BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G77680.1
Length=3846
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg927169 jgi|Araly1|927169|scaffold_202730.1 4831 0.0
> Ahg927169 jgi|Araly1|927169|scaffold_202730.1
Length=3229
Score = 4831 bits (2616), Expect = 0.0
Identities = 3037/3237 (94%), Gaps = 41/3237 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 302 AGAGTTTTATAGTGTTATAAGCCATGAAGAGTGCGTCGTC---GGAACAATCAGTTGAAA 358
|||| ||||||||| | ||||| ||||||||||||||| | |||||||||||||||||
Sbjct 1 AGAG-TTTATAGTG-T-TAAGCGATGAAGAGTGCGTCGACGGTGGAACAATCAGTTGAAA 57
Query 359 GAATCGAAAACGGTCACAAGAAGAAGAGGAACAGGCCTCAGAAACAAAATCGTCGATCTA 418
|||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||
Sbjct 58 GAATTGAAAATGGTCACAAGAAGAAGAGGAACAGGCCTCAGAAACATATTCGTCGATCTA 117
Query 419 AGCAAAGCTCAGTACCGATAGAAGATGCACATGTGGAGGAGTCGTTAGATGGTAGAGA-T 477
| || ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| | |||||||||| | |
Sbjct 118 AACACAGCTCAGTACCGATAGAAGATACACATGTGGAGGAGTCATCAGATGGTAGA-ACT 176
Query 478 AGTAGTAGGAGTAAAGCTAAAGATTCTACTTCTTCATCGAAGCAGCAGAGA-C---CTAA 533
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| | | ||
Sbjct 177 AGTAGTAGGAGTAAAGCGAAAGATTCTACTTCTTCATCGAAGCAGCAGAGATCGGAC-AA 235
Query 534 TACC-GACGAACTTGAAGCTATGAGAGCGTCTAATGTTGCTTTCAATTCTATGCCGCCTA 592
| || | |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 236 T-CCTAATGAACTTGAAGCTATGAGAGCCTCTAATGTTGCTTTCAATTCTATGCCGCCTA 294
Query 593 TGC-----GA---GC-AG-A-A-AGTGGTTATCCCA-GGAGATCTGCAAGTCCGTTACTT 639
||| || || || | | | ||||||| ||| ||||||||||||||||||| |||
Sbjct 295 TGCGTTTTGAGGGGCGAGCAGATACTGGTTAT-CCAGGGAGATCTGCAAGTCCGTTGCTT 353
Query 640 TCTTCACCTGAAGTTAGTAAGCAATTGTTATCGAAGTCTTGCCCTGATCCTAGGGCTTGT 699
|| || ||| |||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 354 TCATCTCCTCAAGTTAGTAAGCAATTGTTATCCAAGTCGTGCCCTGATCCTAGGGCTTGT 413
Query 700 GAGCAGTCTCCT-GGAATGAATGGTGAATTGTTTCAGCAAATTGAAGGTTCCTCACAACG 758
|||||||||||| || ||| ||||||| ||||| |||||||||||||||||||| || ||
Sbjct 414 GAGCAGTCTCCTAGG-ATGGATGGTGACTTGTTCCAGCAAATTGAAGGTTCCTCTCAGCG 472
Query 759 AAAGATTTTCTCTTCACACTGGTCTCTTGATGCTGTGA-CCGAAGCTTTAGAGAAAGGTG 817
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||
Sbjct 473 GAAGATTTTCTCTTCACACTGGTCTCTTGATGCTGTGAGCC-AAGCTTTAGAGAAAGGTG 531
Query 818 AAGCTTTTAAAGCGCTATTTCGGGTGAATGCTCATAATCGCAATGAGGCTTACTGTAAGA 877
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 532 AAGCTTTTAAAGCGCTATTTCGGGTGAATGCTCATAATCGCAATGAGGCTTACTGTAAGA 591
Query 878 TCGATGGAGTCCCTACAGACATTCTAATCAATGGAAATGTTTGCCAAAGTAGAGCAGTGG 937
|||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||
Sbjct 592 TCGATGGAGTCCCTACTGATATTCTAATCAATGGAAATGTTGGCCAAAATAGAGCAGTGG 651
Query 938 AAGGTGATACTGTTGTTATTAAATTGGATCCGCTCTCACTGTGGCCCAAGATGAAAGGAT 997
||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 652 AAGGTGATATTGTTGTTATAAAATTGGATCCGCTCTCACTGTGGCCCAAGATGAAAGGAT 711
Query 998 TTGTTACTGAAAGCGCTGCTAAGCCTGAAGGAACGAACAGTCCCCCAGAGAAAGATGACA 1057
