BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT1G79490.1 Length=2734 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg477117 jgi|Araly1|477117|fgenesh2_kg.2__2247__AT1G79490.1 4165 0.0 > Ahg477117 jgi|Araly1|477117|fgenesh2_kg.2__2247__AT1G79490.1 Length=2650 Score = 4165 bits (2255), Expect = 0.0 Identities = 2491/2604 (96%), Gaps = 19/2604 (1%) Strand=Plus/Plus Query 76 GCCATCTCTGGAGTCCAGGTTAGAATTGATTCCTCAAATTTCAATTCTTCGCATTACATG 135 ||||| ||||||| ||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 36 GCCATATCTGGAGACCAGGTTCGGATTGATTCCTCAAATTTCAATTCTTCGCATTACATG 95 Query 136 ACCC---AATAATTCC--GTCTACATCTTCGATGATCCGTGGAAGAACCGCGAAAGTAAT 190 |||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | Sbjct 96 ACCCTATAATAATTCCTTCTCTACATCTTCGATGATCCGTGGAAGAACCGCGAAAATATT 155 Query 191 TCCCAGAAATGTCATTTTTACGCTTAGTAGGAGTTCCATTTCTGAGTCTCCATTGATTTC 250 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | || Sbjct 156 TCCCAGAAATGTCATTTTTACGCTTAGTAGGAGTTCCATTTCTGAGGCT-C--TG----- 207 Query 251 TCCGAGTCGAATAAACCCTAAATTAGCCGGTAGTTTCTCGTTCAACATCCGATTATTGAG 310 | ||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| Sbjct 208 ---G-GTCGAATAAACCCTAGATTAGCCGGTAGTTTCTCCTTCAACATCCGATTATTGAG 263 Query 311 CTATTTCACTGTTAGAAATGGCTTTTGTCCCGATTGTTCTGTACCGAGAGACCCTAATTT 370 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 264 CTATTTCACTGTTAGAAATGGCTTTTGTCCCGATTGTTCTGTACCTAGAGACCCTAATTT 323 Query 371 TGTTGGATTGACTACACAATGTCGGAGTATTGTCAGGAGGTTTTGTAGTGAAAAGATTGG 430 ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| || ||||||||||||| || Sbjct 324 TGTTGGATTGACTACACAAAGTCGGAGTATTTTCAGGAGATTGTGTAGTGAAAAGAGCGG 383 Query 431 AAGTAGTGAATCTAGTGGCTGGACAGAGGAGGTTGAGTATTTAGATGAGTCGGGTAGTGT 490 |||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 384 AAGTAGTGAATCTAGTGGCTGGACTGAAGAGGTAGAGTATTTAGATGAGTCGGGTAGTGT 443 Query 491 ACTACACAGTGGTAAGGGAATAAGATCAGTAGAGCCAGGGCTTGATGACCATGTAATGGT 550 | ||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 444 ATTACACAGCGGTAAAGGAATAAGATCAGTAGAGCCAGGGCTTGATGACCATGTAATGGT 503 Query 551 TGGTGGATTGAAGAAGCCTTACATGAATGCTTCTTCTGTTGCAAAGATTGTTGAAGTTGT 610 |||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| Sbjct 504 TGGTGGGTTGAAGAAGCCTTACATGAATGCTTCTGCTGTTGCAAAGATTGTTGAAGTTGT 563 Query 611 TCAGAGGTGGAAATGGGGACCGGAGTTGGAGACTCAGTTAGATAAACTCCAGTTTGTTCC 670 |||||||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||||| Sbjct 564 CCAGAGGTGGAAATGGGGACCCGAGTTGGAGACTCAATTGGATAAACTCCAGTTTGTTCC 623 Query 671 GAATATGGTTCATATTACGCAGTCTTTGAAGATTGTTAAAGAGGTTGATGCGGCGC-TGA 729 ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | ||| Sbjct 624 CAATATGGTTCACATTACGCAGTCTTTGAAGATTGTTAAAGAGGTTGATGCTGC-CTTGA 682 Query 730 GTCTGTTTAGGTGGGCTAAGAAGCAGCCTTGGTATCTGCCTTCGGATGAATGTTATGTCG 789 || |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| Sbjct 683 GTTTGTTTAGGTGGGCTAAGAAGCAGCCTTGGTATCTCCCTTCAGATGAATGTTATGTCT 742 Query 790 TGTTGTTTGATGGGTTGAACCAGGGAAGGGATTTTGTTGGGATTCAGTCGTTGTTTGAGG 849 ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| |||||||||| Sbjct 743 TGTTGTTTGATGGGTTGAACCAGGGCAGGGATTTTGTTGGGCTTCAGTCCTTGTTTGAGG 802 Query 850 AGATGGTTCAAGACTCGAGTAGTCACGGTGATTTGTCGTTTAACGCCTATAACCAAGTGA 909 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| || ||||||||||||| Sbjct 803 