BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G79920.1
Length=2964
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg927518 jgi|Araly1|927518|scaffold_203079.1 3962 0.0
Ahg477271 jgi|Araly1|477271|fgenesh2_kg.2__2401__AT1G79920.2 3096 0.0
> Ahg927518 jgi|Araly1|927518|scaffold_203079.1
Length=2534
Score = 3962 bits (2145), Expect = 0.0
Identities = 2413/2543 (95%), Gaps = 15/2543 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 145 TGAAGAACACAAAGCCTAACAATGAGTGTAGTTGGTTTTGATTTTGGAAACGAGAATTGC 204
|||| ||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2 TGAATAACAC--AGCCTGACAATGAGTGTAGTTGGGTTTGATTTTGGAAACGAGAACTGC 59
Query 205 CTTGTTGCTGTTGCAAGGCAAAGAGGTATCGACGTCGTGCTTAATGATGAGTCAAATCGC 264
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 60 CTTGTTGCCGTTGCAAGGCAAAGAGGTATCGACGTCGTGCTTAATGATGAGTCCAATCGT 119
Query 265 GAGACTCCGGCTATCGTTTGCTTTGGTGACAAGCAGCGCTTCATCGGTACTGCTGGAGCT 324
|||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 120 GAGACTCCCGCTATTGTCTGCTTTGGTGACAAGCAGCGCTTCATCGGCACTGCTGGAGCT 179
Query 325 GCTTCTACCATGATGAACCCCAAAAACTCCATCTCACAAATCAAGCGCTTAATTGGTCGC 384
||||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||
Sbjct 180 GCTTCAACCATGATGAACCCCAAAAATTCCATCTCTCAAATCAAACGCTTAATTGGTCGC 239
Query 385 CAGTTTTCCGACCCTGAGCTTCAAAGGGATATCAAATCCCTTCCCTTTTCTGTCACTGAA 444
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||
Sbjct 240 CAGTTTTCCGACCCTGAGCTGCAAAGGGATATCAAATCCCTTCCCTTTTCCGTCACCCAA 299
Query 445 GGCCCTGATGGCTATCCTTTGATCCATGCTAATTATTTGGGAGAGATTAGAGCCTTTACC 504
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 300 GGGCCTGATGGCTATCCTTTGATCCATGCTAATTATTTGGGAGAGAAGAGAGCCTTTACC 359
Query 505 CCGACTCAGGTCATGGGTATGATGTTGTCCAACTTGAAAGGTATTGCTGAGAAGAATTTG 564
|||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 360 CCGACTCAAGTCATGGGTATGATGTTGTCTAACTTGAAAGGTATTGCCGAGAAGAATTTG 419
Query 565 AATACAGCTGTGGTCGACTGCTGTATTGGTATTCCTGTTTACTTTACCGACCTCCAGCGT 624
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 420 AATGCAGCTGTGGTCGACTGCTGTATTGGTATTCCTGTTTACTTTACCGACCTCCAGCGA 479
Query 625 AGGGCTGTTCTCGATGCTGCCACAATTGCAGGCTTGCATCCCTTGCACTTGATCCATGAG 684
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| |||
Sbjct 480 AGGGCTGTTCTCGATGCAGCCACAATTGCAGGCTTGCATCCCCTGCGCTTGATCCACGAG 539
Query 685 ACTACAGCTACGGCTTTGGCATACGGAATTTATAAGACAGATCTGCCAGAGAATGACCAG 744
|| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||| |||
Sbjct 540 ACAACAGCTACAGCTTTGGCATATGGAATTTATAAGACAGATTTGCCAGAGAATGAACAG 599
Query 745 CTCAATGTTGCATTCATTGACATTGGACACGCAAGCATGCAAGTCTGTATTGCAGGCTTC 804
||||| || || |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 600 CTCAACGTCGCTTTCATTGACATTGGGCATGCAAGCATGCAAGTCTGTATTGCAGGCTTC 659
