BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G77550.1
Length=2805
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg909381 jgi|Araly1|909381|Al_scaffold_0002_2462 3964 0.0
> Ahg909381 jgi|Araly1|909381|Al_scaffold_0002_2462
Length=2565
Score = 3964 bits (2146), Expect = 0.0
Identities = 2439/2579 (95%), Gaps = 25/2579 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 47 ATGAGCAAAATCGAGAGCTTTGATGATTTCGTCAAAGTACATGGAATACTTTTGGCGGCT 106
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1 ATGAGCAAAATCGAGAGCTTTGATGATTTCGTGAAAGTACATGGAATACTATTGGCGGCT 60
Query 107 TCAGGTTTGCCGCCGAAGCTTTACCCACGCCTCTTCGAGAAACTTGCTTACGATACTTTT 166
|| ||||||||| |||| |||||||||||||||||| | |||||||||| ||||||||||
Sbjct 61 TCCGGTTTGCCGTCGAAACTTTACCCACGCCTCTTCCACAAACTTGCTTCCGATACTTTT 120
Query 167 GATGGCGGCGATTACTTCCAAATCGAATCCTGC-GAGGATGATCAGCGACGGAAGCTTCT 225
||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||| |||||||| ||||||
Sbjct 121 GATGGCGGCGATTACTTCCAAATCGAATCCT-CTGAGGATGATCGGCGACGGAGGCTTCT 179
Query 226 CCTCACTGCCGAATCTATGCCTAAAGATTCTGACGTCTTCCTTGTCGATCACGCCTGGAC 285
||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 180 CCTCACTTCCCAATCTATGCCTAAAGATTCTGACGTCTTCCTTGTCGATCACGCCTGGAC 239
Query 286 TTTTCGTCTTCCCGATGCCTATAAGCAGCTTAAGGAAATTCCTGGATTGGCTGAGAGGAT 345
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 240 TTTTCGCCTTCCCGATGCCTATAAGCAGCTTAAGGAAATTCCGGGATTGGCTGAGAGGAT 299
Query 346 GGCTTCTTTGATGAGTGTTGATATTGATGTGGATG-CTGGAGAAGAAGAAGTGGCAGAGG 404
||||||||||||||||||||| ||||||||||| | || ||||||||| | |||||
Sbjct 300 GGCTTCTTTGATGAGTGTTGACATTGATGTGGA-GACT---GAAGAAGAA---GAAGAGG 352
Query 405 AACTCTCTGTTGATCAGATAATTGACAATGAAATTCGTTATGCAGCAGATAAAGGATATG 464
||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 353 AACTCTCTGTTTATCAGATAATAGACAATGAAATTCGTTATGCAGCAGATAAAGGATATG 412
Query 465 ACTCTTTGAGATGGTTGGAGTTGGAGGGTCTTGG---TGTTGATGACTCATTGTTGTCCC 521
||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| | ||||
Sbjct 413 ACTCTTTAAGATGGTTGGAGTTGGAGGGTCTTGGAATTGTTGATGACTCATTGCTCTCCC 472
Query 522 TGCATTTGCCTAGTAAATTTCAGGATTTAGTGGCGCTTAGTCTTATCGGGAACAAAATAG 581
|||||||||||||| ||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 473 TGCATTTGCCTAGTCAATTTCAGG---CATTGGCGCTTAGTCTTATCGGGAACAAAATCG 529
Query 582 AGAGTGCGGATGTGGTTATACAAGAGATTGTGAAGTTTAAGAATCTGAAGGCTTTGTGGC 641
|||||| ||||||||||||||||||| || | ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 530 AGAGTGTGGATGTGGTTATACAAGAGGTTATCAAGTTTAAGAATCTGAAGGCTTTGTGGC 589
Query 642 TGAATGACAATCCTGTTCTTCAGAAGAGTGAACGTCAGATGGCTGACGAAATATTGCAAG 701
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 590 TGAATGACAATCCTGTTCTTCATAAGAGTGAACGTCAGATGGCTGACGAAATACTGCAAG 649
Query 702 GCTGTCCGAGTCTTGAGATTTACAACTCGTGTTTTACCCCTAATTATGGGTTATGGGCAC 761
|||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 650 GCTGTCCGAGTCTTGAAATCTACAACTCGTGTTTTACCCCTAATTATGGGTTATGGGCAC 709
Query 762 TTGGTTTCTGTGGAGATATCTTTGGGAAGGATAATCCTGGTTGTGTTCAGCAGGATCAAC 821
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 710 TTGGTTTCTGTGGAGATATCTTTGGGGAGGATAATCCTGCTTGTGTTCAGCAGGATCAAC 769
Query 822 CCTTGTGCAATGTCACCTCACTTGACCTTTCAAACCGGTCAATACACAATCTAGTCAATA 881
