BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G79460.1
Length=2576
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg477113 jgi|Araly1|477113|fgenesh2_kg.2__2243__AT1G79460.1 4071 0.0
> Ahg477113 jgi|Araly1|477113|fgenesh2_kg.2__2243__AT1G79460.1
Length=2494
Score = 4071 bits (2204), Expect = 0.0
Identities = 2404/2499 (96%), Gaps = 19/2499 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 CGTCAGTCGTCAAGGCTAATTCGTCGCGAGTTGCTACGACGCCGTTTCGGTTGCTTCTGG 60
||||| |||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 CGTCACTCGTCAAGGCTAATTCCTCGCAAGTTGCTACGACGCCGTTTCGGTTGCTTCTGG 60
Query 61 TTTCTTTATGTCTATCAACCTTCGCTCCTCCGGTTGTTCGTCTCCGATCTCAGCTACTTT 120
||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 TTTCTCCATGTCTATCAACCTCCGCTCCTCCGGTTGTTCGTCTCCGATCTCAGCTACTTT 120
Query 121 GGAACGGAGATTGGACTCAGAAGTA-CAGACAAGAGCTAACAATGTGAGCTTTGAGCAAA 179
|||| ||||||||| | | || | ||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 121 GGAAAAGAGATTGGAAGCGGTAG-ATCAGACAAGAGCTAACAATGTGAGTTTTGAGCAAA 179
Query 180 CAAAGGAGAAGATTAGGAAGATGTTGGAGAAAGTGGAGCTTTCTGTTTCGGCCTACGATA 239
||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 180 CAAAGGACAAGATTAGGAAGATGTTGGATAAAGTGGAGCTTTCTGTTTCGGCCTACGATA 239
Query 240 CTAGTTGGGTAGCAATGGTTCCATCACCGAGC-TCCCAAAATGCTCCACTTTTCCCACAG 298
|||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 240 CTAGTTGGGTAGCAATGGTTCCATCACCGA-CTTCCCAAAATGCTCCACTTTTCCCACAG 298
Query 299 TGTGTGAAATGGTTATTGG-ATAATCAACATGAAGATGGATCTTGGGGACTTGATAACCA 357
||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 299 TGTGTGAAATGGTTATTGGAAT-ATCAACATGAAGATGGATCTTGGGGACTTGATAATCA 357
Query 358 TGACCATCAATCTCTTAAGAAGGATGTGTTATCATCTACACTGGCTAGTATCCTCGCGTT 417
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 358 TGACCATCAATCTCTTAAGAAGGATGTGTTATCATCTACACTGGCTAGTATCCTCGCGTT 417
Query 418 AAAGAAGTGGGGAATTGGTGAAAGACAAATAAACAAGGGTCTCCAGTTTATTGAGCTGAA 477
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 418 AAAGAAGTGGGGAACTGGTGAAAGACAAATAAACAAGGGTCTCCAGTTTATTGAGCTGAA 477
Query 478 TTCTGCATTAGTCACTGATGAAACCATACAGAAACCAACAGGGTTTGATATTATATTTCC 537
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||
Sbjct 478 TTCTGCATCAGTCACTGATGAAACCATACAGAAACCAGCAGGATTTGATATTATATTTCC 537
Query 538 TGGGATGATTAAATATGCTAGAGATTTGAATCTGACGATTCCATTGGGCTCAGAAGTGGT 597
|||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 538 TGGGATGATTGAATATGCTAGAGATTTGAATCTGGCGATTCCATTGGGCTCAGAAGTGGT 597
Query 598 GGATGACATGATACGAAAAAGAGATCTGGATCTTAAATGTGATAGTGAAAAG-TTTTCAA 656
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||
Sbjct 598 GGATGCCATGATACGAAAAAGAGATCTGGATCTTAAATGTGATAGTG-AAAGATTTTCAA 656
Query 657 AGGGAAGAGAAGCATATCTGGCCTATGTTTTAGAGGGGACAAGAAACCTAAAAGATTGGG 716
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||||
Sbjct 657 AGGGAAGAGAAGCATATCTGGCCTATGTTTTAGAGGGAACAAGAAATCTCAAAGATTGGG 716
Query 717 ATTTGATAGTCAAATATCAAAGGAAAAATGGGTCACTGTTTGATTCTCCAGCCACAACAG 776
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 717 ATTTGATAGTCAAATACCAAAGGAAAAATGGGTCACTGTTTGATTCTCCAGCCATAACAG 776
