BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G77800.1
Length=4959
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg476946 jgi|Araly1|476946|fgenesh2_kg.2__2076__AT1G77800.1 4252 0.0
Ahg476947 jgi|Araly1|476947|fgenesh2_kg.2__2077__AT1G77810.1 95.3 4e-18
> Ahg476946 jgi|Araly1|476946|fgenesh2_kg.2__2076__AT1G77800.1
Length=5109
Score = 4252 bits (2302), Expect = 0.0
Identities = 2546/2658 (96%), Gaps = 39/2658 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 2326 CTAAAGCTAATGGATCAGTTTTGAAGAAAGAAGGAAGTGTTAGTTTGGCACCTGATCATT 2385
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||
Sbjct 2460 CTAAAGCTAATGGATCAGTTTTGAAGAAAGAAGGAAGTGTGAGTTTGGCAACTGATCATT 2519
Query 2386 CTCCAGAAGAAAAGAATTCAATAGTGCTTGATCAGAAAGTTCATCATGGGAAAAGTTCAG 2445
|||| |||||| |||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2520 CTCCCGAAGAACCGAATTCAATAGTTCTTGATCAGGAAGTTCATCATGGGAAAAGTTCAG 2579
Query 2446 TTATT-CCT-TCT-GATGATCATGGAGAACAATCAAACTCCAGTTCTTCTGGAGTCATGA 2502
|| || ||| | | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2580 TTCTTCCCTCTGTAGATGATCATGGAGAACAATCAAACTCCAGTTCTTCTGGAGTCATGC 2639
Query 2503 TGGAGAATGCCTTTTCCTTGAGGCCAAATAGTTCTCAGAATCGTGGAAATTTGAACTGTC 2562
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2640 TGGAGAATGCCTTTTCCTTGGGGCCAAATAGTTCTCAGAATCATGGAAATTTGAACTGTC 2699
Query 2563 CAAACCCCATTATCTTGGATCTCTTCAATCAG-GAAGCATATCCTGGTTTCAATCCTCAT 2621
|||||||||||||||||||||||||| ||| | ||||||||||| |||||||| ||||||
Sbjct 2700 CAAACCCCATTATCTTGGATCTCTTCGATC-GTGAAGCATATCCAGGTTTCAAACCTCAT 2758
Query 2622 CGTTATATCCACAAAGAATTGTCAGAACTTGGCAAGGAACAAACCCTGAAAAGCAGCACG 2681
| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2759 CCTTATATCCACAAAGAATTGTCAGAACTGGGCAAGGGACAGACCCTGAAAAGCAGCACG 2818
Query 2682 GATTCTGATGTGGCTAGGATGACAACCAATTTTGATGGCTCTGAAGAAGGAAACAAACAT 2741
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2819 GATTCTGATGTGGCTAGGATGACAACCAAATTTGATGGCTCTGAAGAAGGAAACAAACAT 2878
Query 2742 CTGCAGGGTGCAGAGACATTTCTTCAGTTATCTAAAGCTAGGAAATTGGGCATACTGGAT 2801
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2879 CTGCAGGGTGCAGAGACATTTCGTCAGTTATCTAAAGCTAGGAAATTGGGCATACTGGAT 2938
Query 2802 CTGTCTCCTGAAGATGAATTGGAAGGAGAACTTCTATATTATCAGCTTCAGTTACTTGGC 2861
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2939 CTGTCTCCTGAAGATGAAGTGGAAGGAGAACTTCTATATTATCAGCTTCAGTTACTTGGC 2998
Query 2862 ACTGCAGTTTCAAGAAAGCAACTATCTGACAATTTAGTCTATGAAGTTGCTAAAAAGCTG 2921
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2999 ACTGCAGTTTCAAGAAAGCAACTATCTGACAATTTAGTCTATGAAGTTGCTAAAAAGCTA 3058
Query 2922 CCTCTGGAAATTGATGAACAACATGGACGAAGATGGGATGATGTTCTGGTCAACAAATAT 2981
