BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G79440.1
Length=2039
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg477110 jgi|Araly1|477110|fgenesh2_kg.2__2240__AT1G79440.1 2830 0.0
> Ahg477110 jgi|Araly1|477110|fgenesh2_kg.2__2240__AT1G79440.1
Length=1861
Score = 2830 bits (1532), Expect = 0.0
Identities = 1744/1845 (95%), Gaps = 20/1845 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 84 TCTGATCTCACTAGTGTTCGTCATCTTTGTTCGATTGAAGTTTGGGAAGTGGTGATGGTA 143
||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||| | ||||||||||||||
Sbjct 1 TCTGATCTCTCTAGTCCTCGTCGTCTTTGTTCGATTGAAGTTTCGCAAGTGGTGATGGTA 60
Query 144 ATAGGAGCAGCAGCGCGTGTAGCCATCGGCGGTTGTCGAAAGCTCATCTCGTCACATACC 203
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 61 ATCGGAGCAGCAGCGCGTGTAGCCATCGGCGGTTGTCGAAAGCTCGTCTCGTCACATACC 120
Query 204 TCCCTCCTCCTCGTCTCTTCTCAGTGTCGCCAGATGAGTATGGACGCACAAAGCGTTTCT 263
| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 T--C-CCTCCTCGTCTCTTCTCAGTGTCGCCAGATGAGTATGGACGCACAAAGCGTTTCT 177
Query 264 GAAAAGCTTAGGAGTTCTGGTCTATTACGAACTCAAGGTCTAATTGGAGGCAAGTGGCTT 323
|||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||| ||||||||| |
Sbjct 178 GAAAAGCTCAGGAGTTCTGGTCTATTGCGAACACAAGGTCTGATTGGGGGCAAGTGGATC 237
Query 324 GACTCGTATGACAATAAGACAATCAAGGTTAACAATCCAGCAACCGGTGAAATTATAGCT 383
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 238 GACTCCTATGACAATAAGACAATCAAGGTTAACAATCCAGCAACCGGTGAAATTATAGCT 297
Query 384 GATGTTGCATGTATGGGAACAAAAGAGACAAATGATGCTATTGCTTCTTCTTATGAAGCA 443
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 298 GATGTTGCATGTATGGGAACAAAAGAGACTAATGATGCTATTGCTTCTTCTTATGAAGCA 357
Query 444 TTTACTTCTTGGAGCAGATTGACTGCTGGAGAGAGGAGTAAAGTTTTACGGAGATGGTAT 503
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||
Sbjct 358 TTTACATCTTGGAGCAGATTGACTGCTGGAGAGAGGAGCAAAATTTTACGGAGATGGTAC 417
Query 504 GACCTCCTGATTGCACACAAGGAAGAACTTGGACAACTTATAACTTTGGAGCAAGGAAAA 563
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 418 GACCTCCTGATTGCACACAAGGAAGAACTTGGACAACTTATAACTTTGGAGCAAGGAAAA 477
Query 564 CCACTCAAGGAAGCCATCGGAGAGGTAGCA-TATGGGGCAAGTTTTATTGAGTACTATGC 622
||||| ||||||||||| |||||||| | | ||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 478 CCACTAAAGGAAGCCATAGGAGAGGT-GGACTATGGAGCAAGTTTTATTGAGTACTATGC 536
Query 623 GGAGGAGGCAAAACGTGTATATGGTGATATAATTCCTCCGAATCTGTCTGATCGCCGACT 682
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| |
Sbjct 537 AGAGGAGGCAAAACGTGTATATGGTGATATAATTCCTCCTAATTTGTCTGATCGCCGATT 596
Query 683 GTTGGTTCTAAAACAGCCTGTCGGTGTTGTTGGTGCAATTACCCCTTGGAACTTCCCCTT 742
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 597 GTTGGTTCTAAAACAGCCTGTTGGTGTTGTTGGTGCAATCGCCCCTTGGAACTTCCCCTT 656
Query 743 AGCCATGATTACTCGGAAGGTCGGCCCTGCTCTTGCTTCTGGATGCACGGTGGTTGTTAA 802
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 657 AGCCATGATTACTCGGAAGGTCGGCCCTGCTCTTGCTTCTGGATGCACGGTGGTTGTTAA 716
Query 803 ACCATCTGAACTTACGCCCCTAACAGCACTTGCTGCGGCTGAACTTGCACTTCAAGCTGG 862
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||
Sbjct 717 ACCATCTGAACTTACACCCCTAACAGCACTTGCTGCGGCTGAGCTGGCACTTCAAGCTGG 776
Query 863 AGTTCCTCCGGGGGCACTTAATGTGGTCATGGGAAATGCTCCTGAAATTGGGGATGCTTT 922
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 777 AGTTCCTCCGGTGGCACTTAATGTGGTCATGGGAAATGCTCCTGAAATTGGGGATGCTTT 836
Query 923 GCTTACGAGTCCACAGGTGAGAAAAATCACGTTCACGGGATCAACAGCAGTTGGGAAGAA 982
|||| |||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||
Sbjct 837 GCTTTCGAGTCGACAGGTGAGAAAAATCACGTTCACAGGATCAACAGCGGTTGGGAAGAA 896
