BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G80680.1
Length=3632
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg927433 jgi|Araly1|927433|scaffold_202994.1 5166 0.0
> Ahg927433 jgi|Araly1|927433|scaffold_202994.1
Length=3180
Score = 5166 bits (2797), Expect = 0.0
Identities = 3057/3185 (96%), Gaps = 7/3185 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 190 TTTGTTTCTGTTTCCTTCAATCATGACGTCTCTTTCTATTCAACCATTTCCAGAGATTTC 249
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 TTTGTTTCTGTTTCCGTCAATCATGACGTCTCTTTCTATTCAACCATTTCCAGAGATTTC 60
Query 250 AAGGATGGCTAGAGATTTGGACTCGCGAAAGAAAAGAAGGATCTCTTTAGATGGAATTGC 309
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 61 AAGGATGGCTAGAAATTTGGACTCGCGAAAGAAAAGAAGGATCTCTTTGGATGGAATTGT 120
Query 310 TGCCTTGTGTGAGCATTCCAAAGAGATCATTGATTCATTGCCTATGTTGAATTCTCCTGA 369
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 121 TGCCTTATGTGAGCATTCCAAAGAGATCATTGATTCATTGCCTATGTTGAATTCACCTGA 180
Query 370 CTACTTCTTGAAGCCATGTATAAACGAGCTGGTTGAGCGAGAAATTGAAAGCCCTGATTA 429
||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 181 CTACTTCTTGAAGCCATGTATGAATGAGCTGGTTGAGCGAGAAATTGAAAATCCTGATTA 240
Query 430 TTGCAGCCGGGTTCCTGATTTTACTATTGGCAGGATTGGTTACGGTTATATTAGGTTTCT 489
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||
Sbjct 241 TTGCAGCCGGGTTCCTGATTTCACTATTGGCAGGATTGGTTACGGTTATATCAAGTTTCT 300
Query 490 TGGAAACACGGATGTTAGAAGGTTGGACCTGGATCACATAGTTAAGTTTCATAGGCACGA 549
||||||||| ||||| | |||||||||| ||||||| ||||||||||||| |||||||||
Sbjct 301 TGGAAACACAGATGTAACAAGGTTGGACTTGGATCAGATAGTTAAGTTTCGTAGGCACGA 360
Query 550 GGTTATTGTTTATGATGATGAGAGCTCCAAGCCGGTTGTTGGTGAGGGACTTAACAAGGC 609
||| ||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 361 GGTAATTGTTTATGATGATGAGACCTCCAAGCCAGTTGTTGGTGAGGGACTTAACAAGGT 420
Query 610 TGCTGAGGTGACTCTGGTCGTAAACATACCAGATCTAACTTGGGGAAAACAGCAAGTTAA 669
|||||||||||||||| | |||||||||||| ||||||||||||||||| ||| |||| |
Sbjct 421 TGCTGAGGTGACTCTGATTGTAAACATACCAAATCTAACTTGGGGAAAAGAGCGAGTTGA 480
Query 670 CCATATTGCTTATAAATTGAAACAGAGCACGGAAAGACAAGGAGCAACTTTCATCTCATT 729
|||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 481 CCATATTGCTTACAAATTAAAACAGAGCACGGAAAGACAAGGGGCAACTTTCATCTCATT 540
Query 730 TGATCCCGATAATGGTTTATGGAAGTTCTTCGTTCCTCATTTCAGCAGATTTGGGTTGAG 789
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||
Sbjct 541 TGATCCCGATAATGGTTTATGGAAGTTCTTGGTTCCACATTTCAGCAGATTTGGATTGAG 600
Query 790 TGATGATGAGGCAGAAGATATTGCAATGGATGATGCGCCAGGTTTGGGAGATCCCGTAGG 849
||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 601 TGATGATGAGGCAGATGATATTGCTATGGATGATGCGCCAGGTTTGGGAGATCCTGTAGG 660
Query 850 ACTGGATGGTAAAAAGGTAGCTGACATTGATGAAGAAGATCAGATGGAAACTTCGGAGCT 909
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||
Sbjct 661 ACTGGATGGTAACAAGGTAGCTGACATTGATGAAGAAGATCAAATGGAAACTTCTGAGCT 720
