BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G77590.1
Length=2516
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg476923 jgi|Araly1|476923|fgenesh2_kg.2__2053__AT1G77590.1 3496 0.0
> Ahg476923 jgi|Araly1|476923|fgenesh2_kg.2__2053__AT1G77590.1
Length=2246
Score = 3496 bits (1893), Expect = 0.0
Identities = 2036/2107 (97%), Gaps = 2/2107 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 196 ATGATTCCTTATGCTGCTGGTGTTATTGTGCCATTGGCTTTGACGTTTCT-GGTTCAGAA 254
|||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| || |||| |||||||||
Sbjct 1 ATGATTCCTTATGCAGCTGGTGTTATTGTGCCTTTGGCTTTAAC-CTTCTGGGTTCAGAA 59
Query 255 ATCTAAGAAAGAAAAGAAAAGAGGTGTTGTTGTTGATGTTGGTGGTGAACCAGGTTATGC 314
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 60 ATCTAAGAAAGAAAAGAAAAGAGGTGTTGTTGTTGATGTTGGTGGTGAACCAGGTTATGC 119
Query 315 TATTAGGAATCACAGGTTTACTGAGCCTGTTAGTTCCCATTGGGAACATATCTCAACGCT 374
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 120 CATTAGGAATCACAGGTTTACTGATCCTGTTAGTTCCCATTGGGAACATATCTCAACGCT 179
Query 375 TCCAGAGCTCTTTGAGATATCGTGTAATGCTCACAGTGATAGGGTTTTCCTTGGCACCCG 434
|||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||
Sbjct 180 TCCAGAGCTCTTTGAGATTTCTTGTAATGCTCACAGCGATAGGGTTTTCCTTGGAACCCG 239
Query 435 AAAGCTGATCTCTAGAGAGATTGAGACTAGTGAGGATGGAAAAACGTTCGAGAAACTGCA 494
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||
Sbjct 240 AAAGCTCATCTCTAGAGAGATTGAGACTAGTGAGGATGGAAAAACTTTTGAGAAACTTCA 299
Query 495 TTTAGGTGACTACGAGTGGCTCACTTTTGGGAAGACTCTCGAAGCAGTGTGTGATTTTGC 554
||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||
Sbjct 300 TTTGGGTGACTACGAGTGGCTTACTTTTGGGAAGACACTCGAAGCTGTGTGTGATTTTGC 359
Query 555 CTCTGGGTTAGTTCAGATTGGGCACAAGACGGAAGAGCGTGTCGCCATTTTTGCAGATAC 614
||||||| | ||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 360 CTCTGGGCTGGTTCAGATTGGACACAAGACAGAAGAACGTGTCGCCATTTTTGCAGATAC 419
Query 615 TAGAGAAGAATGGTTCATCTCCCTACAGGGTTGCTTCAGGCGCAACGTCACTGTGGTAAC 674
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||
Sbjct 420 TAGAGAAGAATGGTTCATCTCCCTACAGGGTTGCTTCAGGCGAAATGTCACTGTGGTAAC 479
Query 675 TATCTATTCATCTTTGGGAGAGGAAGCTCTTTGTCACTCGCTGAATGAGACAGAGGTCAC 734
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 480 TATCTATTCATCTTTGGGAGAGGAAGCTCTTTGTCACTCTCTGAATGAGACAGAGGTCAC 539
Query 735 AACCGTAATATGTGGTAGCAAAGAACTCAAAAAGCTCATGGACATAAGCCAACAGCTTGA 794
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 540 AACCGTAATATGTGGTAGCAAAGAACTCAAAAAGCTCATGGACATAGGCCAACAGCTTGA 599
Query 795 AACTGTGAAACGTGTGATATGCATGGATGATGAATTCCCATCTGATGTGAACAGTAATTG 854
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 600 AACTGTTAAACGTGTGATATGCATGGATGATGAATTCCCATCTGATGTGAACAGTAATTG 659