AGATGGTTCAAGACTCGAGTAGTCACGGTGATTTGTCGCTTAGTGCGTATAACCAAGTGA 862 Query 910 TTCAGTATTTGGCTAAAGCTGAGAAACTGGAGGTTGCTTTTTGTTGTTTCAAAAAGGCTC 969 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 863 TTCAGTATTTGGCTAAAGCTGAGAAACTGGAGGTTGCTTTTTGTTGTTTCAAAAAGGCTC 922 Query 970 AAGAGTCGGGATGCAAAATTGATACGCAGACATATAATAATCTAATGATGTTGTTTCTGA 1029 ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 923 AAGAGTCGGGATGCAAAATTGATACTCAGACATATAATAATCTAATGATGTTGTTTCTGA 982 Query 1030 ACAAAGGTCTCCCGTATAAGGCATTTGAGATTTATGAGAGCATGGAGAAAACTGATAGTT 1089 |||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 983 ACAAAGGTCTGCCGTATAAAGCATTTGAGATTTATGAGAGCATGGAGAAAACTGATAGTT 1042 Query 1090 TGTTGGATGGGTCAACTTATGAGCTGATAATTCCAAGCTTGGCCAAATCCGGCCGTCTTG 1149 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1043 TGTTGGATGGGTCAACTTATGAGCTGATAATTCCAAGCTTGGCCAAATCCGGCCGTCTTG 1102 Query 1150 ATGCAGCTTTCAAGCTTTTTCAGCAAATGAAAGAAAGGAAACTCCGACCAAGCTTTAGTG 1209 ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||| Sbjct 1103 ATGCAGCTTTCAAGCTTTTTCAGCAGATGAAAGAAAGGAAACTTCGACCAAGCTTTAGTG 1162 Query 1210 TGTTTTCTTCGCTTGTTGATTCAATGGGGAAAGCTGGTCGATTGGACACATCAATGAAGG 1269 |||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| Sbjct 1163 TGTTTTCTTCACTTGTTGATTCAATGGGAAAAGCTGGTCGCTTGGACACATCAATGAAGG 1222 Query 1270 TTTACATGGAAATGCAGGGATTTGGCCATAGGCCATCAGCAACTATGTTTGTTTCCTTGA 1329 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1223 TTTACATGGAAATGCAGGGATTTGGCCATAGGCCATCAGCAACTATGTTTGTTTCCTTGA 1282 Query 1330 TTGATTCATATGCTAAAGCTGGTAAGCTGGATACTGCTCTTAGGCTTTGGGATGAGATGA 1389 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1283 TTGATTCATATGCTAAAGCTGGTAAGCTGGATACTGCTCTTAGGCTTTGGGATGAGATGA 1342 Query 1390 AGAAGTCAGGTTTCAGGCCAAACTTTGGATTGTACACAATGATCATTGAATCTCATGCAA 1449 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| Sbjct 1343 AGAAGTCAGGTTTCAGGCCAAACTTTGGATTGTACACAATGATCATCGAATCTCATGCAA 1402 Query 1450 AATCAGGAAAGCTTGAAGTAGCAATGACGGTTTTCAAAGACATGGAGAAAGCTGGGTTTT 1509 |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1403 AATCAGGAAAGCTTGAAGTAGCAATGACAGTTTTCAAAGACATGGAGAAAGCTGGGTTTT 1462 Query 1510 TACCGACACCATCCACATATTCGTGTCTATTGGAGATGCATGCTGGATCTGGGCAAGTAG 1569 |||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| Sbjct 1463 TACCAACACCTTCCACATATTCGTGTCTATTGGAGATGCATGCTGGATCCGGGCAAGTAG 1522 Query 1570 ACTCTGCAATGAAAATCTATAACTCCATGACTAATGCTGGGTTAAGGCCTGGCCTGAGCA 1629 ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1523 ACTCTGCAATGAAGATCTATAACTCCATGACTAATGCTGGGTTAAGGCCTGGCCTGAGCA 1582 Query 1630 GTTATATTTCTCTTCTTACACTTCTGGCCAACAAAAGACTTGTCGATGTTGCTGGGAAGA 1689 ||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| Sbjct 1583 GTTATATCTCACTTCTTACACTTCTGGCCAACAAAAGACTCGTCGATGTTGCCGGGAAGA 1642 Query 1690 TACTACTCGAGATGAAAGCAATGGGGTATTCCGTAGATGTCTGCGCTAGCGATGTTTTGA 1749 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1643 TACTACTCGAGATGAAAGCAATGGGGTATTCCGTAGATGTCTGCGCTAGCGATGTTTTGA 1702 Query 1750 TGATATATATCAAAGATGCTTCTGTGGATCTTGCTCTGAAATGGCTTAGGTTCATGGGTT 1809 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1703 TGATATATATCAAAGATGCTTCTGTGGATCTTGCTCTGAAATGGCTTAGGTTCATGGGTT 1762 Query 1810 CTTCAGGGATCAAAACAAACAATTTTATCATCAGGCAGTTATTTGAATCATGCATGAAAA 1869 ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||| Sbjct 