BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT2G01130.1
Length=3655
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg484020 jgi|Araly1|484020|fgenesh2_kg.5__12__AT2G01130.1 5310 0.0
> Ahg484020 jgi|Araly1|484020|fgenesh2_kg.5__12__AT2G01130.1
Length=3384
Score = 5310 bits (2875), Expect = 0.0
Identities = 3221/3386 (95%), Gaps = 31/3386 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 8 GTTTTGAATTTGGCTCCGATGACGAATCGTCTTCCTCCTTCGCTGTACGTTCCGCCTCAC 67
|||||||||||||||||||||| | ||||| |||||||||| ||||| ||||||||||||
Sbjct 4 GTTTTGAATTTGGCTCCGATGAAGGATCGTGTTCCTCCTTCCCTGTATGTTCCGCCTCAC 63
Query 68 CAGCGCCTTGGTTCCGATTACGGCTTCAATCCTGTTCCTCTCTCTCCAGTTCGCTATGTC 127
||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||| || ||||||||||||
Sbjct 64 CAGCGCCTTCGTTCCGATTACGGCTTCCATCCTCTTCCTCTCTCCCCGGTTCGCTATGTC 123
Query 128 TCCGCTTATGATGACCGCGTTTCCGAGGATCGCCAACCGCAGGA------GGGTACCTTT 181
||||||||||||| | ||||| |||||||||||||||||||| | ||||||||||
Sbjct 124 TCCGCTTATGATGGCAGCGTTCCCGAGGATCGCCAACCGCAGCATCCTTTGGGTACCTTT 183
Query 182 CACTGTGCCGACTTGGATGATTGGAATAAGAGATTTTCAATGCTTTTGAAAGATTCT-TT 240
|| |||||| |||||||||| |||||| || |||||||||||||||| | |||||| ||
Sbjct 184 CATTGTGCCAACTTGGATGAATGGAATCGGAAATTTTCAATGCTTTTGCACGATTCTCTT 243
Query 241 AAAGCAAGAAGTTATTTCCAGGGAGAAAAAAGATAGACGGGATTTTGATAAACTTGCTGC 300
||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 244 -AAGCAAGAAGTGATTTCCAGGGATAAAAAAGATAGACGGGATTTTGATAAACTTGCTGC 302
Query 301 TCTGGCTACAACCCTGGGATTGTATAGTCATGCATATGCTAAGGTTGTTGTCTTCAGTAA 360
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 303 TCTGGCTACAACCCTGGGATTGTATAGTCATGCATATGCTAAGGTTGTTGTCTTCAGTAA 362
Query 361 GATCCCACTCCCCAACTATAGGTTTGATTTAGATGACAAGAAGCCACAGAGGGAGGTGAA 420
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 363 GATCCCACTCCCCAACTATAGGTTTGATTTAGATGACAAGAAGCCACAGAGGGAGGTGGA 422
Query 421 TTTGCATACTGACCTTCTTCAAAGAGTTGAAGCTTACCTCACAGAATACCTCAGT-AAAA 479
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| || ||||||||| ||||
Sbjct 423 TTTGCATACTGACCTTCTTCAAAGAGTTCAAGCTTACCTCACTGACTACCTCAGTAAAAA 482
Query 480 GCTCTAATAGGATAGATAGAGTCCCTGCCAATTCCGTCTCAAGAACTAGTAGCATTAGCA 539
| | || |||||||||||||||||||||| |||| | ||||||||||||||||| ||||
Sbjct 483 AC-CAAAGAGGATAGATAGAGTCCCTGCCAGTTCCTTGTCAAGAACTAGTAGCATAAGCA 541
Query 540 GTACTGATGAATGGTTTTCTGAG----CA-A--CCA---CTACC-C-ATCTCT--GC--C 583
|||| ||||||||| |||||||| || | ||| || || | | | || ||
Sbjct 542 GTACCGATGAATGGCTTTCTGAGCCACCAGAGCCCATGGCTGCCACAAACACTACGCTGG 601
Query 584 ACCAAAATTCTTTGGCAAAGGAGTTTGCAGCTGCGTGATCGACAACAATATTGGCAGGCA 643
| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 602 A-CAAAATTCTTTGGCAAAGGAGTTTGCAGTTGCGTGATCGACAACAATATTGGCAGGCA 660
Query 644 TCCGTAGAAGGCCAAAGAATGTTGGATTCTCGTACAAGTCTCCCTGCTTTCAAGCAAAGG 703
||||||||||||| ||||||| |||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 661 TCCGTAGAAGGCCGAAGAATGGTGGAATCTCGGACAAGTCTCCCTGCTTTCAAGCAAAGG 720
Query 704 CATTCAGTATTGACAGCTATTTCACAAAATCAGGTTATTGTTATCTCTGGAGAAACAGGT 763
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 721 GATTCAGTATTGACAGCAATTTCACAAAATCAGGTTATTGTTATCTCTGGAGAAACAGGT 780
