BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G77620.1
Length=3626
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg476926 jgi|Araly1|476926|fgenesh2_kg.2__2056__AT1G77620.1 5234 0.0
Ahg951762 jgi|Araly1|951762|scaffold_14200004.1 4442 0.0
> Ahg476926 jgi|Araly1|476926|fgenesh2_kg.2__2056__AT1G77620.1
Length=3604
Score = 5234 bits (2834), Expect = 0.0
Identities = 3352/3598 (93%), Gaps = 51/3598 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGGATCAGACTCCACGGCGGAATGTTCGTCGGAAATTGGTTCAGTCGTCTTTGCTCCCC 60
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||
Sbjct 1 ATGGATCAGACTCCACGGCGGAATGTTCGTCGGAAATTGGTTCAGTCGACGTTGCTCCCT 60
Query 61 CATAAA-CCGGAGGATGTAATTGACTCTAATGGAGATCCGATGTGCGATGAAGGA-G-G- 116
|||||| || ||||| |||||||| || || ||||||| |||| ||||||||||| | |
Sbjct 61 CATAAATCC-GAGGAGGTAATTGAGTCCAACGGAGATCGGATGAGCGATGAAGGAGGAGA 119
Query 117 AGAAGTAGGAGA---T-G-----GTCGTAGTCAAGGGAAGAAGACGAGAAAACAGAAAGA 167
|||||||||||| | | || ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 120 AGAAGTAGGAGATGGTGGTTTATGTAGTAGTCAAGGGAAGAAGACGAGAAAACAGAAAGA 179
Query 168 GAGAACTCCGAAGAACGGAGCTACCAAGAAGGTGGCTAAAGGAAAGAGTCCTCGAAAAAC 227
|| ||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 180 GACAACTCCGAAGAACGGTGCTTCCAAGAAGGTGGCTAAAGGAAAGAGTCCTCGAAAAAC 239
Query 228 AACTCCTAAGAAATGTGCAACTAAAAACGGAATTGTAGCTGCTGGTGATCAGATGATTGC 287
||| ||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||
Sbjct 240 AACGCCTAAAAAAAGTGCAACTAAAAACGGAATTGTAGCTGCTGCTGATCAGATGGTTGC 299
Query 288 TGCCAATGTTTCACCTCCAGTTCCCAATTTGCGCCTGGAAGCTAAGTTAAGAGCTGAGGA 347
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 300 TGCCAATGTTTCACCTCCAGTTCCCAATTTGCGTCTGGAAGCAAAGTTAAGAGCTGAGGA 359
Query 348 AAATTCGCGGATGTCTGCTGGGAAGCAAATACATCCGTTTTTCTCGACTTGGAAAGG-AG 406
| ||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| |
Sbjct 360 AGATTCGCGGATGTCTGCTGGCAAGCAAATACATCCCTTTTTCTCGACTTGGAAAGGCA- 418
Query 407 GTAAAAGAAATCAAGAAGCTGTTGCAGCAGAGAATGGTACGTGTCTTGGTCGAGGGAGAG 466
|||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||| |||| ||| ||||
Sbjct 419 GTAAAAGAAATCAAGATGCCGTTGCAGCAGAGAATGGTACGTGTCAGGGTCAAGGAAGAG 478
Query 467 ATAAAATCGTCACCATTGGCCCTATCCATGTATTTGACAAGTTTCAGGATGATTATCCAA 526
| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||| ||
Sbjct 479 AGAAAATTGTCACCATCGGCCCTATCCATGTATTTGAGAGGTTTCAGGATGATTATCAAA 538
Query 527 CCACCCTTGATTGGAAGAACTGGACTTTCTATGAGCAAACATCTACTACTGAGAGTCCTG 586
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| | |
Sbjct 539 CCCCCCTTGATTGGAAGAACTGGACTTTCTATGAGCAAACATCCACCACTGAGAGTGCGG 598
Query 587 ATCAACAAATAAAATTTAACTCTCTTGAACCTCGGCCCAAGGAGTTTGATTTAAATGAAT 646
|||||||||| || ||| || |||||||||| || ||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 599 ATCAACAAATGAATTTTGACACTCTTGAACCCCGACCCAAGGTGTTTGATTTAAATGAAC 658
Query 647 TGCCATCTCTTTCACATCCTGACGTGTGTGTCATCGATGATGAGGAGCCTGAACAATGCA 706
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 659 TGCCATCTCTTTCACATCCTGACGTGTGTATCATCGATGATGAGGAGCCTGAACAATGTG 718