Query 777 CAGCTGCTTTTACTCAGTTTGGGAATGATGGTTGTCTCCGTTATCTCTGTTCTCTCCTTC 836
||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 777 CAGCTGCATTTACTCAGTTTGGAAATGATGGTTGTCTCCGTTATCTCTGTTCTCTCCTTC 836
Query 837 AGAAATTCGAGGCTGCAGTTCCTTCAGTTTATCCATTTGATCAATATGCACGCCTTAGTA 896
||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 837 AGAAATTTGAGGCTGCAGTTCCTACAGTTTATCCATTTGATCAATATGCACGCCTTAGTT 896
Query 897 TAATTGTCACTCTTGAAAGCTTAGGAATTGATAGAGATTTCAAAACCGAAATCAAAAGCA 956
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 897 TAATTGTCACCCTTGAAAGCTTAGGAATTGATAGAGATTTCAAAACCGAAATCAAAAGCA 956
Query 957 TATTGGATGAAACCTATAGATATTGGCTTCGTGGGGATGAAGAAATATGTTTGGACTTGG 1016
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 957 TATTGGATGAAACCTATAGATATTGGCTTCGTGGGGATGAAGAAATATGTTTGGAGTTGG 1016
Query 1017 CCACTTGTGCTTTGGCTTTTCGATTATTGCTTGCTCATGGCTATGATGTGTCTTACGATC 1076
||||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1017 CCACTTGTGCTTTGGCTTTCCGATTATTACTCGCTCATGGCTATGATGTGTCTTACGATC 1076
Query 1077 CGCTAAAACCATTTGCAGAAGAATCTGGTTTCTCTGATACTTTGGAAGGATATGTTAAGA 1136
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1077 CGCTAAAACCATTTGCAGAAGAATCTGGTTTTTCTGATACTTTGGAAGGATATGTTAAGA 1136
Query 1137 ATACGTTTTCTGTGTTAGAATTATTTAAGGCTGCTCAAAGTTATCCACATGAATCAGCTT 1196
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1137 ATACGTTTTCTGTGTTAGAATTATTTAAGGCTGCCCAAAGTTATCCACATGAATCAGCTT 1196
Query 1197 TGAAGAAGCAGTGTTGTTGGACTAAACAATATCTGGAGATGGAATTGTCCAGCTGGGTTA 1256
||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||| |||
Sbjct 1197 TGAAGAAGCAGTGTTCTTGGACTAAGCAATATCTGGAGATGGAATTGTCCAACTGGCTTA 1256
Query 1257 AGACCTCTGTTCGAGATAAATACCTCAAGAAAGAGGTCGAGGATGCTCTTGCTTTTCCCT 1316
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1257 AGACCTCTGTTCGAGATAAATACCTCAAGAAAGAGGTCGAGGATGCTCTTGCTTTTCCCT 1316
Query 1317 CCTATGCAAGCCTAGAAAGATCAGATCACAGGAGAAAAATACTCAATGGTT--------- 1367
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1317 CCTATGCAAGCCTAGAAAGATCAGATCACAGGAGAAAACTACTCAATGGTTGTGTTTTTT 1376
Query 1368 CTGCTGTGGAAAACACCAGAGTTACAAAAACCTCATATCGTTTGCACAATATTTGCACCT 1427
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1377 CTGCTGTGGAAAACACCAGAGTTACAAAAACCTCATATCGTTTGCACAATATTTGCAGCT 1436
Query 1428 CTGATATCCTGAAGTTAGCTGTGGATGACTTCAATTTCTGCCAGTCCATACACCGTGAAG 1487
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1437 CTGGTATCCTGAAGTTAGCTGTGGATGACTTCAATTTCTGCCAGTCCATACACCGTGAAG 1496
Query 1488 AAATGGAACGTCTTGATAGGTGGATTGTGGAGAATAGATTGCAGGAACTGAAATTTGCCA 1547
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1497 AAATGGAACGTCTTGATAGGTGGATTGTGGAGAATAGATTGCAGGAACTGAAATTTGCCA 1556
Query 1548 GACAGAAGCTGGCTTACTGTTATTTCTCTGGGGCTGCAACTTTATTTTCTCCTGAACTAT 1607
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1557 GACAGAAGCTGGCCTACTGTTATTTCTCTGGGGCTGCAACTTTATTTTCTCCAGAACTAT 1616
Query 1608 CTGATGCTCGTATATCGTGGGCCAAAGGTGGAGTACTTACAACGGTTGTAGACGACTTCT 1667
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1617 CTGATGCCCGTATATCGTGGGCCAAAGGTGGAGTACTTACAACGGTTGTAGACGACTTCT 1676
