BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G79490.1
Length=2734
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg477117 jgi|Araly1|477117|fgenesh2_kg.2__2247__AT1G79490.1 4165 0.0
> Ahg477117 jgi|Araly1|477117|fgenesh2_kg.2__2247__AT1G79490.1
Length=2650
Score = 4165 bits (2255), Expect = 0.0
Identities = 2491/2604 (96%), Gaps = 19/2604 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 76 GCCATCTCTGGAGTCCAGGTTAGAATTGATTCCTCAAATTTCAATTCTTCGCATTACATG 135
||||| ||||||| ||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 36 GCCATATCTGGAGACCAGGTTCGGATTGATTCCTCAAATTTCAATTCTTCGCATTACATG 95
Query 136 ACCC---AATAATTCC--GTCTACATCTTCGATGATCCGTGGAAGAACCGCGAAAGTAAT 190
|||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |
Sbjct 96 ACCCTATAATAATTCCTTCTCTACATCTTCGATGATCCGTGGAAGAACCGCGAAAATATT 155
Query 191 TCCCAGAAATGTCATTTTTACGCTTAGTAGGAGTTCCATTTCTGAGTCTCCATTGATTTC 250
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | ||
Sbjct 156 TCCCAGAAATGTCATTTTTACGCTTAGTAGGAGTTCCATTTCTGAGGCT-C--TG----- 207
Query 251 TCCGAGTCGAATAAACCCTAAATTAGCCGGTAGTTTCTCGTTCAACATCCGATTATTGAG 310
| ||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 208 ---G-GTCGAATAAACCCTAGATTAGCCGGTAGTTTCTCCTTCAACATCCGATTATTGAG 263
Query 311 CTATTTCACTGTTAGAAATGGCTTTTGTCCCGATTGTTCTGTACCGAGAGACCCTAATTT 370
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 264 CTATTTCACTGTTAGAAATGGCTTTTGTCCCGATTGTTCTGTACCTAGAGACCCTAATTT 323
Query 371 TGTTGGATTGACTACACAATGTCGGAGTATTGTCAGGAGGTTTTGTAGTGAAAAGATTGG 430
||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| || ||||||||||||| ||
Sbjct 324 TGTTGGATTGACTACACAAAGTCGGAGTATTTTCAGGAGATTGTGTAGTGAAAAGAGCGG 383
Query 431 AAGTAGTGAATCTAGTGGCTGGACAGAGGAGGTTGAGTATTTAGATGAGTCGGGTAGTGT 490
|||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 384 AAGTAGTGAATCTAGTGGCTGGACTGAAGAGGTAGAGTATTTAGATGAGTCGGGTAGTGT 443
Query 491 ACTACACAGTGGTAAGGGAATAAGATCAGTAGAGCCAGGGCTTGATGACCATGTAATGGT 550
| ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 444 ATTACACAGCGGTAAAGGAATAAGATCAGTAGAGCCAGGGCTTGATGACCATGTAATGGT 503
Query 551 TGGTGGATTGAAGAAGCCTTACATGAATGCTTCTTCTGTTGCAAAGATTGTTGAAGTTGT 610
|||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 504 TGGTGGGTTGAAGAAGCCTTACATGAATGCTTCTGCTGTTGCAAAGATTGTTGAAGTTGT 563
Query 611 TCAGAGGTGGAAATGGGGACCGGAGTTGGAGACTCAGTTAGATAAACTCCAGTTTGTTCC 670
|||||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||
Sbjct 564 CCAGAGGTGGAAATGGGGACCCGAGTTGGAGACTCAATTGGATAAACTCCAGTTTGTTCC 623
Query 671 GAATATGGTTCATATTACGCAGTCTTTGAAGATTGTTAAAGAGGTTGATGCGGCGC-TGA 729
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | |||
Sbjct 624 CAATATGGTTCACATTACGCAGTCTTTGAAGATTGTTAAAGAGGTTGATGCTGC-CTTGA 682
Query 730 GTCTGTTTAGGTGGGCTAAGAAGCAGCCTTGGTATCTGCCTTCGGATGAATGTTATGTCG 789
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||
Sbjct 683 GTTTGTTTAGGTGGGCTAAGAAGCAGCCTTGGTATCTCCCTTCAGATGAATGTTATGTCT 742
Query 790 TGTTGTTTGATGGGTTGAACCAGGGAAGGGATTTTGTTGGGATTCAGTCGTTGTTTGAGG 849
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||
Sbjct 743 TGTTGTTTGATGGGTTGAACCAGGGCAGGGATTTTGTTGGGCTTCAGTCCTTGTTTGAGG 802
Query 850 AGATGGTTCAAGACTCGAGTAGTCACGGTGATTTGTCGTTTAACGCCTATAACCAAGTGA 909
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| || |||||||||||||