Query 707 CTAGTCAATCAGAAGGTATTGCAGAGGCATCTTCGGTAGTCTTAATAGAAGACCAGGAGG 766
|||||||||||||| |||| |||||||||||| || |||||||||||| |||||||||||
Sbjct 719 CTAGTCAATCAGAACGTATCGCAGAGGCATCTCCGTTAGTCTTAATAGCAGACCAGGAGG 778
Query 767 AGAAACGTGGGTGCCTCGGCTTCTTAGATGGAGCAGAATCGGATTGTGAAGTTCATGAAG 826
|||||||||||| ||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 779 AGAAACGTGGGTACCTTGGCTCCTTAGATGGAGCAGAATCGGATTGTGAAGTTCATGAAG 838
Query 827 CAATTAACTTGTCTGATGATGCTGGTGGTGAAGCCA-ATATTTCTCATGAAATGCAACAC 885
||||| |||||||||||||||||| || | || | |||||||||||||||||||||||
Sbjct 839 CAATTCACTTGTCTGATGATGCTGAAGGCGCAG-TAGATATTTCTCATGAAATGCAACAC 897
Query 886 CTGTCATGTCGAGAAAGTAATGACTCCAGTGGCCAACCTTGTAATCGATTATGGGTAGAT 945
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||||||||||||
Sbjct 898 CTGTCATGTCGAGAAAGTAATGACTCCAGTGGCCAACCTCGTAATAGCTTATGGGTAGAT 957
Query 946 AAGTACCAGCCAAGAAGTGCCTCGGAGGTATGTGGTAATACTGAATCTGTAAAGGTAATG 1005
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 958 AAGTACCAGCCAAGAAGTGCCTCGGAGGTATGTGGTAATACTGAATCTGTAAAAGTAATG 1017
Query 1006 AATGAATGGCTGCGCCAATGGTATGAGAGAGGGTTTCAGCCAAACAAAGACTTTTTGAGT 1065
||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||| | |||||||||||||||
Sbjct 1018 AATGAATGGCTGCGCCAATGGCAGGAGAGAGGGTTTCAGCCAGATAAAGACTTTTTGAGT 1077
Query 1066 AGTGATGAAGATAAATCGCAAGATGCTGATTACAACTGTTCTGAAAGTGACTCTGACTCA 1125
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1078 AGTGATGAAGATAAATCGCAAGATGCTGACTACAACTGTTCTGAAAGTGACACTGACTCG 1137
Query 1126 GAAAAAAGTGGTGCTGAAGATAGCCAGAAGAATGTTCTCTTAATTGTTGGTCCAGCTGGG 1185
||||| | ||||||||||||| ||| ||| ||||| |||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1138 GAAAATATTGGTGCTGAAGATCGCCTGAAAAATGTGCTCTTAATCGTTGGTCCAGCTGGG 1197
Query 1186 AGTGGGAAATCTGCAGCCATTCATGCATGCGCCAAGGAACAAGGATTTAAAATCCTAGAG 1245
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1198 AGTGGGAAATCTGCAGCTATTCATGCATGCGCCAAGGAACAAGGGTTTAAAATCCTAGAG 1257
Query 1246 TCCAATACATCAGAATGCCGAAGTGGAACAGTAGTTAGGCAGAAATTTGGGGAGGCTCTC 1305
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1258 TCCAACACATCAGAATGCCGAAGTGGAACAGTAGTTAGGCAGAAATTTGGGGAGGCTCTC 1317
Query 1306 AAGTCATATAGCCTGTCAAGGTCCTTGGACCCTCTTTTCAATTCCTGTACTGATGGCAAT 1365
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1318 AAGTCATATAGCCTGTCAAGGTCCTTGGACCCTCTTTTCAATTCCTGTACTGATGGCAAT 1377
Query 1366 GGGGTAGAGGATGTAGTTGAAGTGATGCCCGTATTACATATCCAGAATGATGGAGCTAAC 1425
||||||||||||||| | |||||| | ||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1378 GGGGTAGAGGATGTAATGGAAGTGGTACCCATATTACATATCCAGAATGATGGAGCTAAC 1437
Query 1426 TTGAAGCCTTTAATTCT-TTTCGAAGATGTAGATATTTGCTTTGCTGAAGATCGTGGTCT 1484
||||||||||||||||| ||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1438 TTGAAGCCTTTAATTCTCTTT-GAAGATGTAGATGTTTGCTTTGCTGAAGATCGTGGTCT 1496
Query 1485 CGTTTCTGCTATCCAGCAGATTGCTGTGAAAGCAAAAGGGCCTGTGGTATTGACTGCCAA 1544
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1497 CGTTTCTGCTATCCAGCAGATTGCTGCGAAAGCAAAAGGGCCTGTGGTATTGACTACCAA 1556
