BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G79950.1
Length=3123
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg477264 jgi|Araly1|477264|fgenesh2_kg.2__2394__AT1G79950.1 4839 0.0
> Ahg477264 jgi|Araly1|477264|fgenesh2_kg.2__2394__AT1G79950.1
Length=3051
Score = 4839 bits (2620), Expect = 0.0
Identities = 2893/3022 (96%), Gaps = 30/3022 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 78 TCTTCTTCGTCTTCTCCGGAGAGGTTTTGTGGTGTTATCGGCGGAATCCGACCCG--AA- 134
|||| ||||||||||||||||||| || | || ||||||||||||| || ||
Sbjct 45 TCTTGTTCGTCTTCTCCGGAGAGG--TT-T--TG----CGGCGGAATCCGAGGCGAAAAT 95
Query 135 AATGCCAAATTACAGCATCAGAGGAATCAATGTTGAATTCCCATTCGAGGCGTACCAGTC 194
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 96 AATGCCAAATTACAGCATCAGAGGAATCAATGTTGATTTCCCATTCGAGGCGTACCAGTC 155
Query 195 TCAGATCATATACATGGACAGAGTCATCGAGTCTCTTCAAAACAAATGTCATGCGCTTTT 254
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 156 TCAGATCATTTACATGGACAGAGTCATCGAGTCTCTTCAAAACAAATGCCATGCGCTTTT 215
Query 255 GGAGAGTCCTACGGGAACTGGGAAAACTCTTTGTCTTCTCTGTGCCACCTTAGCCTGGCG 314
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 216 GGAGAGTCCTACTGGAACTGGGAAAACTCTTTGTCTTCTCTGTGCCACCTTAGCCTGGCG 275
Query 315 AAAGAGTCTGGGCTCTTTCTCAACCCGTAAGGATCGGAAGAACAGTGCCATTCCTTGGTC 374
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || |||||||||||||
Sbjct 276 AAAGAGTCTGGGCTCTTTCTCAACCCGTAAGGATCGCAAGAACTGTTCCATTCCTTGGTC 335
Query 375 CGATTCAGACGAGCCT-CTGTCACAATCCggaggaggaggaggaggagCTTTTCCCACCA 433
||||| ||||| ||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||
Sbjct 336 AGATTCTGACGA-CCTAATGTCACAATCC------------GGAGGAGCTTTTCCTACCA 382
Query 434 -TAGTTTATGCGTCCCGGACTCATAGTCAGCTCCGCCAAGTGATCAAAGAATTAAAAAGA 492
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 383 TTA-TTTATGCGTCCCGGACTCATAGTCAGCTCCGCCAAGTGATCAAAGAATTAAAAAGA 441
Query 493 AGTAGCTACAGGCCTAAGATGGTGGTGCTTGGATCACGGGAGCAGTTATGCGTTAATGAG 552
|||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||| |||||||||||||||
Sbjct 442 AGTAGCTACAGGCCTAAGATGGTGGTCCTAGGATCGCGGGAGCAATTATGCGTTAATGAG 501
Query 553 GAAGTCAACTCCCTCCGTGGCAAAGCACTCACTAATGCCTGTCAGTACCTTTGCAAAAAG 612
||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 502 GAAGTCAACTCACTCCGTGGCAAAGCACTCACAAATGCTTGTCAGTACCTTTGCAAAAAG 561
Query 613 CGCGGTAAACGCCAATGCAACCATTTCAATCGCCTTCCAGATTATTTGAAGCATAACCCT 672
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 562 CGCGGTAAACGCCAATGCAACCATTTCAATCGCATTCCAGATTATTTGAAGCATAACACT 621
Query 673 CATATTGGCGACGAACCTGTTGACATTGAGGATTTGGTCAATATTGGAAAAGATTCTGGA 732
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 622 CATATTGGCGACGAACCACTTGACATTGAGGATTTGGTCAATATTGGAAAAGATTCCGGA 681
Query 733 CCATGCCCTTATTATATCACAAGAGAGCTTCACAAGGACGTGGACATCATATTTGCACCT 792
