BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G79610.1
Length=1943
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg909600 jgi|Araly1|909600|Al_scaffold_0002_2681 2756 0.0
> Ahg909600 jgi|Araly1|909600|Al_scaffold_0002_2681
Length=1611
Score = 2756 bits (1492), Expect = 0.0
Identities = 1573/1612 (98%), Gaps = 5/1612 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 120 ATGTCGTCGGAGCTGCAGATTTCGCCGGCGATTCACGACCCGCAAGGTCAAGAGAAGCAG 179
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGTCGTCGGAGCTGCAGATTTCGCCGGCGATTCACGACCCGCAAGGTCAAGAGAAGCAG 60
Query 180 CAGCAAGCCGCCGGAGTCGGGATTTTGCTTCAGATCATGATGCTTGTCCTCTCTTTTGTA 239
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 61 CAGCAAGCCGCCGGAGTCGGGATTTTGCTTCAGATCATGATGCTCGTCCTCTCTTTTGTA 120
Query 240 CTCGGTCATGTCCTTCGCCGTCATAAGTTCTATTATCTACCTGAAGCTAGTGCTTCTCTT 299
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 CTCGGTCATGTCCTTCGCCGTCATAAGTTCTATTACCTACCTGAAGCTAGTGCTTCTCTT 180
Query 300 CTAATTGGGCTGATCGTTGGTGGTTTAGCGAACATCTCGAACACGGAGACTAGCATAAGG 359
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 CTAATCGGGCTGATCGTTGGTGGTTTAGCGAACATCTCGAACACGGAGACTAGCATAAGG 240
Query 360 ACATGGTTCAATTTCCACGATGAGTTCTTCTTTCTGTTTCTGCTGCCTCCCATCATATTC 419
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 ACATGGTTCAATTTCCACGACGAGTTCTTCTTTCTGTTTCTGCTGCCTCCCATCATATTC 300
Query 420 CAGTCAGGCTTCAGTTTACAACCTAAACCTTTCTTCTCAAACTTTGGAGCCATTGTCACT 479
|||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 CAGTCAGGCTTCAGCCTACAACCTAAACCTTTCTTTTCAAACTTTGGAGCCATTGTCACT 360
Query 480 TTTTCAGTGCTTGGAACTTTTGTAGCTTCCATGGTTACTGGATTGCTTGTGTACCTTGGC 539
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||
Sbjct 361 TTTTCAGTTCTTGGAACTTTTGTAGCTTCCATGGTTACTGGAGTGCTAGTGTACCTTGGC 420
Query 540 GGTGTGATGTTTCTCATGTACAGACTTCCATTCGTCGAGTGTCTCATGTTTGGCTCTCTT 599
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 421 GGTGTGATGTTTCTCATGTACAGACTTCCATTCGTTGAGTGTCTCATGTTTGGCTCTCTT 480
Query 600 ATCTCAGCCACTGATCCTGTCACTGTATTGTCGATATTTCAGGAACTTGGTTCAGATGTA 659
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 481 ATCTCAGCCACTGATCCTGTCACTGTATTGTCGATATTTCAGGAACTTGGTTCTGATGTA 540
Query 660 AATTTGTATGCCCTGGTGTTTGGAGAATCAGTTTTAAATGATGCTATGGCGATATCTCTG 719
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 541 AATTTGTATGCCTTGGTGTTTGGAGAATCAGTTTTAAATGATGCTATGGCGATATCTCTG 600
Query 720 TACAGGACAATGTCCTTGGTGAGAAGTCATTCCTCTGGACAGAATTTCTTTATGGTGATA 779
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 601 TACAGGACAATGTCCTTGGTGAGAAGTCATTCCTCCGGACAGAATTTCTTTATGGTGATA 660
Query 780 GTCAGGTTTCTCGAAACGTTTGTCGGTTCAATGTCTGCAGGCGTTGGAGTTGGATTCACC 839
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 661 GTCAGGTTTCTCGAAACGTTTGTCGGTTCAATGTCTGCAGGCGTTGGAGTTGGATTCACC 720
Query 840 TCTGCTCT---CCTATTCAAGTATGCAGGACTGGATGTTGACAATCTACAGAACTTGGAG 896
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 721 TCTGCTCTACACCTATTCAAGTATGCAGGACTGGATGTTGACAATCTACAGAACTTGGAG 780
