BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT2G01830.2
Length=3658
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg484101 jgi|Araly1|484101|fgenesh2_kg.5__93__AT2G01830.2 5367 0.0
> Ahg484101 jgi|Araly1|484101|fgenesh2_kg.5__93__AT2G01830.2
Length=3421
Score = 5367 bits (2906), Expect = 0.0
Identities = 3283/3461 (95%), Gaps = 42/3461 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 90 TAATAATGCAATGTTCAATCCTCTCACAACTCATTACAGCTCAGATATGAACTGGGCACT 149
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 TAATAATGCAATGTTCAATCCTCTCACAACTCATTACAGCTCAGATATGAACTGGGCACT 60
Query 150 CAACAATCATCAAGAAGAAGAAGAAGAGCCACGAAGAATTGAAATTTCTGATTCCGAGTC 209
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| || ||
Sbjct 61 CAACAATCATCAAGAAGAAGAAGAAGAGCCACGAACAATTGAAATTTCTGATTCTGAATC 120
Query 210 ACTAGAAAACTTGAAAAGCAGCGATTTTTATCAACTGGGTGGTGGTGGTGCTCTGAATTC 269
||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | |||||||||||||||||
Sbjct 121 ACTAGAAAACTTGAAAAGCAGCGATTTTTATCAAC----T-G-GGTGGTGCTCTGAATTC 174
Query 270 GTCAGAAAAGCCGAGAAAGATCGATTTTTGGCGTTCGGGGTTGATGGGTTTTGCGAAGAT 329
| ||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 175 GACAGAAAAACCGAGAAAAATCGATTTTTGGCGTTCGGGGTTGATGGGTTTTGCGAAGAT 234
Query 330 GCAGCAGCAGCAACAGCTTCAGCATTCAGTGGCGGTGAAGATGAACAATAATAATAATAA 389
|||||||||| || ||||| | | |||||||||||| |||| ||||||
Sbjct 235 GCAGCAGCAG---CA--TTCAG---T-A---GCGGTGAAGATG------AATAGTAATAA 276
Query 390 CGATCTAATGGGTAATAAAAAAGGGTCAACTTTCATACAAGAACATCGAGCATTGTTACC 449
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||
Sbjct 277 CGATCAAATGGGTAATAAAAAAGGGTCAACTTTCATACAAGACCATCGAGCGTTGTTACC 336
Query 450 AAAAGCTTTGATTCTGTGGATCATCATTGTTGGGTTTATAAGCAGTGGGATTTATCAGTG 509
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 337 AAAAGCTTTGATTCTGTGGATCATCATTGTTGGGTTTATAAGCAGTGGGATTTATCAGTG 396
Query 510 GATGGATGATGCTAATAAGATTAGAAGGGAAGAGGTTTTGGTCAGCATGTGTGATCAAAG 569
|||||||||| |||| ||| ||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 397 GATGGATGATACTAACAAGGTTAGAAGAGAAGAGGTTTTGGTGAGCATGTGTGATCAAAG 456
Query 570 AGCTAGAATGTTGCAGGATCAATTTAGTGTTAGTGTTAATCATGTTCATGCTTTGGCTAT 629
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 457 AGCTAGAATGTTGCAGGATCAATTTAGTGTTAGTGTTAATCATGTTCATGCTTTGGCTAT 516
Query 630 TCTCGTCTCCACTTTTCATTACCACAAGAACCCTTCTGCAATTGATCAGGAGACATTTGC 689
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 517 TCTCGTCTCCACTTTTCATTACCACAAGAACCCATCTGCAATTGATCAGGAGACATTTGC 576
Query 690 GGAGTACACGGCAAGAACAGCATTTGAGAGACCGTTGCTAAGTGGAGTGGCTTATGCTGA 749
||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 577 GGAATACACGGCAAGAACAGCATTTGAAAGACCGTTGCTAAGTGGAGTGGCTTATGCTGA 636
Query 750 AAAAGTTGTGAATTTTGAGAGGGAGATGTTTGAGCGGCAGCACAATTGGGTTATAAAGAC 809
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 637 AAAAGTTGTGAATTTTGAGAGGGAGATGTTTGAGCGGCAGCACAATTGGGTTATAAAGAC 696
Query 810 AATGGATAGAGGAGAGCCTTCACCGGTTAGGGATGAGTATGCTCCTGTTATATTCTCTCA 869
|||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 697 AATGGACCGAGGAGAGCCTTCACCGGTTAGGGACGAGTATGCTCCTGTTATATTCTCTCA 756