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 770 CCTTGTGCAATGTCACCTCACTTGACCTTTCAAACCGGTCAATACACAATCTAGTCAATA 829
Query 882 AGGCATTCTCTGTGCACGAGATGCCATTACTTTCTCATTTAAATATTCGTGGAAACTCAT 941
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| |||
Sbjct 830 AGGCATTCTCTGTGCACGAGATGCCATTACTGTCTCATTTAAATATCCGTGGAAACCCAT 889
Query 942 TGGATCAGAATTCTGTTGGAGAACTACTTGAAGTCTTGAAGCTCTTCCCTTCACTGTCTT 1001
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 890 TGGATCAGAATTCTGTTGGAGAAATACTTGAAGTCTTGAAGCTCTTCCCTTCACTGTCTT 949
Query 1002 CATTAGAGGTTGACATACCTGGACCTCTTGGAATTAATGCTCTAGAGATTCTTGAATCGC 1061
| ||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 950 CCTTAGAAGTTGACATACCTGGACCTCTTGGAAACAATGCTCTAGAGATTCTTGCATCGC 1009
Query 1062 TCTCAAACCTTTCTTTACTAAATGGCGTTGATACGGCAAAAAT-TTTGGAAACTGGAAAG 1120
|||||||||| ||||| |||||||||||||||| || ||||| |||| ||| |||||||
Sbjct 1010 TCTCAAACCTCTCTTTGTTAAATGGCGTTGATACAGCTAAAATATTTGAAAA-TGGAAAG 1068
Query 1121 CATGTTG-TTGACTCAATGCTTCAACCACGCATTCCTGAGCTGAATCCTGATGATACTCT 1179
||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||
Sbjct 1069 CATGT-GATTGACTCAATGCTTCAACCACGCATTCCTGAGCTAAATCCTGAGGATACTCT 1127
Query 1180 TGTTGATCGTGTTCTTGATGCAATGTGGTTGTATGCGCTGAATTATCGCCTTGCGGATGA 1239
|||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1128 TGTTGACCGTATTCTTGATGCAATGTGGTTGTATGCGCTGAATTATCGCCTTGCGGATGA 1187
Query 1240 TGAAAAGCTTGATGAAACTTCTTTATGGTATGTGATGGATGAATTGGGTTCAGCTTTGAG 1299
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| ||||||||||||||||
Sbjct 1188 GGAAAAGCTTGATGAAACTTCTTTGTGGTATGTGATGGACGAACTGGGTTCAGCTTTGAG 1247
Query 1300 GCATAGTGATGAACCCAATTTCAAAGTAGCTCCCTTCCTTTTCATGCCTTCTGGGAAACT 1359
|||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1248 GCATAGCGATGAACCCAATTTCAAAGTGGCTCCATTCCTTTTCATGCCTTCTGGGAAACT 1307
Query 1360 AGAATCTGCTGTGAGCTATTCGGTAATGTGGCCTATAAAGCATTCTCAAAAAGGTGATGA 1419
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1308 AGAGTCTGCTGTGAGCTATTCGGTAATGTGGCCTATAAAAAATTCTCAAAAAGGTGATGA 1367
Query 1420 GTGCACTCGTGATTTTCTATCTGGTATTGGGGAGGACAAACAGCGGTCTGCGAGACTCAC 1479
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||| || |||||
Sbjct 1368 GTGCACTCGTGATTTTTTATCTGGTATTGGGGAGGACAAACATCGGTCTGCCAGGCTCAC 1427
Query 1480 AGCCTGGTTTCAAACTCCTGAGAATTATTTTATTCATGAATTTGAGAAATACCAACAGAA 1539
|||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1428 AGCCTGGTTTCAAACTCCCGAGAACTATTTTATTCATGAATTTGAGAAATACCAACAAAA 1487
Query 1540 ACTGCAGGCCAAAGCCTTCGAGTCAAAACCTTCCAACCCTTCAGTTTCCCGAAGCATAC- 1598
||||||||| ||||| ||||||||| ||| ||||||||||| |||| ||||||||||
Sbjct 1488 ACTGCAGGCTAAAGCTTTCGAGTCATTACCAACCAACCCTTCACTTTCACGAAGCATACG 1547
Query 1599 AGCATAGTGATGGGTCTCCTTTGCTGGTTTACACGGATCTACCTCAAGTTGAAGAATTTC 1658
| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1548 A-CATAGTGATGGGTCCCCTTTGCTGGTTTACACGGATCTACCTCAAGTTGAAGAATTTC 1606
Query 1659 TGACACGCCCAGAATTTGTGATCACAAATGAACCAAAAGATGCAGACATATTATGGACAA 1718
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1607 TGACACGCCCAGAATTTGTGATCACAAATGAACCAAAAGATGCAGACATATTATGGACGA 1666
Query 1719 GTGTACAGGTGGATGATGAGCTCAAAAAAGAGGTGGGAATAACAGATGACCAGTACATAA 1778