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 682 CCATGCCCGTATTATATCACAAGAGAGCTTCACAAGGACGTGGACATCATATTTGCACCT 741
Query 793 TACAACTACTTGATCAGCAATGGGTATAGAAAGTTTTTGAAAGTCAACTGGACTAATAGT 852
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 742 TACAACTACTTGATCAGCAATGGCTATAGAAAGTTTTTGAAAGTCAACTGGAATAATAGT 801
Query 853 GTCCTTATTTTTGATGAAGCGCACAATCTGGAAAGTTTATGCGCAGACTCTGCTTCATTT 912
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 802 GTCCTTATTTTTGATGAAGCGCACAATCTGGAAAGTTTATGCGCAGACTCAGCTTCATTT 861
Query 913 GACCTTCCTTCTGTTCTTTTATCGGCTTGCATTTCTGAAGCGCAAGAATGTGTACAACTT 972
||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 862 GACCTTCCTTCAGTTCTTCTATCGGCTTGCATTTCTGAAGCACAAGAATGTGTACAACTT 921
Query 973 GCGGCAGCAAGAAGGGATTCATTAAATGACGTTTCCATAAACCCTGAGAATTTTGCTATA 1032
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 922 GCGGCAGCAAGAAGGAATTCATTAAATGACGTTTCCATAAACCCTGAGAATTTTGCTATA 981
Query 1033 CTTAAAGGACTGCTTCTTAAGCTGCAGGAACTGATTTCTAAAGTGCCAATTCCCAAAAGG 1092
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 982 CTTAAAGGACTGCTTCTTAAGCTGCAGGAACTGATTTCTAAAGTGCCAATTCCAAAAAGG 1041
Query 1093 GACGAGGGATTTACCAAGCCTGGGCCTTACATATATGAAATGCTTAAAAGCCTTAACATC 1152
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1042 GACGAGGGATTTACCAAGCCTGGCCCTTACATATATGAAATGCTTAAAAGCCTTAACATC 1101
Query 1153 ACTCACGAAACTGCTCCTAAACTCATTGGTACAGTTGAGGAGGCTGCAGTGTTCCTGGAG 1212
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1102 ACTCACGAAACTGCTCCTAAACTCATTGGTACAGTTGAGGAGGCTGCAGTGTTCCTGGAG 1161
Query 1213 GAGGAAAAACAACGAACAGCGACCAACGCTGGAAGCAAACTAGAAATCATTGCTGACATG 1272
||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1162 GAGGAGAAACAACGAACAGCGACCAACTCTGGAAGCAAACTAGAAATCATTGCTGACATG 1221
Query 1273 CTTAAGCTGATCTTTAGAGAAAATGGAAGTAACCATGCAGATGTTTATCGTGTTCATGTA 1332
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1222 CTTAAGCTGATCTTTAGAGAAAATGGAAGTAACCATGCAGATGTTTATCGTGTTCATGTA 1281
Query 1333 CAGGAGCTGGAGCAAAATTCTACTGATGTGATGAAAGGCAAGGTATCAAGAACGCTTAGC 1392
|| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1282 CAAGAGCTGGAGCAAAATTCTACTGATATGATGAAAGGCAGGGTATCAAGAACGCTTAGC 1341
Query 1393 TGGTGGTGCTTCAGTCCTGGGATTACCATGCTGGACATAGCACAAAAAGGTGTTGGGTCT 1452
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1342 TGGTGGTGTTTCAGTCCTGGGATTACCATGCTGGACATAGCAAAAAAAGGTGTTGGGTCT 1401
Query 1453 ATCATTTTAACATCAGGGACCTTGTCTCCCATGGATTCATTGGCTCAAGAACTAAAACTG 1512
|||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1402 ATCATTTTAACATCGGGGACTTTGTCTCCCATGGATTCATTGGCTCAAGAACTAAAACTA 1461
Query 1513 GACTTTCCCATTCGGTTGGAGAATCCCCATGTTATATCCTCAAATCAGCTATGGGCTGGA 1572
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1462 GACTTTCCCGTTCGGTTGGAGAATCCCCATGTTATATCTTCAAATCAGCTATGGGCTGGA 1521
