BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G77260.1
Length=2415
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg339887 jgi|Araly1|339887|fgenesh1_pg.C_scaffold_2001986 3219 0.0
> Ahg339887 jgi|Araly1|339887|fgenesh1_pg.C_scaffold_2001986
Length=3483
Score = 3219 bits (1743), Expect = 0.0
Identities = 1872/1936 (97%), Gaps = 2/1936 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 259 ATGAAACTCTCCGACGTTGGATTAGACGTTGTCAAAACTCCGAGATTGGTTAAATTGATT 318
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1 ATGAAACTCTCCGACGTTGGATTAGACGTTGTGAAAACTCCGAGATTGGTTAAACTGATT 60
Query 319 GCGTTTGCGTTTCTCTCAATCTCAACAATTTttctcttcaatcacttctcagattccttc 378
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 GCGTTTGCGTTTCTCTCAATCTCAACAATTTTTCTCTTCAATCACTTCTCAGATTCCTTC 120
Query 379 tcttatccatctcttccttttcccatctcctcttcttcAAACGTCACCGAAGCTATTCAA 438
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 TCTTATCCATCTCTTCGTTTTCCCATCTCCTCTTCTTCAAACGTCACCGAAGCTATTCAA 180
Query 439 ACCAACATAACATCCGTCGCGGCGGTGGCACCATCTCCTCCACCGCGTCCTCGTCTCAAA 498
||| |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| ||||||||
Sbjct 181 ACCGACATTACATCCGTCGCGGCGGTAGCACCATCTCCTCTACCGCGTCCGCGTCTCAAG 240
Query 499 ATATCACCTCCTCCGCTTCCACCGACAGTGGTGAGAACAGGTATCATCAACGAGAATGGT 558
||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| || |||||| |||||||||||
Sbjct 241 ATATCGCCTCCTCCGCTGCCACCGACAGTGGTGAGAACGGGAATCATCGACGAGAATGGT 300
Query 559 GCCATGTCTGATTCCTTCGAAATCGGCGGATTCGATCCAGATTCCATCGACGAGCTTAAA 618
|||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||| ||||||||||||||
Sbjct 301 GCCATGTCTGATTCGTTCGAAATAGGCGGATTCGATCCGGATTCCGTCGACGAGCTTAAA 360
Query 619 TCAGCCACCGGAAATTCGTCGGTTGAGGAAAAAGAATCGCCGG-AAGTCGGTTTTCAGAT 677
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| ||
Sbjct 361 TCAGCCACCGGAAATTCGTCGGTTGAGGAAAAAGAATCGCCGGAAAG-CGGTTTTCAAAT 419
Query 678 TGAGAAACTCAAATTGTGTGACAAGACGAAGATAGATTACATTCCTTGCTTAGACAACGA 737
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 420 TGAGAAACTCAAATTGTGTGACAAGACGAAGATAGATTACATTCCTTGCTTAGACAACGA 479
Query 738 AGAAGAGATAAAGAGATTGAACAATACAGATCGAGGAGAAAATTACGAGAGACATTGTCC 797
||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 480 AGAAGAGATCAAGAGATTGAACAATACCGATCGAGGAGAAAACTACGAGAGACATTGTCC 539
Query 798 TAAACAGAGCTTAGATTGCTTGATTCCACCTCCAGATGGTTATAAGAAACCAATCCAATG 857
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 540 TAAACAGAGCTTAGATTGCTTGATTCCACCTCCAGATGGTTATAAGAAACCAATCCCATG 599
Query 858 GCCACAGAGCAGAGACAAGATATGGTTCAATAATGTGCCTCATACACGTTTAGTGGAAGA 917
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 600 GCCACAAAGCAGAGACAAGATATGGTTCAATAATGTGCCTCATACACGTTTAGTGGAAGA 659
Query 918 TAAAGGAGGTCAAAATTGGATTAGAAGAGAGAAAGATAAGTTTGTTTTCCCTGGAGGTGG 977
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 660 TAAAGGAGGTCAAAATTGGATTAGAAGAGAGAAAGATAAGTTTGTTTTCCCTGGAGGTGG 719
Query 978 AACTCAATTCATCCATGGAGCTGATCAGTACTTAGACCAGATCTCCCAGATGATTCCTGA 1037
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 720 AACTCAATTCATCCATGGAGCTGATCAGTATTTAGACCAGATCTCCAAGATGATTCCTGA 779
Query 1038 TATTACATTTGGATCACGCACCCGTGTTGCTTTGGACATTGGCTGTGGTGTGGCGAGCTT 1097
|||||| |||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 780 TATTACGTTTGGAACACGCACTCGTGTTGCTTTGGACATTGGCTGTGGTGTGGCGAGCTT 839
Query 1098 TGGTGCGTTTTTGATGCAGCGTAACACGACAACCTTGTCTGTAGCACCAAAAGATGTTCA 1157
|||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 840 TGGTGCCTTTTTGATGCAGCGTAACACTACAACCTTGTCTGTAGCACCGAAAGATGTTCA 899
Query 1158 TGAGAATCAGATACAGTTTGCATTGGAGCGTGGTGTTCCTGCGATGGTGGCTGTCTTTGC 1217
