BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G79560.1
Length=3486
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg927376 jgi|Araly1|927376|scaffold_202937.1 3893 0.0
> Ahg927376 jgi|Araly1|927376|scaffold_202937.1
Length=3029
Score = 3893 bits (2108), Expect = 0.0
Identities = 2302/2394 (96%), Gaps = 20/2394 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 182 CATGGAGATTGCAATTTCGTATAAACCGAATCCGCTTATCTCTTCATCGACTCAGTTGTT 241
||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||||
Sbjct 24 CATGGAGATAGCAATTTCGTATAAGCCGAATCCGCTTATCTCTTCGTCGACTCAATTGTT 83
Query 242 GAAAAGATCA-AAAAGTTTTGGTCTTGTTCGGTTTCCCGCCAAGTATGGACTGGGAGCTA 300
||||||| || |||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 84 GAAAAGA-CATGAAAGTTCTGGTCTTGTTCTGTTTCCCGCCAAGTATGGACTGGGAGCTA 142
Query 301 CCCGGAAAAAACAGCTCTTTCGAGTCTATGCGTCTGAAAGTAGTAGTGGGTCTTCATCTA 360
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 143 CCCGGAAAAAACAGCTCTTTCGAGTCTACGCGTCTGAAAGTAGTAGTGGGTCTTCATCTA 202
Query 361 ATAGCGATGGAGGCTTTTCGTGGGTGAGATTGGCTCAGTCTATTCGCCTTGGTGCCGAGC 420
||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||| ||||||| ||||
Sbjct 203 ATAACGATGGAGGCTTTTCGTGGGTGAGATTGGCGCAGTCTCTTCGCGTTGGTGCGGAGC 262
Query 421 GGATTGGGGAGAAGATTGGAGAATCTGTGAAGACA-GAAATTGGGTTTGACTCGGAAGAA 479
|||||||||||||||||||||| |||||||||| | ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 263 GGATTGGGGAGAAGATTGGAGAGTCTGTGAAGA-AGGAAATTGGGTTTGACTCGGAAGAA 321
Query 480 GCAAGTGGGAGAGTGAATGAGTATGTGGCTCGAGTTAAGGATAGTGTGCACAAGGGCCAT 539
||||||| ||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| | |
Sbjct 322 GCAAGTGCGAGAGTGGGTGAGTATGTGGGTCGAGTTAAGGATAGTGTGCACAA--G---T 376
Query 540 CACGAGCTGACTCGCTTTAAGAATGAGACAGTGCCTTCGTTTATTGATTGGAACAAGTGG 599
||| ||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 377 -------TGAATCGCTTTAAGACTGAGACAGTGCCTTCCTTTATTGATTGGAACAAGTGG 429
Query 600 GAGCATTGGAAGGACATCAGGAATTGGGACGGTAAACGAGTTGCTGCCTT-GTTCATATA 658
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| | |||||||
Sbjct 430 GAGCATTGGAAGGACATTAGGAATTGGGACGGTAAACGACTTGCTGCCTTAG-TCATATA 488
Query 659 TGCTTTTGCGCTGTTACTT-TCTTGTCAAAGAGTTTATGTTGCCATCCAAGCTCCTCGGG 717
|||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 489 TGCTTTTGCGCTGTTA-TTCTCTTGTCAAAGAGTTTATGTTGCCATCCAAGCTCCTCGAG 547
Query 718 TAGAACGAGAGAGAAGAGAGTTAACAGAGTCTTTTATGGAGGCTTTGATCCCCGAGCCAT 777
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 548 TGGAACGAGAGAGAAGAGAGTTAACAGAGTCTTTTATGGAGGCTTTGATCCCCGAGCCAT 607
Query 778 CTCCTGGAAATATAGAAAAGTTCAAGAGAAATATGTGGAGGAAAGCAACACCTAAAGGCT 837
||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 608 CTCCTGGCAATATAGAAAAGTTTAAGAGAAATATGTGGAGGAAAACAACACCTAAAGGCT 667
Query 838 TGAAATTAAAAAGGTTCATTGAAGCGCCTGATGGAACACTTGTCCACGATAGTTCTTATG 897