Query 764 TGCGGCAAGACCACACAAATCCCGCAGTTTATTTTAGAATCCGAGATTGAAGCAAACCGT 823
|| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 781 TGTGGCAAGACCACACAAATTCCACAGTTTATTTTAGAATCCGAGATTGAAGCAAACCGT 840
Query 824 GGAGCTTTTTCCAGTATCATATGTACTCAACCAAGGAGAATATCTGCTATGTCTGTTTCG 883
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 841 GGAGCTTTTTGCAGTATCATATGTACTCAACCAAGGAGAATATCTGCTATGTCTGTTTCG 900
Query 884 GAGAGGGTTGCTTACGAGAGAGGAGAGCAGTTGGGTGAATCTGTTGGATATAAAGTTCGA 943
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||
Sbjct 901 GAGAGGGTTGCTTACGAGAGAGGAGAGCAGTTGGGTGAATCCGTTGGATATAAGGTTCGA 960
Query 944 TTGGAAGGTGTTAAAGGAAGAGATACCCGCTTACTCTTCTGCACCACAGGCATTTTGTTG 1003
||||||||||||| |||||||||||||||| | |||||||| ||||||||||| ||||||
Sbjct 961 TTGGAAGGTGTTAGAGGAAGAGATACCCGCCTCCTCTTCTGTACCACAGGCATATTGTTG 1020
Query 1004 AGACGCTTGTTGGTAGATAGAAATTTAAGAGGAGTTACTCATGTTATCGTGGATGAAATT 1063
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1021 AGACGGTTGTTGGTAGATAGAAATTTAAGAGGAGTTACTCATGTTATTGTGGATGAAATT 1080
Query 1064 CATGAGCGTGGAATGAATGAAGATTTCCTTCTTATCATTCTTAAGGATCTGCTATCTCGT 1123
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1081 CATGAGCGTGGAATGAATGAAGATTTCCTCCTTATCATTCTTAAGGATCTGCTATCTCGT 1140
Query 1124 CGCTCAGAGCTTAAGCTGATTTTGATGAGTGCAACTTTAGATGCGGAGCTTTTCTCGTCA 1183
||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||
Sbjct 1141 CGCCCAGAGCTTAAGCTGATTATGATGAGTGCAACTTTAGATGCTGAGCTATTCTCGTCA 1200
Query 1184 TACTTTGGTGGGGCAGGTGTCATTTATATTCCAGGATTTACATATCCAGTTCGTAGTCAT 1243
|||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||| ||||||||| ||
Sbjct 1201 TACTTTGGTGGGGCAGGTGTCATTCACATTCCAGGATTTACATATCCGGTTCGTAGTTAT 1260
Query 1244 TTCCTAGAGGATATTCTGGAGATGACCCGGTACAGATTGACTCCATACAATCAAATTGAT 1303
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1261 TTCCTAGAGGATATTCTGGAGATGACCAGGTACAGATTGACTCCATACAATCAAATTGAT 1320
Query 1304 GATTATGGTCAAGAAAGAACGTGGAAGATGAACAAACAGATCCCaaaaaaaCGGAAGAGC 1363
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1321 GATTATGGTCAAGAAAGAATGTGGAAGATGAACAAACAGATCCCAAAAAAACGGAAGAGC 1380
Query 1364 CAAATTACCTTTGTCGTTGAGGACGCACTGAGAGCAGCTGACTTCAAGGAGTTTAGCCCT 1423
|||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1381 CAAATTGCCTTTGTCGTTGAGGACGCACTGAGAGCGGCTGACTTCAAGGAGTTTAGCCCT 1440
Query 1424 GAGACTCGAGAGTCTTTATCTTGTTGGTATCCTGATTGCATTGGTTTTAACCTCATAGAA 1483
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1441 GAGACTCGAGAGTCTTTATCTTGTTGGAATCCTGATTGCATTGGTTTTAACCTCATAGAA 1500
Query 1484 TTTCTCCTTTGCAATATATGTGAGAATGAGGGTCCTGGTGGTATTTTAAtttttttGACT 1543
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||
Sbjct 1501 TTTCTCCTTTGCCATATATGTGAGAATGAGGGTCCTGGTGGTATTTTAGTTTTTATGACT 1560
Query 1544 GGGTGGGATGATATCAGCTCTCTGAAAGAAAAACTGCAGATTCATCCGATCTTTGGCAAC 1603
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1561 GGGTGGGATGATATCAGCTCTCTGAAGGAAAAACTGCAGATTCATCCAATCTTTGGCAAC 1620
Query 1604 CCAGATTTGGTTATGTTGCTTGCCTGCCATGGTTCTATGGAAACTTTTGAGCAGAGGTTA 1663
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||