Query 805 AAAAAAGGACAGCTCAAAATCTTGTCTCACGCTTTCGATCGCTCCCTTGGGGGAAGGGAT 864
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 660 AAAAAAGGGCAGCTCAAAATCTTGTCTCACGCTTTCGATCGCTCGCTTGGGGGAAGGGAC 719
Query 865 TTTGATGAAGTTCTTTTCAATCATTTTGCTGCTAAGTTCAAGGACGAGTACAAGATTGAC 924
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 720 TTTGATGAAGTTCTTTTCAATCATTTTGCTGCTAAGTTCAAAGACGAGTACAAGATTGAC 779
Query 925 GTCTCCCAGAATGCTAAGGCTTCTCTCAGGCTCCGCGCTACATGCGAGAAACTGAAAAAG 984
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | ||||||||||| ||||||
Sbjct 780 GTCTCCCAGAATGCTAAGGCTTCTCTCAGGCTCCGTGCTGCGTGCGAGAAACTCAAAAAG 839
Query 985 GTTCTAAGCGCTAATCCTATGGCACCATTGAATATCGAGTGTTTGATGG-CTGAGAAAGA 1043
||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||
Sbjct 840 GTTCTAAGCGCAAATCCTGTGGCACCATTGAATATCGAGTGTTTGATGGAC-GAGAAAGA 898
Query 1044 TGTTAGGGGTGTCATCAAGAGGGAAGAGTTTGAAGAGATCAGCATCCCGATTTTGGAGCG 1103
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 899 TGTTAGGGGTGTCATCAAGAGGGAAGAGTTTGAAGAGATCAGCATCCCGATTCTGGAGCG 958
Query 1104 TGTTAAGAGGCCTTTAGAGAAAGCTCTCTCTGATGCGGGCCTCACTGTTGAAGATGTACA 1163
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 959 TGTTAAGAGGCCTCTAGAGAAAGCTCTCTCTGATGCGGGCCTCACAGTTGAAGATGTACA 1018
Query 1164 TATGGTCGAGGTTGTCGGCTCTGGCTCTCGTGTCCCTGCTATGATCAAGAT-TCTAACTG 1222
||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||
Sbjct 1019 TATGGTCGAGGTTATTGGCTCTGGCTCTCGTGTCCCTGCTATGATCAAGATAT-TAACTG 1077
Query 1223 AGTTTTTTGGTAAGGAGCCCAGGCGTACAATGAATGCAAGTGAGTGTGTGTCGAGGGGAT 1282
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1078 AGTTTTTTGGTAAGGAGCCCAGGCGTACAATGAATGCAAGTGAGTGTGTGTCGAGGGGAT 1137
Query 1283 GTGCCTTGCAGTGTGCCATTCTCAGTCCGACCTTTAAAGTTCGCGAATTCCAGGTTCATG 1342
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1138 GTGCCTTGCAGTGTGCCATTCTCAGTCCGACCTTTAAAGTTCGCGAATTCCAGGTTCATG 1197
Query 1343 AGAGCTTCCCTTTCTCAATATCGCTTGCTTGGAAAGGAGCAGCGACTGATGCTCAAAATG 1402
||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| ||
Sbjct 1198 AGAGCTTTCCTTTCTCAATATCGCTGGCTTGGAAAGGAGCAGCTTCTGATGCTCAAATTG 1257
Query 1403 GAGGCA-CTGAGAACCAGCAGAGCACTATTGTTTTTCCGAAAGGAAATCCTATTCCTAGT 1461
|||| | ||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||
Sbjct 1258 GAGG-AGCTGAGAATCAGCAGAGCACCATTGTTTTTCCCAAAGGAAATCCCATTCCTAGT 1316
Query 1462 GTCAAGGCTCTAACATTTTATCGTTCTGGAACATTCTCTATTGATGTGCAGTACAGTGAT 1521
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||
Sbjct 1317 GTCAAGGCTCTAACGTTTTATCGTTCTGGAACATTCTCTGTTGATGTGCAGTATGGTGAT 1376
Query 1522 GTGAACGATTTGCAAGCACCTCCTAAAATCAGCACATACACGATTGGTCCCTTCCAGTCA 1581
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1377 GTGAACGATTTGCAAGCACCTCCGAAAATCAGCACATACACGATTGGTACCTTCCAGTCA 1436