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 668 TGAAACTAAAAAGGTTCATTGAAGCGCCTGATGGAACACTTGTCCACGATAGTTCTTATG 727
Query 898 TTGGAGAAAATGCGTGGGATGACGATCTAGAGACCACAGAGGGATCTCTCAAGAAAATAA 957
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 728 TTGGAGAAAATGCGTGGGATGAGGATCTAGAGACCACGGAGGGATCTCTCAAGAAAATAA 787
Query 958 TTGGTAGAAATGCTAGGATTCAGACAGAGGCAAAGAAGAAACTAAGCCAAGATCTGGGTG 1017
||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 788 TTGATAAAAATGCTAGGATTCAGACAGAGGCAAAGAAGAAACTAAGCCAAGATCTTGGTG 847
Query 1018 TCTCTGGTGAAATTGGAGACAGTGTAGGTAATTGGCGGGAAAGGCTTGCAACCTGGAAGG 1077
||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 848 TCTCTGGTGAAATTGAAGACAGTGTAGGTACTTGGCGGGAAAGGCTTGCAACCTGGAAGG 907
Query 1078 AAATGTTAGAACGAGAAAAATTATCAGAACAGTTAAACTCCTCAGCGGCGAAGTATGTGG 1137
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| |
Sbjct 908 AAATGTTAGAACGAGAAAAAATATCAGAACAGTTAAACTCCTCAACGGCAAAGTATGTTG 967
Query 1138 TTGAATTTGATATGAAAGAGGTAGAGAAAAGTCTTCGCGAAGATGTTATTGGAAGGACAT 1197
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||
Sbjct 968 TTGAATTTGATATGAAAGAGGTAGAGAAAAGTCTTCGCAAAGATGTTATTGAAAGGACAT 1027
Query 1198 CTGAAACTGAGGGAACTAGAGCTCTCTGGATATCAAAGAGATGGTGGCGATATCGCCCTA 1257
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1028 CTGAAACTGAGGGAACTAGAGCTCTCTGGATATCAAAGAGATGGTGGCGATATCGCCCTA 1087
Query 1258 AGCTTCCCTATACCTACTTCCTTCAGAAGCTTGATTCTTCTGAGGTTGCAGCTGTTGTTT 1317
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1088 AGCTTCCCTATACCTACTTCCTTCAGAAGCTTGATTCTTCTGAGGTTGCAGCTGTTGTCT 1147
Query 1318 TCACGGAAGACCTAAAGAGATTGTATGTGACCATGAAAGAAGGTTTCCCTCTAGAATATA 1377
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1148 TCACGGAAGACCTAAAGAGATTGTATGTGACCATGAAAGAAGGCTTCCCTCTAGAATATA 1207
Query 1378 TTGTTGACATTCCCTTAGATCCTTACTTGTTTGAGACTATTTGCAACGCCGGAGTTGAGG 1437
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1208 TTGTTGACATTCCCTTAGATCCTTACTTGTTTGAGACTATTTGCAATGCCGGAGTTGAGG 1267
Query 1438 TGGATCTTCTTCAGAAGAGGCAGATCCACTACTTCATGAAAGTTTTCATTGCACTTCTGC 1497
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1268 TGGATCTTCTTCAAAAGAGGCAGATCCACTACTTCATGAAAGTGTTCATTGCACTTCTGC 1327
Query 1498 CGGGGATACTAATTTTATGGTTTATAAGAGAATCTGCCATGCTTCTCCTTATCACATCCA 1557
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1328 CGGGGATACTAATTTTATGGTTTATAAGAGAATCTGCCATGCTTCTCCTCATCACATCCA 1387
Query 1558 AGCGCTTTCTCTACAAGAAGTATAATCAGCTGTTTGATATGGCTTATGCAGAAAATTTTA 1617
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1388 AGCGCTTTCTCTACAAGAAGTATAATCAGCTGTTTGATATGGCTTATGCAGAAAATTTTA 1447
Query 1618 TATTGCCGGTTGGAGATGTCAGTGAGACAAAATCAATGTATAAGGAAGTGGTACTAGGCG 1677
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1448 TATTGCCGGTTGGAGATGTCAGTGAGACAAAATCAATGTATAAGGAAGTGGTACTAGGTG 1507