||||||||||||| | |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 712 TTGTTACTGAAAGTGTTGCTAAGCCTGATGGAACGAACAGTCCCCCAGAGAAAGATGACA 771
Query 1058 AAAAAGCTCGTCaaaaaaaTGGTATTGATGTGGTAGAAGGTTTTGAAGATGGGTTCTCGA 1117
|||| ||||| ||||| |||| |||||||||||| |||||||||||||||| ||||| |
Sbjct 772 AAAATGCTCGACAAAAGAATGCTATTGATGTGGTGGAAGGTTTTGAAGATGTGTTCTTGG 831
Query 1118 AAAACAAATCATCAGTTATAGGAAAAGGAGCTAAGAACGGTGTTACTCCCAGTTCTCCAC 1177
|||||| || |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||| |||
Sbjct 832 CAAACAACTCTTCAGTTATAGGACAAGGAGCTAAGAACGGTGTTACTCACAGTTCTTCAC 891
Query 1178 CATCACTGGATTCATGTTTGGGTTCTTTTTGTGAGCAGAAAGGAAATTGCAGTGCGGTTG 1237
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 892 CATTACTGGATTCATGTTTGGGTTCTTTTTGTGAGCAGAAAGGAAATTGCAGTGTGGTTG 951
Query 1238 ATAAGCTATGCGGCATCCTTAGTTCCTTCCCCCACAAACGACCAACTGGACAAGTAGTTG 1297
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 952 AAAAGCTATGCGGCATCCTTAGTTCCTTCCCCCACAAACGACCAACTGGACAAGTAGTTG 1011
Query 1298 CTGTTGTTGAAAAGTCACTTGTAAGGGATTCTATCGTTGGCTTGCTTGATGTCAAGGGAT 1357
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1012 CTGTTGTTGAAAAATCACTTGTAAGGGATTCTATCGTTGGCTTGCTTGATGTCAAGGGAT 1071
Query 1358 GGATTCATTACAAGGAAAGTGATCCAAAAAGGTGCAAGTCTCCTCTGTCTCTTTCGGATG 1417
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||| ||||
Sbjct 1072 GGATTCATTACAAGGAAAGTGATGCAAAAAGGTGCAAGTCTCCTTTGTCTCTTTCTGATG 1131
Query 1418 ATGAATATGTCCAGCTGATGCCTGCAGACCCTAGGTTTCCTAAATTGATTGTCCCCTTCC 1477
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1132 ATGAATATGTCCAACTGATGCCTGCAGACCCTAGGTTTCCTAAATTGATTGTTCCCTTCC 1191
Query 1478 ATGTCTTACCTGGAAGCATTAGAGCAAGACTTGAGAATTTGGATCCAAATCTCGAGGCAG 1537
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1192 ATGTCTTACCTGGAAGCATTAGAGCAAGACTTGAGAATTTGGATCCAACTCTCGAGGCAG 1251
Query 1538 AGCTGGTAGCTGCCCAAATTGTAGACTGGGGCGAAGGGAGTCCATTTCCTGTAGCCCAAA 1597
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||
Sbjct 1252 AGCTGGTAGCTGCCCAAATTGTAGACTGGGGCGAAGGGTGTCCATTTCCCGTAGCCCAAA 1311
Query 1598 TTACACATCTATTTGGCCGAGGCAGTGAATTGGAGCCTCAGATCAATGCGATATTATATC 1657
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1312 TTACACATCTATTTGGCCGAGGCAGTGAATTGGAGCCTCAGATCAATGCGATATTATATC 1371
Query 1658 AGAACTCGGTTTGCGATTCTGACTTTTCTCCAGGATCGCTTACTAGTCTTCCACGTGTGC 1717
| |||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1372 AAAACTCGGTTTGCGAGTCTGACTTTTCTCCTGGCTCGCTTACTAGTCTTCCACATGTGC 1431
Query 1718 CTTGGGAAGTACCAGAAGAAGAGGTTCAACGTAGAAAAGATCTGAGAGACCTGTGTGTAT 1777
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1432 CTTGGGAAGTACCAGAAGAAGAGGTTCAACTTAGAAAAGATCTGAGAGACCTGTGTGTAT 1491
Query 1778 TAACCATCGACCCTTCGACAGCTACAGATCTCGATGATGCTCTATCAGTGCAAAGTTTAC 1837
|||| |||||||| || || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1492 TAACTATCGACCCCTCAACGGCTACAGATCTTGATGATGCTCTATCAGTGCAAAGTTTAC 1551
Query 1838 CCGGCGGtttttttAGAGTCGGTGTTCACATTGCTGATGTCTCCTACTTTGTTTTACCAG 1897