Query 1668 TTGATGTTGGAGGGTCCAAAGAAGAACTGGAAAACCTCATACACTTGGTCGAAAAGTGGG 1727
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1677 TTGATGTGGGAGGGTCCAAAGAAGAACTGGAAAACCTCATACACTTGGTCGAAAAGTGGG 1736
Query 1728 ATTTGAACGGTGTTCCTGAGTACAGCTCAGAACATGTTGAGATCATATTCTCAGTTCTAA 1787
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1737 ATTTGAACGGTGTTCCTGAGTACCGCTCAGAACATGTTGAGATCATATTCTCAGTTCTAA 1796
Query 1788 GGGACACCATTCTCGAAACAGGAGACAAAGCATTCACCTATCAAGGACGCAA-TGTGACA 1846
||||||| ||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||| || |||||||
Sbjct 1797 GGGACACAATTCTCGAAACAGGAGAGAAAGCATTCATCTATCAAGGACG-AAGTGTGACA 1855
Query 1847 CACCACATTGTGAAAATTTGGTTGGATCTGCTCAAGTCTATGTTGAGAGAAGCCGAGTGG 1906
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |
Sbjct 1856 CACCAGATTGTGAAAATTTGGTTGGATCTGCTCAAGTCTATGTTGAGAGAAGCGGAGTTG 1915
Query 1907 TCCAGTGACAAGTCAACACCAAGCTTGGAGGATTACATGGAAAATGCGTACATATCATTT 1966
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1916 TCCAGTGACAAGTCAACACCAAGCTTGGAGGATTACATGGAAAATGCGTACATATCATTT 1975
Query 1967 GCATTAGGACCAATTGTCCTCCCAGCTACCTATCTGATCGGACCTCCACTTCCAGAGAAG 2026
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||
Sbjct 1976 GCATTAGGACCAATTGTCCTCCCAGCTACCTATCTGATCGGTCCACCACTTCCAGAGAAG 2035
Query 2027 ACAGTCGATAGCCACCAATATAATCAGCTCTACAAGCTCGTGAGCACTATGGGTCGTCTT 2086
| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2036 ATAGTCGATAGCCACCAATATAAGAAGCTCTACAAGCTCGTGAGCACTATGGGTCGTCTT 2095
Query 2087 CTAAATGACATACAAGGTTTTAAGAGAGAAAGCGCGGAAGGGAAGCTGAATGCGGTTTCA 2146
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2096 CTAAATGACATACAAGGTTTTAAGAGAGAAAGCGCGGAAGGGAAGCTGAATGCGGTTTCA 2155
Query 2147 TTGCACATGAAACACGAGAGAGACAATCGCAGCAAAGAAGTGATCATAGAATCGATGAAA 2206
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2156 TTGCACATGAGACACGAGAGAGACAATCGCAGCAAAGAAGAAATCATAGAATCGATGAAA 2215
Query 2207 GGTTTAGCAGAGAGAAAGAGGGAAGAATTGCATAAGCTAGTTTTGGAGGAGAAAGGAAGT 2266
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2216 GGTTTAGCAGAGAGAAAGAGGGAAGAATTGCATAAGCTAGTTTTGGAGGAGAAAGGAAGT 2275
Query 2267 GTGGTTCCAAGGGAATGCAAAGAAGCGTTCTTGAAAATGAGCAAAGTGTTGAACTTATTT 2326
| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2276 GCGGTTCCAAGGGAATGCAAAGAAGTGTTCTTGAAAATGAGCAAAGTGTTGAACCTATTT 2335
Query 2327 TACAGGAAGGACGATGGATTCACATCAAATGATCTGATGAGTCTTGTTAAATCAGTGATC 2386
||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2336 TACAGGAAGGACGATGGGTTCACATCAGATGATCTGATGAGTCTTGTTAAATCTGTGATC 2395
Query 2387 TACGAGCCTGTTAGCTTACAGGAAGAATCTTTAACTTGATCCAAGTTGATCTGGCAGGTA 2446
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||
Sbjct 2396 TACGAGCCTGTTACCTTACAGGAAGAATCTTTAACTTGATCCAAGTTGATCTGGGATGTA 2455
Query 2447 AACTCAGTAAATGAAAATAAGACTTTGGTCTTCTTCTTT 2485
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2456 AACTCAGTATATGAAAATAAGACTTTGGTCTTCTTCTTT 2494
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 97130124750
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5