Query 1678 GTGATGTCTGGGATCTTCTTGATGAGCTAATGATCTACATGGGGAACCCAATGCAATACT 1737
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1508 GTGATGTTTGGGATCTTCTTGATGAGCTAATGATCTACATGGGAAACCCAATGCAATACT 1567
Query 1738 ATGAAAAAGATGTGGCTTTTGTCAGGGGTGTGCTTCTTTCTGGACCTCCTGGAACTGGAA 1797
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1568 ATGAAAAAGATGTGGCTTTTGTCAGGGGTGTGCTTCTTTCTGGACCTCCTGGAACTGGAA 1627
Query 1798 AAACACTTTTTGCGCGAACACTTGCAAAGGAAAGTGGGCTACCATTTGTGTTTGCATCTG 1857
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1628 AAACACTTTTTGCGCGAACACTTGCAAAGGAAAGTGGGCTACCATTTGTGTTTGCATCTG 1687
Query 1858 GTGCGGAGTTCACAGACAGTGAAAAAAGTGGTGCTGCAAAGATCAATGAGATGTTTTCAA 1917
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1688 GTGCGGAGTTCACAGACAGTGAAAAAAGTGGTGCTGCAAAGATCAATGAGATGTTTTCAA 1747
Query 1918 TCGCGAGACGAAATGCCCCTGCTTTTGTGTTTGTGGATGAAATAGATGCTATTGCTGGTA 1977
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1748 TCGCGAGACGAAATGCACCTGCTTTTGTGTTTGTGGATGAAATAGATGCTATTGCTGGTA 1807
Query 1978 GACATGCTAGAAAAGATCCACGGAGAAGAGCAACTTTTGAAGCTTTAATTGCGCAACTCG 2037
||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1808 GACATGCTAGAAAAGATCCGCGAAGAAGAGCAACTTTTGAAGCTTTAATTGCGCAGCTCG 1867
Query 2038 ATGGGGAGAAAGAGAAGACAGGTATCGATAGGTTTTCTTTGAGACAAGCTGTGATATTTA 2097
| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1868 ACGGGGAGAAGGAGAAGACAGGTATCGATAGGTTTTCTTTGAGACAAGCTGTGATATTTA 1927
Query 2098 TCTGTGCTACCAATAGACCTGATGAACTCGACCTTGAGTTTGTCCGTTCTGGCCGTATTG 2157
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1928 TCTGTGCTACCAATAGGCCTGATGAACTCGACCTTGAGTTTGTCCGTTCTGGACGTATTG 1987
Query 2158 ACCGTCGGCTGTATATTGGGTTGCCTGATGCAAAGCAAAGGGTGCAAATATTTGGAGTTC 2217
||||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1988 ACCGTCGCCTGTATATTGGTTTGCCTGATGCAAAACAAAGGGTGCAAATATTTGGTGTTC 2047
Query 2218 ACAGTGCTGGGAAGAACCTTGCAGAAGATATAGACTTTGGGAAGCTTGTTTTTCGAACGG 2277
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||
Sbjct 2048 ACAGTGCCGGGAAGAACCTTGCAGAAGATATAGACTTCGGAAAGCTTGTTTTTCGTACGG 2107
Query 2278 TTGGCTTTTCCGGGGCAGATATCCGGAATCTTGTTAACGAAGCGGCTATAATGTCGGTAA 2337
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2108 TTGGCTTTTCCGGGGCAGATATCCGGAATCTTGTTAACGAAGCAGCTATAATGTCGGTAA 2167
Query 2338 GGAAGGGACGTTCTTACATATATCAACAAGACATTGTTGATGTGTTAGATAAACAATTGC 2397
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2168 GGAAGGGACGTTCTTACATATATCAACAAGACATTGTTGATGTGTTAGATAAACAATTGC 2227
Query 2398 TCGAGGGTATGGGTGTACTTCTTACAGAGGAAGAGCAACAGAAATGTGAACAAAGTGTAT 2457
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2228 TCGAGGGTATGGGTGTGCTTCTTACAGAGGAAGAGCAACAAAAATGTGAACAAAGTGTAT 2287
Query 2458 CTTACGAAAAGAAGAGACTTCTGGCTGTTCATGAGGCTGGTCATATAGTGTTGGCTCATT 2517
