BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G79350.1
Length=4283
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg477100 jgi|Araly1|477100|fgenesh2_kg.2__2230__AT1G79350.1 6831 0.0
> Ahg477100 jgi|Araly1|477100|fgenesh2_kg.2__2230__AT1G79350.1
Length=4281
Score = 6831 bits (3699), Expect = 0.0
Identities = 4133/4326 (96%), Gaps = 96/4326 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 9 AAAAAGGGAAGAAAATCTGAAACCaaaaaaaaCGAGAAGGGAGTCGAAGAAGAACCTTTC 68
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1 AAAAAGGGAAGAAAATCTGAAACCAAAAAAAACGAGAAGGGAGTC---GAAGAACCTTTC 57
Query 69 GCGCTCTGACGAAATTCATTACTTACACTGGATTTATACtttttttGTCTT-C-CTCTCT 126
|||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||| | ||||||
Sbjct 58 GCGCTCTGGCGAAATTCATTACTTACACT-GATTTATAC---TTTTGTCTTCCTCTCTCT 113
Query 127 CAATTATCTCCTTC-AACGCCACAAGATCC-TAAGGCCTCTCACGGATCTCTCTTAAGAT 184
||||||||||| || ||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||| || |||
Sbjct 114 CAATTATCTCC-TCAAACGCCACAAGATCCTTAAGGCCTCGCACGGATCTCTC-TACGAT 171
Query 185 CAATCGCCGCGGCTCATGACGCAGTCGCCTGTTCAACCGCCTCCGCCGCTCCCAGCTCAG 244
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |
Sbjct 172 CAATCGCCGCGGCTCATGACGCAGTCGCCTGTTCAACCGCCTCCGCCGCTCCCCGCTCCG 231
Query 245 CCGCATTCCGCCGCCGGAGGTGTAATAAGAGGC-GATGTACAGGTTAGGTGCGCAGGCTG 303
||||||||||||| ||| |||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 232 CCGCATTCCGCCGGCGGTGGTGTAATAAGA-GCAGATGTACAGGTTAGGTGCGCAGGCTG 290
Query 304 TCGCGTGATTCTGAGGGTGAAAACCGGCGTTGTGGAGTTCTCGTGTCCGACTTGTCAACT 363
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 291 TCGCGTGATTCTGAGGGTGAAGACCGGCGTTGTGGAGTTCTCGTGTCCGACTTGTCAACT 350
Query 364 TCCCCAAATGTTGCCGCCGGAGCTTCTTTCTAGGGCACGGCCGCAGTTTCCGCAGTCTC- 422
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 351 TCCCCAAATGTTGCCGCCGGAGCTTCTTTCTAGGGCACGGCCGCAGTTTCCGCAGTCTCA 410
Query 423 -C-ACAA-CA--A----C-C-ACCACAGCCAATTCAGACGCTTCCGCCACCGATTCAACA 471
| |||| || | | | ||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 411 ACAACAACCACCACCGCCTCAACCGCAGCCGATTCAGACGCTTCCGCCACCGATTCAACA 470
Query 472 GCAGCTTAAGCCTCTTAATCTACCTAGGCCTCCGGTTCCGGCACATGGAATCGATCCGAC 531
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 471 GCAGCTTAAGCCTCTTAATTTACCTAGGCCTCCGGTTCCGGCACATGGAATCGATCCGAC 530
Query 532 GAAGATGCAATTGCCTTGCGCTAACTGTCAGGCTATCCTCAATGTGCCTCATGGACTCAC 591
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 531 GAAGATGCAATTGCCTTGCGCTAACTGTCAAGCTATCCTTAATGTGCCTCATGGACTCAC 590
Query 592 TCGGTTCTCGTGTCCTCAGTGCCATGTCGAGCTCGCTGTTGATGTCTCCAAGCTTAATCG 651
