BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G79540.1
Length=2594
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg477122 jgi|Araly1|477122|fgenesh2_kg.2__2252__AT1G79540.1 4100 0.0
> Ahg477122 jgi|Araly1|477122|fgenesh2_kg.2__2252__AT1G79540.1
Length=2579
Score = 4100 bits (2220), Expect = 0.0
Identities = 2477/2599 (95%), Gaps = 26/2599 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGAAACCACAGATGTTCTTTCGATCAGTCATTCAGTTCTATTCAAAGCCGTCATGGATG 60
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGAAACCACAGATGTTCTTTCGATCAGTCATTCAGTTCTATTCAAAGCCGTCATGGATG 60
Query 61 CAACGTTCCTACTCTTCCGGTAACGCCGAATTCAATATCTCCGGCGAGGTCATCAGCATT 120
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 CAACGTTCCTACTCTTCCGGTAACGCCGAATTCAATATCTCCGGCGAGGTCATCAGCATT 120
Query 121 CTAGCTAAGAAGAAACCTATAGAGCCTGCTTTGGAGCCGCTTGTTCCGTTTCTCTCGAAG 180
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 CTAGCTAAGAAGAAACCTATAGAGCCTGCTTTAGAGCCGCTTGTTCCGTTTCTCTCGAAG 180
Query 181 AATATCATCACATCGGTAATCAAAGATGAGGTCAATAGACAATTAGGATTCCGttttttt 240
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 AATATCATCACATCGGTAATCAAAGAGGAGGTCAATCGACAATTAGGATTCCGTTTTTTT 240
Query 241 ATATGGGCGTCGAGAAGAGAGCGTCTCAGGAGCCGAGAGTCTTTTGGTTTGGTCATCGAT 300
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 ATATGGGCGTCGAGAAGAGAGCGTCTCAGGAGCGGAGAGTCTTTTGGTTTGGTCATCGAT 300
Query 301 ATGCTCTCTGAAGATAATGGTTGCGATCTATATTGGCAGACATTGGAGGAGCTTAAATCT 360
|||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 ATGCTCTCTGAAGATAATGGGTGCGATCTATACTGGCAGACATTGGAGGAGCTTAAATCT 360
Query 361 GGTGGCGTCTCTGTCGATTCTTATTGCTTCTGTGTTTTGATCTCTGCTTATGCTAAGATG 420
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||
Sbjct 361 GGAGGCGTCTCTGTCGATTCTTATTGCTTCTGTGTTCTGATCTCGGCTTATGCTAAGATG 420
Query 421 GGTATGGCGGAAAAAGCAGTGGAATCGTTTGGAAGGATGAAGGAGTTTGATTGCAGACCC 480
||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 421 GGTTTGGCGGAGAAAGCAGTGGAATCGTTTGGAAGGATGAAGGAGTTTGACTGCAGACCC 480
Query 481 GATGTGTTCACGTACAACGTGATATTGCGAGTCATGATGCGAGAGGAGGTCTTCTTTATG 540
||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||| || ||||||||||||
Sbjct 481 GATGTGTTCACCTACAACGTGATATTGCGAATCATGATGCGAGAAGATGTCTTCTTTATG 540
Query 541 CTGGCTTTTGCTGTGTACAATGAAATGCTCAAGTGCAATTGTTCCCCAAATCTATACACG 600
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 541 TTGGCTTTTGCTGTGTACAATGAAATGCTCAAGTGTAATTGTTCCCCAAATCTATACACG 600
Query 601 TTTGGTATCTTGATGGATGGATTGTATAAGAAAGGGAGAACGAGTGATGCACAGAAGATG 660
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 601 TTTGGTATCTTGATGGATGGATTGTATAAGAAAGGAAGAACGAGTGATGCACAGAAGATG 660
Query 661 TTCGACGATATGACCGGTAGAGGAATTTCGCCTAACAGAGTTACCTATACCATTCTCATT 720
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 661 TTCGACGATATGACCGGTAGAGGAATTTCGCCTAACAGAGTTACCTATACCATTCTCATT 720
Query 721 TCAGGTTTGTGTCAGAGGGGAAGTGCTGACGATGCACGAAAGCTATTCTACGAGATGCAA 780
||||||||||||||||| |||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 721 TCAGGTTTGTGTCAGAGAGGAAGTCCTGAAGATGCACGAAAGCTATTCTACGAGATG-AA 779
Query 781 A-CGAGCGGTAACTATCCTGATTCCGTCGCACACAATGCTTTGCTTGATGGGTTTTGTAA 839
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 780 AGCGAGCGGTAACTATCCTGATTCCGTCGCACACAATGCTTTGCTTGATGGGTTTTGTAA 839