Sbjct 803 AGATGGTTCAAGACTCGAGTAGTCACGGTGATTTGTCGCTTAGTGCGTATAACCAAGTGA 862
Query 910 TTCAGTATTTGGCTAAAGCTGAGAAACTGGAGGTTGCTTTTTGTTGTTTCAAAAAGGCTC 969
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 863 TTCAGTATTTGGCTAAAGCTGAGAAACTGGAGGTTGCTTTTTGTTGTTTCAAAAAGGCTC 922
Query 970 AAGAGTCGGGATGCAAAATTGATACGCAGACATATAATAATCTAATGATGTTGTTTCTGA 1029
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 923 AAGAGTCGGGATGCAAAATTGATACTCAGACATATAATAATCTAATGATGTTGTTTCTGA 982
Query 1030 ACAAAGGTCTCCCGTATAAGGCATTTGAGATTTATGAGAGCATGGAGAAAACTGATAGTT 1089
|||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 983 ACAAAGGTCTGCCGTATAAAGCATTTGAGATTTATGAGAGCATGGAGAAAACTGATAGTT 1042
Query 1090 TGTTGGATGGGTCAACTTATGAGCTGATAATTCCAAGCTTGGCCAAATCCGGCCGTCTTG 1149
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1043 TGTTGGATGGGTCAACTTATGAGCTGATAATTCCAAGCTTGGCCAAATCCGGCCGTCTTG 1102
Query 1150 ATGCAGCTTTCAAGCTTTTTCAGCAAATGAAAGAAAGGAAACTCCGACCAAGCTTTAGTG 1209
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1103 ATGCAGCTTTCAAGCTTTTTCAGCAGATGAAAGAAAGGAAACTTCGACCAAGCTTTAGTG 1162
Query 1210 TGTTTTCTTCGCTTGTTGATTCAATGGGGAAAGCTGGTCGATTGGACACATCAATGAAGG 1269
|||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1163 TGTTTTCTTCACTTGTTGATTCAATGGGAAAAGCTGGTCGCTTGGACACATCAATGAAGG 1222
Query 1270 TTTACATGGAAATGCAGGGATTTGGCCATAGGCCATCAGCAACTATGTTTGTTTCCTTGA 1329
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1223 TTTACATGGAAATGCAGGGATTTGGCCATAGGCCATCAGCAACTATGTTTGTTTCCTTGA 1282
Query 1330 TTGATTCATATGCTAAAGCTGGTAAGCTGGATACTGCTCTTAGGCTTTGGGATGAGATGA 1389
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1283 TTGATTCATATGCTAAAGCTGGTAAGCTGGATACTGCTCTTAGGCTTTGGGATGAGATGA 1342
Query 1390 AGAAGTCAGGTTTCAGGCCAAACTTTGGATTGTACACAATGATCATTGAATCTCATGCAA 1449
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1343 AGAAGTCAGGTTTCAGGCCAAACTTTGGATTGTACACAATGATCATCGAATCTCATGCAA 1402
Query 1450 AATCAGGAAAGCTTGAAGTAGCAATGACGGTTTTCAAAGACATGGAGAAAGCTGGGTTTT 1509
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1403 AATCAGGAAAGCTTGAAGTAGCAATGACAGTTTTCAAAGACATGGAGAAAGCTGGGTTTT 1462
Query 1510 TACCGACACCATCCACATATTCGTGTCTATTGGAGATGCATGCTGGATCTGGGCAAGTAG 1569
|||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1463 TACCAACACCTTCCACATATTCGTGTCTATTGGAGATGCATGCTGGATCCGGGCAAGTAG 1522
Query 1570 ACTCTGCAATGAAAATCTATAACTCCATGACTAATGCTGGGTTAAGGCCTGGCCTGAGCA 1629
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1523 ACTCTGCAATGAAGATCTATAACTCCATGACTAATGCTGGGTTAAGGCCTGGCCTGAGCA 1582
Query 1630 GTTATATTTCTCTTCTTACACTTCTGGCCAACAAAAGACTTGTCGATGTTGCTGGGAAGA 1689
||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||
Sbjct 1583 GTTATATCTCACTTCTTACACTTCTGGCCAACAAAAGACTCGTCGATGTTGCCGGGAAGA 1642
Query 1690 TACTACTCGAGATGAAAGCAATGGGGTATTCCGTAGATGTCTGCGCTAGCGATGTTTTGA 1749
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1643 TACTACTCGAGATGAAAGCAATGGGGTATTCCGTAGATGTCTGCGCTAGCGATGTTTTGA 1702
Query 1750 TGATATATATCAAAGATGCTTCTGTGGATCTTGCTCTGAAATGGCTTAGGTTCATGGGTT 1809
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1703 TGATATATATCAAAGATGCTTCTGTGGATCTTGCTCTGAAATGGCTTAGGTTCATGGGTT 1762
Query 1810 CTTCAGGGATCAAAACAAACAATTTTATCATCAGGCAGTTATTTGAATCATGCATGAAAA 1869
