BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G77030.1
Length=2755
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg316620 jgi|Araly1|316620|fgenesh1_pm.C_scaffold_2001653 3842 0.0
> Ahg316620 jgi|Araly1|316620|fgenesh1_pm.C_scaffold_2001653
Length=2505
Score = 3842 bits (2080), Expect = 0.0
Identities = 2398/2545 (94%), Gaps = 47/2545 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 74 ATGGTTGAAGGAAAGGGCTTCCTCGTGAGCTCAGTGACTGAGCTTCACCGTAAAGAGAAA 133
|||||||||||||| || ||| | |||||||| || |||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1 ATGGTTGAAGGAAACGGTTTCTTGGTGAGCTCGGTTACTGAGCTTCACCGGAAAGAGAAA 60
Query 134 CAGAAGAAGAAAGGCAAATCTGGAGGATTCGAGTCACTAAATCTCGGACCTAATGTCTTC 193
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || || ||||||||||||
Sbjct 61 CAGAAGAAGAAAGGCAAATCTGGAGGATTTGAGTCACTAAACCTAGGTCCTAATGTCTTC 120
Query 194 AATGCAATCAAGAAAAAGGGTTACAAAGTTCCTACACCAATTCAGAGGAAGACGATGCCG 253
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 121 AATGCAATCAAGAAAAAGGGTTACAAAGTTCCTACACCAATCCAGAGGAAGACGATGCCG 180
Query 254 CTTATTCTCTCTGGCGTCGATGTTGTCGCTATGGCTCGAACCGGTTCTGGAAAAACCGCA 313
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||
Sbjct 181 CTTATTCTCTCAGGCGTCGATGTTGTCGCTATGGCTCGAACCGGTTCCGGTAAAACCGCA 240
Query 314 GCTTTTCTCATCCCTATGCTTGAGAAGCTCAAACAACACGTTCCTCAAGGAGGTGTTAGA 373
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 241 GCTTTTCTCATCCCTATGCTTGAGAAGCTCAAACAACACGTTCCTCAGGGAGGTGTTAGA 300
Query 374 GCACTCATCTTGTCTCCTACTCGTGACTTAGCTGAGCAGACTCTGAAGTTCACCAAGGAA 433
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 GCACTCATCTTGTCTCCTACTCGTGATTTAGCTGAGCAGACTCTGAAGTTCACCAAGGAA 360
Query 434 CTTGGCAAATTTACAGATCTTCGTGTATCCTTACTGGTTGGTGGAGATAGTATGGAAGAC 493
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 361 CTCGGCAAATTTACAGATCTTCGTGTATCCTTACTGGTTGGTGGAGATAGTATGGAAGAC 420
Query 494 CAGTTTGAAGAGTTAACAAAGGGACCTGATGTGATTATTGCTACTCCTGGGAGACTTATG 553
||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 421 CAGTTTGAAGAATTGACAAAGGGACCTGATGTGATTATTGCAACTCCTGGGAGACTTATG 480
Query 554 CATCTTTTATCTGAGGTTGATGATATGACGCTAAGGACGGTTGAGTATGTAGTTTTTGAT 613
|||||||| |||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||| ||||| |||
Sbjct 481 CATCTTTTGTCTGAGGTTGATGATATGACACTTAGGACCGTTGAGTATGTGGTTTTCGAT 540
Query 614 GAGGCAGATAGTCTGTTTGGTATGGGGTTTGCTGAACAGTTACATCAGATTCTAACTCAG 673
|||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||
Sbjct 541 GAGGCAGATAGTCTCTTTGGTATGGGTTTTGCTGAACAGTTGCATCAGATTCTTACTCAG 600
Query 674 TTAAGTGAGAATAGGCAGACTTTGCTATTTAGTGCCACTTTACCAAGTGCCCTTGCTGAA 733
|||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 601 TTAAGTGAGAATAGGCAGACTTTGCTTTTTAGCGCCACTTTACCAAGTGCCCTTGCAGAA 660
Query 734 TTTGCAAAGGCTGGTTTGCGTGAGCCTCAGCTTGTTCGTTTAGATGTTGAGAATAAGATA 793
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 661 TTTGCAAAGGCGGGTTTGCGTGAGCCTCAGCTTGTTCGTTTAGATGTTGAGAACAAGATA 720
Query 794 AGTCCC-GATTTGAAG-CTTTCGTTTTTGACTGTACGACCGGAAGAGAAGTATTCTGCAT 851
|| ||| |||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |
Sbjct 721 AG-CCCGGATTTG-AGACTTTCGTTTTTGACTGTACGACCGGAAGAGAAGTATGCTGCGT 778