Query 1545 TGACAAGAATCATGGGTTACCAGACAACTTAGAGAGGATAGAAATATACTTTTCATTGCC 1604
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1557 TGACAAGAATCATGGTTTACCAGACAACTTAGAGAGGATAGAAATATACTTTTCATTGCC 1616
Query 1605 ATCAAAAGAAGAACTGTTTAACCACCTTTCTCTGGTTTGTGCAGCAGAGGAAGTTAAAGT 1664
||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1617 ATCAAAAGAAGAACTATTTAGTCACCTTTCTCTGGTTTGTGCAGCAGAGGAAGTTAAAGT 1676
Query 1665 TAATCATGGTTCACTAGAGGAAATGACCACGTTTTGTGGTGGAGATATACGGAAAGCAAT 1724
||||| |||||||||||| |||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1677 TAATCGTGGTTCACTAGATCAAATGACCACGTCTTGTGGTGGTGATATACGGAAAGCAAT 1736
Query 1725 TATGCAATTGCAGTTTTGGTTTCAGAGTAAACCGAAAAGAGCCAGAAAGGTGAAGAATAC 1784
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1737 TATGCAATTGCAGTTTTGGTTTCAGAGTAAACCGAAAAGAGCCAGAAAGGTGAAGAACAC 1796
Query 1785 AGGTAATCAAGATCTCTTTGATCATGAAGCTGGCCACTTGCTGCTTCCCAAGATAATTGC 1844
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1797 AGGTAATCAAGATCTCTTTGATCATGAAGCTGGCCACTTGCTGCTTCCCAAGATAATTAC 1856
Query 1845 ACGGGATTTCCCTTCTCAATTATCTCAGTTGGTGGAGAATGAGATTGCTAAGGTATTATC 1904
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1857 ACGGGATTTCCCTTCTCAATTATCTCAGTTGGTGGAGAATGAGATTGCTAAGGTAATATC 1916
Query 1905 TATGGAAGAGGAAAGAAATAACACAGTGGAAGTATTTGTTGAAGAGGTTGAAAACGAAAA 1964
||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1917 TATAGAAGAGGAAAGCTATAACACAGTGGAAGTATTTGTTGAAGAGGTTGAAAACGAAAA 1976
Query 1965 AATGCTTAATAGATTATGGAGGCGTGGCACAGGAAAGAACAGTATACAAGCCAAGAAAGC 2024
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||| |
Sbjct 1977 AATGCTTAATAGATTATGGAGGCGAGGCACAGGAAAGAACAGCATACAAGCTAAGAAAAC 2036
Query 2025 AGCGATGTTCAGGCAGAACACTACTTTTGAAGATTATGACGAATTAGAAGACGTCTTAAG 2084
||| ||||| | ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2037 AGCCATGTTTAAGCAGAACACTACTTTTGAAGATTATGATGAATTAGAAGACGTCTTAAG 2096
Query 2085 GATTCCGTGTGAACTTAGCAACACTTCCTACCAACCACTCTCTTTCTCTCAGCCAAACAG 2144
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2097 TATTCCGTGTGAACTTAGCAACAGTTCCTACCAACCACTCTCTTTCTCTCAGCCAAACAG 2156
Query 2145 AAGGCGGAAGCTCAATGTTGTGATGTCCTCTGATTCAGAAGATGAGCCTCTGACTGACAT 2204
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2157 AAGACGGAAGCTCAATGTTGTGATGTCCTCTGATTCAGAAGATGAGCCTCTGACTGACAT 2216
Query 2205 ACGGGTTTCCATTTCTCAACATCAGAAGGACGACAGATTGATTTTCCAAGAAGATGGTAC 2264
||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2217 ACGGGTTTCCATTGCACAACATCAGAAGGACGACAGATTGATTTTCCAAGAAGATGGTAC 2276
Query 2265 GTTGTCCTCATATTGGCCAGATATGCAAAAGGAAACAAACCCATTAGCTGATCCTTC--T 2322
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |
Sbjct 2277 GTTGTCCTCATATTGGCCAGATATGCAAAAGGAAACAAACCTATTAGCTGATCCTTCAGT 2336
Query 2323 -------AGAGCAGAAATATTGGAGGCAGCTTGTTATCAGTATGAGACATCAAAATTCTC 2375
||||||||||||||||| ||| |||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2337 TCCTTCCAGAGCAGAAATATTGGAAGCAACTTGTTATGAGTATGAGACATCAAAATTCTC 2396
Query 2376 TTACATTAATGAGGTGTCCCAGTCAGTTGAAATATCATGTGTACCAGAGTCTTCATATGT 2435
|| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2397 TTGCATTAATGAGGTGTCCCAGTCAGTTGATGTATCATGTGTACCAGAGTCTTTGTATGT 2456
Query 2436 TCCAGAAACTTTAATGGATGGTGAAGCTGAGCTGTCGCCAAGAGCAGTATCTTGCGGACA 2495
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2457 TCCAGAAACATTAATGGATGGTGAAGCTGAGCTGTCGCCAAGAGCGGTATCTTGCGGACA 2516
Query 2496 TTTTGATGGAAGAGTAGAGGTTTCAATGAATGAGGACGTTGTACAGACTCCCCCATCAAA 2555
|||||||||||||||||| || || |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2517 TTTTGATGGAAGAGTAGAAGTGTCCATGAATGAGGACGTTGTACAGACTCCCCCATCAAA 2576
Query 2556 AGAGATATACATAGACAGATTCCAGATTTTTGATTGTTTAAAGAATACAAGTGAGATCAT 2615
|||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2577 AGAGATATACATGGACAGATTTCAGATTTTTGATTGTTTAAAGAATACATGTGAGATCAT 2636
Query 2616 TGCAGAATCTTCTGATGCGACAGTGATGGAAGACTGTTTCAAGGAATATGTAGGGGCTGC 2675
|||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2637 TGCAGAATCTTCTGATGCGATGGTGATGGAAAACTGTTTCAAGGAATATGTAGGGACTGC 2696
Query 2676 CCAGAAGATGCAACAAGTTTCAGATGAATGTAGCCGTATGGATTTTGGTAAGACATACAA 2735
|||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| |||
Sbjct 2697 CCAGAAGATGCAACCAGTTTCAGATGAATGCAGCCGTATAGATTTTGGTAAGACATTCAA 2756
Query 2736 GACGGCTGAGAAACCAAAGCTAGATACCTCTAGATCTGCGGTGCAAGAATCATGGGAAAA 2795
||||||| ||||||| ||||| |||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||
Sbjct 2757 GACGGCTCAGAAACCGAAGCTTGATACCTCTAAATCTGCTGTGCAAGAATCGTGGGAAAA 2816
Query 2796 AATCTGTTCCAATCTTGCTGATTTCAAGCCATACTTGGATTCAGAACCTGTAGAAGCTCC 2855
||||||||| | || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2817 AATCTGTTCGAGTCATGCTGATTTCAAGCCATACTTGGATTCAGAACCTGTAGAAGCTCC 2876
Query 2856 ACAAGTTCTTGATCTCACTCATCAGATAACCAATCTAATTTCAGAAGCTGACCTAACACA 2915
||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2877 ACAAGTTCTTGATCTCACTCACCAGATAACCAATCTTATTTCAGAAGCTGACCTAACACA 2936
Query 2916 TTCCAGATGCCTGAACCTTGGAGCTTTGGAGCCAATGATGAACACTTCAGGAGATCTTGA 2975
|| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||| ||||| |||||
Sbjct 2937 TTTTAGATGCCTGAACCTTGGAGCTTTGGAGCCATTGATGAACGCTTCTGGAGAACTTGA 2996
Query 2976 TACGTCTGGTTTATCTCAGATGCTTGAAGAGATGACTTCCACCGTGTCACAGCAAGAATT 3035
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| |||||||||||||
Sbjct 2997 TACGTCTGGTTTATCTCAGATGCTTGAACAGATGACTTCCACTGTGGCACAGCAAGAATT 3056
Query 3036 TTGCTTTTTGACAAACCAAATTACGACAACGGGATCCGTTCCTACTTCATCAGCCACCAT 3095
||||||||| ||||| |||||||| ||||| ||| ||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 3057 TTGCTTTTTCACAAATCAAATTACTACAACAGGAACCGTTCCTAATTCATCAGCCACCAT 3116
Query 3096 GGTACCAGAAAGAGGATTAACAGTAGACGAGGCAAGGCAGGATTACACATCGAGCAATGG 3155
|||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 3117 GGTACCAGGAAGAGGATTGGCAGTAGACGAGGCAAGGCAGGATTGCACATCGAGCAATGG 3176
Query 3156 AAGCTGCTTGGATATGAAACC-AGATATACTTGAAGACTTACTAAAATGTAGGCGAATGA 3214
||||||||||||||| ||||| ||| |||| ||| ||| ||||||||||||
Sbjct 3177 AAGCTGCTTGGATAT-AAACCCAGA----CTTG-----TTA--AAA-TGTAGGCGAATGG 3223
