BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G77410.1
Length=2638
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg476906 jgi|Araly1|476906|fgenesh2_kg.2__2036__AT1G77410.1 4211 0.0
> Ahg476906 jgi|Araly1|476906|fgenesh2_kg.2__2036__AT1G77410.1
Length=2635
Score = 4211 bits (2280), Expect = 0.0
Identities = 2524/2640 (96%), Gaps = 23/2640 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 10 TCGCATAAATTCGAGACGATGGTGAGATACACTGCACAGTTAGTTGTGCATAGTCCCAAA 69
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1 TCGCATAAATTCGAGACGATGGTGAGATACACTGCACAGTTAGTTGTGCATCGTCCCAAA 60
Query 70 CTATAAAAACTCTCTAGAATCTTCAAACGTCAGTGTTTACATAAGAAATGACGACTTTTC 129
|||| |||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 CTAT-AAAACTCTCTAGAATCAT-AAACGTCAGTGTTTACATAAGAAATGACGACTTTTC 118
Query 130 AGTACTCGCTAG-TTTTTCTCGTTCTCATGGCGGTTATAGTTGCCGGAGACGTCGCAAAC 188
|||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||||| || ||| |||||| |||||||
Sbjct 119 AGTATTCGCTAGCTTTTT-TCGTTCTCATGGCGGTTATCGTAGCCAGAGACGCCGCAAAC 177
Query 189 GTAACATACGACGGTCGCTCGCTGATCATCGACGGCGAACATAAGATCCTTTTCTCCGGC 248
||||| |||||||| | |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 178 GTAACCTACGACGGGAGATCGCTGATCATCGACGGCCAACATAAGATCCTTTTCTCCGGA 237
Query 249 TCAATCCATTATACTCGCAGCACTCCTCAGATGTGGCCGTCCTTGATAGCAAAGGCAAAA 308
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 238 TCAATCCATTATACTCGCAGCACTCCTCAGATGTGGCCGTCATTGATAGCAAAGGCAAAA 297
Query 309 TCTGGAGGAATAGATGTAGTAGACACATATGTGTTCTGGAACGTTCACGAGCCGCAACAA 368
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 298 TCTGGAGGAATAGATGTAATAGACACATATGTGTTCTGGAACATTCACGAGCCGCAACAA 357
Query 369 GGCCAGTTCGATTTCAGTGGAAGCCGTGATATCGTGAAGTTTATCAAGGAAGTAAAAAAT 428
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 358 GGCCAGTTCGATTTCAGTGGACGCCGTGATATCGTGAAGTTTATTAAGGAAGTAAAAGCG 417
Query 429 CATGGCTTATATGTCTGTCTTCGGATTGGACCTTTTATCCAAGGGGAATGGTCTTATGGG 488
|| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 418 CACGGCTTATATGTATGTCTTCGGATTGGACCTTTTATCCAAGGGGAGTGGTCTTATGGG 477
Query 489 GGTTTGCCTTTCTGGTTGCATAATGTCCAAGGGATTGTCTTCAGGACAGATAATGAGCCA 548
|| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 478 GGGTTGCCTTTCTGGTTGCATAATGTTCAAGGGATTGTCTTCAGGACAGATAATGAGCCA 537
Query 549 TTCAAGTATCACATGAAGAGATATGCGA-AAATGATTGTTAAGCTGATGAAATCGGAAAA 607
|||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 538 TTCAAGTATCACATGAAGAGATATGC-ACAAATGATTGTTAAGCTGATGAAATCGGAAAA 596
Query 608 CTTGTATGCTTCCCAAGGAGGACCTATCATACTCTCACAGATTGAGAACGAGTATGGGAT 667
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 597 CTTGTATGCTTCTCAAGGAGGACCTATCATACTCTCACAGATTGAGAACGAGTATGGGAT 656
Query 668 GGTTGGTAGAGCTTTTCGACAAGAAGGGAAATCATATGTCAAATGGACAGCAAAATTGGC 727
||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 657 GGTAGCTAGAGCTTTTCGACAAGAAGGGAAATCATATGTCAAATGGGCAGCAAAATTGGC 716
Query 728 TGTTGAGCTTGACACAGGAGTGCCATGGGTTATGTGCAAGCAAGATGATGCCCCTGATCC 787
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 717 TGTTGAGCTTGACACAGGAGTGCCTTGGGTTATGTGCAAGCAAGATGATGCCCCTGATCC 776
Query 788 TTTGGTTAATGCTTGCAATGGGAGGCAATGTGGAGAAACATTCAAAGGACCCAATTCACC 847