Query 1573 GTTGTAAGTACTGGTCCATCAGGGTACGTTCTTAATTCTAGCTACCGCAATCGTGATGTC 1632
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1522 GTTGTAAGTACTGGTCCATCAGGGTACGTTCTTAACTCTAGCTACCGCAATCGTGATGTA 1581
Query 1633 CCAGAGTACAAACAAGAACTTGGGAATGCCATAGTTAACTTTTCTCGAGTCGTGCCTGAA 1692
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1582 CCAGAGTACAAACAAGAACTTGGGAATGCCATAGTCAACTTTTCTCGAGTCGTGCCAGAA 1641
Query 1693 GGACTGCTGATATTTTTCCCTTCCTATTACCTTATGGACTCTTGCATTACATTTTGGAAA 1752
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1642 GGACTGCTGATATTTTTCCCTTCCTATTACCTTATGGACTCTTGCATTTCATTTTGGAAA 1701
Query 1753 AATGGGTGTTACAGAAACTCAATGACAGTATGGGAAAGAATTTGCAAGCTCAAGAAACCT 1812
||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1702 AATGGGTGTCACAGGAACTCAATGACAGTATGGGAAAGAATTTGCAAGCTCAAGAAACCT 1761
Query 1813 GTCATTGAACCCAAGGATTCCTCCCTCTTTCCTGCAGCAATGCGGGACTTTTCAGAAAAA 1872
||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1762 GTCATTGAACCTAAGGATTCGTCCCTCTTTCCTGCAGCAATGCAGGACTTTTCAGAAAAA 1821
Query 1873 TTGCAAGACAGAGCAACTTCGGGTGTGGTGTTTTTTGCCGTTTGTCGCGGTAAGGTCAGC 1932
|||||||||||| | |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1822 TTGCAAGACAGATCGACTTCGGGTGTGGTATTTTTTGCCGTTTGTCGTGGTAAGGTCAGT 1881
Query 1933 GAAGGACTGGATTTTGCTGACGGTGCTGGCAGAGCTGTCGTCATTACTGGGTTACCTTAT 1992
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1882 GAAGGACTGGATTTTGCTGACGGTGCTGGCAGAGCTGTCGTCATTACTGGGTTACCTTAT 1941
Query 1993 GCCAGGGTGACAGATCCTAGGGTTAA-ATTGAAACGAGAGTTTCTGGATGAACAATCACA 2051
|||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1942 GCCAGGGTGACAGATCCTAGGG-TAATATTGAAACGAGAGTTTCTGGATGAACAATCACA 2000
Query 2052 ACTTGCAGATGTTAAGCTTCCAAGATCAACCCTACTATCTGGAAGCATGTGGTACAGTCA 2111
|||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2001 ACTTGCAGATGTCAAGCTTCCAAGATCAACCCTTCTATCTGGAAGCATGTGGTACAGTCA 2060
Query 2112 AGAAGCCGCACGGGCTGTGAATCAAGCAATTGGACGTGTAATCCGCCATCGTCATGATTA 2171
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2061 AGAAGCCGCACGGGCTGTGAATCAAGCAATTGGACGTGTAATCCGCCATCGCCATGATTA 2120
Query 2172 TGGAGCTATCATCTTTTGTGATGACAGATTTGAACAACCATCCCAGCAATCCAAGATATC 2231
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2121 TGGAGCTATCATCTTTTGTGATGACAGATTTGAACAACCGTCCCAGCAATCCAAGATATC 2180
Query 2232 ACTTTGGATACGACCTAACGTCAAGTGCTACTCTAGATATGGAGAGGTTATTTCTGACCT 2291
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2181 ACTTTGGATACGACCTAACGTCAAGTGCTACTCTAGATATGGAGAGGTTATTTCTGACCT 2240
Query 2292 TGCTCGATTTTTCCGGACTGAAAGATCAAATTTTCCTGCAAGGCTTGTAACAGAACAAGA 2351
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2241 TGCTCGATTTTTCCGGACTGAAAGATCAAATTTTCCTGCAAGGCTTGTAACAGATCAAGA 2300
