BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G79640.1
Length=2276
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg927390 jgi|Araly1|927390|scaffold_202951.1 3424 0.0
Ahg892214 jgi|Araly1|892214|Al_scaffold_0006_210 355 7e-97
> Ahg927390 jgi|Araly1|927390|scaffold_202951.1
Length=2077
Score = 3424 bits (1854), Expect = 0.0
Identities = 1992/2060 (97%), Gaps = 4/2060 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 219 ACAATGGAGAAGAAGAAGTATCCAATTGGACCAGAGCATTA-TACTCTCTACGAGTTTAT 277
||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| | ||||||||||| ||||
Sbjct 18 ACAATGGAGAAGAAGAAGTATCCGATTGGGCCAGAGCATTACT-CTCTCTACGAGGTTAT 76
Query 278 TGGACAAGGTGTTAGTGCTCTAGTGCATCGTGCTTTGTGCATTCCGTTTGATGAAGTCGT 337
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 77 CGGGCAAGGTGTTAGTGCTCTAGTGCATCGTGCTTTGTGCATTCCGTTCGATGAAGTCGT 136
Query 338 TGCTATTAAGATTCTTGATTTTGAACGCGATAACTGCGATCTGAACAACATCTCTCGTGA 397
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 137 TGCTATTAAGATTCTTGATTTTGAACGCGATAACTGCGATCTGAACAACATCTCTCGTGA 196
Query 398 AGCGCAGACGATGATGCTTGTTGATCATCCCAATGTGTTGAAGTCACATTGTTCCTTTGT 457
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||
Sbjct 197 AGCGCAGACGATGATGCTTGTTGATCATCCCAATGTCTTGAAGTCTCATTGTTCCTTTGT 256
Query 458 TAGTGATCACAATTTGTGGGTCATCATGCCATACATGTCTGGTGGTTCTTGTCTTCACAT 517
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 257 TAGTGATCACAATTTGTGGGTCATCATGCCATACATGTCTGGTGGTTCTTGTCTTCACAT 316
Query 518 TCTAAAAGCTGCATATCCTGATGGTTTTGAAGAAGCTATTATAGCTACTATATTGCGTGA 577
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 317 CCTAAAAGCTGCATATCCTGATGGTTTTGAAGAAGCTATTATAGCTACTATCTTGCGTGA 376
Query 578 AGCTTTGAAGGGATTAGACTATCTCCATCAGCATGGCCACATTCATCGCGATGTCAAAGC 637
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 377 AGCCTTGAAGGGATTAGACTATCTCCATCAGCATGGCCACATTCATCGCGATGTCAAAGC 436
Query 638 TGGGAATATATTGCTTGGTGCTCGAGGTGCAGTCAAGTTGGGAGACTTTGGTGTATCTGC 697
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 437 GGGGAATATTTTGCTTGGTGCTCGAGGTGCAGTCAAGTTGGGAGACTTTGGTGTATCTGC 496
Query 698 CTGTCTCTTTGATTCAGGTGATAGGCAACGGACAAGGAACACATTTGTTGGAACACCTTG 757
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 497 ATGTCTCTTTGATTCAGGTGATAGGCAACGGACAAGGAACACATTTGTTGGAACACCTTG 556
Query 758 CTGGATGGCACCTGAAGTCATGGAGCAGCTACATGGTTATGACTTCAAGGCTGATATTTG 817
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 557 CTGGATGGCACCTGAAGTCATGGAGCAGCTACATGGTTATGACTTCAAGGCTGATATTTG 616
Query 818 GTCGTTTGGTATAACTGGGCTAGAGCTTGCTCATGGTCACGCTCCTTTCTCTAAATATCC 877
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 617 GTCGTTTGGTATAACTGGGCTAGAGCTTGCTCATGGTCACGCTCCTTTCTCTAAATATCC 676
Query 878 ACCAATGAAGGTTCTGCTTATGACGTTGCAAAATGCACCACCAGGGCTGGATTACGAAAG 937
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 677 ACCAATGAAGGTTCTGCTTATGACGTTGCAAAATGCACCACCAGGCCTGGATTACGAAAG 736