Query 870 AGATAGTGTCTCTTACCTTGAGTCACTCGATATGATGTCAGGCGAGGAGGATCGTGAGAA 929
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 757 AGATAGTCTCTCTTACCTTGAGTCACTCGATATGATGTCAGGCGAGGAGGATCGCGAGAA 816
Query 930 TATTTTGCGAGCTAGAGAAACCGGAAAAGCTGTCTTGACTAGCCCTTTTAGGTTGTTGGA 989
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||
Sbjct 817 TATTTTGCGAGCTAGAGAAACCGGGAAAGCTGTCTTGACAAGTCCTTTTAGGTTGTTGGA 876
Query 990 AACTCACCATCTCGGAGTTGTGTTGACATTCCCTGTCTACAAGTCTTCTCTTCCTGAAAA 1049
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 877 AACTCACCATCTCGGAGTTGTGTTGACATTCCCTGTCTACAAGTCTTCTCTTCCTGAAAA 936
Query 1050 TCCGACTGTCGAAGAGCGTATTGCAGCCACTGCAGGGTACCTTGGTGGTGCGTTTGATGT 1109
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 937 CCCGACTGTCCAAGAGCGTATTGCAGCCACTGCAGGGTACCTTGGTGGTGCGTTTGATGT 996
Query 1110 GGAGTCTCTAGTCGAGAATTTACTTGGTCAGCTTGCTGGTAACCAAGCAATAGTTGTGCA 1169
||||||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||
Sbjct 997 GGAGTCTCTTGTGGAGAATTTACTCGGTCAGCTTGCTGGTAACCAAGCAATTGTTGTACA 1056
Query 1170 TGTGTATGATATCACCAATGCATCAGATCCACTTGTCATGTATGGTAATCAAGATGAAGA 1229
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||
Sbjct 1057 CGTGTATGATATCACCAATGCATCAGATCCACTTGTCATGTATGGCAATCAAGACGAAGA 1116
Query 1230 AGCCGACAGATCTCTCTCTCATGAGAGCAAGCTCGATTTTGGAGACCCCTTCAGGAAACA 1289
|| ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1117 AGGCGACACATCTCTCTCTCATGAGAGCAAGCTTGATTTTGGAGACCCCTTCAGGAAACA 1176
Query 1290 TAAGATGATATGCAGGTACCACCAAAAGGCACCAATACCGTTGAATGTGCTCACAACTGT 1349
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1177 TAAGATGATATGCAGGTACCACCAAAAGGCACCAATACCGTTGAATGTGCTCACAACTGT 1236
Query 1350 GCCATTGTTCTTTGCGATTGGTTTCTTGGTGGGTTATATACTGTATGGTGCAGCTATGCA 1409
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1237 GCCATTGTTCTTTGCAATTGGTTTCTTGGTGGGTTATATACTGTATGGTGCAGCTATGCA 1296
Query 1410 CATAGTAAAAGTCGAAGATGATTTCCATGAAATGCAAGAGCTTAAAGTTCGAGCAGAAGC 1469
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1297 CATAGTAAAAGTCGAAGATGATTTCCATGAAATGCAAGAGCTTAAAGTCCGAGCAGAAGC 1356
Query 1470 TGCTGATGTCGCTAAATCGCAGTTTCTTGCTACCGTGTCTCACGAGATCAGGACACCAAT 1529
||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1357 TGCTGATGTCGCTAAATCGCAATTTCTTGCCACCGTGTCTCACGAGATCAGGACACCAAT 1416
Query 1530 GAATGGCATTCTCGGAATGCTTGCTATGCTCCTAGATACAGAACTAAGCTCGACACAGAG 1589
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||
Sbjct 1417 GAATGGCATTCTCGGAATGCTTGCTATGCTCCTAGATACAGAACTTAGCTCGACGCAGAG 1476
Query 1590 AGATTACGCTCAAACCGCTCAAGTATGTGGTAAAGCTTTGATTGCATTGATAAATGAGGT 1649
|||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1477 AGATTATGCTCAAACCGCACAAGTATGTGGTAAAGCATTGATTGCATTGATAAATGAGGT 1536
Query 1650 TCTTGATCGCGCCAAGATTGAAGCTGGAAAGCTGGAGTTGGAATCAGTACCATTTGATAT 1709
||| ||||| |||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1537 TCTCGATCGTGCCAAGATCGAAGCTGGCAAGCTGGAATTGGAATCAGTACCATTTGATAT 1596
Query 1710 CCGTTCAATATTGGATGATGTCCTTTCTCTATTCTCTGAGGAGTCAAGGAACAAAAGCAT 1769
|||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| ||||