Query 1582 TCAAAAGGCGAGAGGGCAAAGCTGAAAGTGAAAGTTAGATTGAACCTGCATGGAATTGTC 1641
||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1437 TCAAAAGGCGAGAGGGCAAAGCTTAAAGTGAAAGTGAGATTGAACCTGCATGGAATTGTC 1496
Query 1642 TCTGTTGAATCAGCAACTCTTTTGGAAGAGGAAGAAGTTGAAGTATC-GGTCACAAAAGA 1700
|| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||
Sbjct 1497 TCAGTTGAATCGGCAACTCTTTTGGAAGAGGAAGAAGTTGAAGT-TCCGGTCACAAAAGA 1555
Query 1701 TCAATCAGAGGAAACTGCTAAGATGGACACTGACAAAGCTTCTGCCGAGGCAGCTCCTGC 1760
|||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1556 TCAATCAGTGGAAACTACTAAGATGGACACTGACAAAGCTTCTGCCGAGGCAGCTCCTGC 1615
Query 1761 TTCTGGTGACTCTGATGTTAACATGCAGGACGCCAAAGATACCAGTGATGCAACTGGTAC 1820
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| |
Sbjct 1616 TTCTGGTGACTCTGATATTAACATGCAGGACGCCAAGGATACCAGTGATGCAGCTGGTTC 1675
Query 1821 TGACAATGGTGTTCCAGAGTCTGCTGAGAAGCCGGTGCAAATGGAAACTGATTCAAAGGC 1880
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1676 TGACAATGGTGTTGCAGAGTCTGCTGAGAAGCCGGTGCAAATGGAAACTGATTTAAAGGC 1735
Query 1881 AGAGGCTCCAAAGAAGAAGGTGAAGAAAACAAATGTACCACTGTCAGAATTGGTCTATGG 1940
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1736 TGAGGCTCCGAAGAAGAAGGTGAAGAAAACAAATGTACCACTGTCAGAATTGGTCTATGG 1795
Query 1941 TGCCTTGAAAACTGTGGAAGTTGAAAAGGCAGTGGAGAAGGAATTTGAGATGGCTCTGCA 2000
|||||||||| ||||||| || || ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1796 TGCCTTGAAATCTGTGGAGGTCGATAAGGCTGTGGAGAAGGAATTTGAGATGGCTTTGCA 1855
Query 2001 AGACAGAGTTATGGAAGAGACCAAGGACCGGAAGAATGCTGTTGAGTCTTATGTTTATGA 2060
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1856 AGACAGAGTTATGGAAGAGACCAAGGACCGAAAGAATGCTGTTGAGTCTTATGTTTATGA 1915
Query 2061 TATGCGAAACAAACTGAGTGACAAATACCAGGAATATATCACTGACT-CGGAGAGGGAAG 2119
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | | ||||||||||
Sbjct 1916 TATGCGAAACAAATTGAGTGACAAATACCAGGAATATATCACTGA-TGCTGAGAGGGAAG 1974
Query 2120 CATTCCTGGCGAATCTGCAGGAAGTTGAGGATTGGTTGTATGAAGATGGGGAAGATGAGA 2179
||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1975 CATTCCTGGCGAAGCTGCAGGAAGTGGAGGATTGGTTGTATGAAGATGGGGAAGATGAGA 2034
Query 2180 CCAAAGGTGTTTATGTTGCAAAGCTCGAGGAGCTCAAGAAGGTGGGTGACCCTGTTGAAG 2239
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2035 CCAAAGGTGTTTATGTTGCAAAGCTCGAGGAGCTCAAGAAGGTGGGTGACCCTGTTGAAG 2094
Query 2240 TGCGTTACAAGGAGTCGTTGGAAAGAGGGTCGGTCATTGATCAGCTTGGCTACTGTATTA 2299
| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2095 TACGTTACAAAGAGTCGTTGGAAAGAGGGTCGGTCATTGATCAGCTTGGTTACTGTATTA 2154
Query 2300 ACAGCTACAGAGAGGCAGCTGTGTCTAATGATCCCAAGTTTGATCACATTGAATTGGCAG 2359
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |
Sbjct 2155 ACAGCTACAGAGAGGCAGCTATGTCTAATGATCCCAAGTTTGACCACATTGAATTGGCTG 2214
Query 2360 AGAAGCAAAAGGTTTTGAACGAGTGTGTGGAAGCAGAAGCATGGCTGCGGGAGAAGCAGC 2419
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||
Sbjct 2215 AGAAGCAAAAGGTTTTGAACGAGTGTGTGGAAGCAGAAGCATGGTTGCGGGAGAAGAAGA 2274
Query 2420 AGCAGCAGGACACGCTTCCCAAGTATGCCACACCGGCTCTCTTGTCAGCTGACGTAAAAA 2479
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2275 AGCAGCAGGACACGCTTCCCAAGTATGCCACACCGGCTCTCTTGTCAGCTGACGTTAAAA 2334
Query 2480 GCAAGGCAGAGGCATTGGACAAGTTTTGCAGGCCTATAATGACCAAACCAAAGCCGGCGG 2539
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2335 GCAAGGCGGAGGCATTGGACAAGTTTTGCAGGCCTATAATGACCAAACCAAAGCCGGC-- 2392
Query 2540 CTAAAGCAGAGGCACCACAAGCCAAGGGAGGTGAGCAGGCGGATGAGGGCAAGAGTGAGC 2599
||||||||| |||||||||||||||||| |||||| ||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2393 -TAAAGCAGAAGCACCACAAGCCAAGGGATGTGAGCCGGCAGATGAGGGCAAGAGTGAGG 2451
Query 2600 CAGAGCAACCAGCTTCTGCCGAAGCAATGGAGACTGAGAATCCCGCGGAAGGTAGTACCT 2659
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| |||
Sbjct 2452 CAGAGCAACCAGCTTCTGCCGAACCAATGGAGACTGAGAATCCCGCCGAAGGTAGTGCCT 2511
Query 2660 AAATGAATGACGAGAGCGAGATG 2682
|||||||||||||||||||||||
Sbjct 2512 AAATGAATGACGAGAGCGAGATG 2534
> Ahg477271 jgi|Araly1|477271|fgenesh2_kg.2__2401__AT1G79920.2
Length=2694
Score = 3096 bits (1676), Expect = 0.0
Identities = 1851/1937 (96%), Gaps = 6/1937 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 145 TGAAGAACACAAAGCCTAACAATGAGTGTAGTTGGTTTTGATTTTGGAAACGAGAATTGC 204
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 16 TGAAGAACACAAAGCCTGACAATGAGTGTAGTTGGTTTTGATTTTGGAAACGAGAATTGC 75
Query 205 CTTGTTGCTGTTGCAAGGCAAAGAGGTATCGACGTCGTGCTTAATGATGAGTCAAATCGC 264
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 76 CTTGTTGCTGTTGCAAGGCAAAGAGGTATCGACGTCGTGCTTAATGATGAGTCCAATCGT 135
Query 265 GAGACTCCGGCTATCGTTTGCTTTGGTGACAAGCAGCGCTTCATCGGTACTGCTGGAGCT 324
|||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 136 GAGACTCCCGCTATTGTATGCTTTGGTGACAAGCAGCGCTTCATCGGTACTGCTGGAGCT 195
Query 325 GCTTCTACCATGATGAACCCCAAAAACTCCATCTCACAAATCAAGCGCTTAATTGGTCGC 384
||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 196 GCTTCAACCATGATGAACCCCAAAAATTCCATCTCTCAAATCAAGCGCTTAATTGGTCGC 255
Query 385 CAGTTTTCCGACCCTGAGCTTCAAAGGGATATCAAATCCCTTCCCTTTTCTGTCACTGAA 444
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||
Sbjct 256 CAGTTTTCCGACCCTGAGCTGCAAAGGGATATCAAATCCCTTCCCTTTTCCGTCACCCAA 315
Query 445 GGCCCTGATGGCTATCCTTTGATCCATGCTAATTATTTGGGAGAGATTAGAGCCTTTAC- 503
|| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 316 GGGCCTGATGGCTATCCTTTGATCCATGCTAGTTATTTGGGAGAGACTAGAGCCTTTACT 375