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3059 CCTCTGGAAATTGATGAACAACATGGACGAAGATGGGATGATGTTCTGGTCAACAAATAT 3118
Query 2982 TTCCATGATGTCAGGGAAGCAAGAAAGCAAGGTAGGAAAGAGCAAAGAAACAAACAAGCC 3041
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||
Sbjct 3119 TTCCATGATGTCAGGGAAGCAAGAAAGCAAGGTAGGAAAGAGAAAAGACACAAACAAGCC 3178
Query 3042 CAGGCTGTTCTAGCTGCTGCTACTGCTGCAGCGGCGACATCTTCTAGGAATACATCGCTT 3101
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3179 CAGGCTGTTCTAGCTGCTGCTACTGCTGCAGCGGCGACATCTTCTAGGAATACATCGCTT 3238
Query 3102 AGGAAAGATATGTCAGAAGAACCTGCACAACAAGAGATGAGCACTTCTAGACGTAAAGTT 3161
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3239 AGGAAAGATATGTCAGAAGAACCTGCACAACAAGAGATGAGCACTTCTAGACGTAAAGTT 3298
Query 3162 GTTGGCAGCTCTCACCTAGTTCCACAGACAAAGGAATCACTTTTAAAGATGGCTGTTTCT 3221
| |||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||
Sbjct 3299 GCTGGCAGCTCTCACCTAGTGCCACAGACAAAGGAAACACTTTTAAAGATGACTGTTTCT 3358
Query 3222 GGGCCACCATCCGAGAAGCGGTCTGATCATCACACACCAGACTTTTTAGTAGAAAATCCA 3281
|| ||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 3359 GGACCACCTTCCGAGAAGCGGTCTGATCATCGCACACCAGACTTTTCAGTAGAAAATCCA 3418
Query 3282 CGAACTTGTGACATCTGCAGGCGCTCCGAAACTATATGGAACCTGATTGTAGTGTGCTCT 3341
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3419 CGAACTTGTGACATCTGCAGGCGCTCCGAAACTATATGGAACCTGATTGTAGTGTGCTCT 3478
Query 3342 AGTTGCAAGGTTGCTGTTCACATTGATTGCTACAAATGTGCTAAAGAATCTACTGGTCCC 3401
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3479 AGTTGCAAGGTTGCTGTTCACATGGATTGCTACAAATGTGCTAAAGAATCTACTGGTCCC 3538
Query 3402 TGGTACTGTGAGCTATGTGCGGAGTCATCTTCAGAACCTTCTTTCAATTTTGGGGAAAAA 3461
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3539 TGGTACTGTGAGCTATGTGCGGAGTCATCTTCAGAACCTTCTTTCAATTTTGGGGAAAAA 3598
Query 3462 CCGAATTCTTCTACAGAATGTACTCTGTGTGGTGGCACAACTGGGGCTTTTAGGAAAACC 3521
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3599 CCGAATTCTTCTACAGAATGTACTCTGTGTGGTGGCACAACTGGGGCTTTTAGGAAAACT 3658
Query 3522 ACAAATGGGCAATGGGTACATGCGTTTTGTGCTGAGTGGTCCTTGGAGTCAACGTTCAGA 3581
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3659 ACAAATGGGCAATGGGTACATGCTTTTTGTGCTGAGTGGTCCTTGGAGTCAACGTTCAGA 3718
Query 3582 AGGGGACAAATAAATCCTGTGCAGGGAATGGAGTCTCTGGCCAAGAAAACGGATAATTGT 3641
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| | ||||
Sbjct 3719 AGGGGACAAATAAACCCTGTGCAGGGAATGGAGTCTGTGGCCAAGAACACGGACACTTGT 3778
Query 3642 TGTGTATGCCAACGGATATATGGTGCATGCACTAAGTGCAGTTATGGTAACTGCCAGACG 3701
||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 3779 TGTGTATGCCAACGGATATCTGGTGCATGCATTAAGTGTAGTTATGGTAACTGCCAGACG 3838