Query 910 AGAGCTTTCTCATTCTCTCCCAGCTCATTTAGGACTTGATCCTGAAAAGATGAAAGAAAT 969
|||||||||||| ||||| ||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 721 AGAGCTTTCTCACTCTCTTCCAGCTCATCTAGGACTTGATCCTGGAAAGATGAAAGAAAT 780
Query 970 GAGAATGCTGATGTTTCCTAATGAAGATGAAGACGAAAGTGAGGACTTTAGAGAGCAAAC 1029
||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 781 GAGAATGCTGATGTTTCCTAATGAAGATGTAGACGAGAGTGAGGACTTTAGAGAGCAAAC 840
Query 1030 TTCCCATCTTATGACATCCTTGACTAAACGAAATGTAAGACCTTCGCAGAAAATTGCTCA 1089
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||
Sbjct 841 TTCCCATAATATGACATCCTTGACTAAACGAAATGTAAGACCTTCACAGAAAATTTCTCA 900
Query 1090 AAGAAATAGTCATCAAGACCCTCCACCGGTCGTGCGCAAAACTCCGCTTGCTTTGCTGGA 1149
||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||
Sbjct 901 AAGAAATAGTCATCAAGACCCTCCACCTGTCGTGCGGAAAACTCCGCTTGCGTTGCTGGA 960
Query 1150 GTATAACCCTGGTAATGATAAAAGCTCCCCAGGTAGTATCCTGATGGTACAACAAAATAA 1209
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 961 GTATAACCCTGGTAATGATAAAAGCTCCCCAGGCAGTATCCTGATGGTGCAACAAAATAA 1020
Query 1210 GAATTTGGCAGTGAGAAAGTCGAAAACGGGAGGTTTCGAGCTGGACATCAGCCATGTCAC 1269
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1021 GAATCTGGCAGTGAGAAAGTCGAAAACGGGAGGTTTCGAGCTGGACATCAGCCATGTCAC 1080
Query 1270 ACCGTTAACTGATAACTATTCCCGCAATGTTGTTGATGCAGCATTATTCATGGGAAGATC 1329
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1081 GCCATTAACTGATAACTATTCCCGCAATGTTGTTGATGCAGCATTATTCATGGGAAGGTC 1140
Query 1330 GTTCCGAGCAGGTTGGGGCCCAAATGGCGTTCTTTTTCACACTGGTAAGCCAATATGTAG 1389
|||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1141 GTTCCGAGCAGGTTGGGGCCCAAATGGCATCCTTTTTCACACTGGTAAGCCAATATGTAG 1200
Query 1390 CTCCAGTTCCCAGATGGTATTGTCTTCTGTGATCAATAAAGAAAAGATAGCAATTGACAA 1449
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1201 CTCCAGTTCCCAGATGGTATTGTCTTCTGTGATCAATAAAGAAAAGATAGCAATTGACAA 1260
Query 1450 AGTGGTTTGGGATAGAAAGGGAAAAGTTCAGAAAGAACTTATTGATTCTGCGTTTGAGGC 1509
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1261 AGTGGTTTGGGATAGAAAGGGAAAAGTTCGGAAAGAACTTATTGATTCTGCGTTTGAGGC 1320
Query 1510 TCCCTTAAGTCTCCACAAGGAATTGAATCATGTAGAAGAAGAAGTTAGGTTTGGCTCTTT 1569
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1321 TCCCTTAAGTCTCCACAAGGAATTGGATCATGTAGAAGAAGATGTTAGGTTTGGCTCTTT 1380
Query 1570 CAGTCTTAAACTTCAGAATGTTGTCACCGATCGTGTAGTTCTTTCAGATATCTGCCGAAG 1629
||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1381 CAGACTTAAACTTCAGAATGTTGTCACTGATCGTGTAGCTCTTTCAGATATCTGCCGAAA 1440
Query 1630 TTATATTGGTATAATCGAGAAACAGCTGGAAGTTGCTGGGTTGTCCACATCTGCGAAGCT 1689
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1441 TTATATTGGTATAATCGAGAAACAGCTGGAAGTTGCTGGGTTGTCCACATCTGCGAAGCT 1500
Query 1690 GTTTTTAATGCACCAAGTCATGGTCTGGGAACTCATAAAAGTTCTCTTTTCTGAGAGACA 1749
|||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1501 GTTTTTGATGCACCAAGTCATGGTGTGGGAACTCATAAAAGTTCTCTTCTCTGAGAGACA 1560