Query 504 CCCGACTCAGGTCATGGGTATGATGTTGTCCAACTTGAAAGGTATTGCTGAGAAGAATTT 563
||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 376 CCC-ACTCAAGTCATGGGTATGATGTTGTCTAACTTGAAAGGTATTGCCGAGAAGAATTT 434
Query 564 GAATACAGCTGTGGTCGACTGCTGTATTGGTATTCCTGTTTACTTTACCGACCTCCAGCG 623
|||| | || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 435 GAATGCTGCAGTGGTCGACTGCTGTATTGGTATTCCTGTTTACTTTACAGACCTCCAGCG 494
Query 624 TAGGGCTGTTCTCGATGCTGCCACAATTGCAGGCTTGCATCCCTTGCACTTGATCCATGA 683
|||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 495 AAGGGCTGTTCTCGACGCAGCCACAATTGCAGGCTTGCATCCCTTGCACTTGATCCACGA 554
Query 684 GACTACAGCTACGGCTTTGGCATACGGAATTTATAAGACAGATCTGCCAGAGAATGACCA 743
||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 555 GACTACAGCAACGGCTTTGGCTTATGGAATTTATAAGACAGATCTGCCAGAGAATGACCA 614
Query 744 GCTCAATGTTGCATTCATTGACATTGGACACGCAAGCATGCAAGTCTGTATTGCAGGCTT 803
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 615 GCTCAATGTTGCATTCATTGACATTGGACACGCAAGCATGCAAGTCTGTATTGCAGGCTT 674
Query 804 CAAAAAAGGACAGCTCAAAATCTTGTCTCACGCTTTCGATCGCTCCCTTGGGGGAAGGGA 863
||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| ||||||||
Sbjct 675 CAAAAAAGGGCAGCTCAAAATCTTGTCTCACGGTTTCGATCCCTCCCTTGGAGGAAGGGA 734
Query 864 TTTTGATGAAGTTCTTTTCAATCATTTTGCTGCTAAGTTCAAGGACGAGTACAAGATTGA 923
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 735 CTTTGATGAAGTTCTTTTCAATCATTTTGCTGCTAAGTTCAAAGACGAGTACAAGATTGA 794
Query 924 CGTCTCCCAGAATGCTAAGGCTTCTCTCAGGCTCCGCGCTACATGCGAGAAACTGAAAAA 983
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | ||||||||||| |||||
Sbjct 795 CGTCTCCCAGAATGCTAAGGCTTCTCTCAGGCTCCGTGCTGCGTGCGAGAAACTCAAAAA 854
Query 984 GGTTCTAAGCGCTAATCCTATGGCACCATTGAATATCGAGTGTTTGATGGCTGAGAAAGA 1043
|||||||||||| |||||| | |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 855 GGTTCTAAGCGCAAATCCTGTCGCACCATTGAATATCGAGTGTTTGATGGATGAGAAAGA 914
Query 1044 TGTTAGGGGTGTCATCAAGAGGGAAGAGTTTGAAGAGATCAGCATCCCGATTTTGGAGCG 1103
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||
Sbjct 915 TGTTAGGGGTGTCATCAAGAGGGAAGAGTTTGAAGAGATCAGCATCCCTATTCTGGAGCG 974
Query 1104 TGTTAAGAGGCCTTTAGAGAAAGCTCTCTCTGATGCGGGCCTCACTGTTGAAGATGTACA 1163
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 975 TGTTAAGAGGCCTCTAGAGAAAGCTCTCTCTGATGCGGGCCTCACAGTTGAAGATGTACA 1034
Query 1164 TATGGTCGAGGTTGTCGGCTCTGGCTCTCGTGTCCCTGCTATGATCAAGATTCTAACTGA 1223
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1035 TATGGTCGAGGTTGTCGGCTCTGGCTCTCGTGTCCCTGCTATGATCAAGATTCTAACTGA 1094
Query 1224 GTTTTTTGGTAAGGAGCCCAGGCGTACAATGAATGCAAGTGAGTGTGTGTCGAGGGGATG 1283
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1095 GTTTTTTGGTAAGGAGCCCAGGCGTACAATGAATGCAAGTGAGTGTGTGTCGAGGGGATG 1154
