BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G79620.1
Length=3118
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg477135 jgi|Araly1|477135|fgenesh2_kg.2__2265__AT1G79620.1 4874 0.0
> Ahg477135 jgi|Araly1|477135|fgenesh2_kg.2__2265__AT1G79620.1
Length=3032
Score = 4874 bits (2639), Expect = 0.0
Identities = 2916/3049 (96%), Gaps = 22/3049 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 4 ACACAttttttttGATGAGACAATTATGAATCTTGTCTCATAAGGAAGCTACTTTAATCT 63
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1 ACACATTTTTCTTGATGAGACAATTATGAATCTTGTCTCATAAGGAAGCTACTTT-A--- 56
Query 64 GTTTCTTCTTTCTCTATGATTTCACTTAAATATCAAA-CT--TCAAGAACTCATGTCTCT 120
| || | | || ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||
Sbjct 57 G---------TC-C-AAGACTTCACTTAAATATCAAACCTCCTCAAGAACTCATGTCTCT 105
Query 121 TGAGGAACAATATGGTGGGTTCCAACACCGTAACCGCTACATCGCGGTTGCTCTTGATCT 180
|||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 106 TGAGGAACAATATGGTGGCTTCCAACACTGTAACCGCTATATCGCGGTTGCTCTTGATCG 165
Query 181 GTTTTGCTTACTCATTCACTGTCTTCTCAATGATTTCATCAGTGACTGATCCTCGTGATG 240
|||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 166 GTTTCGCTTACTCGTTCACTGTCTTCTCAATAATTTCATCAGTGACTGACCCTCGTGATG 225
Query 241 CGGCGGCTCTGCGTTCTTTGATGGATCAATGGGACAATACGCCGCCTAGTTGGGGAGGTT 300
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 226 CGGCGGCTCTGCGTTCTTTGATGGATCAATGGGACAATACGCCACCTAGTTGGGGAGGTT 285
Query 301 CTGATGATCCTTGTGGAACTCCTTGGGAAGGTGTATCTTGCAATAACTCCAGAATCACTG 360
|||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||
Sbjct 286 CTGATGATCCTTGTGGAACTCCTTGGGAAGGTGTCTCATGCAATAACTCCAGAATCACTG 345
Query 361 CTTTGGGTTTGTCAACAATGGGTCTCAAAGGAAGACTTAGTGGAGATATTGGAGAACTAG 420
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 346 CTTTGGGTTTGTCAACAATGGGTCTCAAAGGAAGGCTTAGTGGAGATATTGGAGAACTAG 405
Query 421 CTGAACTAAGATCATTGGATCTTTCCTTTAATCGAGGACTAACAGGTTCACTTACTTCTC 480
||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||| |
Sbjct 406 CTGAACTAAGATCCTTGGATCTTTCGTTTAATCGAGGACTCACAGGTTCTCTTACTTCCC 465
Query 481 GGTTAGGAGACCTGCAAAAGCTAAATATCCTTATTCTTGCTGGTTGTGGCTTCACTGGTA 540
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 466 GGTTAGGAGACCTGCAAAAGCTCAATATCCTTATTCTTGCTGGCTGTGGCTTCACTGGTA 525
Query 541 CCATCCCAAATGAGCTTGGCTATCTCAAAGATCTATCTTTCTTGGCCTTGAACTCGAACA 600
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 526 GCATCCCAAATGAGCTTGGCCATCTCAAAGATCTATCTTTCTTGGCCTTGAACTCGAATA 585
Query 601 ACTTCACGGGTAAAATCCCGGCGTCTCTAGGAAATCTCACTAAGGTTTATTGGCTGGATC 660
| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| ||||||
Sbjct 586 ATTTCACTGGTAAAATTCCGGCGTCTCTAGGAAATCTCACCAAGGTCTATTGGTTGGATC 645
Query 661 TTGCGGATAATCAGTTGACAGGACCCATTCCAATTTCATCAGGCTCAAGTCCTGGTCTTG 720