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1552 CCGGCGGGTTTTTTAGAGTCGGTGTTCACATTGCTGATGTTTCCTACTTTGTTTTACCAG 1611
Query 1898 AGACTGCTCTCGACACAGAAGCTCGGTTTAGGTCAACCAGTGTTTACTTGATGCAGAGAA 1957
|||||||||| ||||||||||||| ||||||||| || |||||||||||| | |||||||
Sbjct 1612 AGACTGCTCTTGACACAGAAGCTCAGTTTAGGTCCACGAGTGTTTACTTGCTCCAGAGAA 1671
Query 1958 AAATATCAATGTTGCCTCCATTACTGTCAGAGAACGTAGGTTCACTTAGTCCAGGAGCTG 2017
|| |||||||||||||||||| ||| ||||||||| || ||||||||| |||||||||||
Sbjct 1672 AAGTATCAATGTTGCCTCCATCACTATCAGAGAACATATGTTCACTTACTCCAGGAGCTG 1731
Query 2018 ATAGACTTGCTTTTTCTATCTTGTGGGATTTAAATAGAGAAGGGGATGTGATAGATCGCT 2077
|||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1732 ATAGACTTACTTTTTCTATCTTCTGGGATTTAAATAGAGAAGGGGATGTGATAGATCGCT 1791
Query 2078 GGATTGGCCGTACTATCATACGGTCGTGCTGCAAGCTTTCATATGACCATGCTCAAGACA 2137
||||||| |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1792 GGATTGGTCGTACTGTTATACGGTCGTGCTGCAAGCTTTCATATGACCATGCTCAAGACA 1851
Query 2138 TTATAGATGGCAAAAGTGATGTTGCAGAAAATGGCTGGCCTGCGTTGCATGGATCTTTCA 2197
|||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1852 TTATAGATGGGAAAAGTGATGGTGCAGAAAATGGCTGGCCTGCGTTGCATGGATCTTTCG 1911
Query 2198 AATGGTGTGATGTAACTCGATCTGTCAAACAGCTTAGTGAGATTTCCACCACTTTAAGGC 2257
| ||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1912 AGTGGAGTGATGTAATTCGATCTGTCAAACAGCTTAGTGAGATTTCCACCACTTTAAGGC 1971
Query 2258 AAAAAAGATTTAGAAATGGGGCTTTGCAGCTGGAGAATTCGAAGCCTGTTTTTCTATTTG 2317
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1972 AAAAAAGATTTAGAAATGGGGCTTTGCAGCTGGAGAATTCGAAGCCTGTTTTTCTGTTTG 2031
Query 2318 ATGAACATGGAGTTCCATATGATTTTGTGACGTGTTCTAGAAAGGGTTCGAATTTTCTTG 2377
|||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2032 ATGAACATGGAGTTCCATATGATTTTGTGATGTCTTCTAGAAAGGGTTCAAATTTTCTTG 2091
Query 2378 TTGAGGAGTTTATGCTCTTAGCAAATATGACAGCAGCTGAGGTTATTTCTCAAGCTTACC 2437
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2092 TTGAGGAGTTTATGCTCTTAGCAAATATGACAGCGGCTGAGGTTATTTCTCAAGCTTACC 2151
Query 2438 GTGCTAGCTCATTGCTCCGGAGGCATCCAGAACCAAATACTCGCAAGCTCAAAGAATTTG 2497
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2152 CTGCTAGCGCATTGCTCCGGAGGCATCCAGAACCAAATACGCGCAAGCTCAAAGAATTTG 2211
Query 2498 AAGGGTTTTGTTCTAAGCATGGTATGGATTTGGACATTTCTTCTTCTGGCCAACTTCAGG 2557
|||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2212 AAGGCTTTTGTTCAAAGCATGGTATGGATTTGGACATTTCTTCTTCTGGCCAACTCCAGG 2271
Query 2558 ATTCATTGGAGAAAATCACTGGAAACCT-CAAGGATGACTCAGTTTTTGTGGATATTCTC 2616
| || ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2272 AGTCGTTGGAGAAAATCACTGGAAACCTACA-GGATGACTCAGTTTTTGTAGATATTCTG 2330
Query 2617 AACAATTATGCTATAAAACCTATGCAACTAGCATCTTACTTCTGCACTGGGAATTTGAAG 2676
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2331 AACAATTATGCTATAAAACCTATGCAGTTAGCATCTTACTTCTGCACTGGGAATTTGAAG 2390
Query 2677 GACAGTGTTGCTGAGTGGGGACACTATGCACTAGCTGTTCCTCTCTATACTCACTTCACA 2736