Sbjct 1621 CCAGATCGGGTTATGTTGCTTGCCTGCCATGGTTCTATGGCAAGTTTTGAGCAGAGGTTA 1680
Query 1664 ATATTTGAAGAACCTGCAAGTGGAGTAAGAAAGATAGTCCTAGCCACTAATATCGCAGAA 1723
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1681 ATATTTGAAGAACCTGCAAGTGGAGTAAGAAAGATAGTTCTAGCCACTAATATCGCAGAA 1740
Query 1724 ACGAGCATCACGATCAATGATGTTGCTTTTGTCATTGACTGTGGAAAGGCAAAAGAGACC 1783
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1741 ACGAGCATCACGATCAATGATGTTGCTTTTGTCATTGACTGTGGAAAGGCAAAAGAGACC 1800
Query 1784 TCCTATGATGCATTAAACAATACCCCCTGTTTGCTTCCTTCTTGGATTTCCAAGGTTTCA 1843
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1801 TCCTATGATGCATTAAACAATACCCCCTGTTTGCTTCCATCTTGGATTTCCAAGGTTTCA 1860
Query 1844 GCTCAGCAGAGAAGAGGAAGAGCCGGTCGTGTTCGACCTGGACAGTGTTACCATCTTTAC 1903
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||
Sbjct 1861 GCTCAGCAGAGAAGAGGACGAGCCGGTCGTGTTCGACCTGGTCAGTGTTATCATCTTTAC 1920
Query 1904 -CCAAAGTGCGTATATGATGCTTTTGCAGAATATCAGTTGCCTGAAATTTTAAGGACGCC 1962
|| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1921 GCC-AAGTGTGTATATGATGCTTTTGCAGAATATCAGTTGCCTGAAATTTTGAGGACGCC 1979
Query 1963 TTTACACTCACTGTGCCTGCAAATCAAAAGCTTAAACCTCGGAAGCATATCCGAGTTCTT 2022
||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1980 TTTACACTCACTGTGTCTGCAAATCAAAAGCTTAAATCTCGGAAGCATATCTGAGTTCTT 2039
Query 2023 GTCAAGGGCGCTGCAATCTCCTGAACTACTAGCCGTTCAAAAGGCCATCGCATTTCTGAA 2082
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||
Sbjct 2040 GTCAAGGGCGCTGCAATCTCCTGAACTACTAGCGGTTCAAAAGGCCATTAAATATCTGAA 2099
Query 2083 GATAATTGGCGCATTGGATGAGAATGAAGACCTCACGACTCTAGGTCGTTATTTGTCCAA 2142
|||||| ||||||||||||||||||||| | ||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2100 GATAATAGGCGCATTGGATGAGAATGAATATCTCACAACTCTAGGTCGTTATTTGTCCAA 2159
Query 2143 GCTTCCCATGGAGCCAAAGCTTGGAAAAATGCTCATACTAGGAGCTATTCTTGGTTGCCT 2202
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2160 GCTTCCCATGGAGCCAAAGCTTGGAAAAATGCTCATACTAGGAGCTATTCTTGGTTGCCT 2219
Query 2203 TGATCCCATATTGACTGTTGCGGCTGGCCTGAGTGTGAGAGATCCTTTCTTGACACCTCA 2262
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2220 TGATCCCATATTGACTGTTGCGGCTGGCCTGAGTGTGAGAGATCCTTTCTTGACACCTCA 2279
Query 2263 GGACAAGAAAGATCTCGCAGAAGCCGCAAAGTCCCAGTTTTCACGTGATCACAGTGATCA 2322
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2280 GGACAAGAAAGATCTCGCAGAAGCCGCAAAATCCCAGTTTTCACGTGATCACAGTGATCA 2339
Query 2323 TCTTGCACTTGTTCGGGCATATGAGGGGTGGAAAAAAGCTGAGGAAGAGTCTGCTGTATA 2382
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2340 TCTTGCACTTGTTCGGGCATATGAGGGGTGGAAAAAAGCTGAGGAAGAGTCTGCTGTGTA 2399
Query 2383 TGATTACTGCTGGAAAAACTTTCTGTCAATACAGTCGCTGAGAGCTATTGATTCTCTTCG 2442
|||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2400 TGATTACTGCTGGAGAAACTTTTTGTCAATACAGTCGCTGAGAGCTATTGATTCTCTTCG 2459
Query 2443 AAAAGAGTTCTTCTCATTACTCAAAG-ATACTGGACTTATAGATGGAAACCCATCGATCT 2501
||||||||||||||||||||| |||| |||||||||| |||||||||||||| || ||||
Sbjct 2460 AAAAGAGTTCTTCTCATTACT-AAAGGATACTGGACTAATAGATGGAAACCCGTCAATCT 2518
Query 2502 GCAATTCAGAGGGGAATGATGCAAATCTTACCCGAGCAGTTATTTGCTATGGCATGTATC 2561