Query 1750 GAGTACTGAACGTTTG-ATGTATGCAGCTTCTGATAACGAGGAAGACG-TGATGCAGGAT 1807
|||||||||||||||| || |||||||||||||||| |||||||| | |||||||||||
Sbjct 1561 GAGTACTGAACGTTTGAAT-CATGCAGCTTCTGATAATGAGGAAGA-GATGATGCAGGAT 1618
Query 1808 GTGAAGGAAGATTCTGCAAAAATTGATACAGAAGCTCTTCCGCTTATCCGAAGAGCAGAA 1867
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1619 GTGAAGGAAGATTCTGCAGAAATTGATACAGAAGCTCTTCCACTTATCCGAAGAGCAGAA 1678
Query 1868 TTCAGTTGTTGGCTCCAAGAAAGTGTCAGTCACCGTGTACAAGAAGATGTGAGTGATCTA 1927
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1679 TTCAGTTGTTGGCTCCAAGAAAGTGTCAGTCACCGTGTACAAGAAGATGTGAGTGATCTA 1738
Query 1928 AATGGTTCTAGCTACCTTGAGCACTTATTCTTTCTTCTAACTGGACGAGAGCTTGATTCA 1987
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1739 AATGGTTCTGGCTACCTTGAGCACTTATTCTTTCTTCTAACTGGACGAGAGCTTGATTCA 1798
Query 1988 GCTGTGGAACTTGCCATATCTAAGGGAGATGTTAGACTTGCTTGTTTGTTGAGCCAGGCT 2047
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1799 GCTGTGGAACTTGCCATATCTAAGGGAGATGTTAGACTTGCTTGTTTGTTGAGCCAGGCT 1858
Query 2048 GGTGGATCAACTGTAAACCGCAATGATATCTTGCAGCAGCTTCACCTTTGGAGAAGGAAT 2107
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1859 GGTGGATCAACTGTAAACCGCAATGATATCTTGCAGCAGCTTCACCTTTGGAGAAGGAAT 1918
Query 2108 GGGCTGGATTTTAATTTCATTGAGAAGGAGAGAATTAAGCTTTACGAATTGCTTGCTGGT 2167
|||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||
Sbjct 1919 GGGCTGGATTTTAATTACATCGAGAAGGAGAGAATTAAGCTCTATGAATTGCTTGCTGGG 1978
Query 2168 AATATCCATGATGCGTTACAAGATTTTACAATTGACTGGAAGAGATTCCTAGGGTTGTTA 2227
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1979 AATATCCATGATGCGTTACAAGATTTTACAATTGACTGGAAGAGATTCCTAGGGTTGTTA 2038
Query 2228 ATGTGGCATCATCTACCTCCCGACAGTTCATTACCTATCATCTTCAGAAGCTATCAGCTC 2287
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2039 ATGTGGCATCATCTGCCTCCCGACAGTTCATTACCTGTCATCTTCAGAAGCTATCAGCTC 2098
Query 2288 CTACTAAATCAGGCAAAAGCTCCGTGGCCCGTCCCAATATATATTGATGAAGGACCTGCA 2347
|| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2099 CTGCTAGATCAGGCAAAAGCTCCGTGGCCCGTCCCAATATATATTGACGAAGGACCTGCA 2158
Query 2348 GATGGGTTTGTAAGCGACAACAAGCATTCTGACATCTTGTATTATCTTATGCTTCTACAC 2407
|||| |||||||||| | | ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2159 GATGTGTTTGTAAGC-A-A-CAAGCATTCTGACCTCTTGTATTATCTTATGCTTCTGCAC 2215
Query 2408 AGCAAAGAAGAGGAAGAATTTGGTTTCCTGCAGACTATGTTCAGTGCCTTCTCTTCAACT 2467
|||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2216 AGCAAAGAAGAGGAAGAAATTGGTTTCCTGAAGACTATGTTCAGTGCCTTCTCTTCAACT 2275
Query 2468 GATGATCCACTTGACTATCATATGATCTGGCACCACCGAGGAATTCTAGAAGCAGTTGGA 2527
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2276 GATGATCCACTTGACTATCATATGATCTGGCACCACCGAGGAATTCTGGAAGCAGTTGGA 2335
Query 2528 GCTTTCACTTCAGATGATCTTCACACTCTAGATATGGGATTTGTTGCACAGCTTCTCTCT 2587
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2336 GCTTTCACTTCAGATGATCTTCACACTCTCGATATGGGATTTGTTGCACAGCTTCTCTCT 2395
