BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT2G01730.1
Length=2063
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg322516 jgi|Araly1|322516|fgenesh1_pm.C_scaffold_5000060 2769 0.0
> Ahg322516 jgi|Araly1|322516|fgenesh1_pm.C_scaffold_5000060
Length=2460
Score = 2769 bits (1499), Expect = 0.0
Identities = 1619/1678 (96%), Gaps = 3/1678 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 120 ATGGCTATCGATTGTCTCGTACTTGGTGCTGGACAAGAGATTGGAAAGAGCTGTGTGGTA 179
||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGGCGATCGATTGTCTCGTACTCGGTGCTGGACAAGAGATTGGAAAGAGCTGTGTGGTA 60
Query 180 GTGACGATTAATGGTAAAAAGATAATGTTCGATTGTGGGATGCATATGGGCTGTGATGAT 239
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 61 GTGACGATTAATGGTAAAAGGATAATGTTCGATTGTGGGATGCATATGGGCTGCGATGAT 120
Query 240 CACAATCGTTACCCAAATTTTTCTCTCATATCTAAATCCGGTGATTTTGACAACGCGATC 299
||||||||||||||| ||||||||||| | |||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 121 CACAATCGTTACCCAGATTTTTCTCTCGTCTCTAAATCCGGTGATTTTGATAACGCGATC 180
Query 300 TCTTGTATCATCATCACACACTTCCATATGGATCATGTTGGAGCGCTTCCTTACTTCACG 359
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 TCTTGTATCATCATCACTCACTTCCATATGGATCATGTTGGAGCGCTTCCTTACTTCACG 240
Query 360 GAAGTTTGTGGGTACAATGGTCCGATTTATATGTCGTATCCCACAAAGGCTTTGTCTCCA 419
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 GAAGTTTGTGGGTACAATGGCCCGATTTATATGTCGTATCCCACAAAGGCTTTGTCTCCA 300
Query 420 TTAATGCTTGAGGACTACCGAAGAGTGATGGTGGATAGAAGAGGCGAGGAGGAGCTATTC 479
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 301 TTAATGCTTGAGGACTACCGAAGAGTGATGGTTGATAGAAGAGGTGAGGAGGAGCTATTC 360
Query 480 ACCACTACCCATATCGCAAACTGCATGAAAAAAGTAATTGCAATAGATTTGAAGCAAACA 539
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 361 ACCACTACCCATATCGCAAACTGCATGAAGAAAGTAATTGCAATAGATTTGAAGCAAACA 420
Query 540 ATTCAGGTTGATGAAGATCTTCAAATCCGGGCTTATTATGCAGGGCATGTCCTTGGAGCA 599
||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 421 ATTCAGGTTGACGAAGATCTTCAAATCCGTGCCTATTACGCAGGGCATGTCCTTGGAGCA 480
Query 600 GTGATGGTTTATGCAAAGATGGGAGATGCAGCGATTGTGTACACTGGAGATTACAATATG 659
|||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 481 GTGATGGTTTATGCAAAGGTTGGAGATGCAGCGATTGTGTACACTGGAGATTACAATATG 540
Query 660 ACGACAGATAGACATCTAGGAGCTGCTAAAATTGACAGACTCCAGTTGGATCTTCTCATT 719
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 541 ACGACAGATAGACATCTAGGAGCAGCTAAAATTGACAGACTCCAGTTGGATCTTCTCATA 600
Query 720 TCAGAGTCCACATATGCAACTACCATTCGCGGCTCAAAATATCCCCGGGAGAGAGAGTTT 779
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 601 TCAGAGTCCACATATGCAACTACCATTCGTGGCTCAAAATATCCCCGGGAGAGAGAGTTT 660
Query 780 CTTCAAGCTGTTCATAAATGTGTTGCTGGCGGAGGGAAGGCGCTGATTCCTTCATTTGCT 839
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 661 CTTCAAGCTGTTCATAAATGTGTTGCTGGCGGAGGGAAGGCGCTGATTCCTTCATTTGCT 720
Query 840 CTTGGAAGGGCTCAGGAACTCTGCATGCTGCTTGATGATTACTGGGAACGCATGAATATA 899
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 721 CTTGGAAGGGCTCAGGAACTCTGCATGCTGCTTGATGATTACTGGGAGCGCATGAATATA 780
Query 900 AAGGTTCCAATTTACTTCTCATCAGGTTTGACCATCCAAGCAAATATGTATTACAAAATG 959
