BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G77220.1
Length=2025
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg927120 jgi|Araly1|927120|scaffold_202681.1 2490 0.0
> Ahg927120 jgi|Araly1|927120|scaffold_202681.1
Length=1502
Score = 2490 bits (1348), Expect = 0.0
Identities = 1453/1504 (97%), Gaps = 5/1504 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 271 TTGCTTCTTGTTGTTTGCTGTTTCTTAATGGAGTGGAGGGGAATCCTCTGCTCGTTGCTT 330
|||||||||||| ||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1 TTGCTTCTTGTT-TTTGCTGGTTCTAAATGGAGTGGAGGGGAATCCTCTGCTCGCTGCTT 59
Query 331 TTTATTGTTTCCGTGGGAGAGTCGTCAAGTAGATTTGGGATAATGTGGCATCCTAATCTT 390
|||||| | || | ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||
Sbjct 60 TTTATTATATCTGCGGGAGAGTCGTCAAGTAGATTCGGGATAATGTGGCATCCTAACCTT 119
Query 391 GGTGTTGATTCTGGACAATACTTGACTTGGCCAATCTTAAGTGCTAGTGTATTCGTGGTT 450
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 120 GGTGTTGATTCTGGACAATACTTGACTTGGCCAATCTTAAGTGCCAGTGTATTCGTGGTT 179
Query 451 ATTGCCATCCTCCTCCCCATGTATCTTATCTTTGAGCACTTAGCTTCTTATAATCAACCA 510
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 180 ATTGCCATCCTCCTCCCCATGTATCTTATCTTCGAGCACTTAGCTTCTTATAATCAACCA 239
Query 511 GAGGAACAGAAGTTTCTTATTGGACTTATTCTGATGGTTCCTGTTTATGCCGTGGAATCG 570
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 240 GAGGAACAGAAGTTCCTTATTGGACTTATTCTGATGGTTCCTGTTTATGCCGTGGAATCG 299
Query 571 TTTTTGTCTTTGGTGAATTCAGAAGCAGCTTTCAACTGCGAGGTGATTAGAGATTGTTAT 630
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| |||| ||||||
Sbjct 300 TTTTTGTCTTTGGTGAATTCGGAAGCAGCTTTCAACTGTGAGGTGATTCGAGACTGTTAT 359
Query 631 GAAGCTTTTGCACTCTATTGTTTCGAGAGATATTTGATAGCTTGCCTAGATGGAGAAGAA 690
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 360 GAAGCTTTTGCACTCTATTGTTTCGAGAGATATTTGATAGCTTGCCTAGATGGAGAAGAA 419
Query 691 CGTACAATTGAATTCATGGAACAACAGACAGTTATCACCCAGAGTACTCCTCTTCTAGAA 750
||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 420 CGTACAATTGAATACATGGAACAGCAGACAGTTATCACCCAGAGCACTCCTCTTCTAGAA 479
Query 751 GGCACATGTTCTTATGGGGTTGTAGAGCATCCCTTTCCAATGAACTGCTTCGTAAAAGAT 810
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 480 GGCACATGTTCTTATGGAGTTGTAGAGCATCCCTTTCCAATGAACTGCTTCCTAAAAGAT 539
Query 811 TGGAGTCTTGGTCCTCAGTTTTATCATGCTGTGAAAATTGGCATCGTTCAATATATGATA 870
||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 540 TGGAGTCTTGGTCCTGAGTTTTATCACGCTGTGAAAATTGGCATCGTTCAATATATGATA 599
Query 871 CTGAAAATGATTTGTGCTCTGTTAGCAATGATCCTCGAAGCCTTTGGGGTTTATGGAGAA 930
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 600 CTGAAAATGATTTGTGCTCTATTAGCAATGATCCTCGAAGCCTTTGGGGTTTATGGAGAA 659
Query 931 GGGAAGTTCGCATGGAATTATGGATATCCATATCTGGCTGTAGTGCTCAATTTCAGTCAA 990
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 660 GGGAAATTCGCATGGAATTATGGATATCCATATCTGGCTGTAGTGCTCAATTTCAGTCAA 719