Query 3215 CACGGCTTTCCGGTGTCTTAGAGTCAGTAGTCCCTCTGAGATCATTGAAAGGAAGAGCTT 3274
| |||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3224 TAAGGCTTTCCGGCATATTAGAGTCAGTAGTCCCTCTGAGATCATTGAAAGGAAGAGCTT 3283
Query 3275 TCCATGAATATGCTTCATTCATAGGGCAGATTTCAAGAGCAGATCCCTCTAACTTATCCG 3334
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 3284 TCCATGAATATGCTTCATTCATAGGGAAGATTTCAAGAGCAGATCCCTCCAACTTATCCG 3343
Query 3335 GAGCCTTGGAGAAAGGCAGACGGCGAAGGCCAAGAGAAGCTCGACATTACCTGTCAATGG 3394
||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||| |||||
Sbjct 3344 GAGCCATGGAGAAAGGCAGACGGCGAAGGTCAAGAGAAGCTCGACATTATCTGTTAATGG 3403
Query 3395 AACTATCCTCCGAAGATATTGCATTATTGGGCCAACACAGCACATACAATAGAAATGAAT 3454
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 3404 AACTATCGTCCGAAGATATTGCATTATTGGGCCAACACAGCACATACAGTAGAAATGAAT 3463
Query 3455 -AATAA-A--GCAGTTTTCAGTTGTATAGAAATCAGAACTGCTCCACACTTCAAGAAGAG 3510
||||| | ||||||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 3464 GAATAATAAAGCAGTTT-CAGTTGTATAGAAATTAGAACAGCTCCACACTTCAAGAAGAG 3522
Query 3511 TCTTTATTTTAAACTTGTTCGCTCA-ACGTTAA-CTTAGCCGAGATGATTCTCTCGAC 3566
| ||||||||||||||||| ||||| | ||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3523 TTTTTATTTTAAACTTGTTTGCTCAGA-GTTAAACTTAGCCGAGATGATTCTCTCGAC 3579
> Ahg951762 jgi|Araly1|951762|scaffold_14200004.1
Length=2923
Score = 4442 bits (2405), Expect = 0.0
Identities = 2770/2944 (94%), Gaps = 33/2944 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 575 CTGAGAGTCCTGATCAACAAATAAAATTTAACTCTCTTGAACCTCGGCCCAAGGAGTTTG 634
|||||||| ||||||||||||| || ||| ||||||||||||| || |||||||||||||
Sbjct 1 CTGAGAGTGCTGATCAACAAATGAATTTTGACTCTCTTGAACCCCGACCCAAGGAGTTTG 60
Query 635 ATTTAAATGAATTGCCATCTCTTTCACATCCTGACGTGTGTGTCATCGATGATGAGGAGC 694
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||
Sbjct 61 ATTTAAATGAACTGCCATCTCTTTCACATCCTGACGTGTGTATCATTGATGATGAGGAGC 120
Query 695 CTGAACAATGCACTAGTCAATCAGAAGGTATTGCAGAGGCATCTTCGGTAGTCTTAATAG 754
|||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 121 CTGAACAATGTGTTAGTCAATCAGAAGGTATCGCAGAGGCATCTTCGGTAGTCTTAGTAG 180
Query 755 AAGACCAGGAGGAGAAACGTGGGTGCCTCGGCTTCTTAGATGGAGCAGAATCGGATTGTG 814
||||||||||||||||||||||| | | |||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 CAGACCAGGAGGAGAAACGTGGGTACGTTGGCTCCTTAGATGGAGCAGAATCGGATTGTG 240
Query 815 AAGTTCATGAAGCAATTAACTTGTCTGATGATGCTGGTGGTGAAGCCA-ATATTTCTCAT 873
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || || | |||||||||
Sbjct 241 AAGTTCATGAAGCAATTAACTTGTCTGATGATGCTGGTGATGCAG-CAGACATTTCTCAT 299
Query 874 GAAATGCAACACCTGTCATGTCGAGAAAGTAATGACTCCAGTGGCCAACCTTGTAATCGA 933
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |
Sbjct 300 GTAATGCAACACCTGTCATGTCGAGAAAGTAATGACTCCAGTGGCCAACCTCGTAATAGC 359
Query 934 TTATGGGTAGATAAGTACCAGCCAAGAAGTGCCTCGGAGGTATGTGGTAATACTGAATCT 993
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 360 TTATGGGTAGATAAGTACCAGCCAAGAAGTGCCTCGGAGGTATGTGGTAATACTGAATCT 419
Query 994 GTAAAGGTAATGAATGAATGGCTGCGCCAATGGTATGAGAGAGGGTTTCAGCCAAACAAA 1053