Query 3702 ACATTCCACCCCTCCTGTGCCAGAAGCGCGGGTTTTCATATGACTGGTGGTGGTAAACAT 3761
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 3839 ACATTCCACCCCTCCTGTGCCAGAAGCGCGGGTTTTCATATGACTGGAGGTGGTAAACAT 3898
Query 3762 CCGCATAAGGCGTACTGTGAGAAGCACAGCATGGAGCAGAAGGCAAAGGCCGAATCTCAG 3821
|||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3899 CCGCATAAGGCGTACTGTGAGAAGCATAGCATAGAGCAGAAGGCAAAGGCCGAATCTCAG 3958
Query 3822 AAACATGGTGCAGAGGAGCTGAAAAGTCTCAAACATTATAGGGT-----T-----G--AA 3869
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | ||
Sbjct 3959 AAACATGGGGCAGAGGAGCTGAAAAGTCTCAAACATTATAGGGTAGGAGTTCTTAGCGAA 4018
Query 3870 ------CTTGAGAGGTTACGCCTTCTGTGCGAGCGGATAGTCAAGAGGGAGAAATTAAAG 3923
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4019 GTTGAACTTGAGAGGTTACGCCTTCTGTGCGAGCGGATAGTCAAGAGGGAGAAATTAAAG 4078
Query 3924 CGAGAGTTGGCTATTTCCTCACATGAAATACTTGCTGCCAAAAGGGATCATGCTGCACGG 3983
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 4079 CGAGAGTTGGCTATTTCCTCACATGAAATACTTGCTGCCAAAAGGGATCACGCTGCACGT 4138
Query 3984 CCATTACATGTCCGTAATCCATTTTCTCCTCCAGAAGTTTCGTCGGACTCAGCTACAACA 4043
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 4139 TCATTACATGCCCGTAATCCATTTTCTCCTCCAGAAGTATCGTCGGACTCAGCTACAACA 4198
Query 4044 TCAATAAAAGGCCATCCTGATAGTAATATATCTGGCAGTGAAGCAATACAGAGGTCAGAT 4103
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4199 TCAATAAAAGGTCATCCTGATAGTAATATATCTGGCAGTGAAGCAATACAGAGGTCAGAT 4258
Query 4104 GATATCACTATTGACAGCACAGTCACTGATAAGCGCAGAGGCAAAGGTCCCTTATTAATG 4163
|||||||| || |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||
Sbjct 4259 GATATCACCATCGACAGCACAGTCACTGATAAGCGCCGAGGCAAAGGTCCCATATTAATG 4318
Query 4164 GACACGGATCAGAAAACTGATGACAGTGCTACTTCCAAGAGTCGGTTTTCCCGTAAACTA 4223
|| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |
Sbjct 4319 GATACGGATCAGAAAACCGATGACAGTGCTACTTCCAAGAGTCGGTTTTCCCGTAAGCCA 4378
Query 4224 ACAGAAAGACAGATCTTATCTGGGAAAACTGTTCCCCGCAAACATTGTATAGTGTCACCT 4283
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4379 ACAGAAAGACAGATCTTATCTGGGAAAACTGTTCCCCGCAAACATTGTATAGTGTCACCT 4438
Query 4284 AGTGTTTCAGAGGATGGAGATAACGGGTCAAAGCCCAAGAAGCAGCATGTAGAAACATTT 4343
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4439 AGTGTTTCAGAGGATGGAGATAACGGGTCAAAGCCCAAGAAGCAGCATGTAGAAACATTT 4498
Query 4344 GCAAAAGAGCTGGTGATGACATCAGATGAAGCTTCTTTCAAGAACCGGCGGCTCCCAAAG 4403
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 4499 GCAAAAGAGCTGGTGATGACATCAGATGAAGCTTCTTTCAAGAACCGGCGGCTTCCAAAG 4558
Query 4404 GGATACTTCTATGTTCCTGTTGATTGTCTTCAGGAAGACAAACCGGGAAACCAGAAGCTG 4463
