BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G77320.1
Length=3383
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg927133 jgi|Araly1|927133|scaffold_202694.1 4525 0.0
> Ahg927133 jgi|Araly1|927133|scaffold_202694.1
Length=2955
Score = 4525 bits (2450), Expect = 0.0
Identities = 2803/2972 (94%), Gaps = 30/2972 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 190 GTTAGGTTTTCCGGCGGCGATGAAGACGACGCAACTGTTCAAAGGGGCAAATGTTTTTAT 249
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2 GTTAGGTTTTCCGGCGGCGATGAAGACGACGCAACTGTTCAAAGGGGCAAATGTGTTTAT 61
Query 250 GTCTCGGAATCTGGTGCCTCCTGAAGTCTTCGACACACTTCTCGATGCTTTCAAGCTTAA 309
||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 62 GTCTCGGAATCTGGTACCTCCTGAAGTTTTCGACACACTTCTCGATGCTTTCAAGCTTAA 121
Query 310 CGGTGCCGAAATCTTCCTCTGCTGCGACCCATCTCGGAGTGGTCCCTCTGATTTCCATGT 369
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| |||||||||||
Sbjct 122 CGGTGCCGAAATCTTCCTCTGCTGCGACCCCTCTCGGAACGGTCCCTCCGATTTCCATGT 181
Query 370 CATCGCTTCTCCCGATCATGAGAAATTTAAGGATCTTAAAGCCAAGGGTTGTAACTTAAT 429
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 182 CATCGCATCTCCCGATCATGAGAAATTTAAGGATCTTAATGCCAAGGGTTGTAACTTAAT 241
Query 430 AGGTCCGCAATGTGCGCTCTTCTGTGCAAAAGAGGGTAGACCACTGCCACAAAGGGGATT 489
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 242 TGGTCCGCAATGTGCGCTCTCCTGTGCAAAAGAGGGTAGACCACTGCCACAAGGGGGATT 301
Query 490 CACTTGTTGCCTAGCCATGGATGGTCTAAAAGTTCTTGCTTCTGGTTTTCTGGTAGATGA 549
||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 302 CACTTGTTGCCTAGCTATGGATGGTCTGAAAGTTCTTGCTTCTGGTTTTCTGATAGATGA 361
Query 550 GAAGGTCAAGATCAAGGAGTTGGTTACTTCCATGGGGGGCGTTTTACTTTCCAGAGCTTC 609
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 362 GAAGGCCAAGATCAAGGAGTTGGTTACTTCCATGGGGGGCGTTTTACTTTCCAAAGCTTC 421
Query 610 TTCTGATGTGAACTTCGTCATTGTGAAAAATGTCTTGGCTGCCAAGTACAAGTGGGCCCT 669
||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 422 TTCTGATGTCAACTTCGTCATTGTGAAAAATGTCTCGGCTGCCAAGTACAAGTGGGCTCT 481
Query 670 GAATAAGAAGCCAATCGTTACTCTGAATTGGTTACATCGGTGTTGGAATGAGCACCGTGT 729
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 482 GAATAAGAAGCCAATCGTTACACTGAATTGGTTACATCGGTGTTGGAATGAGCACCGTGT 541
Query 730 GGTTCCTCAGGAACCATATAAGATTCCTCCTTTTTCTGGATTGACAATCTGTGTCACAAG 789
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 542 GGTTCCCCAGGAACCATATAAGATTCCTCCTTTTTCTGGATTGACAATCTGTGTCACAAG 601
Query 790 AATTCCAGCAGATGAACGCAAGGGAATGGAAAAGGTAATTTCAGAATATGGAGGGAGCTA 849
||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 602 AATTCCAGCAGATGAGCGCAAGGGAATGGAGAAGGTAATTTCAGAATATGGAGGGAGCTA 661
Query 850 CTCTGCTGAGCTAACAAAGAGTTGTACACATTTGATCGCTGATGCTGCTGAAGGTGACAA 909
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | || | |||||||
