BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT2G01740.1
Length=1680
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg935895 jgi|Araly1|935895|scaffold_500086.1 2599 0.0
> Ahg935895 jgi|Araly1|935895|scaffold_500086.1
Length=1723
Score = 2599 bits (1407), Expect = 0.0
Identities = 1591/1682 (95%), Gaps = 4/1682 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGGTCAGAGAAGCTCTTCAATTTCTTTCTCGCCTGAGAAAATCCTCGAATCTCCCAGAC 60
||||||| |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 24 ATGGTCAAAGAAGCTCTTCAATTTCTCTCTCGGCTGAGAAAATCCTCGAATCTCCCAGAC 83
Query 61 CCATTCACCTGCAACAAGCATATTCATCAGCTAATCAATTCCAATTGCGGCATTCTATCT 120
||| |||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||
Sbjct 84 CCAGTCACTTGTAACAAGCATATTCATCAGCTAATCAATTCCAATTGCGGCGCTCTCTCT 143
Query 121 CTCAAATTCTTAGCTTACTTAGTCTCCAGAGGTTACACTCCTCATCGTTCTTCATTCAAT 180
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 144 CTCAAATTCTTAGCTTACTTAGTCTCCAGAGGTTACGCTCCTCATCGTTCTTCATTCAAT 203
Query 181 TCGGTCGTATCGTTTGTTTGTAAACTAGGGCAAGTTAAATTCGCTGAAGATATCGTTCAC 240
||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| |||
Sbjct 204 TCGGTCGTATCTTTTGTTTGTAAATTAGGGCAAGTTAAATTCGCTGTAGATATCGTCCAC 263
Query 241 TCGATGCCTAGATTCGGGTGTGAACCAGATGTTATATCTTATAACTCTCTCATTGATGGG 300
|||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 264 TCGATGCCTAGATTTGGGTGTGAACCAGATGCTATATCTTATAACTCTCTCATTGATGGG 323
Query 301 CATTGTAGAAATGGAGATATCAGAAGTGCTAGTTTGGTTTTAGAGAGTTTAAGAGCCTCT 360
|||||||||||||| ||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 324 CATTGTAGAAATGGCGATATTAGAAGTGCTTGTTTGGTTTTAGAGAGTTTAAGAGCCTCT 383
Query 361 CATGGGTTTATCTGCAAGCCTGACATAGTTAGTTTTAATTCTCTGTTTAATGGGTTTAGC 420
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||
Sbjct 384 TATGGGTTTACCTGCAAGCCTGACATAGTTAGTTTTAATACTTTGTTTAATGGGTTTAGC 443
Query 421 AAGATGAAGATGTTAGATGAGGTTTTTGTGTATATGGGTGTTATGTTGAAGTGTTGTTCG 480
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 444 AAGATGAAGATGTTAGATGAGGTTTTTGTGTATATGGGTGTTATGTTGAAGTGTTGTTCG 503
Query 481 CCGAATGTTGTTACTTATAGTACTTGGATCGACACGTTCTGCAAATCCGGGGAGTTGCAG 540
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 504 CCGAATGTTGTTACTTATAGTACTTGGATCGACACGTTCTGCAAATCCGGGGAGTTGAAG 563
Query 541 TTGGCGTTGAAGAGTTTTCACTCTATGAAGAGAGATGCTTTATCTCCAAATGTGGTTACT 600
|||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 564 TTGGCGTTGAAGAGTTTTGACTGTATGAAGAGAGATGCTTTATCTCCAAATGTGGTTACT 623
Query 601 TTCACTTGTTTGATTGATGGGTACTGTAAAGCTGGTGACTTGGAGGTTGCGGTTTCGTTA 660
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 624 TTCACTTGTTTGATTGATGGGTTCTGTAAAGCTGGTGACTTGGAGGTTGTGGTTTCGTTA 683
Query 661 TACAAAGAAATGAGACGCGTTCGGATGTCTTTGAATGTTGTTACTTATACTGCTTTGATA 720
||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 684 TACGAAGAAATGAGGCGCGTTCGGATGTCTTTGAATGTTGTCACTTATACTGCTTTGATA 743
Query 721 GATGGTTTCTGCAAGAAGGGGGAAATGCAGAGAGCTGAGGAAATGTATTCAAGGATGGTC 780
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||
Sbjct 744 GATGGTTTCTGCAAGAAAGGGGAAATGCAGAGAGCTGAGGGAATGTATTTGCGGATGCTC 803
Query 781 GAGGATAGAGTTGAGCCAAACTCTCTTGTATACACTACGATTATCGATGGtttttttCAG 840
|||||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||| |||||||||