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 646 TTGCGGATAATCAGTTGACAGGACCCATTCCAATTTCATCAGGCTCAAGTCCTGGTCTTG 705
Query 721 ATCTTCTTTTGAAAGCCAAACACTTTCATTTCAACAAGAATCAGCTCTCTGGGACCATTC 780
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||||
Sbjct 706 ATCTTCTTTTAAAAGCCAAACACTTTCATTTCAACAAAAATCAGCTCTCAGGCACCATTC 765
Query 781 CACCAAAACTTTTCAGCTCTGAGATGATACTGATCCATGTATTATTCGATGGAAATCGAT 840
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 766 CACCAAAACTATTCAGCTCTGAGATGATACTGATCCATGTATTATTCGATGGAAATCGAT 825
Query 841 TCACAGGAAGCATACCTTCCACTTTAGGACTCATTCAGACACTAGAGGTTCTTCGGCTTG 900
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 826 TCACAGGGAGCATACCTTCCACTTTAGGACTCATTCAGACACTAGAGGTTCTTCGGCTTG 885
Query 901 ACAGAAACACTTTGACCGGAAAAGTTCCAGAGAATCTCAGTAATCTCACAAACATCATTG 960
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 886 ACAGAAACACTTTGACCGGAAAAGTTCCAGAAAATCTCAGTAATCTCACAAACATCATTG 945
Query 961 AACTGAACTTAGCTCACAACAAGCTCGTTGGATCATTACCAGATTTGTCAGACATGAAGT 1020
||||||||||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 946 AACTGAACTTAGCTCACAACAAGCTTGTAGGTTCATTACCAGATTTGTCAGACATGAAGT 1005
Query 1021 CCATGAACTACGTAGATCTCAGCAATAACTCATTTGATCCATCAGAGTCTCCTCTCTGGT 1080
| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1006 CAATGAACTACGTGGATCTCAGCAATAACTCATTTGATCCATCAGAGTCTCCTCTGTGGT 1065
Query 1081 TCTCAACCTTACCTTCACTGACCACACTTGTGATGGAATATGGATCTCTTCA-AGGACCA 1139
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| | |||||||
Sbjct 1066 TCTCAACCTTACCTTCACTGACCACACTGGTGATGGAATATGGAGCTCTT-AGAGGACCA 1124
Query 1140 CTACCTAATAAGCTCTTTGGGTTCCCACAGCTTCAACAAGTGAGACTGAAGAAGAACGCA 1199
|| ||||||||| ||||||| |||||||| ||||||||||||| ||| || |||||||||
Sbjct 1125 CTGCCTAATAAGATCTTTGGATTCCCACAACTTCAACAAGTGAAACTAAAAAAGAACGCA 1184
Query 1200 TTCAATGGAACACTGAGCTTGGGAGACACAGTAGGTCCAGAGCTCCAACTTGTTGATCTA 1259
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||
Sbjct 1185 TTCAATGGAACACTGAGCTTGGGAGACACAGTAGGTCCACAACTCCAACTTGTTGATCTA 1244
Query 1260 CAAGACAACGACATATCCTCTGTAACACTAAGCTCTGGATATACCAATACATTAATACTC 1319
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1245 CAAGACAACGACATTTCCTCTGTAACACTAAGCTCTGGATATACCAATACATTAATCCTC 1304
Query 1320 GAAGGAAATCCTGTATGCACAACAGCTCTCTCCAACACAAACTACTGTCAGATTCAGCAG 1379
| ||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1305 GTCGGAAACCCTGTATGTACAACAGCTCTCTCAAACACAAACTACTGTCAGATTCAGCAG 1364
Query 1380 CAACAAGTCAAACGAATATACTCGACCAGTCTTGCTAACTGTGGAGGAAAGTCTTGTCCA 1439
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1365 CAACAAGTCAAACGAATATACTCGACCAGTCTTGCTAACTGTGGCGGAAAGTCTTGTCCA 1424
Query 1440 TTAGACCAAAAGGTCAGCCCTCAGAGCTGTGAATGCGCCTACCCTTATGAAGGCACACTC 1499
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1425 TTAGACCAAAAGATCAGCCCTCAGAGCTGTGAATGCGCCTACCCTTATGAAGGCACACTC 1484