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4559 GGATACTTCTATGTTCCTGTTGATTGTCTTCAGGAAGACAAACCGGGAAACCAGAAGCTG 4618
Query 4464 GCTTCATCTGACAAGCCAGCGAACCAGAAGACATCTTCAGGTGATCAGTCAGGTAAAGAC 4523
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4619 GCTTCATCTGACAAGCCAGCGGACCAGAAGACATCTTCAGGTGATCAGTCAGGTAAAGAC 4678
Query 4524 GACGGGTAAAAGCTGAGAACACACATTTTGG-CTCATTGCTCCTACCTTAATTAGATACT 4582
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4679 GACGGGTAAAAGCTGAGAACACACATTTTGGGCTCATTGCTCCTACCTTAATTAGATACT 4738
Query 4583 GGCTATTGGTGGACATTGTCTTCTGCGCCCTAACCAGGATTCACCAACTGGCTTAAAGCA 4642
||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4739 GGCCATTGGTGGACATTGCCTTCTGCGCCCTAACCAGGATTCACCAACTGGCTTAAAGCA 4798
Query 4643 AAA-GAACAGATGGTATTGCGCTACAAAAGAGCTGTGGCTGCAACTGAGAATCAGCTaaa 4701
||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4799 AAAAGAACAGATGGTATTGC--TACAAAAGAGCTGTGGCTGCAACTGAGAATCAGCTAAA 4856
Query 4702 aaaaGCTATTGTGAAGCTTTTGGGTACTCGATACAAACTGTGCCTATTGGTAATGTTTGA 4761
||| |||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4857 AAA-GCTAGTGTGAAGCTTTTGGGTACTCAATACAAACTGTGCCTATTGGTAATGTTTGA 4915
Query 4762 GATTTGAGGGTAACAT--C-TCT--ATAGGAAAAA-GGCTTCAGATTGGATTCAGGGAAG 4815
|||||||||||||||| | ||| |||| ||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4916 GATTTGAGGGTAACATGTCATCTCTATAGAAAAAAAGGCTTCAGATTGGATTCAGGGAAG 4975
Query 4816 TGAGAAAAAA-GCTCCCTATTACCATATAAAGAAGGATCGGTCACGTGTAATTCTGTTTG 4874
|||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 4976 TGAGAAAAAAAGCTCCCTCTTACCATATAAAGAAGGACCGGTCACGTGTAATTCTGTTTG 5035
Query 4875 TATAAAGAAGCGGaaaaaaaaGAAAAGGGTTGCATAAGTGTATATATTCATCAATTGTGT 4934
||||||||||||| ||||||| | |||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 5036 TATAAAGAAGCGGGAAAAAAA-A---GGGTTGCATAAGTGTAAATATTCATCAATTGTGT 5091
Query 4935 CTAAAATCTGACCAAGGG 4952
||||||||||||||||||
Sbjct 5092 CTAAAATCTGACCAAGGG 5109
Score = 2558 bits (1385), Expect = 0.0
Identities = 1582/1673 (95%), Gaps = 29/1673 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 AAATAACGCGAAAA--TCTCTCTGAG-aaaaaata-aaaat-aaa-ataaaaGA-AACCG 53
|||||||||||||| |||||||||| |||||| | ||||| ||| | |||| | |||||
Sbjct 1 AAATAACGCGAAAATCTCTCTCTGAGAAAAAAAAATAAAATAAAAGAAAAAAAAGAACCG 60
Query 54 AACCAGTCGTGGGAAGGATCCGAAAGAAGATGAACCAGAGAAATTTGAAGAAGAAACCCT 113
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 AACCAGTCGTGGGAAGGATCCGAAAGAACATGAACCAGAGAAATTTGAAGAAGAAACCCT 120
Query 114 AATCTTAGCCTCGCTTTTAttc-t-atcttcttcttc-ttcttctttcttcgttcttAAT 170
|||||||||||||||||||||| | || |||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 AATCTTAGCCTCGCTTTTATTCTTCTTCATCTTCTTCTTTCTTCTTTCTTCGTTCTTAAT 180