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 591 TCGGTTCTCGTGTCCTCAGTGCCATGTCGAGCTCGCTGTTGATGTCTCCAAGCTTAATCG 650
Query 652 GTCTTTAACTGCTTCTCAATCTCATTCTAATCCTCCTACTCCTGCTGCTCCCACAGTCCC 711
||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| | || |||| | | ||
Sbjct 651 GTCTTTAACTGCTCCTCAATCTCATCCTAATCCTCCTACT-C--CTACTCCTGC--T-CC 704
Query 712 GCCTCCGCCTCCTCCCGAAGAAGTCAATGAGGAAGCTATTGAAGTGGAGAGAGAAGAAGA 771
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 705 GCCTCCGCCTCCTCCCGAAGAAGTCAATGAGGAAGCTATTGAAGTGGAGAGAGAAGAAGA 764
Query 772 TGAAGGTGGAACGGCTGGAGAAACGTTTATGGATTATCGTCCCCCAAAACTTTCGATCGG 831
|||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || ||
Sbjct 765 TGAAGGTGGAACCGCAGGAGAAACTTTTATGGATTATCGTCCCCCAAAACTTTCAATTGG 824
Query 832 ACCTCCTCATCCTGATCCAATTGTGGAAACATCATCTCTATCTGCAGTGCAACCCCCAGA 891
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 825 ACCTCCTCATCCTGATCCAATTGTGGAAACATCATCTCTATCTGCAGTGCAACCCCCAGA 884
Query 892 GCCTACTTATGATCTCAAAATCAAGGAAGAGCTTGAAAGGTCAAAGGCTTTATCGTGTTT 951
||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 885 GCCCACTTATGATCTCAAAATCAAGGAAGAGCTCGAAAGGTCAAAGGCTTTATCGTGTTT 944
Query 952 GCAGATTGAGACATTAGTTTACGCTTGCCAGAGGCATCTCCAGCACCTTGCTGATGGTAC 1011
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 945 GCAGATTGAGACATTAGTTTACGCTTGTCAGAGGCATCTCCAGCACCTTGCTGATGGTAC 1004
Query 1012 CAGAGCAGGCTTTTTTGTTGGAGATGGTGCTGGTGTGGGCAAAGGGCGAACAATTGCCGG 1071
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1005 CAGAGCAGGCTTTTTTGTTGGAGATGGTGCTGGTGTGGGGAAAGGGCGAACAATTGCCGG 1064
Query 1072 GTTGATTTGGGAAAATTGGAAACATGGAAGGAGGAAAGCTTTGTGGATTTCTATTGGCTC 1131
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1065 GTTGATTTGGGAAAATTGGAAACATGGAAGGAGGAAAGCTTTGTGGATATCTATTGGCTC 1124
Query 1132 AGACTTGAAATATGATGCAAGAAGGGACTTGGATGATGTGGGTGCTACATGCGTTGGAGT 1191
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1125 AGACTTGAAGTATGATGCAAGAAGGGACTTGGATGATGTGGGTGCCACATGCGTTGGAGT 1184
Query 1192 GAATCCTTTGAACAAGCTACCCTATTCTAAGCTTGACTCGAAAAATGTTGGTATTAAAGA 1251
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||
Sbjct 1185 GAATCCTTTGAACAAGCTACCCTATTCTAAGCTTGACTCAAAAAATGTGGGTATTAAAGA 1244
Query 1252 AGGAGTGGTATTCTTGACATACAATAGCCTCATTGCTTCCTCTGAGAAGGGCCGTTCTCG 1311
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1245 AGGAGTGGTATTCTTGACATACAATAGCCTCATTGCTTCCTCTGAGAAGGGCCGTTCTCG 1304
Query 1312 TTTACAGCAGCTTGTTCAATGGTGTGGACCAGAATTTGATGGTCTCTTGATCTTTGATGA 1371
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1305 TTTACAGCAGCTTGTTCAATGGTGTGGACCAGAATTTGATGGTCTCTTGATCTTTGATGA 1364