Query 1500 TACTTCCGAGGGCCTATGTTCAGAGACCTGTCCAATGTGAACACATACCATTCTTTGGAG 1559
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1485 TACTTTCGAGGGCCTATGTTCAGAGACCTGTCCAATGTGAACACATACCATTCACTGGAG 1544
Query 1560 ATGAGCTTGTGGGTGAAATTAGGACTCACTCCAGGCTCGGTCTCTCTACAAAACCCTTTC 1619
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1545 ATGAGCTTGTGGGTGAAACTAGGACTCACTCCAGGCTCGGTCTCTCTACAAAACCCTTTC 1604
Query 1620 TTCAACAATGATGATTATCTTCAGATACAGTTGGCACTTTTCCCACCTATGGGCAAGTAT 1679
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1605 TTCAACAATGATGATTATCTTCAGATACAGTTGGCACTTTTCCCACCTATGGGCAAGTAT 1664
Query 1680 TTTAACAGAACTGAAGTTCAGAGAATTGGATTTGACTTGAGTAACCAAACATATAAACCT 1739
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1665 TTTAACAGAACTGAAGTTCAGAGAATTGGATTTGACTTGAGTAACCAAACATACAAACCT 1724
Query 1740 CCTCCTTTGTTTGGACCTTACTACTTCATTGCATCTCCCTACACATTCCCAGCTGATGGT 1799
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||
Sbjct 1725 CCTCCCTTGTTTGGACCTTACTACTTCATTGCATCTCCCTACACTTTCCCAGCTGAAGGT 1784
Query 1800 AACGGACATTCCTTGAGCTCTCGGATGGTCACTGGGATAATAACTGGTTGCAGTGCTTTG 1859
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1785 AACGGACATTCCTTGAGCTCTCGGATGGTCACTGGGATAATAACTGGTTGCAGTGCTTTG 1844
Query 1860 GTCCTGTGCCTTGTTGCGTTAGGAATATACGCAATGTGGCAGAAGAGACGTGCAGAGCAA 1919
||||||||||||||||| |||||||||| || || |||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1845 GTCCTGTGCCTTGTTGCACTAGGAATATATGCGATTTGGCAGAAGAGACGAGCAGAGCAA 1904
Query 1920 GCTATCGGTTTGAGTAGACCATTTGTTTCATGGGCATCAAGTGGAAAAGACAGCGGTGGC 1979
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1905 GCTATCGGTTTGAGTAGACCATTTGTTTCATGGGCATCGAGTGGAAAAGACAGCGGTGGC 1964
Query 1980 GCACCGCAGCTGAAAGGGGCACGATGGTTCTCCTACGAAGAACTCAAGAAGATCACGAAC 2039
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1965 GCACCGCAGCTGAAAGGGGCACGATGGTTCTCCTACGAAGAACTCAAGAAGATCACGAAC 2024
Query 2040 AATTTCTCTGTGAGCAGTGAGCTGGGTTATGGAGGTTATGGAAAGGTGTATAAAGGAATG 2099
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2025 AATTTCTCTGTGAGCAGTGAGCTGGGTTATGGAGGTTATGGAAAGGTGTATAAAGGAATG 2084
Query 2100 CTTCAAGATGGGCACATGGTGGCGATCAAAAGAGCACAACAAGGATCAACACAAGGAGGG 2159
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2085 CTTCAAGATGGGCACATGGTGGCGATCAAAAGAGCACAACAAGGATCAACACAAGGAGGG 2144
Query 2160 CTCGAGTTCAAAACAGAGATTGAGTTGCTTTCTCGAGTTCATCACAAGAACCTAGTTGGG 2219
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2145 CTCGAGTTCAAAACAGAAATTGAGTTGCTTTCTCGAGTTCATCACAAGAACCTAGTTGGA 2204
Query 2220 CTTGTCGGGTTCTGCTTCGAGCAAGGCGAGCAGATTCTAGTCTACGAATACATGTCCAAC 2279
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||
Sbjct 2205 CTTGTCGGGTTTTGCTTCGAGCAAGGCGAGCAGATTCTAGTCTACGAGTATATGTCCAAC 2264
