAAAATGGAGGCATTGGTTCTTTTCAATGAGATGAGGAATGAAACCCGGGA 947 |||||||||||| | |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||| Sbjct 848 CAACAATATGAAATTTGAGGCATTGGTTCTGTTCAATGAGATGAGGAATGAAACCTGGGA 907 Query 948 AGATTCTCGTACGCTGGCAGCGGTTATAAATGCTTGCATCGGTTTGGGCTTCCTAGAGAC 1007 ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| Sbjct 908 AGATTCTCGTACGCTGGCAGCTGTTATAAATGCTTGCATTGGTTTGGGCTTCCTAGAGAC 967 Query 1008 TGGTAAACAAATGCATTGTCATGCTTGTAAATTTGGGTTAATTGATGACATTGTTGTAGC 1067 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| Sbjct 968 TGGTAAACAAATGCATTGTCATGCTTGTAAATTTGGGTTAGTTGACGACATTGTTGTAGC 1027 Query 1068 TAGCACTTTGCTTGACATGTACTCCAAGTGTGGAAGCCCAATGGAAGCTTGCAAACTTTT 1127 ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1028 TAGCACTTTGCTTGATATGTACTCCAAGTGTGGAAGCCCAATGGAAGCTTGCAAACTTTT 1087 Query 1128 CAGTGAGGTCGAATCCTATGACACTATCTTACTTAACAGTATGATCAAGGTATATTTCAG 1187 |||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 1088 CAGTGAGGTCGAGTCCTATGACACAATCTTACTGAACAGTATGATTAAGGTATATTTCAG 1147 Query 1188 CTGCGGAAGAATCGATGATGCAAAACGGGTATTTGAGAGAATTGAAAATAAGAGCTTGAT 1247 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1148 CTGCGGAAGAATCGATGATGCAAAACGGGTATTTGAGAGAATTGAAAATAAGAGCTTGAT 1207 Query 1248 TTCTTGGAACTCAATGACTAACGGATTCAGTCAAAATGGTTGTACTGTTGAAACTTTAGA 1307 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| Sbjct 1208 TTCTTGGAACTCAATGACTAACGGATTCAGTCAAAATGGTTGTCCAGTTGAAACTTTAGA 1267 Query 1308 GTATTTCCA-TCAGATGCATAAGCTGGATTTGCCTACAGATGAGGTTAGCCTCTCTAGTG 1366 ||||||| | ||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1268 GTATTTC-AGTCAAATGCACAAGCTGGATTTGCCGACAGATGAGGTTAGCCTCTCTAGTG 1326 Query 1367 TCATTAGTGCGTGTGCAAGTATATCTTCTCTCGAACTCGGTGAGCAAGTTTTTGCGAGGG 1426 ||||||||||||||||||| || |||||||| | |||||||||||| ||||||||||||| Sbjct 1327 TCATTAGTGCGTGTGCAAGCATTTCTTCTCTTGGACTCGGTGAGCAGGTTTTTGCGAGGG 1386 Query 1427 CAACTATTGTTGGTCTTGACTCTGATCAAGTAGTATCATCTTCTCTCATTGATCTCTACT 1486 ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||| |||| Sbjct 1387 CAACTATTGTTGGTCTTGACTCTGATCAAATAGTATCATCCTCTCTCATTGATCTATACT 1446 Query 1487 GCAAGTGTGGATTCGTTGAGCATGGCAGGAGAGTATTCGATACAATGGTTAAA-TCAGAT 1545 |||||||||| | ||| ||| |||||||||||||||| || |||||| ||||| |||||| Sbjct 1447 GCAAGTGTGGGTCCGTCGAGAATGGCAGGAGAGTATTTGACACAATG-TTAAAATCAGAT 1505 Query 1546 GAAGTACCATGGAACTCAATGATATCAGGTTATGCTACGAATGGTCAAGGATTTGAAGCG 1605 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| Sbjct 1506 GAAGTACCATGGAACTCAATGATATCAGGTTATGCTACGAATGGTCATGGATTTGAAGCA 1565 Query 1606 ATTGACTTGTTCAAGAAAATGAGTGTTGCTGGTATAAGACCTACTCAGATCACTTTTATG 1665 ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| Sbjct 1566 ATTGATTTGTTCAAGAAAATGAGTGTTGCTGGTATAAGACCCACTCAGATCACCTTTATG 1625 Query 1666 GTTGTTCTAACAGCATGCAATTACTGTGGTTTAGTCGAAGAGGGACGAAAATTGTTTGAG 1725 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | |||||||||| Sbjct 1626 GTTGTTCTAACAGCATGCAATTACTGTGGTTTAGTCGAAGAAGGAAGGTTATTGTTTGAG 1685 Query 1726 TCAATGAAGGTTG-ATCATGGTTTTGTTCCAGATAAAGAGCATTTTTCATGTATGGTTGA 1784 |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| Sbjct 1686 GCAATGAAG-TTGGATCATGGTTTTGTTCCAGATAAAGAGCATTTTTCATGCATGGTTGA 1744 Query 1785 TCTTTTGGCTCGTGCTGGTTATGTGGAAGAAGCTATAAATCTTGTAGAAGAGATGCCTTT 1844 |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| Sbjct 1745 CCTTTTGGCTCGTGCTGGTTATGTGGAAGAAGCTATAGATCTTGTAGAAGAGATGCCTTT 1804 Query 1845 CGATGTGGATGGAAGCATGTGGTCATCTATTCTAAGAGGATGTGTAGCAAATGGATATAA 1904 ||||| ||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1805 CGATGCGGATGCTAGCATGTGGTCATCTGTTCTAAGAGGATGTGTAGCAAATGGATATAA 1864 Query 1905 AGCCATGGGAAAGAAAGCTGCTGAGAAGATTATAGAGCTTGAACCTGAGAACTCAGTTGC 1964 ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| Sbjct 1865 AGCCATGGGAAAGAAAGTTGCTGAGAAGATTATAGAGCTTGAACCTGACAACTCAGTTGC 1924 Query 1965 TTATGTGCAGTTGTCCGCTATATTCGCAACCTCGGGAGATTGGGAAAGCTCGGCGCTTGT 2024 |||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1925 TTATGTGCAGTTGTCCGCCATATTCGCAACCTCTGGAGATTGGGAAAGCTCGGCGCTTGT 1984 Query 2025 AAGAAAACTGATGAGGGAGAACAATGTGACAAAGAATCCAGGTTCTAGTTGGACTGATTG 2084 ||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| Sbjct 1985 AAGAAAACTGATGAGAGAAAACAATGTGACAAAGAATCCAGGTTCTAGTTGGGCTGATTG 2044 Query 2085 TTGA 2088 |||| Sbjct 2045 TTGA 2048 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 78542085190 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5