Sbjct 662 CTCTGCTGAGCTAACAAAGAGTTGTACACATTTGAT--C---T--TG-T----GTGACAA 709
Query 910 ATACAAAGTTGCTCGAAAATGGGGTCACATTCAAATTGTCACACGGAAATGGTTTCAGCA 969
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 710 ATACAAAGTTGCTCGAAAATGGGGTCACATTCAAATTGTCACACGGAAATGGTTTCAGCA 769
Query 970 GTCCATCGATA-AAAAGGTTTGTCTCAATGAAGAGTCATATCCTGTTCTCGGTTCCATAC 1028
||||||||||| |||| || |||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||
Sbjct 770 GTCCATCGATAGAAAA-GTGTGTCTCAATGAAGAGTTATATCCTGTTCTCAGTTCCATAC 828
Query 1029 CCTTGACAAGAGGAGTGCGAGATTTGGGGGTTCATAATGGTCTAGAAAAGTTTCCTTCGG 1088
||||||||||||| |||| |||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 829 CCTTGACAAGAGGGGTGCAAGATTTGGGGGTCCATAATGGTCAAGAAAAGTTTCCTTCGG 888
Query 1089 CTGCAACTGCGTCCGCGGCAGATTCATATGTTTCTTGTGCTCAGTCTAGAGACTCAGATA 1148
|||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 889 TTGCAACTGCGTCTGCGGCAGATTCATATGCTTCTTGTGCTCAGTCTAGAGACTCAGATA 948
Query 1149 TAGAAGCTTCTGCTTCACAAAATGTTTTTCCCACTTCTATGAATCCCAGTACCGATGTTA 1208
|||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 949 TAGAAGCTTCTGGTTCACAAAATGTTTTTTCCACTTCTATGAATCCCAGTACCGATGTTA 1008
Query 1209 AAGAACCAGGTGGAGGCCCAACGGCAAGGCCGCAAGAGCAAAACATTGATGGTTGTACTG 1268
|||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||
Sbjct 1009 AAGAACCAAGTGGAGGCCCAACTACAAGGCCGCAAGAGCAAAATATTGATGGTTGTATTG 1068
Query 1269 CCAGGGATTCAGAATCCGAAGACAATGACTTGTACTTATCAGATTGTAGAATTTTCTTGC 1328
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1069 CTAGGGATTCAGAATCCGAAGACAATGACTTGTACTTATCAGATTGTAGAATTTTCCTGC 1128
Query 1329 TTGGTTTTGAAGCTTCTGAAATGCGTAAACTTGCTAAGTTGGTCCGCAGAGGTGGTGGAT 1388
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1129 TTGGTTTTGAAGCTTCTGAAATGCGTAAACTTGCTAAGTTGGTCCGCAGAGGTGGTGGAT 1188
Query 1389 CCCGGTATATGCTGCTTAACGAAAGAATGACTCATATTGTTGTTGGAACTCCTTCAGAGA 1448
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1189 CCCGGTATATGCTGCTTAACGAAAGAATGACTCATATTGTTGTTGGAACTCCTTCAGAGA 1248
Query 1449 GTGAGAAAAGAGAAGCAAGGAGTGTTGCAGCTTCTGGTGTCATTCAAGTAGTCATACCCA 1508
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1249 GTGAGAAAAGAGAAGCGAGGAGTGTTGCAGCTTCTGGTGTCATTCAAGTAGTCATACCCA 1308
Query 1509 GTTGGCTTGAAGATTGTGATCGTGAGAAAAAAGAAATCCCCGTTCATAATATATATACTG 1568
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1309 GCTGGCTTGAAGATTGTGATCGTGAGAAAAAAGAAATTCCCGTTCATAAAATATATACTG 1368
Query 1569 CTAACCACTTGATTCTTCCAAGAGATTCTGCATGCTTGACCAAGGGGTCATTTGCAAGGA 1628
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | |||
Sbjct 1369 CTAACCACTTGATTCTTCCAAGAGATTCTGCATGCTTGACCAAGGGATCATTTGTAGGGA 1428
Query 1629 TGTCAAGTATGGAACAGACTAAAAATACTCA-CGACCAGACCATGGTATATGATTCTTCT 1687
|||||||||||||||||| |||| ||||| | || |||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1429 TGTCAAGTATGGAACAGAGTAAACATACT-AGCGGTCAGACCATGGCATATGATTCTTCT 1487