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 777 TTTGGTTAATGCTTGCAATGGGAGGCAATGTGGAGAAACATTCAAAGGACCCAATTCACC 836
Query 848 CAACAAACCTGCAATATGGACTGAGAACTGGACGAGTTTTTATCAAACATATGGTGAGGA 907
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 837 AAACAAACCTGCAATATGGACTGAGAACTGGACGAGTTTTTATCAAACATATGGTGAGGA 896
Query 908 ACCATTGATAAGGTCAGCTGAGGATATAGCGTTTCATGTTGCTCTTTTCATCGCTAAGAA 967
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 897 ACCATTGATAAGGTCAGCTGAGGATATAGCATTTCATGTTGCTCTTTTCATCGCCAAGAA 956
Query 968 TGGAAGCTTTGTAAACTACTACATGTATCATGGAGGAACCAACTTCGGGAGAAATGCTTC 1027
|||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 957 TGGAAGTTTTGTTAACTACTACATGTATCATGGAGGAACAAACTTCGGGAGAAATGCTTC 1016
Query 1028 ACAGTTCGTAATCACCAGTTATTATGATCAGGCTCCACTTGATGAATATGGGTTACTTAG 1087
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1017 ACAGTTCGTAATCACCAGTTATTATGATCAGGCTCCACTTGATGAATATGGATTACTTAG 1076
Query 1088 GCAACCAAAATGGGGACACCTTAAGGAATTACATGCTGCAGTTAAGTTGTGTGAAGAGCC 1147
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1077 GCAACCAAAATGGGGACACCTTAAGGAATTGCATGCTGCAGTTAAGTTGTGTGAAGAGCC 1136
Query 1148 TCTACTTTCAGGACTGCAAACTACAATATCATTGGGGAAGCTACAAACTGCTTTTGTGTT 1207
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1137 TCTACTTTCAGGACTGCAAACTACAATATCACTGGGGAAGCTACAAACTGCTTTTGTGTT 1196
Query 1208 TGGGAAGAAGGCGAACCTATGCGCTGCCATT-CTGGTGAATCAAGACAAATGCGAGTCTA 1266
|||||||||||||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||| || ||||
Sbjct 1197 TGGGAAGAAGGCGAACCTATGCGCTGCC-TTACTTGTGAATCAAGACAAATGGGATTCTA 1255
Query 1267 CTGTACAGTTTCGTAATTCTTCATATCGTTTGTCTCCAAAATCTGTAAGTGTCCTGCCAG 1326
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1256 CTGTACAGTTTCGTAATTCTTCATATCGTTTGTCTCCAAAATCTATAAGTGTCCTGCCAG 1315
Query 1327 ACTGCAAGAATGTAGCCTTCAACACTGCCAAGGTCAATGCACAATACAACACGAGAACAA 1386
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1316 ACTGCAAGAATGTAGCCTTCAACACTGCCAAGGTCAATGCGCAATACAACACGAGAACAA 1375
Query 1387 GGAAAGCAAGACAAAATTTGTCGTCTCCTCAAATGTGGGAGGAATTTACAGAAACAGTCC 1446
||||| |||||||||||||||| |||||||| ||||||||| ||||||||||||| ||||
Sbjct 1376 GGAAACCAAGACAAAATTTGTCTTCTCCTCACATGTGGGAGAAATTTACAGAAACTGTCC 1435
Query 1447 CAAGTTTCAGTGAAACGTCAATAAGATCAGAATCCTTGCTTGAGCACATGAATACCACAC 1506
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1436 CAAGTTTCAGTGAAACGTCAATAAGATCAGAATCCTTGCTTGAGCACATGAATACAACAC 1495
Query 1507 AGGATACTTCCGACTATCTGTGGCAAACAACTAGGTTTCAGCAATCTGAAGGAGCTCCAT 1566
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1496 AGGATACTTCCGACTATCTGTGGCAAACAACTAGGTTTGAGCAATCTGAAGGAGCTCCAT 1555
Query 1567 CAGTTCTTAAAGTCAACCATCTCGGACATGCTCTACACGCCTTTGTTAATGGGAGATTCA 1626
|||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1556 CAGTTCTTAAAGTCAACCATCTTGGACATGTTCTACACGCCTTTGTTAATGAGAGATTCA 1615
Query 1627 TAGGTTCTATGCATGGAACTTTCAAAGCGCACAGATTTTTGCTGGAGAAAAATATGTCAT 1686
||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1616 TAGGTTCTATGCATGGAACTTTCAAAGCGCATAGTTTTTTGCTAGAGAAAAATATGTCAC 1675
Query 1687 TGAATAATGGCACAAATAACTTGGCATTACTCAGCGTAATGGTAGGATTACCGAATTCAG 1746
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1676 TGAATAATGGCACAAATAACATGGCATTACTCAGCGTAATGGTAGGGTTACCGAATTCAG 1735