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2519 GCAATTCAGAGGGGAATGATGCAAATCTTACTCGAGCAGTTATTTGCTATGGCATGTATC 2578
Query 2562 CAGGAATCTGCTCAGTTGTGCATAATGAGAGATCATTTTCCCTGAAGACGATGGAGGATG 2621
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2579 CAGGAATCTGCTCAGTTGTGCATAATGAGAGATCATTTACCCTGAAGACGATGGAGGATG 2638
Query 2622 GCCAAGTTCTTCTTTACTCAAATTCTGAAAATGCAAGGGAGACAAAAATACCATATCCGT 2681
|||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2639 GCCAAGTTCTTCTTTATTCAAATTCTGTAAATGCAAGGGAAACAAAAATACCATATCCGT 2698
Query 2682 GGTTGGTTTTCAACGAGAAGATAAAAGTGAACTCCGTTTTCTTGAGGGATTCGACAGCCT 2741
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2699 GGTTGGTGTTCAACGAGAAGATAAAAGTGAACTCCGTTTTCTTGAGGGATTCAACAGCCT 2758
Query 2742 GCTCTGACTCTACTCTTATCCTCTTTGGCGGTAGCATCTCCAAAGGAGACACTGATGGCC 2801
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2759 GCTCTGACTCTACTCTTATCCTCTTTGGCGGTAGCATCTCCAAAGGAGACATTGATGGCC 2818
Query 2802 ACCTGAAAATGTTGGGAGGATACTTGGAGTTTTTCATGAAACCTGATGTTGCAGAGATAT 2861
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2819 ACCTGAAAATGTTGGGAGGATACTTGGAGTTTTTCATGAAACCTGATGTTGCAGAGATAT 2878
Query 2862 ACCAAACCTTGAAGAAAGAGCTTGACGAGCTAATACAGAACAAACTACTTAATCCTAAAG 2921
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2879 ACCAAACCTTGAAGAAAGAGCTTGACGAGCTAATACAGAACAAACTAATTAATCCTAAAG 2938
Query 2922 TGGATATGCAAGCACACCGTGAACTCTTATCAGCTATACGGTTGTTGGTCTCTGAGGATG 2981
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2939 TGGATATGCAAGCACACCGTGAACTCTTATCAGCTATACGGTTGTTGGTCTCTGAGGATC 2998
Query 2982 GATGTGATGGAAGATTTGTGTTTGGTCACCAAATACTTAGGCCTTTGGAAATATCGGCGT 3041
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2999 GATGTGATGGAAGATTTGTGTTTGGTCACCAAATACTTAGGCCTTTGGAAATATCAGCGT 3058
Query 3042 TGTCAACAAAACCGTCATTGTTTTCAAGGACCGAAAGTGGGCCGGGGGGTGACAATTCCA 3101
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 3059 TGTCAACAAAACCGTCATTGCTTTCAAGGACCGAAAGTGGGCCAGGGGGTGACAATTCCA 3118
Query 3102 AAAGTCAGCTCCAAACAATACTCACGAGGGCTGGTTATACAGTACCGATGTATAAGACTA 3161
| |||||||||||||||||||| || |||||||||||| ||| |||||||||||||||||
Sbjct 3119 AGAGTCAGCTCCAAACAATACTTACAAGGGCTGGTTATGCAGCACCGATGTATAAGACTA 3178
Query 3162 AGCAGTTGAAGAACAACAAGTTCCAAACAACAGTAGAGTTTAACGAGACACAGATCATGG 3221
|||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 3179 AGCAATTGAAGAACAACAAGTTCCAAACAACGGTAGAGTTTAATGAGACACAGATCATGG 3238
Query 3222 GACAGCCTTGCAGCAACAAGAAGAGTGCTGAGAAGGATGCGGCAGCTGAAGCTATACAAT 3281
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3239 GACAGCCTTGCAGCAACAAGAAGAGTGCTGAGAAGGATGCGGCAGCTGAAGCTATACAAT 3298
Query 3282 GGCTGAAGGGAGGGGCTAAGGAAAGTCATGAGCAGGTGAATCATATGTCAAAGCTGCTGA 3341
|||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3299 GGCTGAGGGGCGGGGCTAAGGAAAGTCATGAGCAGGTGAATCATATGTCAAAGCTGCTGA 3358
Query 3342 AGAAAGGCAAGAAAGATCACCTCTGA 3367
||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 3359 AGAAAAGCAAGAAAGATCACCTCTGA 3384
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 138072874844
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5