Query 1372 GTGCCATAAAGCGAAAAATTTGGTACCTGAAGCTGGGAGTCAGCCGACACGCATCGGACA 1431
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1365 GTGCCATAAAGCGAAAAATTTGGTACCTGAAGCTGGGAGTCAGCCGACACGCATCGGGCA 1424
Query 1432 GGCAGTTGTTGACATTCAGGATAAGATCCCCCAAGCACGTGTTATTTATTGCTCGGCTAC 1491
||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1425 GGCAGTTGTGGATATTCAGGATAAGATCCCCCAAGCACGTGTTCTTTATTGCTCGGCTAC 1484
Query 1492 TGGGGCATCAGAACCACGAAACATGGGTTATATGGTCAGGCTTGGTCTTTGGGGAGCTGG 1551
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1485 TGGTGCATCAGAACCACGAAACATGGGTTATATGGTCAGGCTTGGTCTTTGGGGAGCTGG 1544
Query 1552 AACAAGTTTTAGTGATTTTAACAAATTCCTAGGTGCCCTTGATAAAGGTGGGACAGGAGC 1611
||||||||| | ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1545 AACAAGTTTCAATGATTTTAACAAATTTCTAGGTGCCCTTGATAAAGGTGGGACAGGAGC 1604
Query 1612 GTTGGAATTGGTTGCCATGGATATGAAAGCGAGGGGGATGTATGTATGCCGAACCCTGAG 1671
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1605 GTTGGAATTGGTTGCCATGGACATGAAAGCGAGGGGGATGTATGTATGCCGAACCCTGAG 1664
Query 1672 TTACAAAGGGGCTGAGTTTGAGATTGTTGAAGCTCGTTTAGAAGCAGGAATGGAGGCAAT 1731
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1665 TTACAAAGGGGCTGAGTTTGAGATTGTTGAAGCTCGTTTAGAAGCAGGAATGGAGGCAAT 1724
Query 1732 GTACAATAAGTCTGCAGAATTTTGGGCAGAGCTACGGATAGAGTTGTTGTCAGCAAGTGC 1791
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1725 GTACAATAAGTCTGCAGAATTTTGGGCAGAGCTACGGATAGAGTTGTTGTCAGCAAGTGC 1784
Query 1792 TTTTCTCCCTAACGAGAAACCAAATTCTAGTCAGTTGTGGAGATTATACTGGTCAAGCCA 1851
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1785 TTTTCTCCCTAACGAGAAACCAAATTCTAGTCAGTTGTGGAGATTATACTGGTCAAGCCA 1844
Query 1852 CCAGCGTTTCTTTAGACACCTGTGTATGTCAGCTAAAGTCCCTGTAACTGTGAGGTTAGC 1911
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1845 CCAGCGTTTCTTTAGACACCTGTGTATGTCAGCTAAAGTCCCTGTAACTGTGAGGTTAGC 1904
Query 1912 TAAGAAAGCCTTGTCAACAAACAAGTGTGTAGTTATTGGCCTTCAGAGTACTGGAGAGGC 1971
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1905 GAAGAAAGCCTTGTCAACAAACAAGTGTGTGGTTATTGGCCTTCAGAGTACTGGAGAGGC 1964
Query 1972 TCGAACCGAAGAGGCTGTAAATAAATATGGTCTTGAGCTTGATGATTTTGTCTCGGGACC 2031
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1965 TCGAACCGAAGAGGCTGTAAATAAATATGGTCTTGAGCTTGATGATTTTGTCTCGGGACC 2024
Query 2032 TCGAGAGCTCTTGTTGAAATTTGTGGAAGAGAATTATCCCTTACCCGAGCAGCCTGAACC 2091
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2025 TCGAGAGCTCTTGTTGAAATTTGTGGAAGAGAATTATCCCTTACCCGAGCAGCCTGAACC 2084
Query 2092 TCTGTCAGAGGATGATAGTGTTAAAGAACTTCAGAGGAAGAGGCATTCAGCTTCACCTGG 2151
