BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G80360.1
Length=1492
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg927471 jgi|Araly1|927471|scaffold_203032.1 1916 0.0
> Ahg927471 jgi|Araly1|927471|scaffold_203032.1
Length=1225
Score = 1916 bits (1037), Expect = 0.0
Identities = 1148/1203 (95%), Gaps = 2/1203 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 68 GAAATGGGTTCGTTTGGGATGCTTTCGAGGAGAACGTTGGGCACTGATATGCCCGTCATG 127
|||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||
Sbjct 18 GAAATGGGTTCGTTCGGGATGCTTTCGAGGAGAACCTTGGGCACCGATATGCCCGTCATG 77
Query 128 GCTCAGATTCGGAGTTTGATGGCGGAATTGACGAACCCCATGTCTCTCGCCCAGGGAGTG 187
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 78 GCTCAGATTCGGAGTTTAATGGCGGAATTGACGAACCCCATGTCTCTCGCCCAGGGAGTG 137
Query 188 GTGCATTGGCAGCCTCCTCAAAAGGCCTTAGAGAAGGTCAAGGAGCTTGTCTGGGATCCT 247
||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||
Sbjct 138 GTGCATTGGCAGCCTCCCCAAAAGGCCTTAGACAAGGTCAAGGACCTTGTTTGGGATCCT 197
Query 248 ATCATTAGTTCTTATGGCCCCGATGAAGGTCTTCCCGAGTTGAGACAGGCTCTTCTCAAA 307
|| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||
Sbjct 198 ATGGTTAGTAATTATGGCCCCGATGAAGGTCTTCCCGAGTTAAGACATGCTCTTCTCAAT 257
Query 308 AAGCTGCGTGAAGAAAACAAGC-TAACCAATTCACAAGTGATGGTTACTGCAGGTGCCAA 366
|||||||||| ||||||||||| || |||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 258 AAGCTGCGTGTAGAAAACAAGCTTACCCAA-TCACAAGTGATGGTTACTGCAGGTGCCAA 316
Query 367 TCAGGCGTTTGTGAACCTTGTTATTACATTATGTGATGCTGGTGATTCGGTTGTCATGTT 426
|||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 317 TCAGGCGTTTGTTAACCTTGTTATCACATTATGTGATGCTGGTGATTCTGTTGTCATGTT 376
Query 427 TGAGCCATACTACTTCAACTCCTACATGGCCTTTCAGATGACAGGAGTCACCAACATAAT 486
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 377 TGAGCCATACTACTTCAATTCCTACATGGCCTTTCAGATGACAGGAGTCACCAACATAAT 436
Query 487 TGTTGGTCCTGGCCAGTCAGACACTCTCTATCCTGACGCTGACTGGTTAGAGAGGACACT 546
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 437 TGTTGGCCCTGGCCAGTCAGACACTCTCTATCCTGACGCAGACTGGTTAGAGAGGACACT 496
Query 547 GTCTGAGTCTAAACCGACTCCGAAAGTTGTAACTGTTGTGAATCCTGGTAACCCAAGTGG 606
|||||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 497 CTCTGAGTCTAAACCAACCCCAAAAGTTGTAACTGTTGTGAATCCTGGTAACCCAAGCGG 556
Query 607 CACCTATGTCCCTGAACCGCTGCTTAAGAGGATTGCTCAAATATGCAAAGATGCAGGGTG 666
||||||||||||||||||||| |||||||||||| | |||||||||||||||||||||||
Sbjct 557 CACCTATGTCCCTGAACCGCTTCTTAAGAGGATTTCACAAATATGCAAAGATGCAGGGTG 616
Query 667 CTGGCTGATTGTAGATAACACATACGAGTATTTCATGTATGACGGTTTAAAACATTGTTG 726
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||
Sbjct 617 TTGGCTGATTGTAGATAACACATACGAGTATTTCATGTATGACGGTTCAAAACATTCTTG 676
Query 727 CGTTGAGGGAGACCACATTGTTAATGTCTTCTCTTTCTCTAAAACCTATGGCATGATGGG 786
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 677 CGTTGAGGGAGACCACATTGTTAATGTCTTCTCTTTCTCTAAAACCTACGGCATGATGGG 736
Query 787 TTGGAGGCTTGGATATATAGCTTACTCAGAGAGATTAGATGGGTTTGCAACAGAGCTTGT 846
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 737 TTGGAGGCTTGGATATATAGCTTACTCAGACAGATTAGATGGGTTTGCAACAGAGCTTGT 796
Query 847 GAAAATTCAGGACAACATCCCAATCTGTGCTGCCATAATCTCGCAGCGACTGGCTGTATA 906
||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| | ||||
Sbjct 797 GAAAATTCAAGACAACATACCAATCTGTGCCGCCATAATCTCGCAGCGACTGGGTCTATA 856
Query 907 CGCATTAGAGGAAGGTTCTGGGTGGATAACGGAACGGGTAAAGAGTCTAGTGAAGAACAG 966
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |
Sbjct 857 CGCATTAGAGGAAGGTTCTGGGTGGATAACGGAACGGGTAAAGAGCCTAGTGAAGAACCG 916
Query 967 GGATATTGTGAAAGAGGCGCTTGAGCCGCTGGGGAAGGAGAACGTTAAGGGAGGAGAAGG 1026
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 917 GGATATTTTGAAAGAGGCGCTTGAGCCGCTGGGGAAGGAGAACGTTAAGGGAGGAGAAGG 976
Query 1027 AGCGATATACCTGTGGGCAAAACTGCCAGAGGGACACAGAGATGATTTCAAGGTGGTGCG 1086
|||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 977 AGCGATTTACCTGTGGGCGAAACTACCAGAGGGACACAGAGATGATTTCAAGGTGGTGCG 1036
Query 1087 GTGGCTGGCTCACCGCCATGGTGTGGTGGTGATCCCGGGGTGTGCAAGTGGTAGCCCCGG 1146
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1037 GTGGCTGGCTCACCGCCATGGTGTGGTGGTGATCCCGGGGTGTGCAAGTGGTGGCCCCGG 1096
Query 1147 GTATCTCCGGGTTTCCTTTGGAGGGTTGCAGGAGGTTGAAATGAGAGCTGCAGCGGCGAG 1206
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1097 GTATCTCCGGGTTTCCTTTGGAGGGTTGCAAGAGGTTGAAATGAGAGCTGCAGCGGAGAG 1156
Query 1207 GCTGAGGAAAGGAATAGAGGAGCTGCTTCACCATGGAATGGTGGAGTGAGACGTTGTTTA 1266
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |
Sbjct 1157 GCTGAGGAAAGGATTAGAGGAGCTGCTTCACCATGGAATGGTGGAGTGAGATGTTGTTAA 1216
Query 1267 AAG 1269
|||
Sbjct 1217 AAG 1219
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 55840299170
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5