Query 991 ACATGGGCATTGTATTGCCTTGTACAGTTCTATAATGTCATCAAAGATAAGCTAGCACCC 1050
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 720 ACATGGGCATTGTATTGCCTTGTACAGTTCTATAATGTCATCAAAGATAAGCTAGCACCC 779
Query 1051 ATAAAACCACTGGCCAAGTTTCTAACATTTAAGTCTATTGTATTCCTCACCTGGTGGCAA 1110
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 780 ATTAAACCACTGGCCAAGTTTCTAACATTTAAGTCTATTGTGTTCCTCACCTGGTGGCAA 839
Query 1111 GGTATTATTGTTGCGTTCCTCTTCTCTATGGGACTCGTCAAAGGGTCTTTGGCTAAGGAA 1170
|||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||
Sbjct 840 GGTATTATCGTTGCATTCCTCTTCTCTATGGGACTCTTCAAAGGGTCTCTGGCTAAGGAA 899
Query 1171 CTGAAAACGCGAATACAAGACTACATCATCTGTATCGAAATGGGTATTGCTGCTGTTGTC 1230
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||
Sbjct 900 CTGAAAACGCGAATACAAGACTACATCATCTGTATCGAAATGGGCATTGCTGCTGTGGTC 959
Query 1231 CATCTCTATGTGTTTCCAGCAGCGCCTTACAAGCGTGGAGAAAGATGTGTTCGTAATGTA 1290
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 960 CATCTCTATGTGTTTCCAGCAGCGCCTTACAAGCGTGGAGAAAGATGTGTTCGTAATGTA 1019
Query 1291 GCAGTCATGTCAGATTATGCCTCTATAGATGTACCACCTGATCCAGAAGAGGTTAAAGAT 1350
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1020 GCAGTCATGTCAGATTATGCCTCTTTAGATGTACCACCTGATCCAGAAGAGGTTAAAGAT 1079
Query 1351 AGTGAACGAACAACTAGAACGCGGTATGGTAGACATGACGATAGAGAGAAACGCTTGAAT 1410
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||
Sbjct 1080 AGTGAACGAACAACTAGAACGCGGTATGGTAGACATGACGAGAGAGAAAAACGCTTGAAT 1139
Query 1411 TTCCCACAAAGTGTCCGTGATGTTGTGCTTGGGAGTGGTGAAATCATTGTGGATGACATG 1470
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1140 TTCCCACAAAGTGTCCGTGATGTTGTGCTTGGGAGTGGTGAAATTATTGTGGATGACATG 1199
Query 1471 AGATTCACAGTTTCACATGTGGTGGAACCGGTTGAAAGAGGAATAGCGAAAATAAACAGA 1530
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1200 AGATTCACAGTTTCGCATGTGGTGGAACCGGTTGAAAGAGGAATAGCGAAAATAAACAAA 1259
Query 1531 ACATTCCATCAGATATCTGAAAATGTGAAAAGATTTGAGCAGCAGAAGAAAACAACAAAG 1590
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1260 ACATTCCATCAGATATCTGAAAATGTGAAAAGATTTGAGCAGCAGAAGAAAACAACAAAG 1319
Query 1591 GATGATTCATATGTGATACCACTGAATCAATGGGCGAAAGAATTCTCAGATG-TTCATGA 1649
||||||||||||||||| || ||||||| |||| |||||||||||||||| | |||||||
Sbjct 1320 GATGATTCATATGTGATTCCGCTGAATCCATGGACGAAAGAATTCTCAGA-GATTCATGA 1378
Query 1650 AAACCTCTATGATGGAGGGAGTGTGAGCGACAGCGGTTTGGGAAGCACAAATCGGCATCA 1709
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||
Sbjct 1379 AAACCTCTATGATGGAGGGAGTGTGAGCGACAGCGGTTTGGGAAGCTCAAAGCGGCATCA 1438
Query 1710 CCAGTCTAGAGTCTCGGGATTGTGGACTAGAATGCGAAGGTAAGAAAAACAAAAGGTGGT 1769
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||| ||||||
Sbjct 1439 CCAGTCTAGAGTCTCGGGATTGTGGACTAGAATGCGAAGGTAA-AAAA-CAAATGGTGGT 1496
Query 1770 GCAA 1773
||||
Sbjct 1497 GCAA 1500
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 76142399755
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5