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2085 TCTGTCAGAGGATGATAGTGTTAAAGAACTTCAGAGGAAGAGGCATTCAGCTTCACCTGG 2144
Query 2152 TGTTTCAATTAGAGGGAGAGTAAGAAAGATGGCAAAGTGGAAACCAGATAGTGATAATGA 2211
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2145 TGTTTCAATTAGAGGGAGGGTAAGAAAGATGGCAAAGTGGAAACCAGATAGTGATAATGA 2204
Query 2212 AAGTGATTTGGAGTCTGAAG--------C-T-G--A---C-T--CTGCTGAC-GA-T-T- 2249
|||||||||||||||||||| | | | | | | || ||| | || | |
Sbjct 2205 AAGTGATTTGGAGTCTGAAGGTTGGTTTCCTAGTGAAAACATGTCTTCTG-CTGACTCTG 2263
Query 2250 CTAATGATTCT---GAT---GATGA-G--TTCCAGATATGTCAGATATGCAGTGGGGAAG 2300
|| | |||||| ||| ||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2264 CTGACGATTCTAATGATTCTGATGATGAGTTCCAGATATGTCAGATATGCAGTGGGGAAG 2323
Query 2301 ATGAAAGGAAGAAGTTGCTCCATTGTTCTGAATGTGACAAGCTTTTTCATCCGGACTGTG 2360
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2324 ATGAAAGGAAGAAGTTGCTCCATTGTTCTGAATGTGACAAGCTTTTTCATCCGGACTGTG 2383
Query 2361 TGGTTCCTCCAGTTATAGACTTACCATCTGAAGCGTGGATTTGCTTTTCTTGTAAGGAAA 2420
||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| |||||||
Sbjct 2384 TGGTTCCTCCAGTAATAGACTTACCATCGGAAGCGTGGATTTGCTATTCTTGCAAGGAAA 2443
Query 2421 AGACAGAGGAGTACATTCAAGCAAGACGTCTTTACATTGCCGAATTGCAGAAAAGGTATG 2480
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2444 AGACAGAGGAATACATTCAAGCAAGACGTCTTTACATTGCAGAATTGCAGAAAAGGTATG 2503
Query 2481 AAGCAGCGCTTG-AACGAAAATCAAAGATCATAGAGATCATCCGTTCTCTGAATCTTCCA 2539
|||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2504 AAGCAGCG-TTGGAACGAAAATCAAAGATCATAGAGATCATCCGTTCTCTGAATCTTCCA 2562
Query 2540 AACAATCCTTTGGATGACATCGTCGATCAGCTTGGAGGCCCTGAAAAAGTTGCAGAAATG 2599
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2563 AACAATCCTTTGGATGACATTGTCGATCAGCTTGGAGGCCCTGACAAAGTTGCAGAAATA 2622
Query 2600 ACGGGCAGGCGAGGTATGCTTGTAAGAGCATCGAATGGGAAAGGTGTTACATATCAAGCA 2659
|| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2623 ACAGGCAGGCGAGGTATGCTTGTAAGAGCATCTAATGGGAAAGGTGTTACATATCAAGCA 2682
Query 2660 AGAAACACAAAGGATATTACCATGGAAATGGTCAACATGCACGAGAAGCAACTATTTATG 2719
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2683 AGAAACACAAAGGATATTACAATGGAAATGGTCAACATGCACGAGAAGCAACTATTTATG 2742
Query 2720 GATGGTAAAAAGTTGGTTGCCATTATTTCTGAAGCTGGGTCAGCTGGTGTTTCGTTGCAA 2779
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2743 GATGGTAAAAAGTTGGTTGCCATTATTTCTGAGGCTGGGTCAGCTGGTGTTTCGTTGCAA 2802
Query 2780 GCAGATAGAAGGGCAGTAAATCAGAAAAGAAGGGTTCACTTGACTTTAGAGCTTCCCTGG 2839
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2803 GCAGATAGAAGGGCAGTAAATCAGAAAAGAAGGGTTCACTTGACTTTAGAGCTTCCCTGG 2862
