BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G80350.1
Length=1932
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg927472 jgi|Araly1|927472|scaffold_203033.1 2686 0.0
> Ahg927472 jgi|Araly1|927472|scaffold_203033.1
Length=1612
Score = 2686 bits (1454), Expect = 0.0
Identities = 1559/1610 (97%), Gaps = 5/1610 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 159 tttttAGTAAAAGAGGAAATGGTGGGAAGTAGTAATTCGTTAGCGGGTCTACAAGACCAC 218
|||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||
Sbjct 6 TTTTGAGTAAAAGAGGAAATGGTGGGTAGTAGTAATTCGTTGGCGGGTCTACAAGATCAC 65
Query 219 TTGAAATTAGCGAGAGAATATGCACTAGAAGGATCCTATGACACATCTGTCATCTTCTTC 278
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 66 TTGAAATTAGCGAGAGAATACGCACTAGAAGGATCCTACGACACATCTGTCATCTTCTTC 125
Query 279 GATGGCGCCATTGCTCAGATCAACAAGCATTTAAACACCCTTGACGATCCTTTGGCCCGG 338
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 126 GATGGCGCCATTGCTCAGATCAACAAGCATTTAAACACCCTTGACGATCCTTTGGCCCGG 185
Query 339 ACCAAATGGATGAACGTTAAAAAGGCCATAATGGAAGAGACGGAAGTTGTGAAGCAATTG 398
|| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 186 ACTAAATGGATGAACGTTAAAAAAGCCATAATGGAAGAGACGGAAGTTGTTAAGCAATTG 245
Query 399 GATGCAGAGAGGAGAGCATTTAAAGAAGCTCCCACTGGGCGTCGCGCTGCTTCTCCACCT 458
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 246 GATGCAGAGAGGAGAGCATTTAAAGAAGCTCCCACTGGGCGTCGCGCTGCTTCTCCGCCT 305
Query 459 ATCAATACCAAATCATCCTTTGTTTTTCAGCCCTTGGATGAGTATCCAACTTCATCCGGT 518
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 306 ATCAATACCAAATCATCCTTTGTTTTTCAGCCCTTGGATGAGTATCCAACTTCATCC--- 362
Query 519 GGTGGTCCTATGGATGATCCTGATGTGTGGAGGCCTCCTACCCGTGATGTTACTAGTCGA 578
| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||
Sbjct 363 GCTGCTCCTATGGATGATCCTGATGTGTGGAGGCCTCCTACCCGTGATGTTTCTAGTAGA 422
Query 579 AGACCCGCCAGGGCTGGTCAAACTGGTACTAGAAAATCACCTCAAGATGGGGCTTGGGCT 638
|||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 423 AGACCCGCCAGGCCTGGTCAAACTGGTACCAGAAAATCACCTCAAGATGGGGCTTGGGCT 482
Query 639 CGTGGCCCTACTACACGGACCGGTCCAGCTTCCCGTGGTGGCAGAGGTGGGGCTACTAGT 698
||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 483 CGTGGCCCTACAACACGAACAGGTCCAGCTTCCCGTGGTGGAAGAGGTGGGGCTACTAGT 542
Query 699 AAGTCAACTGCAGGTGCCCGCTCTTCCACTGCCGGAAAGAAGGGAGCTGCCTCAAAATCT 758
||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 543 AAGTCAACTGCAGGTACCCGCTCTTCCACTGCCGGTAAGAAGGGAGCTGCCTCAAAATCT 602
Query 759 AACAAGGCTGAGTCTATGAATGGTGATGCTGAAGATGGGAAGTCAAAAAGGGGATTGTAT 818
| |||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||
Sbjct 603 ACCAAGGCAGAGTCTATGAATGGTGATGCTGAAGACGGGAAGTCAAAACGGGGATTGTAT 662
Query 819 GAGGGACCTGATGAGGACCTGGCTGCTATGCTTGAAAGGGATGTGTTGGACTCAACTCCT 878
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 663 GAGGGACCTGATGAGGACCTGGCCGCTATGCTTGAAAGGGATGTGTTGGACTCAACTCCT 722
Query 879 GGTGTCCGTTGGGATGATGTTGCAGGTTTGTCTGAAGCCAAAAGGCTGCTTGAGGAGGCA 938
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 723 GGTGTCCGTTGGGATGATGTTGCAGGTTTGTCTGAAGCCAAAAGGCTGCTTGAGGAGGCA 782