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1763 CTTCAGGGATCAAAACAAACAATTTCATCATCAGGCAGTTATTCGAATCATGCATGAAAA 1822
Query 1870 ATGGTCTATACGATTCAGCTAGGCCTTTGCTGGAGACACTCGTGCATTCTGCTGGAAAAG 1929
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1823 ATGGTCTATACGATTCAGCTAGGCCTTTGCTCGAGACACTCGTGCATTCTGCTGGAAAAG 1882
Query 1930 TTGACTTGGTGCTTTACACTTCGATTCTCGCCCATCTTGTCAGATGCCAAGACGAAGATA 1989
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1883 TTGACCTGGTGCTTTACACTTCGATTCTCGCCCATCTTGTCCGATGCCAAGACGAAGATA 1942
Query 1990 AAGAGAGACAATTGATGTCAATCCTCAGCGCTACCAAGCATAAAGCTCATGCCTTTATGT 2049
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1943 AAGAGAGACAATTGATGTCAATCCTCAGCGCTACCAAGCATAAAGCACATGCCTTTATGT 2002
Query 2050 GTGGTCTCTTCACAGGTCCAGAACAGAGGAAACAACCAGTTCTAACGTTTGTCAGAGAGT 2109
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2003 GTGGTCTCTTCACGGGTCCAGAACAGAGGAAACAACCAGTTCTAACGTTTGTCAGAGAAT 2062
Query 2110 TTTACCAAGGGATTGATTACGAACTCGAAGAAGGAGCTGCTAGGTACTTTGTGAATGTCC 2169
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||
Sbjct 2063 TTTACCAAGGGATTGATTACGAACTCGAAGAAGGAGCTGCTAGATACTTTGTCAATGTCC 2122
Query 2170 TTCTCAACTACCTTGTCTTGATGGGTCAAATAAACCGAGCTCGATGTGTCTGGAAAGTAG 2229
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2123 TTCTCAACTACCTTGTCTTGATGGGTCAAATAAACCGAGCTCGATGTGTCTGGAAAGTAG 2182
Query 2230 CGTACGAGAACAAACTCTTTCCAAAAGCCATCGTCTTTGATCAACACATTGCTTGGTCTC 2289
| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2183 CCTACGAGAACAAACTCTTCCCAAAGGCCATCGTCTTTGACCAACACATTGCTTGGTCTC 2242
Query 2290 TCGATGTGAGAAACTTATCTGTCGGAGCTGCGCTCATAGCCGTGGTTCACACTCTCCACA 2349
||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2243 TCGATGTGAGAAACTTATCGGTTGGAGCTGCGCTCATAGCAGTGGTTCACACTCTCCACA 2302
Query 2350 GGTTCAGAAAACGAATGCTTTACTACGGAGTAGTCCCGAGACGTATAAAGCTAGTCACAG 2409
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2303 GGTTCAGAAAACGAATGCTTTACTACGGTGTAGTCCCGAGACGTATAAAGCTAGTCACAG 2362
Query 2410 GACCGACATTGAAGATTGTAATTGCTCAAATGCTGAGCTCTGTTGAGTCGCCTTTTGAAG 2469
|||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2363 GACCGACACTGAAGATTGTAATTGCTCAGGTGCTGAGCTCTGTTGAGTCGCCTTTTGAGG 2422
Query 2470 TCAGCAAAGTCGTCTTGAGGGCACCAGGAGAGTTGGTGATGGAGTGGTTCAAGAAACCGA 2529
|||||||||| |||||||| ||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2423 TCAGCAAAGTTGTCTTGAGAGCACCGGGAGATTTGGTCATGGAGTGGTTCAAGAAACCGA 2482
Query 2530 TCGTGCAACAGTTTCTTCTGAACGAGATCCCATCACGGTCTGATATATTGATGCATAAGA 2589
| ||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2483 TAGTGCAACAGTTTCTTCTGAACGAGATCCCGTCTCGGTCTGATATATTGATGCATAAGA 2542
Query 2590 TGAACGTGATGTTCCCAAGCTCGGCTCCTGAGCTTAGATCTATGTCACCTCCCAAACCAC 2649
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2543 TGAACGTGATGTTTCCAAGCTCGGCTCCTGAGCTTAGATCTATGTCACCTCCCAAACCAC 2602
Query 2650 TCATGTCATCGAAAGCGTTCTAAC 2673
||||||| |||||| |||||||||
Sbjct 2603 TCATGTCGTCGAAATCGTTCTAAC 2626
Score = 67.6 bits (36), Expect = 5e-10
Identities = 36/36 (100%), Gaps = 0/36 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 24 TTCTAAAGCCTCTGGTTTTAGGGTTTAAGCCGACGG 59
||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 TTCTAAAGCCTCTGGTTTTAGGGTTTAAGCCGACGG 36
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 103148383460
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5