Query 2840 AGTGCTGATCGTGCAATTCAGCAATTTGGAAGAACTCACCGGTCAAATCAGACATCTGCA 2899
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||
Sbjct 2863 AGTGCTGATCGTGCAATTCAGCAATTTGGAAGAACTCACCGGTCGAACCAGACATCTGCA 2922
Query 2900 CCTGAATATAGACTACTCTTCACTAATCTCGGTGGGGAACGCCGCTTTGCCTCTATTGTT 2959
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2923 CCTGAATATAGACTACTCTTCACAAATCTCGGTGGGGAACGCCGCTTTGCCTCTATTGTT 2982
Query 2960 GCAAAGAGACTAGAAACACTTGGTGCTTTAACACAGGGAGACCGCAGGGCTGGGCCCTCC 3019
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | | |
Sbjct 2983 GCAAAGAGACTAGAAACACTTGGTGCTTTAACACAGGGAGACCGCAGGAAAGT-CA-TGC 3040
Query 3020 GGGCCTTCTTTGAGTGCGTATAA-TTATGATAGTAACTTTGGTAAAAAATCCTTGATGGT 3078
|||| | | | |||| || || |||| |||| |||||||||||
Sbjct 3041 A--CCTT-TCT---T----ATAACTT-TG---GTAA-------AAAA--TCCTTGATGGT 3077
Query 3079 GATGTATCGAGGCATAATGGAGCAGGAGAAACTACCTGTTCTTCCTCCTGGATGCTCGAT 3138
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 3078 GATGTATCGAGGCATAATGGAGCAGGAGAAACTACCTGTTGTTCCTCCTGGATGCTCGAT 3137
Query 3139 TGATGAACCCGAAACAGTTAAAGAGTTTTTGACCAAGGCAAGGGCTGCTCTTGTTGCGGT 3198
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3138 TGATGAACCCGAAACAGTTAAAGAGTTTTTGACCAAGGCAAGGGCTGCTCTTGTTGCGGT 3197
Query 3199 TGGAATTGTTAGGGACAGTGTTCTGGCCAATGGGAAAGATGTTGGAAGGTTTTCAGGACG 3258
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||
Sbjct 3198 TGGAATTGTTAGGGACAGTGTTCTGGCCAATGGGAAAGATGCTGGAAAGTTTTCAGGACG 3257
Query 3259 TATTATTGATTCTGACATGCATGATGTTGGACGATTTTTGAATCGCCTCTTAGGATTGCC 3318
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||
Sbjct 3258 TATTATTGATTCTGACATGCATGATGTTGGACGATTTTTGAATCGGCTCTTGGGATTGCC 3317
Query 3319 ACCTGATATCCAGAATAGGCTGTTTGAATTGTTTACTAGTATATTAGACGTTCTTGTACA 3378
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3318 ACCTGATATCCAGAATAGGCTGTTTGAATTGTTTACTAGTATATTAGACGTTCTTGTACA 3377
Query 3379 TAATGCTCGGATAGAAGGAAGTTTTGACTCAGGAATTGTGGATATGAAAGCTAATAGTGT 3438
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3378 TAATGCTCGGATCGAAGGAAGTTTTGACTCAGGAATTGTGGATATGAAAGCTAATAGTGT 3437
Query 3439 TGAGCTACTGAGCACTCCAAAGACCGTCCATGTTGATCAAATGTCTGGTGCCTCAACTAT 3498
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3438 TGAGCTGCTGAGCACTCCAAAGACCGTCCATGTTGATCAAATGTCTGGTGCCTCAACTAT 3497
Query 3499 GCTCTTTACTTTTACTCTAGATCGTGGTGTAACATGGGAGTCTGCGAGTTCAATGCTAGA 3558
|||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3498 GCTCTTTACTTTTACTTTGGATCGTGGTGTAACATGGGAGTCTGCGAGTTCAATGCTAGA 3557
Query 3559 GGGAAAGAGAAGGGACGGGCTTGGTTCAGCTAATGATGGCTTTTTTGAATCTAAAAGGGA 3618