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||
Sbjct 900 TGAGAATCAGATACAGTTTGCATTGGAGCGTGGTGTCCCTGCGATGGTTGCTGTCTTTGC 959
Query 1218 CACACGGAGGTTGTTGTATCCAAGCCAGTCTTTTGAGATGATTCATTGTTCCAGATGCAG 1277
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 960 CACACGGAGGTTGTTGTATCCAAGCCAGTCTTTTGAGATGATTCATTGTTCCAGATGCAG 1019
Query 1278 AATTAATTGGACACGCGATGATGGGATACTTCTTCTTGAAGTTAATAGAATGCTTAGAGC 1337
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1020 AATTAATTGGACACGCGATGATGGGATACTTCTTCTTGAAGTTAATAGAATGCTTAGAGC 1079
Query 1338 AGGAGGCTACTTTGTTTGGGCTGCACAACCCGTTTACAAACATGAGGATAACTTGCAAGA 1397
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1080 AGGAGGCTACTTTGTTTGGGCTGCACAACCCGTTTACAAACATGAGGATAACTTGCAAGA 1139
Query 1398 GCAGTGGAAAGAAATGTTAGACCTTACGAATCGAATCTGTTGGGAGCTTATCAAGAAAGA 1457
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1140 GCAGTGGAAAGAAATGTTACACCTTACGAATCGAATCTGTTGGGAGCTTATCAAGAAAGA 1199
Query 1458 GGGATATATTGCTGTGTGGAGGAAGCCTCTAAACAACAGCTGCTATGTCAGTCGCGAAGC 1517
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1200 GGGATATATTGCTTTGTGGAGGAAGCCTCTAAACAACAGCTGCTATGTCAGTCGTGAAGC 1259
Query 1518 TGGAACAAAACCTCCTTTGTGCAGACCTGATGATGATCCTGATGATGTTTGGTATGTAGA 1577
||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1260 TGGAACAAAGCCTCATTTGTGCAGACCTGATGATGATCCTGATGATGTTTGGTATGTAGA 1319
Query 1578 TATGAAACCGTGCATCACCCGATTACCTGATAATGGCTATGGGGCTAATGTCTCCACATG 1637
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1320 TATGAAACCGTGCATCACCCGATTACCTGATAATGGCTATGGGGCTAATGTCTCCACATG 1379
Query 1638 GCCTGCACGTCTTCATGATCCGCCAGAGAGGCTACAAAGCATTCAAATGGATGCGTACAT 1697
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1380 GCCTGCACGTCTTCATGATCCGCCAGAGAGGCTACAGAGCATTCAAATGGATGCCTACAT 1439
Query 1698 ATCCCGAAAGGAAATTATGAAGGCAGAGTCTAGATTTTGGTTAGAAGTAGTAGAGAGTTA 1757
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1440 TTCCCGAAAGGAAATTATGAAGGCAGAGTCAAGATTTTGGTTAGAAGTAGTAGAGAGTTA 1499
Query 1758 TGTGCGGGTTTTCCGCTGGAAGGAGTTCAAACTGAGGAATGTTCTGGACATGAGAGCTGG 1817
||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1500 CGTGCGGGTTTTCCGCTGGAAGGAGTTCAAGCTTAGGAATGTTCTGGACATGAAAGCTGG 1559
Query 1818 TTTTGGAGGGTTTGCAGCAGCATTAAACGATCTGGGGCTTGACTGTTGGGTTATGAACAT 1877
||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1560 TTTTGGAGGGTTTGCAGCAGCATTAAATGATCTCGGGCTTGATTGTTGGGTTATGAACAT 1619
Query 1878 TGTTCCCGTTAGCGGATTCAACACCTTGCCAGTTATTTATGACCGTGGACTACAAGGGGC 1937
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||
Sbjct 1620 TGTTCCCGTTAGCGGATTCAACACCTTGCCAGTTATATATGACCGTGGACTTGTAGGGGC 1679
Query 1938 TATGCACGACTGGTGTGAGCCATTTGACACCTACCCAAGAACCTATGATCTGATACATGC 1997
|||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1680 TATGCATGACTGGTGTGAGCCATTTGACACATACCCAAGAACCTATGATCTGATACATGC 1739
Query 1998 TGCATTTCTCTTCTCTGTTGAGAAAAAGAGGTGCAACATAACAAACATTATGCTGGAGAT 2057
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1740 TGCATTTCTCTTCTCTGTTGAGAAGAAGAGGTGCAACATAACAAACATTATGCTGGAAAT 1799
Query 2058 GGACCGGATGTTGAGACCAGGAGGACATGTTTACATAAGGGATTCACTGTCTTTGATGGA 2117
|||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1800 GGACCGGATGTTGAGACCGGGAGGACGGGTTTACATAAGGGATTCACTGTCTTTGATGGA 1859
Query 2118 CCAACTTCAGCAAGTGGCTAAAGCCATCGGTTGGACTGCTGGTGTTCATGATACCGGGGA 2177
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1860 CCAACTTCAACAAGTGGCTAAAGCCATCGGTTGGACTGCTGGTGTTCATGATACCGGGGA 1919
Query 2178 AGGACCCCACGCAAGC 2193
||||||||||||||||
Sbjct 1920 AGGACCCCACGCAAGC 1935
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 90997595305
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5