Query 855 GATGGCGACTTCATTTACTGATGTTCAGAAACTTGGCCGCGAAAATCCTGTGGATCCTAA 914
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||
Sbjct 660 GATGGCGACTTCATTTACTGATGTTCAGAAACTTGGCCGCGAAAACCCTGTAGACCCTAA 719
Query 915 TTTCCCTCTCTCAGCAGATGTTGCTGTTATAATGTACACCAGTGGAAGCACTGGACTTCC 974
||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 720 TTTTCCTCTCTCAGCAGACGTTGCTGTTATAATGTACACCAGTGGAAGCACTGGACTTCC 779
Query 975 CAAGGGTGTTATGATGACGCATGGTAATGTCCTAGCTACAGTTTCGGCAGTGATGACAAT 1034
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 780 CAAGGGTGTTATGATGACGCATGGTAATGTCCTAGCTACAGTTTCGGCAGTGATGACAAT 839
Query 1035 TGTTCCTGACCTTGGAAAGAGGGATATATACATGGCATATTTACCTTTGGCTCACATCCT 1094
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 840 TGTTCCAGACCTTGGAAAGAGGGATATATACATGGCATATTTACCTTTGGCTCACATCCT 899
Query 1095 TGAGTTAGCAGCTGAGAGCGTAATGGCTACTATTGGGAGTGCTATTGGATATGGGTCTCC 1154
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 900 TGAGTTAGCAGCTGAGAGCGTAATGGCTACTATTGGGAGTGCTATTGGATATGGGTCTCC 959
Query 1155 CTTGACGCTAACGGATACTTCAAACAAGATAAAAAAGGGTACAAAAGGAGATGTCACAGC 1214
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 960 CTTGACGCTCACGGATACTTCAAACAAGATAAAAAAGGGTACAAAAGGAGATGTCACGGC 1019
Query 1215 ACTAAAGCCCACTATAATGACAGCTGTTCCAGCCATTCTTGATCGTGTCAGGGATGGTGT 1274
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1020 ACTAAAGCCCACCATAATGACAGCTGTTCCAGCCATTCTTGATCGTGTCCGGGATGGTGT 1079
Query 1275 CCGCAAAAAGGTTGATGCAAAGGGCGGATTGTCAAAGAAATTGTTTGACTTTGCATATGC 1334
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1080 CCGCAAAAAGGTTGATGCTAAGGGCGGATTGTCAAAGAAATTGTTTGACTTTGCATATGC 1139
Query 1335 TCGGCGATTATCTGCAATCAATGGAAGTTGGTTTGGAGCCTGGGGATTGGAAAAGCTTTT 1394
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1140 TCGGCGATTATCTGCAATCAATGGAAGTTGGTTTGGAGCCTGGGGATTGGAAAAGCTTCT 1199
Query 1395 GTGGGATGTGCTTGTGTTCAGGAAAATCCGTGCAGTTTTGGGAGGTCAAATCCGCTATTT 1454
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1200 GTGGGACGTGCTTGTGTTCAGGAAAATCCGTGCAGTATTGGGAGGTCAAATCCGCTACTT 1259
Query 1455 GCTCTCTGGTGGTGCCCCTCTTTCTGGTGACACTCAGAGATTCATTAACATCTGCGTTGG 1514
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1260 GCTCTCTGGTGGTGCCCCTCTTTCTGGTGATACTCAGAGATTCATTAACATATGCGTTGG 1319
Query 1515 GGCTCCAATCGGTCAGGGATATGGGCTCACAGAGACTTGTGCTGGTGGAACCTTCTCGGA 1574
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1320 GGCTCCAATCGGTCAGGGATATGGGCTCACAGAGACTTGTGCTGGTGGAACCTTCTCGGA 1379
Query 1575 GTTTGAGGACACATCCGTTGGCCGTGTTGGTGCTCCACTTCCTTGCTCCTTTGTAAAGCT 1634
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1380 GTTTGAGGACACATCCGTTGGCCGTGTTGGTGCGCCACTTCCTTGCTCCTTTGTTAAGCT 1439
Query 1635 AGTAGACTGGGCGGAAGGTGGGTATCTAACTAGTGATAAGCCGATGCCCCGTGGTGAAAT 1694