Query 1284 TGCCTTGCAGTGTGCCATTCTCAGTCCGACCTTTAAAGTTCGCGAATTCCAGGTTCATGA 1343
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1155 TGCCTTGCAGTGTGCCATTCTCAGTCCGACCTTTAAAGTTCGCGAATTCCAGGTTCATGA 1214
Query 1344 GAGCTTCCCTTTCTCAATATCGCTTGCTTGGAAAGGAGCAGCGACTGATGCTCAAAATGG 1403
|||||||||||||||||| ||||| || |||| ||||||||| | ||||||||||||||
Sbjct 1215 GAGCTTCCCTTTCTCAATTTCGCTGGCGTGGACAGGAGCAGCTTCCGATGCTCAAAATGG 1274
Query 1404 AGGCA-CTGAGAACCAGCAGAGCACTATTGTTTTTCCGAAAGGAAATCCTATTCCTAGTG 1462
||| | ||||||| |||||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1275 AGG-AGCTGAGAATCAGCAGAGCACTGTTGTTTTTCCCAAAGGAAATCCCATTCCTAGTG 1333
Query 1463 TCAAGGCTCTAACATTTTATCGTTCTGGAACATTCTCTATTGATGTGCAGTACAGTGATG 1522
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1334 TCAAGGCTCTAACATTTTATCGTTCTGGAACATTCTCTATTGATGTGCAGTACAGTGATG 1393
Query 1523 TGAACGATTTGCAAGCACCTCCTAAAATCAGCACATACACGATTGGTCCCTTCCAGTCAT 1582
|||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1394 TGAATGATTTGCAAGCACCTCCAAAAATCAGCACATACACGATTGGTCCCTTCCAGTCAT 1453
Query 1583 CAAAAGGCGAGAGGGCAAAGCTGAAAGTGAAAGTTAGATTGAACCTGCATGGAATTGTCT 1642
|||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1454 CAAAAGGCGAGAGGGCAAAGCTTAAAGTGAAAGTGAGATTGAACCTGCATGGAATTGTCT 1513
Query 1643 CTGTTGAATCAGCAACTCTTTTGGAAGAGGAAGAAGTTGAAGTATC-GGTCACAAAAGAT 1701
| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||
Sbjct 1514 CAGTTGAATCGGCAACTCTTTTGGAAGAGGAAGAAGTTGAAGT-TCCGGTCACAAAAGAT 1572
Query 1702 CAATCAGAGGAAACTGCTAAGATGGACACTGACAAAGCTTCTGCCGAGGCAGCTCCTGCT 1761
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1573 CAATCAGAGGAAACTACTAAGATGGACACTGACAAAGCTTCTGCCGAGGCAGCTCCTGCT 1632
Query 1762 TCTGGTGACTCTGATGTTAACATGCAGGACGCCAAAGATACCAGTGATGCAACTGGTACT 1821
| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| ||
Sbjct 1633 TTTGGTGACTCTGATGTTAACATGCAGGACGCCAAGGATACCAGTGATGCAGCTGGTTCT 1692
Query 1822 GACAATGGTGTTCCAGAGTCTGCTGAGAAGCCGGTGCAAATGGAAACTGATTCAAAGGCA 1881
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1693 GACAATGGTGTTCCAGAGTCTGCTGAGAAGCCGGTGCAAATGGAAACTGATTTAAAGGCT 1752
Query 1882 GAGGCTCCAAAGAAGAAGGTGAAGAAAACAAATGTACCACTGTCAGAATTGGTCTATGGT 1941
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1753 GAGGCTCCGAAGAAGAAGGTGAAGAAAACAAATGTACCACTGTCAGAATTGGTCTATGGT 1812
Query 1942 GCCTTGAAAACTGTGGAAGTTGAAAAGGCAGTGGAGAAGGAATTTGAGATGGCTCTGCAA 2001
||||||||| ||||||| || || ||||| |||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1813 GCCTTGAAATCTGTGGAGGTCGATAAGGCTGTGGAGAAGGAATTTGAGATGGCTTTGCAA 1872
Query 2002 GACAGAGTTATGGAAGAGACCAAGGACCGGAAGAATGCTGTTGAGTCTTATGTTTATGAT 2061
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1873 GACAGAGTTATGGAAGAGACCAAGGACCGAAAGAATGCTGTTGAGTCTTATGTTTATGAT 1932