Query 2280 GGATCACTAAAAGATAGCTTAACCGGGCGATCCGGAATTACGCTGGATTGGAAAAGAAGG 2339
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2265 GGATCACTAAAAGATAGCGTAACCGGGCGATCCGGAATTACGCTGGATTGGAAAAGAAGG 2324
Query 2340 CTGAGAGTGGCTCTAGGATCGGCAAGAGGACTCGCATACCTCCATGAACTGGCGGATCCT 2399
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||
Sbjct 2325 CTGAGAGTGGCTCTAGGATCGGCAAGAGGACTCGCATACCTCCATGAACTTGCAGATCCT 2384
Query 2400 CCGATCATCCACAGGGACGTGAAATCAACTAACATTCTTTTGGATGAGAATCTGACAGCC 2459
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2385 CCGATCATCCACAGGGACGTGAAATCAACCAACATTCTTTTGGATGAGAATCTCACAGCC 2444
Query 2460 AAGGTTGCTGATTTTGGTTTGTCCAAGCTGGTTTCAGACTGCACCAAAGGCCATGTTTCA 2519
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2445 AAGGTTGCTGATTTTGGTTTGTCCAAGCTGGTTTCAGACTGCACTAAAGGCCATGTTTCA 2504
Query 2520 ACACAAGTTAAAGGAACATTGGGATATTTGGACCCAGAGTACTACACAACACAGAAACTT 2579
|||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2505 ACACAAGTCAAAGGCACATTGGGATATTTGGACCCAGAGTACTACACAACACAGAAACTG 2564
Query 2580 ACAGAGAAGAGTGATGTGTACAGCTTCGGTGTTGTAATGATGGAGCTGATCACAGCGAAA 2639
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2565 ACAGAGAAGAGTGATGTGTACAGCTTCGGTGTTGTAATGATGGAGCTGATCACCGCGAAA 2624
Query 2640 CAGCCGATAGAGAAAGGCAAGTACATTGTTAGAGAGATCAAGCTTGTAATGAACAAGAGC 2699
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2625 CAGCCGATAGAGAGAGGCAAGTACATTGTTAGAGAGATCAAGCTTGTAATGAACAAGAGC 2684
Query 2700 GACGATGACTTCTACGGACTGAGAGATAAGATGGATCGTTCGTTAAGAGACGTCGGAACT 2759
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||
Sbjct 2685 GACGATGAATTCTACGGACTGAGAGATAAGATGGATCGTTCGTTAAGAGACGCCGGAGCT 2744
Query 2760 CTGCCAGAGCTCGGCCGGTATATGGAACTAGCCCTGAAATGCGTAGATGAGACGGCAGA- 2818
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2745 CTGCCAGAACTCGGCCGGTATATGGAACTAGCCCTGAAATGCGTAGATGAGACGGC-GTC 2803
Query 2819 TGAGAGGCCAACGATGAGTGAAGTGGTCAAGGAGATTGAGATTATCATCCAGAATAGTGG 2878
| |||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2804 TCAGAGGCCAACGATGAGCGAAGTGGTTAAGGAGATTGAGATTATCATCCAGAATAGTGG 2863
Query 2879 GGCGAGTAGTAGCTCCTCTGCATCTGCGTCGTCATCCGCTACAGATTTTGGTGAGAAGCT 2938
| ||||||||||||||||||||||||||||||| || |||| ||||||||| ||||||||
Sbjct 2864 GACGAGTAGTAGCTCCTCTGCATCTGCGTCGTCTTCGGCTATAGATTTTGGAGAGAAGCT 2923
Query 2939 TTTGTACGGAGGTACTTTGAAGAAGAAAGAAGCAAGAGACGGAGATGGAGGCGGAGCGTT 2998
|||||||||||||| ||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2924 TTTGTACGGAGGTAGTTTGAGGAAGAAAGAAGCAGGAGACGGAGATGGAGGCGGAGCGTT 2983
Query 2999 TGATTATAGTGGTGGCTACTCTGTTCCGACCAAAATTGAGCCCAAGTAA 3047
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2984 TGATTATAGTGGTGGCTACTCTGTTCCGACCAAAATTGAGCCCAAGTAA 3032
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 117775037540
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5