Query 1688 TCAAGGAGTATCAATGTCTCAAATGGGCCAGCAACTTTACTGGGAAAAAACAAAGAAGCA 1747
||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| |||||||| ||||||||||||
Sbjct 1488 TCAAGGAGTATTAATGTCTCAAATGGGACAGCAACTTTGCTGGGAAAGAACAAAGAAGCA 1547
Query 1748 ATGCAGGAATTTGGCAGAAAAGATGAGATTCATACAGGAAGAAAAATAGTATCACCCACG 1807
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1548 ATGCAGGAATTTGGCAGGAAAGATGAGATTCATACAGGAAGAAAAATAGTATCACCCAAG 1607
Query 1808 CAAAAAGAAACACTTATTTCCCTTGTAACTTGTGAAAGCAAAGAACAACGGAGTATTCAA 1867
|||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||| ||||| ||||
Sbjct 1608 CAAAAAGAAACACTTATTTCCCTTGTAACTAGTAAAAGCGAAGAACAACAGAGTACTCAA 1667
Query 1868 TGTGAATTCAGTGGTCAGAACGATCAAGAAAGAAAGTCATCTGTATTTAAGGGGGAAACA 1927
||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||
Sbjct 1668 TGTGAATTCAGTGGTCAGAACAAGCAAGAAAGAAAGTCATCGGTATTTAAGGGGGAGACA 1727
Query 1928 TTTTGTTTCTCGCATTCTTTTCCTGAAGATAGGCGACC-GCAAATCGTGGAATGGGTGAA 1986
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | |||||||||||||| ||
Sbjct 1728 TTTTGTTTCTCGCATTCTTTTCCTGAAGATAGGCGACCTG-ACATCGTGGAATGGGTCAA 1786
Query 1987 TCAAGGAGGGGGAGAGGTGGTAAATGATCCTTTGATAAATAACGCACATTTTACTATTGA 2046
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||
Sbjct 1787 TCAAGGAGGGGGAGAGGTGGTAAATGATCCTTTGATAAATAATGCACGCTTTACTATTGA 1846
Query 2047 ATGCCATGGTGGGTTCCAAAGTACCGAGACTACCCAAACTATCTATGTCTCAAGTCATTG 2106
||||||||||||||||| |||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1847 ATGCCATGGTGGGTTCCGAAGTGCCGGGACTACCCAAACTATCTATGTCTCAAGTCATTG 1906
Query 2107 GGTTCGAAATTGTTTAAAGGTTGGTTGTTTACTTGCTGTTAGTAGTCATATCCTCTACTC 2166
||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1907 GGTTCGATATTGTTTAGAGGTTGGTTGTTTACTTGCTGTTAGTAGTCATATCCTCTACTC 1966
Query 2167 ACCTCTTCCCTGCCAGACACCTTTGCCTGGATTCGAAAGCCTTTGCATATGTAGTTCCCA 2226
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1967 ACCTCTTCCCTGCCAGACACCTTTGCCTGGATTCGAAAGCCTTTGCATATGTAGTTCCCA 2026
Query 2227 ACATAATGAGAAGAATGTAGAACTCCTGAGAAATTTGAGTGTCGTTCTTGGAGCAGATTT 2286
|||||| |||||| || || |||||||| ||||||| |||| |||||||||||| | |
Sbjct 2027 ACATAAAGAGAAGGATATACCACTCCTGAAAAATTTGTGTGTTGTTCTTGGAGCAAAATA 2086
Query 2287 TGTGGAAAGACTAACCAGGAAAGTGACTCACTTGATATGCAACTTTGCAAAAGGAGATAA 2346
|||| |||||||||||||||||||||| |||||| |||||| || |||| | ||| ||||
Sbjct 2087 TGTGAAAAGACTAACCAGGAAAGTGACGCACTTGCTATGCATCTCTGCAGACGGACATAA 2146
Query 2347 GTATGTGAGAGCTTCCAAGTGGGGAATAATTTCCGTGACACCTGACTGGCTTTATGAATG 2406
||||| || ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2147 GTATGAGACAGCTTCCAAGTGGGGAATAGTTTCCGTGACACCTGACTGGCTTTGTGAATG 2206
Query 2407 TGTTAGACAGAATCAAGTTGTTTGTACAGATAACTTCCATCCAAGGGAATTGACCACTCA 2466