Query 2352 GAACAATATAGTTTCAACATTGTTACCAGTGGAATCAATCGAGGATAATCCTACACCAGC 2411
|||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| | |||||||||||||||||||
Sbjct 2301 GAACAATATAGTTTCAACATTGGTACCAATGGAATCAACCAAGGATAATCCTACACCAGC 2360
Query 2412 CTTTGGTAATAGTAATTTGAAAAACGTTGGGGTTGCACAAAATGAGTTGAGTAGACTGGA 2471
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||
Sbjct 2361 CTTTGGTAATAGTAATTTGAAAAACGTTGGGGTTGCGCAGAATGAGTTGAGTAGACTGGA 2420
Query 2472 AGCGTTTCCTCCTGCAAATCGGGCTTCACCCTTGGAGCGTGACGGAAATAATGTTAAACG 2531
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2421 AGCATTTCCTCCTGCAAATCGGGCTTCACCCTTGGAGCGTGACGGAAATAATGTTAAATG 2480
Query 2532 GAATGGTTTGACCATTCTTAAACATACAGGCAAGATACCTCGCATTGTAAAGGGAGATGT 2591
||| || ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2481 GAAAGGCCTGACCATTCTTAAACATACGGGCAAGATACCTCGCATTGTAAAGGGAGATGT 2540
Query 2592 TATGCAGGGTTGTTCTTCACGGAAGGCTAAGTTGGTGGAACTAAGTGATGATGAGGAGAC 2651
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2541 TATGCAGGGTTGTTCTTCACGGAAGGCTAAGTTAGTGGAACTAAGTGATGATGAGGAGAC 2600
Query 2652 TCCGGTAGAGAGGAGATGTGAAGTAGTGGATCTAGAAAGCGACAACTGTGAGACGCAGAC 2711
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2601 TCTGGTAGAGAGGAGATGTGAAGTAGTGGATCTAGAATGCGACAACTGTGAGAAGCAGAC 2660
Query 2712 CTGTGTAACTGAAGTGCTTGCATCAAGCACATGTTTGAACACAATGGGACTaaaaaaaaa 2771
||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2661 CTGTGAAACAGAAGTGCTTGCATCAAGCACATGTTTCAACACAATGGGACTAAAAAAAAA 2720
Query 2772 GCGAAAGGTTCCAGAGAGTCAGGGAAGTGCATCGTCGTCAGTGTTGACAGCGAAAGGGAA 2831
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2721 GCGAAAGGTTCAAGAGAGTCAGGGAAGTGCATCGTCGTCAGTGTTGACAGCGAAAGGAAA 2780
Query 2832 TGGAGGTGGTGATAAAAAGGAAGCAAGTGCATCTGCGTTTTTGAGTCAAGTCAAAGAGAA 2891
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2781 TGGAGGTGGTAATAAAAAGGAAGCAAGTGCATCTGCATTTTTGAGTCAAGTCAAAGAGAA 2840
Query 2892 ACTCAACACAGAAGAATATAAGAAGTTCATTGGATACATGCAAGCATTGAAGAAGAAGGA 2951
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2841 GCTCAACACAGAAGAATATAAGAAGTTCATTGGATACATGCAAGCATTGAAGAAGAAGGA 2900
Query 2952 GATTAAGTTAGCAAACGTGATGCAGTCCATTGTGCAACTGTTCTGTGGAAGTGAGAGGGA 3011
|||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| | ||||||||
Sbjct 2901 GATTAAGTTAGCAAACGTGATGGAGTCGATTGTGCAACTGTTCTGTGGAGGAGAGAGGGA 2960
Query 3012 TCATCTTCTAATGGGATTCAAAGACTTTGTGCCAGTAAAGTATCGTCCTGCCTACGAGGA 3071
||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2961 TCATCTTCTCATGGGATTCAAGGACTTTGTGCCAGTAAAGTATCGTCCTGCCTATGAGGA 3020
Query 3072 ATGCATTAAAACGAGAAAAAGA 3093
||||||||||||||||||||||
Sbjct 3021 ATGCATTAAAACGAGAAAAAGA 3042
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 117965488765
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5