Query 852 TGCTGTACTTGGTTAGGGAGCATATAAGTTCAGATCAACAGACCTTGATATTTGTTTCGA 911
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 779 TGCTGTACTTGGTAAGGGAGCATATAAGTTCAGATCAACAGACCTTGATCTTTGTTTCGA 838
Query 912 CAAAGCATCATGTGGAATTTGTCAACTCATTGTTTAAGTTGGAGAATATTGAGCCATCTG 971
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 839 CAAAGCATCATGTGGAATTTGTCAACTCATTGTTTAAGTTGGAAAATATTGAGCCATCTG 898
Query 972 TATGTTATGGTGATATGGATCAAGATGCACGTAAGATTCATGTATCAAGGTTCAGAGCGA 1031
| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 899 TTTGTTATGGTGATATGGATCAAGATGCGCGTAAGATTCATGTATCAAGGTTCAGAGCAA 958
Query 1032 GGAAGACTATGTTGTTGATTGTGACAGATATTGCTGCTAGGGGTATTGACATACCATTGC 1091
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 959 GGAAGACTATGTTGTTGATTGTGACAGATATTGCTGCTAGGGGTATTGACATACCATTGC 1018
Query 1092 TTGATAATGTTATAAACTGGGATTTCCCTCCGAGACCGAAGATTTTTGTTCATCGTGTGG 1151
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1019 TTGATAATGTTATAAACTGGGATTTCCCTCCGAGACCAAAGATTTTTGTTCATCGTGTGG 1078
Query 1152 GAAGAGCTGCCAGGGCTGGTCGTACAGGCTGTGCATATTCCTTTGTTACACCTGAGGATA 1211
|||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1079 GAAGAGCTGCCAGGGCTGGTCGTACAGGTTCTGCATATTCCTTTGTTACACCTGAGGATA 1138
Query 1212 TGCCATATATGTTGGATCTTCATCTGTTCCTCTCAAAACCGGTCAGGCCAGCGCCCACTG 1271
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1139 TGCCATATATGTTGGATCTTCATCTGTTCCTCTCAAAACCGGTCAGGCCAGCACCCACTG 1198
Query 1272 AGGATGAGGTCTTGAAGAACATGGAAGAAGTAATGACCAAAACTAGTCAAGCAATTGATA 1331
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1199 AGGATGAGGTCTTGAAGAACATGGACGAAGTAATGACCAAAACTAGTCAAGCAATTGATA 1258
Query 1332 GTGGAGTCACCGTCTATGGTCGTTTCCCACAGAAAACCATTGATCTTATCTTTAATAGAA 1391
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1259 GTGGAGTAACCGTCTATGGTCGTTTCCCACAGAAAACCATTGATCTTATCTTTAACAGAA 1318
Query 1392 CCAGAGAAATGATTGATTCATCTGCAGAATTAGATTCCCTTGAACGAACATCCACCAAAG 1451
|| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||
Sbjct 1319 CCCGGGAAATGATTGATTCATCTGCAGAATTAGATTCCCTTGAAAGAACATCCACAAAAG 1378
Query 1452 CTTTTCGCTTGTATTCAAAAACAAAACCCTCACCGTCAAAAGAATCCATTAGGAGAGCAA 1511
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1379 CTTTTCGCTTGTATTCAAAAACAAAACCCTCACCGTCAAAAGAGTCCATTAGGAGAGCAA 1438
Query 1512 AGGATTTACCACGAGAAGGCTTGCATCCCATCTTCAGAAGCATTATTGAAACTGGGGAAT 1571
|||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1439 AGGATTTACCCCGGGAAGGCTTGCATCCCATCTTCAGAAGCATTATTGAAACTGGGGAAT 1498
Query 1572 TAGAGGCAATGTCGTTTTTCCAGAAAATTAAAAATTTCAGACCCAAGCAAACGATACTTG 1631
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| || |||||||
Sbjct 1499 TAGAGGCTATGTCGTTTTTCCAGAAAATTAAAAATTTCAAACCCAAGCAGACCATACTTG 1558
Query 1632 AAGCAGAAGGTGAAGTTGCCAAATCCAAACATGTGAAGGGTCCCGCTGGCCAATGGGTTG 1691
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1559 AAGCAGAAGGTGAAGTTGCCAAATCCAAACATGTGAAGGGTCCCGCTGGCCAATGGGTTG 1618
Query 1692 ATGTGATGAAGAAGAAAAGAGCTATTCATGAGGAGATCATCAATACAAGACATCAGCAGA 1751
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1619 ATGTGATGAAGAAGAAAAGAGCCATTCATGAGGAGATCATCAATACAAGACATCAGCAGA 1678