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2288 CTTACGAAAAGAAGAGACTCCTGGCTGTTCATGAGGCTGGTCATATAGTGTTGGCTCATT 2347
Query 2518 TGTTTCCTCGATTTGACTGGCATGCATTTTCGCAGCTCCTTCCTGGTGGCAAGG 2571
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2348 TGTTTCCTCGATTTGACTGGCATGCATTTTCGCAGCTCCTTCCTGGTGGAAAGG 2401
Score = 1050 bits (568), Expect = 0.0
Identities = 606/625 (97%), Gaps = 0/625 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 2605 ACATGGTAGACCAAGGGTATACCACGTTTGGTTATATGAAAATGCAAATGGTGGTAGCTC 2664
||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2405 ACATGGTCGACCAAGGTTATACCACGTTTGGTTATATGAAAATGCAAATGGTGGTAGCTC 2464
Query 2665 ATGGTGGACGCTGTGCTGAACGTGTGGTTTTTGGCGATAATGTCACTGATGGAGGAAAAG 2724
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2465 ATGGTGGACGCTGTGCTGAACGTGTGGTTTTTGGCGACGATGTCACTGATGGAGGAAAAG 2524
Query 2725 ATGACCTGGAGAAGATAACAAAAATTGCCAGGGAGATGGTGATTAGCCCTCAAAGTGCGA 2784
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||
Sbjct 2525 ATGACCTGGAGAAGATAACAAAAATTGCCAGGGAGATGGTGATTAGCCCCCAAAATGCGA 2584
Query 2785 GATTAGGTCTCACTCAACTTGTAAAAAAGATTGGAATGGTGGATTTACCAGATAACCCAG 2844
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2585 GATTAGGTCTCACTCAACTTGTAAAAAAGATTGGAATGGTGGATTTACCAGATAACCCAG 2644
Query 2845 ACGGCGAGCTGATAAAATACCGGTGGGACCATCCTCATGTAATGCCAGCAGAGATGTCGG 2904
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||
Sbjct 2645 ACGGTGAGCTGATAAAATACCGGTGGGACCATCCTCATGTACTGCCAGCAGATATGTCGG 2704
Query 2905 TAGAAGTATCCGAGCTATTCACCCGTGAGTTGACAAGGTATATCGAGGAGACTGAAGAAC 2964
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2705 TTGAAGTATCCGAGCTATTCACCCGTGAGTTGACAAGGTATATTGAGGAGACTGAAGAAC 2764
Query 2965 TTGCGATGAATGCTCTGAGAGCAAACAGGCACATTCTGGACTTAATCACCAGAGAGTTAT 3024
|||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2765 TTGCAATGAATGCTCTGAGAGCAAACAGACACATTCTGGACTTGATCACCAGAGAGTTAT 2824
Query 3025 TAGAAAAATCAAGGATTACTGGATTGGAAGTGGAAGAGAAAATGAAGGATCTTTCTCCGT 3084
| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2825 TGGAAAAGTCAAGGATTACTGGATTGGAAGTGGAAGAGAAAATGAAGGATCTTTCTCCGT 2884
Query 3085 TAATGTTTGAGGATTTTGTGAAGCCATTCCAGATAAACCCTGATGATGAGGAGCTTTTAC 3144
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2885 TAATGTTTGAGGACTTTGTGAAGCCATTCCAGATAAACCCTGATGATGAGGAACTTTTAC 2944
Query 3145 CTCACAAGGATCGAGTGAGCTATCAGCCAGTTGATTTACGTGCTGCGCCACTCCACAGAA 3204
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2945 CTCACAAGGATCGAGTGAGCTATCAGCCAGTTGATTTACGTGCTGCGCCACTCCACAGAA 3004
Query 3205 GCTAGAAGCTTTACTCTTATCCTGT 3229
|||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 3005 GCTAGAAGCTTTACTCTTCTCCTGT 3029
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 131641145007
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5