Query 171 CTGAGAGGCGCCAAGATTGGTACGGGCGGAGCTAGGCTAGGGTTAGGATTTTAGGCTCGG 230
|||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| ||||||||||||
Sbjct 181 CTGAAAGGCGCCAAGATTGGTACGGG-GGAGCTAGGCTAGGGCTAGG-TTTTAGGCTCGG 238
Query 231 GAAATTAGGGTTAGGGTTTTGATTTTATTGGCTGTTTCTTTCTCCTGTGGTTTGGGAGGT 290
|||||||||||||||||||||| || |||| |||||||||||||| || ||||||||||
Sbjct 239 GAAATTAGGGTTAGGGTTTTGA-TTAATTGTCTGTTTCTTTCTCCCGTTCTTTGGGAGGT 297
Query 291 GAAATTGAAAGGCGGAGTTGTATTGGAGGATTTGGGATTTTAGGGTTAGGGTTAAGTGTT 350
||||||| ||||||| || |||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 298 GAAATTG-AAGGCGGGGTCGTATCGGAGGATTTGGGA-TTTAGGGTTAGGGTTAAGTGTT 355
Query 351 TTCTCGTTTTTTCATGGGAGGTGTGGGAGTTTATGGTGGTGGTTTGTGTCGGTTATGAAC 410
|| ||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 356 TTTTCG---TTTCATGGGCGGTGTGGGAGTTTATGGTGGTGGTTTGTGTCGGTTATGAAC 412
Query 411 GTTGACCAATGCCAGTGGCGGAAGAAGATGATGGGTAGGGGAGTGGACGGAGGTTGTGGT 470
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 413 GTTGACCAATGCCAGTGGCGGAAGAAGATGATGGGTAGGGGAGTGGACGGAGGTTGTGGT 472
Query 471 GCTGAAGAGAAGCCTTATCGACCATTTCGTAGGGTTGCGTTAGATAAGGAGAAT------ 524
|||||||||||||||||||| |||||||| |||| || ||||||||||||||||
Sbjct 473 GCTGAAGAGAAGCCTTATCGCCCATTTCGCAGGGCTGTGTTAGATAAGGAGAATGGGAAC 532
Query 525 --GGG-TATGAGGATATGGGTTCGTTGGAAATCGATTTCTTAGCTCAAGCTAGCAAAAAT 581
||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 533 AAGGGCTTTGAGGATATGGGTTCGTTGGAAATCGATTTCTTAGCTCAAGCTAGCAAAAAT 592
Query 582 CTATCTGAGAGGTCTCCTTTTGATGTTCCTGAAGATGGTTCTACTTCTGTGTTAAGTGTG 641
|| |||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 593 CTTTCTGAGAGGTCTCCATATGATGTTCCTGAAGATGGTTCTACTTCTGGGTTAAGTGTT 652
Query 642 CCTACTCTACCTATTGCTTTAGCTAATTTGCTGAAGAACCATTCGGATAATAAGAAACGG 701
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| || |||| |||||||||
Sbjct 653 CCTACTCTACCCATTGCTTTAGCTAATTTGCTGAAGAACCATACGAATAACAAGAAACGG 712
Query 702 CATAAGAAGTCTCATTCTGGTGCGGATAAGAAGAAGAAGAAGTCTTCTAGGCAAGGGGAT 761
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 713 CATAAGAAGTCTCATTCTGGTGCGGATAAGAAGAAGAAGAAGTCTTCTAGGCAAGGGGAT 772
Query 762 AAGTTGAGAAGTGGGAGTATCTGGCTTGAACATGAGGACTACTTTAGGCGCTTAGATTTT 821
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 773 AAGTTGAGAAGTGGGAGTATCTGGCTTGAACATGAGGACTACTTTAGGCGCTTAGATTTT 832
Query 822 CCTGATTTAGAAACTTTGTCTGATTTAGCATCTCTACGATCTTTATCTTCTAGAAATTGC 881
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 833 CCTGATTTAGAAACTTTGTCAGATTTAGCATCTCTACGATCTTTATCTTCTAGAAATTGC 892
Query 882 TTTTCCATTCCATCGGTGGAATACGATTCTATTGATATTCAACAGAGGGAAACTGATGCG 941