Query 938 AGATAAGAAGTTTTCCAGGTCTTTCAAGCAGATGATCGCCAGTTGTCTAGTTAAAGACCC 997
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 737 AGATAAGAAGTTTTCCAGGTCTTTCAAGCAGATGATCGCCAGTTGTCTAGTTAAAGACCC 796
Query 998 TTCCAAACGCCCGTCTGCAAAAAAGTTGTTAAAGCACTCCTTTTTCAAGCAAGCAAGATC 1057
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 797 TTCCAAACGCCCCTCTGCAAAAAAGTTGTTAAAGCATTCCTTTTTCAAGCAAGCAAGATC 856
Query 1058 AAGCGATTACATTGCACGAAAACTTCTGGATGGGTTACCAGATCTTGTTAATCGTGTTCA 1117
|||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 857 AAGCGACTATATTGCACGAAAACTTCTGGATGGGTTACCAGATCTTGTTAATCGTGTTCA 916
Query 1118 GGCAATAAAGAGAAAGGAAGAAGATATGCTTGCACAAGAGAAAATGGCAGATGGAGAAAA 1177
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 917 GGCAATAAAGAAAAAGGAAGAAGATATGCTTGCACAAGAGAAAATGGCAGATGGAGAAAA 976
Query 1178 GGAAGAATTGTCCCAGAATGAATATAAGAGAGGTATCAGCGGGTGGAATTTCAATCTTGA 1237
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 977 GGAAGAATTGTCCCAGAATGAATATAAGAGAGGTATCAGCGGGTGGAATTTCAATCTCGA 1036
Query 1238 TGATATGAAAGCCCAGGCTTCATTGATCCAGGACATGGACTGTGGCTTTTCGGACAGTTT 1297
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1037 TGATATGAAAGCCCAGGCTTCATTGATCCAGGACATGGACTGTGGCTTTTCGGACAGTTT 1096
Query 1298 ATCGGGAAGTGCAACTTCGTTGCAGGCTCTAGATTCACAGGATACACAATCGGAGATTCA 1357
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1097 ATCGGGAAGTACAACTTCGTTGCAGGCTCTAGATTCACAGGATACACAATCGGAGACTCA 1156
Query 1358 GGAGGATACTGGTCAAATAACTAATAAGTATCTCCAACCTCTGATTCACCGAAGTCTAAG 1417
||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1157 GGAGGATGTTGGTCAAATAACAAATAAGTATCTCCAACCCCTGATTCACCGAAGTCTAAG 1216
Query 1418 TATCGCGAGGGATAAATCTGATGATGATTCAAGTCTTGCCAGCCCCAGTTATGATAGCTA 1477
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1217 TATCGCGAGGGATAAATCTGATGATGATTCAAGTCTTGCCAGCCCCAGTTATGATAGCTA 1276
Query 1478 CGTATATTCCTCCCCCCGTCATGAGGATTTATCTTTAAACAATACA-CATGTTGGTAGTA 1536
|||||||||||||||||||||||||||| || || ||||||||||| | |||||||||||
Sbjct 1277 CGTATATTCCTCCCCCCGTCATGAGGATCTACCTGTAAACAATACAAC-TGTTGGTAGTA 1335
Query 1537 CGCATGCAAACAATGGGAAACCAACGGATGCCACATCAATCCCAACCAATCAACCAACAG 1596
||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1336 ATCATGCAATCAATGGGAAACCAACGGATTCCACATCAATCCCAACCAATCAACCAACAG 1395
Query 1597 AGATTATAGCAGGGAGCTCTGTTTTGGCAGATGGAAATGGTGCTCCCAATAAAGGAGAGA 1656
||||| ||||||||| ||||| |||||||||| |||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1396 AGATTCTAGCAGGGAACTCTGCTTTGGCAGATAGAAATGGTATTCCCAATAAAGGAGAGA 1455
Query 1657 GTGATAAAACTCAAGAACAGCTTCAAAACGGGTCAAACTGCAATGGGACACATCCTACAG 1716
|||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1456 GTGATAAAACTCAAGATCATCTTCAAAACGGGTCAAACTGCAATGGGGCACATCCTACAG 1515
Query 1717 TGGGAGGAGATGACGTACCAACGGAGATGGCTGTTAAACCACCCAAAGCAGCATCAAGCC 1776
||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1516 TGGGAGGAGATGAAGTACCAACGGAGTTGGCTGTTAAACCACCCAAAGCAGCATCAAGCC 1575