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2391 GACAGTGTTGCTGAGTGGGGACACTATGCACTAGCTGTTCCTCTTTATACTCACTTCACA 2450
Query 2737 TCTCCTCTTCGACGGTACCCAGACATAGTCGTTCACCGTGCGTTAGCTGCTGCTCTTGAG 2796
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2451 TCTCCTCTTCGACGGTACCCAGACATAGTCGTTCATCGTGCGATAGCTGCTGCTCTTGAG 2510
Query 2797 GCTGAGGAGTTATACTCAAAGCAGAAGCAAACAGCAATTGATGAAG-GGAGAAGCTGTTT 2855
||||||||||| |||||||||| |||||||||| |||||||||||| || ||||||||||
Sbjct 2511 GCTGAGGAGTTGTACTCAAAGCTGAAGCAAACATCAATTGATGAAGTGG-GAAGCTGTTT 2569
Query 2856 CACCGGCATCCATTTCAATAAAGACGCTGCTGAATCTATCGAGGGCAAGGAAGCATTATC 2915
||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2570 CACCGGCATTCATTTCAACAAAGATGCTGCTGAATCTATGGAGGGCAAGGAAGCATTATC 2629
Query 2916 GGTTGCTGCTTTGAAACATGGTGTTCCCTCCACTGAAATACTCTCTGATGTCGCTGCTTA 2975
|| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2630 AGTCGCTGCTTTGAAACATGGGGTTCCCTCCACTGAAATACTTTCTGATGTCGCTGCTTA 2689
Query 2976 TTGCAATGAGAGGAAGCTGGCTGCTCGAAAAGTCAGAGATGCATGTGATAAGCTTTACAC 3035
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2690 TTGCAATGAGAGGAAGCTGGCTGCTCGAAAAGTCAGAGATGCATGTGATAAGCTCTACAC 2749
Query 3036 TTGGTTTGTGCTGAAGCAAAAGGAGATTTTTCCGTGTGAAGCTAGAGTAATGAACTTGGG 3095
|||||||||||||||| |||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2750 TTGGTTTGTGCTGAAGAAAAAAGAGGTTTTTCCGTGTGAAGCTAGAGTAATGAACTTGGG 2809
Query 3096 ATCAAGATTTATGACTGTTTACATTAGCAAGCTTGGCATTGAACGGAGAATATACTACGA 3155
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2810 ATCAAGATTTATGACTGTTTACATTAGCAAGCTTGGCATTGAACGGAGAATCTACTACGA 2869
Query 3156 CCAAATCGAAGGCTTGTGTGCAGACTGGCTAGAGGCAACATCAACGTTAATCGTCGATAA 3215
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||
Sbjct 2870 CCAAATCGAAGGCTTGTGTGCAGACTGGCTAGAGGCAACATCAACGTTAATCCTTGATAA 2929
Query 3216 ACTCTATTCCAAGAGAGGTGGAAGAGGCTTTTTCAAGCCCATGAAGGAAGCTGTCTATTT 3275
||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2930 ACTATATTCCAAGAGAGGTGGAAGAGGCTATTTCAAGCCCTTGAAGGAAGCTGTCTATTT 2989
Query 3276 GGTGAGTCCTTGTGAAGTGTGCGTTGCAAAATGCAGTGCATTGTCTGTCCATGACACTGA 3335
||||||||||||||| | || |||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||
Sbjct 2990 GGTGAGTCCTTGTGATCTATGTGTTGCAAAATGCAGCGCATTGTCCGTCCATGACACCGA 3049
Query 3336 GTCACCAGAGGCCGTGTCAATAGATGAGGTTGCCCCTGCGGTTTTTCCTTTGACCATCCA 3395
|||| |||| || ||||||| ||| |||||| |||| |||||||| ||||||||||||||
Sbjct 3050 GTCATCAGAAGCTGTGTCAAAAGACGAGGTTACCCCCGCGGTTTTCCCTTTGACCATCCA 3109
Query 3396 ACTTTTCTCGACCATTCCTGTGGTTCTTCATGCTGTTGGTGGAGATGATGGTCCGCTCGA 3455
||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3110 ACTTTTCTCAACCATTCCTGTGGTTCTTCACGCTGTTGGTGGAGATGATGGTCCGCTCGA 3169
Query 3456 TATAGGAGCAAGGCTCTACATGAGTTCATACTATTA---GAT-ATTGGAGCAAAAGA 3508
||||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||
Sbjct 3170 TATAGGAGCGAGACTCTACATGAGTTCATACTATTATTAGATGATTGGAGCAAAAGA 3226
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 145341871287
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5