1763 CTTCAGGGATCAAAACAAACAATTTCATCATCAGGCAGTTATTCGAATCATGCATGAAAA 1822 Query 1870 ATGGTCTATACGATTCAGCTAGGCCTTTGCTGGAGACACTCGTGCATTCTGCTGGAAAAG 1929 ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1823 ATGGTCTATACGATTCAGCTAGGCCTTTGCTCGAGACACTCGTGCATTCTGCTGGAAAAG 1882 Query 1930 TTGACTTGGTGCTTTACACTTCGATTCTCGCCCATCTTGTCAGATGCCAAGACGAAGATA 1989 ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| Sbjct 1883 TTGACCTGGTGCTTTACACTTCGATTCTCGCCCATCTTGTCCGATGCCAAGACGAAGATA 1942 Query 1990 AAGAGAGACAATTGATGTCAATCCTCAGCGCTACCAAGCATAAAGCTCATGCCTTTATGT 2049 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| Sbjct 1943 AAGAGAGACAATTGATGTCAATCCTCAGCGCTACCAAGCATAAAGCACATGCCTTTATGT 2002 Query 2050 GTGGTCTCTTCACAGGTCCAGAACAGAGGAAACAACCAGTTCTAACGTTTGTCAGAGAGT 2109 ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | Sbjct 2003 GTGGTCTCTTCACGGGTCCAGAACAGAGGAAACAACCAGTTCTAACGTTTGTCAGAGAAT 2062 Query 2110 TTTACCAAGGGATTGATTACGAACTCGAAGAAGGAGCTGCTAGGTACTTTGTGAATGTCC 2169 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| Sbjct 2063 TTTACCAAGGGATTGATTACGAACTCGAAGAAGGAGCTGCTAGATACTTTGTCAATGTCC 2122 Query 2170 TTCTCAACTACCTTGTCTTGATGGGTCAAATAAACCGAGCTCGATGTGTCTGGAAAGTAG 2229 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2123 TTCTCAACTACCTTGTCTTGATGGGTCAAATAAACCGAGCTCGATGTGTCTGGAAAGTAG 2182 Query 2230 CGTACGAGAACAAACTCTTTCCAAAAGCCATCGTCTTTGATCAACACATTGCTTGGTCTC 2289 | ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||| Sbjct 2183 CCTACGAGAACAAACTCTTCCCAAAGGCCATCGTCTTTGACCAACACATTGCTTGGTCTC 2242 Query 2290 TCGATGTGAGAAACTTATCTGTCGGAGCTGCGCTCATAGCCGTGGTTCACACTCTCCACA 2349 ||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| Sbjct 2243 TCGATGTGAGAAACTTATCGGTTGGAGCTGCGCTCATAGCAGTGGTTCACACTCTCCACA 2302 Query 2350 GGTTCAGAAAACGAATGCTTTACTACGGAGTAGTCCCGAGACGTATAAAGCTAGTCACAG 2409 |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2303 GGTTCAGAAAACGAATGCTTTACTACGGTGTAGTCCCGAGACGTATAAAGCTAGTCACAG 2362 Query 2410 GACCGACATTGAAGATTGTAATTGCTCAAATGCTGAGCTCTGTTGAGTCGCCTTTTGAAG 2469 |||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| | Sbjct 2363 GACCGACACTGAAGATTGTAATTGCTCAGGTGCTGAGCTCTGTTGAGTCGCCTTTTGAGG 2422 Query 2470 TCAGCAAAGTCGTCTTGAGGGCACCAGGAGAGTTGGTGATGGAGTGGTTCAAGAAACCGA 2529 |||||||||| |||||||| ||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||| Sbjct 2423 TCAGCAAAGTTGTCTTGAGAGCACCGGGAGATTTGGTCATGGAGTGGTTCAAGAAACCGA 2482 Query 2530 TCGTGCAACAGTTTCTTCTGAACGAGATCCCATCACGGTCTGATATATTGATGCATAAGA 2589 | ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2483 TAGTGCAACAGTTTCTTCTGAACGAGATCCCGTCTCGGTCTGATATATTGATGCATAAGA 2542 Query 2590 TGAACGTGATGTTCCCAAGCTCGGCTCCTGAGCTTAGATCTATGTCACCTCCCAAACCAC 2649 ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2543 TGAACGTGATGTTTCCAAGCTCGGCTCCTGAGCTTAGATCTATGTCACCTCCCAAACCAC 2602 Query 2650 TCATGTCATCGAAAGCGTTCTAAC 2673 ||||||| |||||| ||||||||| Sbjct 2603 TCATGTCGTCGAAATCGTTCTAAC 2626 Score = 67.6 bits (36), Expect = 5e-10 Identities = 36/36 (100%), Gaps = 0/36 (0%) Strand=Plus/Plus Query 24 TTCTAAAGCCTCTGGTTTTAGGGTTTAAGCCGACGG 59 |||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1 TTCTAAAGCCTCTGGTTTTAGGGTTTAAGCCGACGG 36 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 103148383460 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5