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||||
Sbjct 2207 TGTTAGACAGAATCAAGTTGTTTGTCCAGATAACTTCCATCCAAAGGAATCAACCACTCA 2266
Query 2467 AGAT-CGAGAAG-CAGGGT-CTCA-GT--TT--CATACACAGTTTGTACCAATGGCCTCA 2518
||| | || | | || | | || || || |||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2267 AGAAGC-AGG-GTCTGGCTTCGCAAGTCATTTTCATACACAGTTTGTGCCAATGGCCTCA 2324
Query 2519 AGGGACAGTATGTCTCTACCTGTAAGTCACTCTGAAGACAGGGAAA-AAATTCAAAGTTT 2577
||||||| | ||||||||| |||||||||||| ||||||||||||| |||| ||||||||
Sbjct 2325 AGGGACAATGTGTCTCTACTTGTAAGTCACTCCGAAGACAGGGAAACAAAT-CAAAGTTT 2383
Query 2578 TGCTGGCAAAAGTGGTTGCGGGAAAGGTGAAGTATATAACAGACTTGGAGAAATTGGAAA 2637
||||||||||||||||||||| ||||||||| || |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2384 TGCTGGCAAAAGTGGTTGCGGTAAAGGTGAATTAAATAACAGACTTGGAGAAATTGGAAA 2443
Query 2638 GGAACAAACTTTTCCGTCTAAGAAGGCAAAACTTTTGAGAGATGGTCAAGAAAGTGATGT 2697
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2444 GGAACAGGCTTTTCCGTCTAAGAAGGCAAAACTTTTGAGAGATGGTCAAGAAAGTGATGT 2503
Query 2698 GTTTCCTGTGAGAGAACTTCCAAGCAATTGTGATCGTCCTTCGCATTCTGGAGATGGCAT 2757
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2504 GTATCCTGTGAGAGAACTTCCAAGCAATTGTGATCGCCCTTCGCATTCTGGAGATGGCAT 2563
Query 2758 TGTGACTGGATATGATGTAGCAAGTGGTCGTGAAGTTCCAGATGTGGCTGATACTATTGA 2817
|||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2564 TGTGTCTGGATATGATGTAGGAAGTGGTCGTGAAGTTCCAGATGTGGCTGATACTATTGA 2623
Query 2818 GGATCTGTTAGAGCAGACAAGCAAAATTCAAGATCAGAAGTCTCCTGGGAGGATTTTAGA 2877
|||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| | ||||| |||
Sbjct 2624 GGATCTGTTAGAGCAGACTAGTAAAATTCAAGATCAGAAGTCTCCTGGAATGATTTCAGA 2683
Query 2878 AAAGACTCATTTTTCAACTAGTGAACAATACAACACTGGGAATCACTCTGTCACTGGCCT 2937
||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2684 AAAGACTCATTTTTCAATTAGTGAACAATACAACACCGGGAATCACTGTGTCACTGGCCT 2743
Query 2938 GTCTAGACACTGGATAAACAGGGTCCATAAGAATGACGACATGGGCAGTCCTCCAGGAGA 2997
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2744 GTCTAGACACTGGATAAACAGGGTCCATAAGAATGACGACAGGGGCAGTCCTCCAGGAGA 2803
Query 2998 TGCAACTACTGACACTTACGGAAACTTTAGTGAGACGCAGACAGAATCACAGGTTGTTGG 3057
|| |||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2804 TGTAACTACAGGCACTTACGGAAACTTTAGTGAGACGCAGACAGAATCACAGGTTGTTGG 2863
Query 3058 TTACGAGGAAGATCTTTCAGGAAGGCAGATGCTTATAGACAGAGTTAGAACACGAAGCAG 3117
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2864 TTACGAGGAAGATCTTTCAGGAAGGCAGATGCTTATAGACAGAGTTAGAACACGAAGCAG 2923
Query 3118 CTTAACATAAAGAGACAGAGTGAGGTGCTCGT 3149
|||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2924 CTTAACATAAAGAGACAGGGTGAGGTGCTCGT 2955
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 127721214988
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5