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 781 AAGGTTCCAATTTACTTCTCATCAGGTTTGACCATCCAAGCAAATATGTATTACAAAATG 840
Query 960 CTCATCAGCTGGACAAGCCAGAACGTTAAAGAAAAGCACAATACGCATAACCCATTTGAT 1019
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 841 CTCATCAGCTGGACAAGCCAGAACGTTAAAGAAAAGCACAATACACATAACCCATTTGAT 900
Query 1020 TTTAAGAATGTTAAAGATTTCGATCGATCTCTTATACATGCTCCTGGGCCATGTGTTCTC 1079
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 901 TTTAAGAATGTTAAAGATTTTGATCGATCTCTTATACATGCTCCTGGGCCATGTGTTCTC 960
Query 1080 TTTGCCACACCTGGTATGCTTTGTGCTGGCTTTTCACTTGAAGTGTTCAAGCACTGGGCT 1139
||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 961 TTTGCCACACCCGGTATGCTTTGTGCCGGCTTCTCACTTGAAGTGTTCAAGCACTGGGCT 1020
Query 1140 CCTTCTCCCTTGAATCTTGTTGCATTACCCGGATACTCTGTGGCTGGGACCGTTGGGCAC 1199
|| |||||| ||||||||||||| || |||||||||||||||||||| || |||||||||
Sbjct 1021 CCATCTCCCCTGAATCTTGTTGCCTTGCCCGGATACTCTGTGGCTGGAACAGTTGGGCAC 1080
Query 1200 AAACTGATGGCTGGTAAACCCACGACGGTTGATCTCTACAATGGCACCAAGGTCGATGTC 1259
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1081 AAACTGATGTCTGGTAAACCCACGACGGTTGATCTCTACAATGGCACCAAGGTCGATGTC 1140
Query 1260 CGTTGCAAGGTACATCAAGTGGCTTTCAGTCCTCACACAGATGCAAAAGGAATAATGGAT 1319
||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1141 CGTTGCAAGATACATCAAGTGGCATTCAGTCCTCACACAGATGCAAAAGGAATAATGGAT 1200
Query 1320 CTCACAAAGTTCCTTTCCCCAAAGAACGTTGTACTCGTGCACGGCGAAAAACCCAGCATG 1379
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1201 CTCACAAAGTTCCTTTCCCCAAAGAACGTTGTACTCGTGCACGGCGAAAAACCCAGCATG 1260
Query 1380 ATGATTCTTAAGGAAAAGATAACCTCAGAGCTTGACATCCCCTGTTTCGTCCCTGCCAAT 1439
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1261 ATGATTCTTAAGGATAAGATAACCTCAGAGCTTGACATCCCCTGTTTCGTCCCTGCCAAT 1320
Query 1440 GGCGAAACAGTTTCATTCGCTTCAACCACTTATATAAAAGCAAACGCTTCTGATATGTTC 1499
||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1321 GGCGAAACAGTTTCAGTAGCTTCAACCACTTATATAAAAGCAAACGCTTCTGATATGTTC 1380
Query 1500 CTAAAAAGCTGCTCCAACCCGAATTTCAAATTCTCAAACTCTACTCAGCTCCGTGTTACA 1559
|| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1381 CTTAAAAGCTGCTCCAGCCCGAATTTCAAATTCTCAAACTCTACTCAGCTCCGTGTTACA 1440
Query 1560 GACCATAGAACCGCAGACGGGGTTTTGGTAATAGAGAAGAGCAAAAAGGCAAAGATAGTT 1619
|| || ||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1441 GATCAGAGAACAGCAGACGGCGTTTTGGTCATAGAGAAGAGCAAAAAGGCAAAGATAGTT 1500
Query 1620 CACCAAGATGAAATCTCTGAGGTGTTACATGAGAAAAACCATGTGGTCTCTTTAGCTCAT 1679
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||
Sbjct 1501 CACCAAGATGAAGTCTCTGAGGTGTTACATGAGAAAAACCATGTGGTCTCTTTGGCTTAT 1560
Query 1680 TGTTGTCCAGTGAAAGTTAAAGGAGAATCAGAAGATGATGATGTTGATCTAATCAAACAA 1739
|||||||| |||||||| || ||||||||||| | |||||| |||||| |||||||||
Sbjct 1561 TGTTGTCCTGTGAAAGTCAAGGGAGAATCAGAT-A--ATGATGCTGATCTGATCAAACAA 1617
Query 1740 TTGTCTGCAAAGATCTTGAAGACAGTGTCTGGTGCTCAGATCCATGAATCTGAAAACT 1797
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1618 TTGTCTGCAAAGATCTTGAAGACAGTGTCTGGTGCTCAGATCCATGAATCTGAAAACT 1675
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 77589829065
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5