Query 1747 GAGCACATCTAGAAAGGAGAGTCGTTGGATCACGGAGCGTAAAGATTTGGAATGGAAGAT 1806
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1736 GAGCACATCTAGAAAGGAGAGTCGTTGGATCACGGAGCGTAAAGATTTGGAATGGAAGAT 1795
Query 1807 ATCAACTGTACTTCAACAACTATAGTTGGGGATATCAGGTTGGCCTGAAAGGGGAGAAAT 1866
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1796 ATCAACTGTACTTCAACAACTATAGTTGGGGATATCAGGTTGGGCTGAAAGGGGAGAAAT 1855
Query 1867 TCCATGTTTACACTGAAGATGGGTCCGCAAAAGTTCAGTGGAAGCAGTACAGAGACTCCA 1926
| ||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1856 TTCATGTTTACACTGAAGATGGGGCCAAAAAAGTTCAGTGGAAGCAGTACAGAGACTCCA 1915
Query 1927 AAAGTCAGCCTCTAACTTGGTACAAGGCCTCATTTGACACACCAGAGGGGGAAGATCCGG 1986
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1916 AAAGTCAGCCTCTAACTTGGTACAAGGCCTTATTTGACACACCAGAGGGGGAAGATCCGG 1975
Query 1987 TGGCCTTGAACTTAGGATCAATGGGAAAAGGAGAAGCTTGGGTGAATGGCCAGAGTATAG 2046
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1976 TGGCCTTGAACTTAGGATCAATGGGAAAAGGAGAAGCTTGGGTGAATGGCCAGAGTATTG 2035
Query 2047 GTCGGTACTGGGTCTCATTTCACACTTACAAGGGGAACCCTTCTCAGATATGGTACCATA 2106
|||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2036 GTCGGTACTGGGTCTCATTTCATACTTCCAAGGGGAACCCTTCTCAGATATGGTACCATA 2095
Query 2107 TACCGAGATCTTTTCTTAAACCAAACAGTAACTTACTAGTCATTTTGGAAGAAGAAAGAG 2166
||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2096 TACCGCGATCTTTTCTTAAACCCAACAGTAACTTACTAGTCATTTTGGAAGAAGAAAAAG 2155
Query 2167 AAGGGAATCCTCTTGGTATAACTATAGACACAGTGTCGGTCACTGAAGTCTGTGGTCATG 2226
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2156 AAGGGAATCCTCTTGGTATAACTATAGACACAGTGTCAGTCACTGAAATCTGTGGTCATG 2215
Query 2227 TCTCCAATACAAATCCTCATCCTGTCATATCTCCAAGAAAGAAAGGCCTCAACCGAAA-- 2284
||||||||||| ||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2216 TCTCCAATACATATCCTCATCCTGTGATATCTCCGAGAAAGAAAGGCCTCAACCGAAATG 2275
Query 2285 AA-A------TCTAACATACCGGTATGATAGGAAGCCTAAGGTTCAGCTCCAGTGTCCTA 2337
|| | ||||| ||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2276 AACAGAGACATCTAAAATACCGGTATGATAGAAAGCCTAAGGTACAGCTCCAGTGTCCTA 2335
Query 2338 CTGGCAGGAAAATTTCAAAGATATTGTTTGCAAGCTTTGGCACTCCAAATGGAAGTTGCG 2397
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2336 CTGGCAGGAAAATTTCAAAGGTATTGTTTGCAAGCTTTGGCAATCCAAATGGAAGTTGCG 2395
Query 2398 GGAGCTATTCTATTGGAAGCTGTCACTCACCCAACTCTTTAGCTGTTGTACAGAAGGCTT 2457
|||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2396 GGAGCTATTCAATAGGAAGCTGTCACTCACCCAACTCTTTAGCTGTTGTACAGAAGGCCT 2455
Query 2458 GTCTGaaaaaaaGTAGGTGTTCTGTACCTGTATGGAGCAAAACATTTGGTGGTGATTCAT 2517
|||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2456 GTCTGAGAAAAAGTAGGTGTTCTGTACCAGTATGGAGCAAAACATTTGGCGGTGATTCAT 2515
Query 2518 GTCCACACACTGTTAAATCTCTGCTTGTTCGTGCACAATGCTCATGAGAGTCCAATTCGT 2577
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2516 GTCCACAGACTGTTAAATCTCTGCTTGTTCGTGCACAATGCTCATGAGAGTCCAATTAGT 2575
Query 2578 TAGTATAGATTTCTGTTCCCTTTTTCTTT--CTT----ATTATGAACAAATAACAAAAGT 2631
||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||||||||||||| |||
Sbjct 2576 TAGTATAGATTTCTGTTTCCTTTTTCTTTATCTTTCTTATTATGAACAAATAACAATAGT 2635
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 99491719940
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5