||||| ||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||| | |||
Sbjct 420 GTAAAAGTAATGAATGAATGGCTGCGCCAATGGCAGGAGAGAGGGTTTCAGCCAGATAAA 479
Query 1054 GACTTTTTGAGTAGTGATGAAGATAAATCGCAAGATGCTGATTACAACTGTTCTGAAAGT 1113
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 480 GACTTTTTGAGTAGTGATGAAGATAAATCGCAAGATGCTGACTACAACTGTTCTGAAAGT 539
Query 1114 GACTCTGACTCAGAAAAAAGTGGTGCTGAAGATAGCCAGAAGAATGTTCTCTTAATTGTT 1173
| ||||||||||||||| | ||||||||||||| ||| ||| ||||| |||||||| |||
Sbjct 540 GGCTCTGACTCAGAAAATATTGGTGCTGAAGATCGCCTGAAAAATGTGCTCTTAATCGTT 599
Query 1174 GGTCCAGCTGGGAGTGGGAAATCTGCAGCCATTCATGCATGCGCCAAGGAACAAGGATTT 1233
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 600 GGTCCAGCTGGGAGTGGGAAATCTGCAGCTATTCATGCATGCGCCAAGGAACAAGGATTT 659
Query 1234 AAAATCCTAGAGTCCAATACATCAGAATGCCGAAGTGGAACAGTAGTTAGGCAGAAATTT 1293
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 660 AAAATCCTAGAGTCCAACACATCAGAATGCCGAAGTGGAACAGTAGTTAGGCAGAAATTT 719
Query 1294 GGGGAGGCTCTCAAGTCATATAGCCTGTCAAGGTCCTTGGACCCTCTTTTCAATTCCTGT 1353
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 720 GGGGAGGCTCTCAAGTCATATAGCCTGTCAAGGTCCTTGGACCCTCTTTTCAATTCCTGT 779
Query 1354 ACTGATGGCAATGGGGTAGAGGATGTAGTTGAAGTGATGCCCGTATTACATATCCAGAAT 1413
||||||||||||||||||||||||||| | |||||| | ||| |||||||||||||||||
Sbjct 780 ACTGATGGCAATGGGGTAGAGGATGTAATGGAAGTGGTACCCATATTACATATCCAGAAT 839
Query 1414 GATGGAGCTAACTTGAAGCCTTTAATTCT-TTTCGAAGATGTAGATATTTGCTTTGCTGA 1472
||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 840 GATGGAGCTAACTTGAAGCCTTTAATTCTCTTT-GAAGATGTAGATGTTTGCTTTGCTGA 898
Query 1473 AGATCGTGGTCTCGTTTCTGCTATCCAGCAGATTGCTGTGAAAGCAAAAGGGCCTGTGGT 1532
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 899 AGATCGTGGTCTCGTTTCTGCTATCCAGCAGATTGCTGCGAAAGCAAAAGGGCCTGTGGT 958
Query 1533 ATTGACTGCCAATGACAAGAATCATGGGTTACCAGACAACTTAGAGAGGATAGAAATATA 1592
||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 959 ATTGACTACCAATGACAAGAATCATGGTTTACCAGACAACTTAGAGAGGATAGAAATATA 1018
Query 1593 CTTTTCATTGCCATCAAAAGAAGAACTGTTTAACCACCTTTCTCTGGTTTGTGCAGCAGA 1652
||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1019 CTTTTCATTGCCATCAAAAGAAGAACTATTTAGTCACCTTTCTCTGGTTTGTGCAGCAGA 1078
Query 1653 GGAAGTTAAAGTTAATCATGGTTCACTAGAGGAAATGACCACGTTTTGTGGTGGAGATAT 1712
||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||| ||||||||| |||||
Sbjct 1079 GGAAGTTAAAGTTAATCGTGGTTCACTAGATCAAATGACCACGTCTTGTGGTGGTGATAT 1138
Query 1713 ACGGAAAGCAATTATGCAATTGCAGTTTTGGTTTCAGAGTAAACCGAAAAGAGCCAGAAA 1772
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1139 ACGGAAAGCAATTATGCAATTGCAGTTTTGGTTTCAGAGTAAACCGAAAAGAGCCAGAAA 1198
Query 1773 GGTGAAGAATACAGGTAATCAAGATCTCTTTGATCATGAAGCTGGCCACTTGCTGCTTCC 1832
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1199 GGTGAAGAACACAGGTAATCAAGATCTCTTTGATCATGAAGCTGGCCACTTGCTGCTTCC 1258
Query 1833 CAAGATAATTGCACGGGATTTCCCTTCTCAATTATCTCAGTTGGTGGAGAATGAGATTGC 1892