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||
Sbjct 1667 GTGTACAGGTGGATGAGGAGCTCAAAAAAGAGGTGGGAATAACAGATGACCAATACCTAA 1726
Query 1779 ATCAGTTTCCCTTTGAGGCATGTCTTGTTATGAAGCATCATCTTGCAGAGACTATTCAAA 1838
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1727 ATCAGTTTCCCTTTGAGGCTTGTCTTGTTATGAAGCATCATCTTGCAGAGACTATTCAAA 1786
Query 1839 TGGGTTATGGATCTCCAAAATGGTTACAGCCTACCTATAATCTTGAAACCCAATTGTCCC 1898
||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| || |||||||
Sbjct 1787 TGGGTTATGGATCTCCAAAATGGTTGCAGCCTACTTATAATCTTGAAACACAGTTGTCCC 1846
Query 1899 AGTTTATTGGGGACTATTGTGTCCGCAAACGTGATCAATTGAACAATTTGTGGATCTTGA 1958
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1847 AGTTTATTGGGGACTATTATGTCCGCAAACGTGATCAATTGAACAATTTGTGGATCTTGA 1906
Query 1959 AACCATGGAACATGGCACGGACAATCGACACAAGTATAACCGATAATTTATCTGCTATCA 2018
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1907 AACCATGGAACATGGCACGGACAATCGATACAAGTATAACCGATAATTTAGCTGCTATCA 1966
Query 2019 TCCGCATGATGGAAACTGGTCCCAAGATCTGCCAGAAGTACATAGAGCACCCTGCTTTGT 2078
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1967 TCCGCATGATGGAAACTGGTCCCAAGATCTGCCAGAAGTACATAGAGCACCCCGCTTTGT 2026
Query 2079 TCAAGGGGAACAAGTTTGATCTGCGATATGTTGTGCTAGTGCGGAGTATTGACCCGCTGG 2138
|||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2027 TCAAGGGGAAAAAGTTTGATCTGCGATATGTTGTCCTAGTGCGGAGTATTGACCCGCTGG 2086
Query 2139 AGATTTACCTAATAGAGATATTTTGGGTTAGGTTGTCCAACAATCCATATTCATTGGAAA 2198
|||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||
Sbjct 2087 AGATTTACCTAACAGAGATTTTTTGGGTTAGGTTGTCCAATAACCCATATTCATTGGAAA 2146
Query 2199 AGCACAGTTTCTTTGAATATGAAACTCACTTCACTGTCATGAACTATGGT---CGGAAGT 2255
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| |
Sbjct 2147 AGCACAGTTTCTTTGAATATGAAACACACTTCACTGTCATGAACTATGGTGGTCGGAAAT 2206
Query 2256 TGAATCACAAGCCCACGGCAGAGTTTGTGAGAGAATTTGAACAAGAACATAACGTTAAAT 2315
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2207 TGACTCACAAGCCCACGGCAGAGTTTGTGAGAGAATTTGAACAAGAACATAATGTTAAAT 2266
Query 2316 GGATGGATATCCATGAGAAGGTGAAGCAGGTGATACGGGCAGTGTTTGAGGCGGCAGCTC 2375
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2267 GGATGGATATCCATGAGAAGGTGAAGCAAGTGATACGGGCAGTGTTTGAGGCAGCAGCTC 2326
Query 2376 TCGCGCATCCAGAGATGCAATCCCCCAAATCTAGAGCAATGTACGGAGTAGATGTAATGC 2435
|| |||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2327 TCACGCACCCAGAGATGCAATCGCCCAAATCTAGAGCAATGTACGGAGTAGATGTAATGC 2386
Query 2436 TCGATAGCTCCTTCGAGCCAAAAATTTTGGAGGTTACATACTGTCCTGATTGCATGCGGG 2495
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2387 TCGATAGCTCCTTCGAGCCAAAAATCTTGGAGGTTACATACTGTCCTGATTGCATGCGGG 2446
Query 2496 CTTGCAAATATGACATGGAAACCATAGATGGAAAAGGTATTGTTAAAGGCGGAGATTTCT 2555
|||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2447 CTTGCAAATACGACATGGAAACCGTAGATGGAAAAGGTATTGTTAAAGGCAGAGATTTCT 2506
Query 2556 TCAATAATGTATTCGGGTGCCTCTTCTTAGACGAGACTGCACACGTTACTCCATTGTGA 2614
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||
Sbjct 2507 TCAATTATGTATTCGGGTGCCTCTTCTTAGACGAGACTGCGCACGTTACTCCCTTGTGA 2565
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 105852790855
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5