Query 939 GTTGTCCTTCCTTTATGGATGCCCGAATACTTTCAGGGTATTCGAAGACCATGGAAAGGA 998
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 783 GTTGTCCTTCCTTTATGGATGCCCGAATACTTTCAGGGTATTCGAAGACCATGGAAAGGA 842
Query 999 GTTCTCATGTTTGGTCCTCCTGGGACAGGTAAAACCCTGTTGGCAAAAGCTGTTGCAACT 1058
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 843 GTTCTCATGTTTGGTCCTCCTGGGACAGGTAAAACCCTGTTGGCAAAAGCAGTTGCAACC 902
Query 1059 GAGTGTGGTACCACCTTCTTCAATGTATCTTCTGCTACATTAGCTTCAAAATGGCGTGGA 1118
||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 903 GAGTGTGGTACCACCTTCTTCAACGTCTCTTCTGCTACATTAGCTTCAAAATGGCGTGGA 962
Query 1119 GAGAGTGAGCGCATGGTCAGATGCCTGTTTGATCTGGCTAGGGCATATGCTCCAAGCACA 1178
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 963 GAGAGTGAGCGCATGGTCAGATGCCTGTTTGATCTGGCTAGGGCATATGCTCCAAGTACA 1022
Query 1179 ATTTTTATTGATGAGATCGACTCTCTCTGCAATTCTCgggggggTTCTGGAGAGCATGAA 1238
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1023 ATTTTTATTGATGAGATCGACTCTCTCTGCAATTCTCGGGGGGGTTCTGGAGAGCATGAA 1082
Query 1239 TCATCAAGAAGGGTGAAATCGGAACTCCTAGTTCAAGTAGATGGAGTGAGCAATACAGCG 1298
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1083 TCGTCAAGAAGGGTGAAATCGGAACTCCTAGTTCAAGTAGATGGAGTGAGCAATACAGCG 1142
Query 1299 ACAAATGAAGATGGTAGTCGCAAAATAGTAATGGTATTGGCAGCTACCAACTTCCCGTGG 1358
||||||||||| ||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1143 ACAAATGAAGACGGTAGTCGCAAAATAGTGATGGTACTGGCAGCTACCAACTTCCCATGG 1202
Query 1359 GACATAGATGAAGCTCTCAGGAGGAGGTTGGAAAAACGTATATATATCCCACTTCCAGAT 1418
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1203 GACATAGATGAAGCTCTCAGGAGGAGGCTGGAAAAACGTATATATATCCCACTTCCAGAT 1262
Query 1419 TTTGAAAGTCGTAAGGCTCTTATCAATATCAATCTGAGAACAGTTGAGGTGGCGAGTGAT 1478
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1263 TTTGAAAGTCGTAAGGCACTTATCAATATCAATCTGAGAACAGTCGAGGTGGCGAGTGAT 1322
Query 1479 GTTAACATTGAAGATGTGGCCCGGAGAACGGAAGGGTACAGTGGAGACGATCTGACTAAC 1538
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1323 GTTAATATTGAAGATGTGGCCCGGAGAACGGAAGGGTACAGTGGAGACGATCTGACTAAC 1382
Query 1539 GTGTGCAGGGACGCATCAATGAACGGGATGCGGCGTAAGATAGCGGGGAAAACGAGAGAT 1598
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1383 GTGTGCAGGGACGCATCAATGAACGGGATGAGGCGTAAGATAGCGGGGAAAACGAGGGAT 1442
Query 1599 GAGATAAAGAACATGTCGAAAGACGATATATCAAATGATCCAGTGGCAATGTGTGATTTC 1658
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||
Sbjct 1443 GAGATAAAGAACATGTCGAAAGACGATATATCAAATGATCCTGTGGCTATGTGTGATTTC 1502
Query 1659 GAAGAGGCCATTAGGAAAGTGCAACCGAGTGTGTCTTCCTCTGATATCGAGAAACACGAG 1718
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1503 GAAGAGGCCATTAGGAAAGTGCAACCGAGTGTGTCTTCCTCTGATATTGAGAAACACGAG 1562
Query 1719 AAGTGGCTCTCTGAGTTTGGATCTGCTTAATT-AAACCCACttttt-ttA 1766
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||
Sbjct 1563 AAGTGGCTCTCTGAGTTTGGATCTGCTTAATTTAAACCCACTTTTTCTTA 1612
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 72600006970
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5