Query 2062 ATGCGAAACAAACTGAG 2078
|||||||||||||||||
Sbjct 1933 ATGCGAAACAAACTGAG 1949
Score = 1005 bits (544), Expect = 0.0
Identities = 638/680 (94%), Gaps = 19/680 (3%)
Strand=Plus/Plus
Query 2160 TGAAGATGGGGAAGATGAGACCAAAGGTGTTTATGTTGCAAAGCTCGAGGAGCTCAAGAA 2219
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2030 TGAAGATGGGGAAGATGAGACCAAAGGTGTTTATGTTGCAAAGCTCGAGGAGCTCAAGAA 2089
Query 2220 GGTGGGTGACCCTGTTGAAGTGCGTTACAAGGAGTCGTTGGAAAGAGGGTCGGTCATTGA 2279
|||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2090 GGTGGGAGACCCTGTGGAAGTGCGTTACAAGGAGTCGTTGGAAAGAGGGTCGGTCATTGA 2149
Query 2280 TCAGCTTGGCTACTGTATTAACAGCTACAGAGAGGCAGCTGTGTCTAATGATCCCAAGTT 2339
||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2150 TCAGCTTGGTTACTGTATTAAGAGCTACAGAGAGGCAGCTATGTCTAATGATCCCAAGTT 2209
Query 2340 TGATCACATTGAATTGGCAGAGAAGCAAAAGGTTTTGAACGAGTGTGTGGAAGCAGAAGC 2399
||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2210 TGACCACATTGAATTGGCAGATAAGCAAAAGGTTTTGAACGAGTGTGTGGAAGCAGAAGC 2269
Query 2400 ATGGCTGCGGGAGAAGCAGCAGCAGCAGGACACGCTTCCCAAGTATGCCACACCGGCTCT 2459
|||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2270 ATGGCTACGGGAGAAGCAGCAGCAGCAGGACACACTTCCCAAGTATGCCACTCCGGCTCT 2329
Query 2460 CTTGTCAGCTGACGTAAAAAGCAAGGCAGAGGCATTGGACAAGTTTTGCAGGCCTATAAT 2519
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2330 CTTGTCAGCTGACGTAAAAAGCAAGGCGGAGGCATTGGACAAGTTTTGCAGGCCTATAAT 2389
Query 2520 GACCAAACCAAAGCCGGCGGCTAAAGCAGAGGCACCACAAGCCAAGGGAGGTGAGCAGGC 2579
|||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2390 GACCAAACCAAAACCGGC---TAAAGCAGAGGCACCACAAGCCAAGGGAGGTGAGCCGGC 2446
Query 2580 GGATGAGGGCAAGAGTGAGCCAGAGCAACCAGCTTCTGCCGAAGCAATGGAGACTGAGAA 2639
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2447 GGATGAGGGCAAGAGTGAGCCAGAGCAACCAGCTTCTGCCGAACCAATGGAGACTGAGAA 2506
Query 2640 TCCCGCGGAAGGTAGTACCTAAATGAATGACGAGAGCGAGATGGTGTTGTTGTATCGATT 2699
|||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2507 TCCCGCTGAAGGGAGTACCTAAATGAATGACGAGAGCGAGATGGTGTTGT---ATCGATT 2563
Query 2700 TTGTTTTAATTTACCTAGTGGAACCACTTTTTGTAGTTTCGCTATTATCCCCC-AAACGA 2758
|||||||||||||| |||||||||| ||| || |||||||||||||||||||| ||| ||
Sbjct 2564 TTGTTTTAATTTACGTAGTGGAACCTCTTATTCTAGTTTCGCTATTATCCCCCGAAA-GA 2622
Query 2759 TTCTATATTTAGTTCTTCCTTTCGACAT---TTTTTAGGAGGTATATTTTTTATTGTCTG 2815
|||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |
Sbjct 2623 TTCTATCTTTAGTTCTTCCTTTCGACAACAGTTTTTAGGAGGTATATT----ATTGT-T- 2676
Query 2816 TTCCTTGTGGTTTCATTTTA 2835
|||||||||||||| |||
Sbjct 2677 --CCTTGTGGTTTCATATTA 2694
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 111909139810
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5