Query 897 TGCTGTCTCTTCGTACTTTTTCCATATTTCTCTTACATGCTTGCTGAAGGTCTCAGTCTA 956
|||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 781 TGCTGTCTCTTCGTGCTTTTTCCATATTTCTCATACATGCTTGCTGAAGGTCTCAGTCTA 840
Query 957 TCTGGCATCGTATCGATTCTATTTACAGGGATTGTCATGAAACATTATACCTACTCAAAC 1016
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 841 TCTGGCATCGTATCGATTCTATTTACAGGGATTGTCATGAAACATTATACCTACTCAAAC 900
Query 1017 TTGTCTGCAAATTCTCAGCGATTTGTGTCTGCATTTTTCCATCTGATATCTTCACTGGCA 1076
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 901 TTGTCTGCAAATTCTCAGCGATTTGTGTCTGCATTTTTCCATCTGATATCTTCACTGGCA 960
Query 1077 GAGACATTTGTGTTCATCTACATGGGTTTTGATATTGCCATGGAAAAGCATAGTTGGTCA 1136
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 961 GAGACTTTTGTGTTCATCTACATGGGTTTTGATATTGCCATGGAAAAGCATAGTTGGTCA 1020
Query 1137 CACTTGGGATTCATAtttttttCTATTTTATTTATCGTAATTGCAAGGGCAGCTAATGTG 1196
|||||||||||||| || || |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1021 CACTTGGGATTCATCTTATTCTCTATTTTATTTATAGTAATAGCAAGGGCAGCTAATGTG 1080
Query 1197 TTTGGTTGTGGATATTTGGTCAATCTGGCACGACCTGCTCATAGGAAAATACCAATGACA 1256
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1081 TTTGGTTGTGGATATTTGATCAATCTGGCACGACCTGCTCATAGGAAAATACCAATGACG 1140
Query 1257 CATCAAAAAGCACTTTGGTACAGTGGACTTCGAGGTGCTATGGCATTTGCTCTTGCTCTG 1316
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1141 CATCAAAAAGCACTTTGGTACAGTGGACTTCGAGGTGCTATGGCTTTTGCTCTTGCTCTA 1200
Query 1317 CAATCTGTTCACGATCTTCCAGAAGGACATGGTCAAACTATATTCACTGCAACTACAGCC 1376
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1201 CAATCTGTTCACGATCTCCCAGAAGGACATGGTCAAACTATATTTACTGCAACTACAGCC 1260
Query 1377 ATTGTTGTTCTGACGGTGTTGCTGATTGGAGGATCGACTGGTACAATGCTAGAAGCCCTA 1436
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1261 ATTGTTGTTCTGACGGTGTTGCTGATTGGAGGATCCACTGGTACAATGCTTGAAGCCCTA 1320
Query 1437 GAGGTTGTAGGTGATAGCCACGATACATCCTTAGGTGATGGATTTGAGGTGGTGAACAGT 1496
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1321 GAGGTTGTAGGTGATAGCCACGATACATCCTTAGGTGATGGCTTTGAGGTGGTGAACAGT 1380
Query 1497 CGTTATATGACTAGTTATGATGATGAAGATACACCGCCAGGAAGTGGATTCAGGACAAAA 1556
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1381 CGTTATATGACTAGTTATGATGATGAAGATACACCGCCAGGAAGTGGATTCAGGACAAAA 1440
Query 1557 CTAAGAGAGTTCCATAAGAGTGCGGCATCATTCACAGAACTAGATAGGAATTACCTAACA 1616
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1441 CTAAGAGAGTTCCATAAGAGTGCGGCATCATTCACAGAACTAGATAGGAATTACCTAACA 1500
Query 1617 CCGTTCTTCACAAGTAACAACGGAGATTATGATGATGAGGGTAACATGGAGCAACACCAT 1676
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1501 CCGTTCTTCACAAGTAACAACGGAGATTATGATGATGAGGGTAACATTGAGCAACACCAT 1560
Query 1677 GAAGAACGAATC-CCATTTACTAGAAGAGGAAATCTAAATAACCGCGGCTAA 1727
||||| |||| | ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1561 GAAGAGCGAA-CACCATTTACTAGAAGAGGAAGTCTAAATAACCGCGGCTAA 1611
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 73018999665
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5