Query 840 ATTGGGTCGGATGGTTGAAGCATTTGAGCTGTTGCGGCTTTTTGAGAAAGATGGTTTTGT 899
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 840 ATTAGGTCGGATGGTTGAAGCATTTGAGCTGTTGCGGCTTTTTGAGAAAGATGGTTTTGT 899
Query 900 GCTTGGTCTTCGAGGTTATAGCAGTTTAATCGATGGATTGTTCAGAGCTAGGAGATACAC 959
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 900 GCTTGGTCTTCGAGGTTATAGCAGTCTAATCGATGGATTGTTCAGAGCTAGGAGATACAC 959
Query 960 TCAGGCATTTGAGCTGTATGCAAATATGCTGAAGAAGAATATTAAACCTGACATCATTTT 1019
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 960 TCAGGCATTTGAGCTGTATGCAAATATGCTGAAGAGGAATATTAAACCTGACATCATTTT 1019
Query 1020 GTACACGATATTGATTCAAGGGTTATCTAAAGCCGGTAAGATTGAGGATGCATTGAAGCT 1079
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1020 GTACACGATATTGATTCAAGGGTTATCTAAAGCCGGTAAGATTGAGGATGCATTGAAGCT 1079
Query 1080 GTTAAGCAGCATGCCAAGTAAGGGCATTAGCCCAGATACCTACTGTTACAATGCTGTTAT 1139
|||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1080 GTTACGCAGCATGCCAAGTAAGGGCATTACCCCAGATACCTACTGCTACAATGCTGTTAT 1139
Query 1140 AAAGGCTCTATGTGGGAGGGGACTTTTGGAAGAGGGTCGGTCCCTCCAACTCGAAATGTC 1199
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1140 AAAGGCTCTATGTGGGAGGGGACTTTTGGAAGAGGGTCGGTCCCTCCAACTCGAGATGTC 1199
Query 1200 AGAAACGGAATCCTTCCCTGATGCGTGCACACACACAATTCTTATCTGTAGTATGTGCAG 1259
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||
Sbjct 1200 AGAAACGGAATCCTTCCCTGATGCGTGCACACACACAATTCTTATTTGTAGCATGTGCAG 1259
Query 1260 GAATGGGCTGGTTAGGGAAGCTGAAGAAATTTTTACGGAGATTGAGAAGAGTGGTTGTTC 1319
|||||||||||| ||| |||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1260 GAATGGGCTGGTAAGGAAAGCCGAAGAAATTTTTTTGGAGATTGAGAAGAGTGGTTGTTC 1319
Query 1320 TCCTTCGGTTGCTACGTTCAATGCTTTAATTGATGGACTGTGCAAGTCCGGTGAGCTCAA 1379
||||||||||||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1320 TCCTTCGGTTGCTACTTTTAATGCTTTAATCGATGGACTGTGCAAGTCCGGTGAGCTCAA 1379
Query 1380 GGAAGCCAGGTTATTGTTGCATAAAATGGAGGTCGGGAGACCTGCTTCCTTGTTTCTTAG 1439
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1380 GGAAGCCAGGTTATTGTTGCATAAAATGGAGGTCGGGAGACCTGCTTCCTTGTTTCTAAG 1439
Query 1440 GCTTTCGCACAGTGGAAACCGGAGTTTTGACACCATGGTTGAATCCGGTTCGATTCTCAA 1499
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||
Sbjct 1440 GCTTGCGCACAGTGGAAACCGGAGTTTTGACACCATGGTTCAATCTGGTTCGATTCTCAA 1499
Query 1500 GGCATACAGGGATCTTGCACATTTTGCTGATACCGGGAGTTCGCCAGACATTGTTTCTTA 1559
|||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1500 GGCATACAAGAATCTTGCACATTTTGCTGATACCGGGAATTCGCCAGACATTGTTTCTTA 1559
Query 1560 CAATGTTCTTATAAATGGGTTCTGCAGAGCAGG-AGACATTGACGGTGCTCTCAAGCTTC 1618
||||||||||||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1560 CAATGTTCTTATAAACGGGTTCTGCAGAG-AGGGAGACATTGACGGTGCTCTCAAGCTTC 1618
Query 1619 TCAATGTGCTTCAACTAAAGGGATTATCCCCTGATAGCGTCACTTACAACACTCTCATCA 1678
|||||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1619 TCAATGTGCTTCAACTAAAGGGTTTATCCCCTGACAGTGTCACTTACAACACTCTCATCA 1678
Query 1679 ATGGACTTCATAGAGTCGGCAGAGAAGAAGAAGCTTTTAAACTCTTTTACGCTAAAGATG 1738
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1679 ACGGACTTCATAGAGTCGGCAGAGAAGAAGAAGCTTTTAAACTCTTTTATGCTAAAGATG 1738