Query 1752 ATCAAAAGA-CTTCCAATAATCATTTGGAGATGGAAGCTGAACCTACAACTTCTTTTGTT 1810
|||| |||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1679 ATCAGAAGAGCT-CCAATAATCATTTGGAGATGGAAGCTGAACCTACAACTTCTTTTGAT 1737
Query 1811 GATGGCACAGTAGAGGGAAGCAAAGTAAGCGGTAAGAAAAGAAAGGCACAAGAAACCTTC 1870
|| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1738 GAGGGCACAATAGAGGGAAGCAAAGTAAGCGGTAAGAAAAGAAAGGCACAAGAAAGTTTC 1797
Query 1871 AAGGACGATGAATTCTTTATCAGCTCCATACCAGTAAATCATCATTCAGAGGCAGGGCTA 1930
||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1798 AAGGACGATGATTTCTATATCAGCTCCATACCAGTAAATCATCATTCAGAGGCAGGGCTG 1857
Query 1931 TCTCTGAGGGGTAACGAAGGATTTGGATCGAATAGGTTGGACGCTGCTGTTCTAGATCTA 1990
||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1858 TCTCTAAGGGGTAACGAAGGGTTTGGATCGAATAGGTTGGACGCTGCTGTTCTAGATCTA 1917
Query 1991 GTTGCAGATGATGGGCAAGGGATAAAGCAGCAACAATCAAATTATCACTGGGACAAGAAA 2050
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1918 GTTGCAGATGATGGGCAAGGGATGAAGCAGCAACAATCAAATTATCACTGGGACAAGAAA 1977
Query 2051 GGTAAGAAGTACATCAAGTTGAACAATGGAGATCGAGTAACAGCCAGTGGAAAGATAAAG 2110
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1978 AGTAAGAAGTACATCAAGTTGAACAATGGAGATCGAGTAACAGCCAGTGGAAAGATAAAG 2037
Query 2111 ACAGAGAGTGGAGCTAAAGCGACTGCAAAGAAGACAGGGATATACAAGAGATGGCAAGAG 2170
||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2038 ACAGAGAGTGGAGCTAAAGTGAAAGCAAACAAGACAGGGATATACAAGAGATGGCAAGAG 2097
Query 2171 AGGTCTCACAAGAAAGTAT-C--CCGAGACAGCGGTGATGCAGACGAAACCACACGAATG 2227
|||||||| |||||||||| | ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2098 AGGTCTCATAAGAAAGTATTCAGCCGAGACGGCGGTGATGCAGACGAAACCACACGAATG 2157
Query 2228 TCAGGTAGAGGAGGCCGAGATGGGAAGAGACGGCAAGGATCAGTGCCTAACGCACATGTT 2287
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2158 TCAGGTAGAGGAGGCCGAGATGGGAAGAGACGGCAAGGATCAGTGCCTAACGCGCATGTG 2217
Query 2288 CGTTCAGAGATCAAAGATCTGGACCAGGTGCGTAAGGAGAGACAGCAAAAGGCAAACAAA 2347
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2218 CGTTCAGAGATCAAAGATCTGGAGCAGGTGCGTAAGGAGAGACAGCAAAAGGCAAACAAA 2277
Query 2348 GTTTCTTATCTGCAGAGCAAGAGAGGCGGAAgaggtggaagaggtggggccaggggaggc 2407
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2278 GTGTCTTATCTGCAGAGCAAGAGAGGCGGAAGAGGTGGAA---------CCAGGGGAGGC 2328
Query 2408 cgtggtggtggggccaggggaggccgtggtggcagcagggATTTTGGTGGTGGAGGAAGG 2467
|||||||| | |||| | |||||| | | | ||||| | | ||
Sbjct 2329 CGTGGTGGCAGA---AGGGAATT---TGGTGGT-G--G--A----GGTGG---A--A-GG 2367
Query 2468 GATTTTGGCAGTAGCAGCGATAGAGGTGGAAGAAGTGGCGGTAGGGATTTTGGTGGTCGT 2527
|||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||
Sbjct 2368 GATTTTGGTAGTAGCAGCGATAGAGGTGGGAGAAGTGGCGGGAGGGATTTCGGTGGTCGT 2427
Query 2528 CGTGGTGGT-GCTAGCACTAGTAGCagaggtggtaagagaggaggaggaagaggaggtgg 2586
||||||||| | ||||||||||| |||| || | | ||||| ||||||||||| ||||
Sbjct 2428 CGTGGTGGTAG-TAGCACTAGTA--AGAGA-GG-A-G-GAGGAAGAGGAAGAGGAAGTGG 2480
Query 2587 aggtaaacgtgggagaggaagaTAG 2611
|||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2481 AGGTAAACGTGGGAGAGGAAGATAG 2505
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 103948278605
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5