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1440 AGTAGACTGGGCGGAAGGTGGGTATCTAACCAGTGATAAGCCAATGCCCCGTGGTGAAAT 1499
Query 1695 TGTAATTGGTGGCTCAAATATCACGCTTGGGTATTTCAAAAATGAGGAGAAAACTAAAGA 1754
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1500 TGTAATTGGTGGCTCAAATATCACGCTTGGGTATTTCAAAAATGAGGAGAAAACTAAAGA 1559
Query 1755 AGTGTACAAGGTTGATGAAAAGGGAATGAGGTGGTTCTACACAGGAGACATAGGACGATT 1814
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1560 AGTGTACAAGGTTGATGAAAAGGGGATGAGGTGGTTCTACACAGGAGACATAGGACGATT 1619
Query 1815 TCACCCTGATGGCTGCCTCGAGATAATAGACCGAAAAAAGGATATCGTTAAACTTCAGCA 1874
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1620 TCACCCTGATGGCTGCCTCGAGATAATAGACCGAAAAAAGGATATCGTTAAACTTCAGCA 1679
Query 1875 TGGAGAATATGTCTCCTTGGGCAAAGTTGAAGCTGCTCTAAGTATAAGTCCCTATGTTGA 1934
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||
Sbjct 1680 CGGAGAATATGTCTCCTTGGGCAAAGTTGAAGCTGCTCTCAGTATAAGTCCATATGTTGA 1739
Query 1935 AAACATAATGGTTCATGCTGATTCGTTCTACAGTTACTGTGTGGCTCTTGTGGTCGCGTC 1994
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1740 AAACATAATGGTTCATGCTGATTCATTCTACAGTTACTGTGTGGCTCTTGTGGTCGCGTC 1799
Query 1995 CCAACATACAGTTGAAGGTTGGGCTTCAAAGCAAGGAATAGACTTTGCCAACTTCGAAGA 2054
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1800 CCAACATACAGTTGAAGGTTGGGCTTCAAAGCAAGGAATAGACTTTGCCAACTTTGAAGA 1859
Query 2055 ACTGTGCACGAAAGAGCAAGCCGTGAAAGAAGTGTATGCGTCCCTTGTGAAGGCGGCTAA 2114
||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||
Sbjct 1860 ACTGTGCGCGAAAGAACAAGCCGTGAAAGAAGTGTATGCGTCTCTTGTCAAGGCGGCTAA 1919
Query 2115 ACAATCACGATTGGAGAAGTTTGAGATACCAGCAAAGATCAAATTATTGGCATCTCCATG 2174
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||
Sbjct 1920 ACAATCACGATTGGAGAAGTTTGAGATACCAGCAAAGATAAAATTGTTGGCATCTCCATG 1979
Query 2175 GACGCCAGAGTCAGGATTAGTCACAGCAGCTCTAAAGCTGAAAAGAGATGTAATTAGGAG 2234
|||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||
Sbjct 1980 GACGCCAGAGTCGGGCTTAGTCACAGCAGCTCTAAAGCTTAAAAGGGATGTAATTAGGAG 2039
Query 2235 GGAATTCTCTGAAGATCTCACCAAGTTATATGCCTAAATTTTTCTTCTTCCTTTACtttt 2294
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||
Sbjct 2040 GGAATTCTCTGAAGAGCTCACCAAGTTATATGCCTAAACTTTTCTTCTTCCTCTACTTTG 2099
Query 2295 ttttttt 2301
|||||||
Sbjct 2100 TTTTTTT 2106
Score = 76.8 bits (41), Expect = 7e-13
Identities = 46/48 (96%), Gaps = 2/48 (4%)
Strand=Plus/Plus
Query 2387 TGTCTTTTCGTGTAATTTGTGTGGGAACTAG-GACGAGACAGAAAAAA 2433
||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||
Sbjct 2147 TGTCTTTTCGTGTAATTTGTGTGGGAACT-GTGACGAGACAGAAAAAA 2193
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 94844710050
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5