|||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3558 GGGAAAGAGAAGGGACAGCCTTGGTTCAGCTAATGATGGCTTTTTTGAATCTAAAAGGGA 3617
Query 3619 ATGGTTAGGAAGACGGCACTTCATATTAGCATTTGAGAGTGCCGCTTCTGGGTTGTTTAA 3678
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 3618 ATGGTTAGGAAGACGGCACTTCATATTAGCATTTGAGAGTGCGGCTTCTGGGTTGTTTAA 3677
Query 3679 GATTGTACGTCCTGCTGTAGGAGAGTCGATCAGGGAGATGTCTCTTTCAGAGTTGAAAAC 3738
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3678 GATTGTCCGTCCTGCTGTAGGAGAGTCGATCAGGGAGATGTCTCTTTCAGAGTTGAAAAC 3737
Query 3739 TAAATACCGAAAACTATCTTCTCTGGAGAAGGCTCGTACTGGTTGGGAGGACGAGTACGA 3798
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3738 TAAATACCGAAAACTCTCTTCTCTGGAGAAGGCTCGTACTGGTTGGGAGGACGAGTACGA 3797
Query 3799 AGTTTCATCAAAACAGTGTATGCATGGACCCAAGTGTAAGCTTGGGGAGTATTGCACGGT 3858
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||
Sbjct 3798 AGTTTCATCAAAACAGTGTATGCATGGACCCAAGTGTAAGCTAGGCGAGTATTGCACGGT 3857
Query 3859 TGGACGTAGGATACAGGAAGTAAACGTTGTGGGTGGCCTTATTCTTCCCATCTGGGGAAC 3918
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||
Sbjct 3858 TGGACGTAGAATACAGGAAGTAAACGTTGTGGGTGGCCTCATTCTTCCCATTTGGGGAAC 3917
Query 3919 CATCGAGAAAGCTCTCTCCAAACAAGCCCGTCACAGCCACAAGAGAATTCGAGTTATACG 3978
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3918 CATTGAGAAAGCTCTCTCCAAACAAGCCCGTCACAGCCACAAGAGAATTCGAGTTATACG 3977
Query 3979 CATAGAGACTACGACGGATAATCAGCGGATAGTGGGCCTCTCCATCCCAAATGCAGCTGT 4038
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3978 CATAGAGACTACGACGGATAATCAGCGGATAGTGGGCCTCTCCATCCCAAATGCAGCTGT 4037
Query 4039 AGAAACTGTTTTACAAGATTTAGCATGGGTTCAAGAGATTGATGATTAAGACAACGAGTA 4098
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||
Sbjct 4038 AGAAACTGTTTTACAAGATTTAGCATGGGTTCAAGAGATCGATGATTAAGACAACGATTA 4097
Query 4099 TTTATAAGAAGCATACACCCTCAAAGCTCCACAATCAAGTTCCCATGCCTATTTTGTATT 4158
||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 4098 TTTATAAGAAGCATACACCCTCAAAGCTCCAGAACCAAGTTCCCATGCCTATTT-GTATT 4156
Query 4159 TT-CTTTATTTAAGAAAAAGAGGAAAAAGACACTTGACTTTCATTTTTGTGTATATCACA 4217
|| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4157 TTTCTTTATTTAA-AAAAAGAGGAAAAAGACACTTGACTTTCATTTTTGTGTATATCACA 4215
Query 4218 TGACAAATTGGCAAGATGATACATAGATGTAATATTATTTATCTAACAAGATTCATTCTT 4277
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4216 TGACAAATTGGCAAGAAGATACATAGATGTAATATTATTTATCTAACAAGATTCATTCTT 4275
Query 4278 ATGTTC 4283
| ||||
Sbjct 4276 ACGTTC 4281
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 161973030688
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5