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259 CAAGATAATTACACGGGATTTCCCTTCTCAATTATCTCAGTTGGTGGAGAATGAGATTGC 1318
Query 1893 TAAGGTATTATCTATGGAAGAGGAAAGAAATAACACAGTGGAAGTATTTGTTGAAGAGGT 1952
||||||| ||||| | ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1319 TAAGGTAATATCTTTAGAAGAGGAAAGCTATAACACAGTGGAAGTATTTGTTGAAGAGGT 1378
Query 1953 TGAAAACGAAAAAATGCTTAATAGATTATGGAGGCGTGGCACAGGAAAGAACAGTATACA 2012
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| |||||
Sbjct 1379 TGAAAACGAAAAAATGCTTAATAGATTATGGAGGCGAGGCGCAGGAAAGAACAGCATACA 1438
Query 2013 AGCCAAGAAAGCAGCGATGTTCAGGCAGAACACTACTTTTGAAGATTATGACGAATTAGA 2072
|||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1439 AGCCAAGAAAACAGCCATGTTCAGGCAGAACACTACTTTTGAAGATTATGATGAATTAGA 1498
Query 2073 AGACGTCTTAAGGATTCCGTGTGAACTTAGCAACACTTCCTACCAACCACTCTCTTTCTC 2132
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1499 AGACGTCTTAAGTATTCCGTGTGAACTTAGCAACACTTCGTACCAACCACTCTCTTTCTC 1558
Query 2133 TCAGCCAAACAGAAGGCGGAAGCTCAATGTTGTGATGTCCTCTGATTCAGAAGATGAGCC 2192
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1559 TCAGCCAAACAGAAGGCGAAAGCTCAATGTTGTGATGTCCTCTGATTCAGAAGATGAGCC 1618
Query 2193 TCTGACTGACATACGGGTTTCCATTTCTCAACATCAGAAGGACGACAGATTGATTTTCCA 2252
||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1619 TCTGACTGACATACGGGTTTCCATTGCACAACATCAGAAGGACGACAGATTGATTTTCCA 1678
Query 2253 AGAAGATGGTACGTTGTCCTCATATTGGCCAGATATGCAAAAGGAAACAAACCCATTAGC 2312
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1679 AGAAGATGGTACGTTGTCCTCATATTGGCCAGATATGCAAAAGGAAACAAACCTATTAGC 1738
Query 2313 TGATCCTTC--T-------AGAGCAGAAATATTGGAGGCAGCTTGTTATCAGTATGAGAC 2363
||||||||| | ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1739 TGATCCTTCAGTTCCTTCCAGAGCAGAAATATTGGAGGCAACTTGTTATCAGTATGAGAC 1798
Query 2364 ATCAAAATTCTCTTACATTAATGAGGTGTCCCAGTCAGTTGAAATATCATGTGTACCAGA 2423
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1799 ATCAAAATTCTCTTGCATTAATGAGGTGTCCCAGTCAGTTGATGTATCATGTGTACCAGA 1858
Query 2424 GTCTTCATATGTTCCAGAAACTTTAATGGATGGTGAAGCTGAGCTGTCGCCAAGAGCAGT 2483
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1859 GTCTTCGTATGTTCCAGAAACTTTAATGGATGGTGAAGCTGAGCTGTCGCCAAGAGCGGT 1918
Query 2484 ATCTTGCGGACATTTTGATGGAAGAGTAGAGGTTTCAATGAATGAGGACGTTGTACAGAC 2543
|||||||||||||||||||||||||||||| || || |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1919 ATCTTGCGGACATTTTGATGGAAGAGTAGAAGTGTCCATGAATGAGGACGTTGTACAGAC 1978
Query 2544 TCCCCCATCAAAAGAGATATACATAGACAGATTCCAGATTTTTGATTGTTTAAAGAATAC 2603
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1979 TCCCCCATCAAAAGAGATATACATAGACAGATTTCAGATATTTGATTGTTTAAAGAATAC 2038
Query 2604 AAGTGAGATCATTGCAGAATCTTCTGATGCGACAGTGATGGAAGACTGTTTCAAGGAATA 2663
| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2039 ATGTGAGATCATTGCAGAATCTTCTGATGCGATGGTGATGGAAAACTGTTTCAAGGAATA 2098
Query 2664 TGTAGGGGCTGCCCAGAAGATGCAACAAGTTTCAGATGAATGTAGCCGTATGGATTTTGG 2723
||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||||||
Sbjct 2099 TGTAGGGACTGCCCAGAAGATGCAACCAGTTTCAGATGAATGCAGCCGTATAGATTTTGG 2158