||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 893 TTTTCAATTCCATCGGTGGAGTACGAATCTATTGATATTCAACAGAGGGAAACCGATGCG 952
Query 942 AGTGCAAAGAATGAGGATGTTGTTTGTGGAGATGGCGTTGTTCTGGAACAAATTAAGAAC 1001
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 953 AGTGCCAAGAATGAGGATGTTGTTTGTGGAGATGGCGTTGTTCTGCAACAAATTAAGAAC 1012
Query 1002 CTTCTCACTAAAGATATATCTGAAGGCACAGTAAGAAAAGAAGAGGATGTTGTTAAGCCA 1061
||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1013 CTTCTCAGTAAAGAGATATCTGAAGGCACAGTAAGAAAAGAAGAGGATGTTGTTCAGCCA 1072
Query 1062 ATGGGTGTTGACAATGTAGGGAATGGAATCTCCTCTGGGTCAGACTATTCTGGTAGTTTA 1121
||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1073 ATGAATGTTGACAATGTGGGGAATGGAATCTCCTCTGGGTCTGACTATTCTGGTAGTTTA 1132
Query 1122 GAATGGGTTTTAGGTAATAGAAATAGGATTTTGTTGACATCAGAAAGGCCCTCCAAAAAG 1181
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1133 GAATGGGTTTTAGGTAATAGAAATAGGATTTTGTTGACATCAGAAAGGCCCTCCAAAAAG 1192
Query 1182 CGGAAGCTTCTTGGTAGTGATGCAGGTTTGGGGAAATTAATGGTTGCGGCTCCTTGTGAA 1241
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1193 CGGAAGCTTCTTGGTGGTGATGCAGGTTTGGGGAAATTAATGGTTGCGGCTCCTTGTGAA 1252
Query 1242 GGGAATGCGTTGTTATGTGATTTTTGCTGCACTGGTCATCATCAGTTGATTGTTTGCACT 1301
|||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1253 GGGAATGCATTGTTATGTGATTTTTGCTGCACTGATCATCACCAGTTGATTGTTTGCACT 1312
Query 1302 TCCTGCAAAGCTACAGTTCACAAAAAATGCTATGGCCTGCTTGAAGATTCAGGTAAACCT 1361
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||
Sbjct 1313 TCCTGCAAAGCTACAGTTCATAAAAAATGCTATGGCCTGCTTGAAGATTCAGATAAATCT 1372
Query 1362 TGGTTGTGCTCTTGGTGTGAGCTGGAGAATGGTCGTGCTGATTCTGAAAGACCATGCTTG 1421
|||||||||||||||||||||||||||||| | |||| | ||||||||||||||||||||
Sbjct 1373 TGGTTGTGCTCTTGGTGTGAGCTGGAGAATAGCCGTGGTCATTCTGAAAGACCATGCTTG 1432
Query 1422 CTTTGTCCAAAAAAGGGTGGCATCCTTAAACCTGTTCTCTCAAAAACT-GAGAATGGTGG 1480
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||
Sbjct 1433 CTTTGTCCAAAAAAGGGTGGCATCCTTAAACCTGTTCTCTCAAAA-CTTGAGAATGGTGG 1491
Query 1481 GCCGGCGGAGTTTGCTCATCTGTTTTGTTCTCTGTGGATGCCTGAGGTGTATATAGAAGA 1540
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1492 GCCGGCGGAGTTTGCTCATCTTTTTTGTTCTCTGTGGATGCCTGAGGTGTATATAGAAGA 1551
Query 1541 CTTGaaaaaaaTGGAGCCCATCTTGAATTTTCCTGGGATAAAAGAAACTCGGAGGAAGTT 1600
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||| |||||||||||
Sbjct 1552 CTTGAAAAAAATGGAGCCCATCTTGAATTTGCCTGGAATAAAGGAAACCCGGAGGAAGTT 1611
Query 1601 ATTGTGTAACTTGTGCAAGGTGAAATCTGGTGCTTGCATTCGCTGTTGTAATG 1653
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1612 ATTGTGTAACTTGTGCAAGGTGAAATCTGGTGCTTGCATTCGCTGTTGTAATG 1664
Score = 863 bits (467), Expect = 0.0