Query 1777 TAGATGAATCTGATGACAAATCAAAGCCGCCAGTTGTGCAGCAAAGAGGGCGTTTTAAAG 1836
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1576 TAGATGAATCTGATGACAAATCAAAGCCACCAGTTGTGCAGCAAAGAGGGCGTTTTAAAG 1635
Query 1837 TAACTTCTGAAAATCTCGACATCGAGAAGGTGGTGGCGCCTTCGCCAATACTGCAAAAGA 1896
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||
Sbjct 1636 TAACTTCTGAAAATCTCGATATCGAGAAGGTGGTGGCTCCCTCTCCAATACTGCAAAAGA 1695
Query 1897 GTCACAGCATGCAGGTGCTCTGCCAACATTCCTCTGCTTCTCTACCTCACTCTGATGTCA 1956
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1696 GTCACAGCATGCAGGTGCTCTGCCAACATTCTTCTGCTCCTCTACCTCACTCTGATGTCA 1755
Query 1957 CATTGCCAAACCTAACCAGCTCATATGTTTACCCGCTGGTGTATCCAGTTCTGCAAACTA 2016
|||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1756 CATTACCAAACCTAACCAGCTCATATGTTTATCCGCTGGTCTATCCAGTTCTGCAAACTA 1815
Query 2017 ATATTTTGGAAAGGGATAACATTTTGCATATGATGAAAGTACTCACCAACAGAGAGTTGA 2076
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1816 ATATTTTGGAAAGGGATAACATTCTGCATATGATGAAAGTACTCACCAACAGAGAGCTGA 1875
Query 2077 CAGATGGACGTGCAGTTGAACAAGGAAGTATACAACAACCTACTGTGCCCCCAACTGAGA 2136
|||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1876 CAGATGGACGTGCAGTAGAACAAGGAAGCGTACAACAACCTACTGTGCCTCCAACTGAGA 1935
Query 2137 AATCCATGCTTGAAGCAGCACACGAAAGAGAGAAAGAACTGCTCCATGACATAACCGACC 2196
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1936 AATCCATGCTTGAAGCAGCACACGAAAGAGAGAAAGAACTGCTCCACGACATAACCGACC 1995
Query 2197 TGCAATGGAGGCTCATTTGTGCAGAAGAAGAGCTTCAGAAATACAAAACCGAACACGCCC 2256
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1996 TGCAATGGAGGCTCATTTGTGCAGAAGAAGAGCTTCAGAAATACAAAACCGAACACGCCT 2055
Query 2257 AAGTAAGTATGAGTAACTAA 2276
||||||||||||||| ||||
Sbjct 2056 AAGTAAGTATGAGTAGCTAA 2075
> Ahg892214 jgi|Araly1|892214|Al_scaffold_0006_210
Length=351
Score = 355 bits (192), Expect = 7e-97
Identities = 230/248 (93%), Gaps = 4/248 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 1787 TGATGACAAATCAAAGCCGCCAGTTGTGCAGCAAAGAGGGC----GTTTTAAAGTAACTT 1842
||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2 TGACGACAAATCAAAGCCACCAGTTGTGCAGCAAAGAGGGCGTTTGTTTTAAAGTAACTT 61
Query 1843 CTGAAAATCTCGACATCGAGAAGGTGGTGGCGCCTTCGCCAATACTGCAAAAGAGTCACA 1902
||||||||||| ||||||||||||||||| | || || |||||||||||||| |||||||
Sbjct 62 CTGAAAATCTCCACATCGAGAAGGTGGTGACTCCCTCTCCAATACTGCAAAATAGTCACA 121
Query 1903 GCATGCAGGTGCTCTGCCAACATTCCTCTGCTTCTCTACCTCACTCTGATGTCACATTGC 1962
||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| |
Sbjct 122 ACATGCAGATGCTCTGCCAACATTCCTCTGCTTTTCTACCTCCCTCTGATGTCACATTAC 181
Query 1963 CAAACCTAACCAGCTCATATGTTTACCCGCTGGTGTATCCAGTTCTGCAAACTAATATTT 2022
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 182 CAAAGCTAACCAGCTCATATGTTTACCCGCTGGTGTATCCAGTTCTGCAAACTAATATTT 241
Query 2023 TGGAAAGG 2030
||||||||
Sbjct 242 TGGAAAGG 249
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 85703051250
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5