Sbjct 804 GAGGATAGAGTTGAGCCAAATTCTCTTGTATACACAACAATTATCGATGGGTTTTTTCAG 863
Query 841 AGAGGAGATTCGGATAATGCCATGAAGTTTCTGGCCAAAATGCTCAATCAAGGGATGAGA 900
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 864 AGAGGAGATTCTGATAATGCCATGAAGTTTCTGGCCAAAATGCTCAATCAAGGGATGAGA 923
Query 901 CTTGATATAACAGCTTACGGCGTAATCATATCAGGCCTTTGTGGTAATGGTAAACTAAAG 960
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||
Sbjct 924 CTTGATATAACAGCTTACGGCGTAATCATATCAGGCCTTTGCGGTATTGGTAAACTAAAG 983
Query 961 GAGGCAACTGAGATTGTAGAAGATATGGAGAAAAGTGATTTAGTTCCTGATATGGTGATT 1020
|||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| |||||
Sbjct 984 GAGGCAACAGAGATTGTAGAAGATATGGAGAAAGGTGATTTAGTTCCTGACATGATGATT 1043
Query 1021 TTTACTACAATGATGAATGCATATTTTAAATCCGGACGCATGAAGGCTGCGGTTAACATG 1080
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1044 TTTACTACAATGATGAATGCATATTTTAAATCCGGGCGCATGAAGGCTGCAGTTAACATG 1103
Query 1081 TACCACAAATTAATTGAGAGAGGCTTTGAGCCCGATGTTGTAGCTCTTTCGACTATGATC 1140
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1104 TACCACAAATTAATTGAGAGAGGCTTTGAGCCAGATGTTGTAGCTCTTTCGACTATGATC 1163
Query 1141 GATGGGATTGCGAAGAATGGACAACTACATGAAGCTATAGT-TTATTTCTGTATAGAGAA 1199
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| ||||||
Sbjct 1164 GATGGGATTGCGAAGAATGGACAACTACATGAAGCTATA-TCTTATTTCTGTACAGAGAA 1222
Query 1200 AGCTAATGATGTTATGTACACTGTGCTTATTGATGCTTTGTGCAAAGAAGGAGACTTTAT 1259
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1223 AGCTAATGATGTTATGTACACCGTGCTTATTGATGCTTTGTGCAAAGAAGAAGACTTTAT 1282
Query 1260 AGAAGTTGAGAGATTGTTTAGTAAAATCTCAGAGGCTGGACTTGTTCCAGATAAGTTCAT 1319
||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1283 AGAAGTTGAGAGATTGTTTAGCAAAATTTCAGAGGCTGGACTTGTTCCAGATAAGTTCAT 1342
Query 1320 GTACACTTCTTGGATAGCTGGTTTGTGTAAGCAAGGGAATTTGGTGGATGCGTTTAAGTT 1379
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1343 GTACACTTCTTGGATAGCTGGTTTGTGTAAGCAAGGGAATTTGGTGGATGCGTTTAAGTT 1402
Query 1380 AAAAACCAGAATGGTTCAGGAAGGTCTTTTGCTTGATTTGTTAGCCTATACTACATTGAT 1439
|||||||| ||||||||| || || ||| ||| |||||||| || || || ||||||||
Sbjct 1403 AAAAACCAAAATGGTTCAAGAGGGCCTTGAGCTGGATTTGTTTGCGTACACAACATTGAT 1462
Query 1440 TTACGGGCTAGCTAGCAAGGGTTTGATGGTTGAGGCAAGACAAGTTTTCGATGAAATGTT 1499
||| ||| || ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1463 TTATGGGTTAACTAGCAAGGGTTTGATGGTTGAGGCTAGACAAGTTTTCGATGAAATGTT 1522
Query 1500 GA-ATAGCGGAATAAGTCCTGATTCGGCTGTTTTTGATCTCTTGATTAGAGCTTATGAAA 1558
|| | ||| || || ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||
Sbjct 1523 GAGA-AGCAGAGTATGTCCTGATTCGGCTGTTTTTGATCTATTGATTAGAGCATATGAAA 1581
Query 1559 AGGAGGGAAACATGGCCGCTGCTTCGGATTTGCTTCTTGATATGCAGAGAAGGGGGCTTG 1618
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| | ||| |||||||
Sbjct 1582 AGGAGGGAAACATGACCGCTGCTTCGGATTTGCTTCTCGATATGCAAACAAGAGGGCTTG 1641
Query 1619 TAACAGCAGTAAGTGATGCGGATTGCAGCAAACAGTGTGGCAATGAAGTGAACTGTTCGT 1678
|| |||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| |||||| |
Sbjct 1642 CAAGAGCAGTAAGTGATGCGGATTGCAGCAAACAATGTGACAATGAAGTGAGCTGTTCTT 1701
Query 1679 GA 1680
||
Sbjct 1702 GA 1703
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 63001265230
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5