Query 2724 TAAGACATACAAGACGGCTGAGAAACCAAAGCTAGATACCTCTAGATCTGCGGTGCAAGA 2783
|||||||| |||||||||| ||||||| ||||| |||||||||| |||||| ||||||||
Sbjct 2159 TAAGACATTCAAGACGGCTCAGAAACCGAAGCTTGATACCTCTAAATCTGCTGTGCAAGA 2218
Query 2784 ATCATGGGAAAAAATCTGTTCCAATCTTGCTGATTTCAAGCCATACTTGGATTCAGAACC 2843
||||||||||||||||||||| | || |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2219 ATCATGGGAAAAAATCTGTTCGAGTCATGCTGATTTCAAGCCATACTTGGATTCAGAACC 2278
Query 2844 TGTAGAAGCTCCACAAGTTCTTGATCTCACTCATCAGATAACCAATCTAATTTCAGAAGC 2903
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2279 TGTAGAAGCTCCACAAGTTCTTGATCTCACTCACCAGATAACCAATCTAATTTCAGAAGC 2338
Query 2904 TGACCTAACACATTCCAGATGCCTGAACCTTGGAGCTTTGGAGCCAATGATGAACACTTC 2963
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||
Sbjct 2339 TGACCTAACACATTTTAGATGCCTGAACCTTGGAGCTTTGGAGCCAATGATAAACGCTTC 2398
Query 2964 AGGAGATCTTGATACGTCTGGTTTATCTCAGATGCTTGAAGAGATGACTTCCACCGTGTC 3023
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| |
Sbjct 2399 TGGAGAACTTGATACGTCTGGTTTATCTCAGATGCTTGAACAGATGACTTCCACTGTGGC 2458
Query 3024 ACAGCAAGAATTTTGCTTTTTGACAAACCAAATTACGACAACGGGATCCGTTCCTACTTC 3083
||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||| |||||||||||||
Sbjct 2459 ACAGCAAGAATTTTGCTTTTTCACAAACCAAATTACTACAACAGGAACCGTTCCTACTTC 2518
Query 3084 ATCAGCCACCATGGTACCAGAAAGAGGATTAACAGTAGACGAGGCAAGGCAGGATTACAC 3143
|||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2519 ATCAGCCACCATGGTACCAGGAAGAGGATTGGCAGTAGACGAGGCAAGGCAGGATTGCAC 2578
Query 3144 ATCGAGCAATGGAAGCTGCTTGGATATGAAACC-AGATATACTTGAAGACTTACTAAAAT 3202
||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| |||| ||| ||| |
Sbjct 2579 ATCGAGCAATGGAAGCTGCTTGGATAT-AAACCCAGA----CTTG-----TTA--AAA-T 2625
Query 3203 GTAGGCGAATGACACGGCTTTCCGGTGTCTTAGAGTCAGTAGTCCCTCTGAGATCATTGA 3262
||||||||||| ||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2626 GTAGGCGAATGGCACGGCTTTCCGGCATATTAGAGTCAGTAGTCCCTCTGCGATCATTGA 2685
Query 3263 AAGGAAGAGCTTTCCATGAATATGCTTCATTCATAGGGCAGATTTCAAGAGCAGATCCCT 3322
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |
Sbjct 2686 AAGGAAAAGCTTTCCATGAATATGCTTCATTCATAGGGAAGATTTCAAGAGCAGATCCTT 2745
Query 3323 CTAACTTATCCGGAGCCTTGGAGAAAGGCAGACGGCGAAGGCCAAGAGAAGCTCGACATT 3382
| ||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2746 CCAACTTATCCGGAGCCATCGAGAAAGGCAGACGGCGAAGGTCAAGAGAAGCTCGACATT 2805
Query 3383 ACCTGTCAATGGAACTATCCTCCGAAGATATTGCATTATTGGGCCAACACAGCACATACA 3442
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2806 ATCTGTCAATGGAACTATCCTCCGAAGATATTGCATTATTGGGCCAACACAGCACATACA 2865
Query 3443 ATAGAAATGAATAATAAAGCAGTTTTCAGTTGTATAGAAATCAGAACTGCTCCACACTTC 3502
||||| | ||||| | ||| ||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||
Sbjct 2866 GTAGAA-T-AATAA-A--GCA-TTTTCAGTTGTATAGAAGTTAGAACAGCTCCACACTTC 2919
Query 3503 AAGA 3506
||||
Sbjct 2920 AAGA 2923
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 136969205227
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5