Query 1739 ATTTTAGACACAGTCCCGCGGTTTACAGATCGCTCATGACATGGTCATGTCGGAAAAGAA 1798
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1739 ATTTTAGACACAGTCCTGCGGTTTACAGATCGCTCATGACATGGTCATGTCGAAAAAGAA 1798
Query 1799 AAG-TCTTGGTGGCTTTTAATCTATGGATGAAATACCTTAAGAAGATATCTTGTCTGGAT 1857
| | |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||
Sbjct 1799 A-GCTCTTGGTGGCTTTTAATCTATGGATGAAATACCTAAAGAAGATATCTTGCCTGGAT 1857
Query 1858 GATGAAACAGCTAATGAGATTGAACAATGTTTCAAGGAAGGGGAAACCGAGAGAGCTTTA 1917
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1858 GATGAAACAGCTAATGAGATTGAACAATGTTTCAAGGAAGGGGAAACCGAGAGAGCTTTA 1917
Query 1918 AGACGACTTATTGAATTAGATACCAGAAAAGACGAGTTAACTTTAGGGCCTTACACGATA 1977
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1918 AGACGACTTATTGAATTGGATACCAGAAAAGACGAGTTAACGTTAGGGCCTTACACGATA 1977
Query 1978 TGGCTTATCGGGTTATGCCAATCAGGGAGATTTCACGAGGCCTTGATGGTGTTTTCGGTT 2037
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1978 TGGCTGATCGGGTTATGCCAATCAGGGAGATTTCACGAGGCCTTGATGGTGTTTTCGGTT 2037
Query 2038 TTAAGGGAGAAGAAGATCCTTGTAACACCTCCGAGCTGTGTCAAACTGATTCATGGACTC 2097
||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2038 TTAAGGGAGAAGAAGATCCTTGTCACACCTCCGAGTTGTGTCAAACTGATTCATGGACTC 2097
Query 2098 TGCAAAAGAGAACAACTTGATGCTGCAATAGAGGTGTTCTTATACACTCTAGATAACAAC 2157
||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2098 TGCAAAAGAGAACAACTTGATGCAGCAATAGATGTGTTCTTATACACTCTAGATAACAAC 2157
Query 2158 TTCAAGCTGATGCCTAGAGTTTGCAACTACCTCCTAAGCTCCCTCCTGGAATCAACAGAA 2217
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| | ||||
Sbjct 2158 TTCAAGCTGATGCCTAGAGTTTGCAACTACCTCCTAAGCTCCCTCCTCCAATCTAGAGAA 2217
Query 2218 AAGATGGAGATTGTTTCGCAACTTACAAACAGAATGGAACGTGCAGGGTACAATGTTGAC 2277
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2218 AAGATGGAGATTGTTTCGCAACTTACAAACAGAATGGAACGTGCAGGGTACGATGTTGAC 2277
Query 2278 TCGATGCTTCGATTCGAGATTTTGAAATATCATAGACATAGAAAGCAGGTGCTGATAGAT 2337
|||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2278 TCGATGCTTCGATTCGAGCTTTTGAAACATCATAGATATAGAAAGCAGGTCCTGATAGAT 2337
Query 2338 CTTTAGGTAATGAAATGATTAT-TAAAGGTTTATCTACATCCGGATTCATAGGCATTAGT 2396
||||||||||||||||||| | ||||||| ||||||||||||||||||| ||| ||
Sbjct 2338 CTTTAGGTAATGAAATGAT-ACGTAAAGGTATATCTACATCCGGATTCATTGGCGCCGGT 2396
Query 2397 TTTGTGGAGAAGAGAAATATGAGTTTTGATTCGAATCTCTTTACCTTAACACTACATTAG 2456
||||| |||||||||||| ||||||||||||| | |||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2397 TTTGTCGAGAAGAGAAATTTGAGTTTTGATTC-AGTCTCTTTACCTTAACATTACATTAG 2455
Query 2457 AATAGAAAAATCTCTGGAACCGGAAGCTCTTTGAGGAAAAGGAAAAGGAAAAAT-ATGAG 2515
| ||||| ||||||||||| | | | || ||| ||||||||||||| |||||
Sbjct 2456 AGTAGAAGAATCTCTGGAA--G-A-G------GA--AAA-GGAAAAGGAAAAAACATGAG 2502
Query 2516 GTTTATACGTAAATGCTTTGTATGCTTTATT-GTTCATGAAGTTTTTCCTTATCTTTATT 2574
||| ||||||||||||||| | | | | | ||| ||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2503 GTT-ATACGTAAATGCTTTATTTA-TAGAGTCGTTTTTGAAGATTTTCCTTATCTTTATT 2560
Query 2575 GTACACTGATTTGTTTTGT 2593
||||||||||||||| |||
Sbjct 2561 GTACACTGATTTGTTATGT 2579
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 97815749160
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5