Identities = 493/506 (97%), Gaps = 0/506 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1824 CATTCAGATATTCAAGAAAGTGGAAAGTCAGTAGAGGGAGGAGAAAGTAATGCAGCTGAA 1883
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1751 CATTCAGATATTCAAGAAAGTGGAAAGTCCGTAGAGGGAGGAGAAAGTAATGCAGCTGAA 1810
Query 1884 AGTCGTTCTCCTATATGTCATCTTCCATCAGAATCTGTTGGAGAAGGTCACCTAAGTAAT 1943
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1811 AGTCGTTCTCCTATATGTCATCTTCCATCAGAATCTGTTAGAGAAGGTCACCTAAGTAAT 1870
Query 1944 GATGAGATGGGAGTTGATGTAGGAACACCGGGTACAGGTTCTGATATTTCGAGAAACAGT 2003
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1871 GATGAGATGGGAGTTGACGTAGGAACACCGGGTACAGGTTCTGATATTTCGAGAAACAGT 1930
Query 2004 GACTTACAAGAGCTAGAATCACCACATTCAAAATTTAACTTGTCTGCAACAGACAATGTA 2063
|| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1931 GAGTTACAAGAGCTAGAATCACCACACTCAAAATTTAACTGGTCTGCAACAGACAATGTA 1990
Query 2064 GAATCAGGGATGACTGGGAGAAGCAACGAAGATGAAAGAACTCTGTCCAAGTCTCTTAGT 2123
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1991 GAATCAGGGATGACTGGGAGAAGCAATGAAGATGAAAGAACTCTGTCCAAGTCTCTTAGT 2050
Query 2124 TTTGGATTGATTCTGAAAAAGTTGATCGACCTGGGTAAAGTGGATGTGAAGGATGTGGCT 2183
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2051 TTTGGATTGATTCTGAAAAAGTTGATCGACCTGGGTAAAGTGGATGTGAAGGATGTGGCT 2110
Query 2184 GCAGAGATTGGGATTAATCCTGATGCTTTGAGGGCTAAACTTACGGACGGAGACTTGTTA 2243
|||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2111 GCAGAGATTGGGATTAATCCTGATGCTTTGAGTGCCAAACTTAAGGACGGAGACTTGTTA 2170
Query 2244 CCTGATTTACTAGGCAAAGTAGTTAAATGGCTTAGCCAGCATGCACACATGGGTTCTTCG 2303
|||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2171 CCTGATTTACTAGGCAAAGTAGATAAATGGCTTAGGCAGCATGCACACATGGGTTCTTCG 2230
Query 2304 GATAAAGGCAAAAATTTAAAACCTAA 2329
|||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2231 GATAAAGGCAAAAATTTAAAACGTAA 2256
Score = 91.6 bits (49), Expect = 5e-17
Identities = 49/49 (100%), Gaps = 0/49 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1748 GGAGGCAGGGAATAGGCTAGAGGTCTGGGGAAAACATGGGTGTGATACT 1796
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1702 GGAGGCAGGGAATAGGCTAGAGGTCTGGGGAAAACATGGGTGTGATACT 1750
> Ahg476947 jgi|Araly1|476947|fgenesh2_kg.2__2077__AT1G77810.1
Length=1637
Score = 95.3 bits (51), Expect = 4e-18
Identities = 53/54 (98%), Gaps = 0/54 (0%)
Strand=Plus/Minus
Query 4906 GCATAAGTGTATATATTCATCAATTGTGTCTAAAATCTGACCAAGGGAATAATA 4959
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1637 GCATAAGTGTAAATATTCATCAATTGTGTCTAAAATCTGACCAAGGGAATAATA 1584
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 187699950036
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5