Query 983 GTTGATGGCAGCTGCTGCACCTACCGTCAAGAAGGTTTCTCTAGAACTTGGCGGCAACGC 1042
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 897 GTTAATGGCAGCTGCTGCACCTACCGTCAAGAAGGTTTCTCTAGAACTTGGTGGCAACGC 956
Query 1043 ACCCTCTATAGTATTTGATGATGCAGACCTGGATGTAGCTGTAAAAGGAACGCTTGCAGC 1102
|||||| || |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 957 ACCCTCCATTGTATTTGATGATGCTGACCTGGATGTAGCAGTAAAAGGAACGCTTGCAGC 1016
Query 1103 GAAATTTAGGAATAGTGGTCAGACATGTGTTTGTGCGAACAGAGTACTTGTGCAAGATGG 1162
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1017 CAAATTTAGGAATAGTGGTCAGACATGTGTTTGTGCGAACAGAGTACTTGTGCAAGATGA 1076
Query 1163 TATCTATGATAAATTTGCTGAGGCCTTTTCTGAAGCGGTTCAAAAATTAGAAGTAGGAGA 1222
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1077 TATTTATGATAAATTTGCTGAGGCCTTTTCTGAAGCGGTTCAAAAATTAGAAGTAGGAGA 1136
Query 1223 TGGGTTTAGGGATGGGACAACCCAGGGTCCACTTATAAATGATGCAGCAGTGCAAAAGGT 1282
||| |||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1137 TGGCTTTAAGGAGGGGACAACCCAGGGTCCACTTATAAATGATGCAGCAGTGCAAAAGGT 1196
Query 1283 AGAGACATTTGTACAAGATGCTGTTTCTAAGGGAGCAAAAATCAT-CATTGGTGGCAAAA 1341
|||| ||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| || | ||||||||||||
Sbjct 1197 AGAGTCATTTCAACAAGATGCTGTTTCCAAGGGAGCAAAAATTATTC-TTGGTGGCAAAA 1255
Query 1342 GGCACAGTCTAGGGATG-ACTTTCTATGAGCCTACTGTTATCCGCGATGTTTCGGATAAC 1400
||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| || ||
Sbjct 1256 GGCACAGTCTAGGGA-GCACTTTCTATGAGCCTACTGTTATCCGTGATGTTTCGAATGAC 1314
Query 1401 ATGATCATGTCTAAGGAGGAGATTTTTGGACCTGTAGCTCCCCTTATTCGGTTCAAAACC 1460
||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1315 ATGCTCATGTCTAAGGAGGAGATTTTTGGACCCGTAGCTCCTCTTATTCGGTTCAAAACC 1374
Query 1461 GAGGAGGACGCTATCAGAATTGCTAATGACACAATTGCAGGACTTGCTGCTTATATATTC 1520
|||||||| ||||||||| | ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1375 GAGGAGGATGCTATCAGACTCGCTAACGACACAATTGCAGGACTTGCTGCTTATATATTC 1434
Query 1521 ACAAACAGTGTCCAAAGATCTTGGCGTGTATTTGAAGCACTTGAATATGGACTTGTAGGG 1580
|||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1435 ACAAACAGTGTCCAAAGATCCTGGCGTGTCTTTGAAGCACTTGAATACGGACTTGTAGGG 1494
Query 1581 GTGAACGAAGGACTCATATCAACAGAGGTGGCTCCATTCGGGGGAGTGAAGCAGTCTGGT 1640
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1495 GTGAACGAAGGACTCATATCAACAGAGGTGGCTCCATTCGGGGGAGTGAAGCAGTCTGGT 1554
Query 1641 CTTGGAAGGGAAGGATCCAAGTATGGTATGGACGAATACCTTGAGATCAAATACGTATGC 1700
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1555 CTGGGAAGGGAAGGATCCAAGTATGGTATGGACGAATACCTCGAGATCAAATACGTATGC 1614
Query 1701 TTGGGAGATATGAATAGACACTGATTTGGTTTGTTTGAAAAGCTTTAGAAATTGTAAGTT 1760
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1615 TTGGGAGATATGAATAGACACTGATTTGGTTTGTTTAAAAAGCTTTGGAAATTGTAAGTT 1674
Query 1761 --TTTCTCCTCCACTCGTATCCTTCTAATAAAAGCTTACTGTGGAACATAATAAGGAT-T 1817
||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1675 CCTTT-TCCTCCACTCATATCCTTCTAATAAAAGCTTACTGTGGAACATAATAAGGATCT 1733
Query 1818 CGGAGGATACTTCTTAAGAAATAAAGATTT-GGTCTACGACCAATTGTT--AGCATGatt 1874
||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||| ||| ||| |||||| ||
Sbjct 1734 -GGAGGATACTTGTTAAGAAATAAAGATTTTGGTCTGCGACTAAT-GTTTCAGCATGGTT 1791
Query 1875 ttta-agtaataatttggggtttccattttatttatctttgttta 1918
|||| | | ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1792 TTTAGA-TCATATTTTGGGGTTTCCATTTTATTTATCTTTGTTTA 1835
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 76675663185
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5