Query 2588 CAGGGCCTTTGTCATTGGGCTATCTACGTTGTTCTTCACATACCCTTCCGTGAAGATCAT 2647
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2396 CAGGGCCTTTGTCATTGGGCTATCTACGTTGTTCTTCACATACCCTTCCGTGAAGATCAT 2455
Query 2648 CCATATCTACACGTCACTGTCATTCGGGAAATCCTGTTTCAATACTGTGAAACTTGGAGT 2707
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||
Sbjct 2456 CCATATCTACACGTCATTGTCATTCGGGAAATCCTGTTTAAATTCTGTGAAACTTGGAGC 2515
Query 2708 TCTATGGAATCACAACGGCAATTTATCAAGGACTTGGGTATCCCTTCTGAATGGATGCAC 2767
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2516 TCTGTGGAATCACAACGGCAATTTATCAAGGACTTGGGTATCCCTTCTGAATGGATGCAC 2575
Query 2768 GAAGCTCTGGCAGTTTATTACAATTACCATGGAGATTTCGTAAAGGCTCTTGACCAGTTT 2827
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2576 GAAGCTCTGGCAGTTTATTACAATTACCATGGAGATTTCGTAAAGGCTCTTGACCACTTT 2635
Query 2828 ATTGAATGCGCAAACTGGCAAAGAGCTCATTCCATTTTTATGACGTCAGTTGCTCATTCA 2887
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2636 ATTGAATGCGCAAACTGGCAAAAAGCTCATTCCATTTTTATTACGTCAGTTGCTCATTCA 2695
Query 2888 TTGTTTTTGTCAGCTAACCATTCAGAAATCTGGAGAATTGCTACTTCAATGGATGATCGC 2947
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2696 TTGTTTTTGTCAGCTAACCATTCAGAAATATGGAGAATCGCTACTTCAATGGATGATCGC 2755
Query 2948 AAGTCTGAGATTGAAAACTGGGATTTGGGTGCTGGGATTTACATGTCATTCTATTTACTA 3007
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2756 AAGTCTGAGATTGAAAACTGGGATTTGGGTGCTGGGATTTACATGTCATTCTATTTACTA 2815
Query 3008 AAGAGTTCACTGCAAGAAGATGCTGATACGATGGTAGAACTGGAACCCCTTGATAGCACA 3067
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2816 AAGAGTTCACTGCAAGAAGATGCTGATACGATGGTAGAACTGGAACCCCTTGATAGCACA 2875
Query 3068 AACGAGTCTTGCAGAAATTTTGTCGGTCGTTTAAACGAATCATTGGCTGTTTGGGGTGAC 3127
|||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2876 AACGAGTCGTGCAGAAGTTTTGTCGGTCGTTTAAACGAATCATTGGCTGTTTGGGGTGAC 2935
Query 3128 AGATTACCAGTTGAAGCAAGAGTCGCATACTCAAAGATGGCTGAGGAAATATGCGATTTA 3187
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2936 AGATTACCAGTTGAAGCTAGAGTCGCATACTCAAAGATGGCAGAGGAAATATGCGATTTG 2995
Query 3188 CTTCTGTCAGATCTGAGTAAGAATCCAAGCCGAGAGACTCAGCTAACATGCTTTGAGACA 3247
|||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||
Sbjct 2996 CTTCTGTCAGATCTGAGTTTGGATCCAAGCCGAGAGACTCAGCTAAAATGTTTTGAGACG 3055
Query 3248 GCCTTTGATGCCCCTTTGCCAGAAGATGTAAGATCAACACATCTGCAAGACGCTGTGTCA 3307
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 3056 GCCTTTGATGCCCCTTTGCCAGAAGATGTAAGATCAACACATCTGCAAGATGCTGTGTCA 3115
Query 3308 CTCTTCTCTCTATATCTCTCAGAGACGGGCCAAATCTCAGCTTAGTAAAACAGACATTAT 3367
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||| |||
Sbjct 3116 CTCTTCTCTCTATATCTCTCAGAGACAAGCCAAATCTCAGCTTAGTGAAACAGACACTAT 3175
Query 3368 TATTC 3372
| |||
Sbjct 3176 TTTTC 3180
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 137197550665
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5