Sbjct 1597 CCGTTCGATATTAGATGATGTCCTTTCTCTATTCTCTGAAGAGTCGAGGAACAAAGGCAT 1656
Query 1770 TGAGCTCGCGGTTTTCGTTTCAGACAAAGTACCAGAGATAGTCAAAGGAGATTCAGGGAG 1829
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1657 TGAGCTCGCGGTTTTCGTTTCAGACAAAGTGCCAGAGATAGTCAAAGGAGATTCAGGGAG 1716
Query 1830 ATTTAGACAGATAATCATAAACCTTGTTGGAAATTCGGTTAAATTCACAGAGAAAGGACA 1889
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1717 ATTTAGACAGATAATCATAAACCTTGTTGGAAATTCGGTTAAATTCACAGAGAAAGGACA 1776
Query 1890 TATCTTTGTTAAAGTCCATCTTGCGGAACAATCAAAAGATGAATCTGAACCGAAAAATGC 1949
||||||||| ||||||||||| | ||||||||||||||||||| |||||||||||| ||
Sbjct 1777 TATCTTTGTCAAAGTCCATCTCGTGGAACAATCAAAAGATGAAGCTGAACCGAAAACCGC 1836
Query 1950 ATTGAATGGTGGAGTGTCTGAAGAAATGATCGTTGTTTCCAAACAGTCAAGTTACAACAC 2009
||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| |||||||||||
Sbjct 1837 ATTGAATGG---AGTGTCTGAAGAAATGATTGTTGTTTCCAAACCGTCGAGTTACAACAC 1893
Query 2010 ATTGAGCGGTTACGAAGCTGCTGATGGTCGGAATAGCTGGGATTCATTCAAGCATTTGGT 2069
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1894 GTTGAGCGGTTACGAAGCTGCTGATGGTCGGAATAGCTGGGATTCATTCAAGCATTTGGT 1953
Query 2070 CTCTGAGGAGCAGTCATTATCGGAGTTTGATATTTCTAGCAATGTTAGGCTTATGGTTTC 2129
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1954 CTCCGAGGAGCAGTCATTATCGGAGTTTGATATTTCTAGCAATGTTAGGCTTATGGTTTC 2013
Query 2130 AATCGAAGACACGGGTATTGGAATCCCTTTAGTTGCGCAAGGCCGTGTGTTTA-TGCCGT 2188
|||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| ||||||
Sbjct 2014 AATCGAAGACACCGGTATTGGAATCCCTTTAGCTGCGCAAGGCCGTGT-TTTAATGCCGT 2072
Query 2189 TTATGCAAGCAGATAGCTCGACTTCAAGAAACTATGGAGGTACTGGTATTGGTTTGAGTA 2248
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||
Sbjct 2073 TTATGCAAGCGGATAGCTCGACTTCAAGAAACTATGGAGGTACCGGGATTGGTTTGAGTA 2132
Query 2249 TAAGCAAGTGTCTTGTTGAACTTATGCGTGGTCAGATAAATTTCATAAGCCGGCCTCATA 2308
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2133 TAAGCAAGTGTCTTGTCGAACTTATGCGTGGTCAGATACATTTCATAAGCCGGCCTCATA 2192
Query 2309 TTGGAAGCACGTTCTGGTTCACGGCTGTTTTAGAGAAATGCGATAAATGCAGTGCGATTA 2368
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2193 TTGGAAGCACGTTCTGGTTCACAGCTGTTTTAGAGAAATGCGATAAATGCAGTGCGATTA 2252
Query 2369 ACCATATGAAGAAACCTAATGTGGAACACTTGCCTTCTACTTTTAAAGGAATGAAAGCTA 2428
||||| |||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| |
Sbjct 2253 ACCATTTGAAGAAACCGAATGTGGAGCACTTGCCTTCTACTTTTAAAGGAATGAGAGCCA 2312
Query 2429 TAGTTGTTGATGCTAAGCCTGTTAGAGCTGCTGTGACTAGATACCATATGAAAAGACTCG 2488
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2313 TAGTTGTTGATGCTAAGCCCGTTAGAGCTGCTGTGACTAGATACCATATGAAAAGACTCG 2372
Query 2489 GAATCAATGTTGATGTCGTGACAAGTCTCAAAACCGCTGTTGTTGCAGCTGCTGCGTTTG 2548
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||
Sbjct 2373 GAATCAATGTCGATGTCGTGACAAGTCTCAAAACCGCAGTGGTTGCAGCTGCTGCGTTTG 2432
Query 2549 AAAGAAACGGTTCTCCTCTCCCAACAAAACCGCAACTTGATATGATCTTAGTAGAGAAAG 2608
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||
Sbjct 2433 GTAGAAACGGTTCTCCTCTCCCAACAAAACCGCAACTGGATATGATTTTAGTAGAGAAAG 2492
Query 2609 ATTCATGGATTTCAACTGAAGATAAT-GACTCAGAGATTCGTTTATTGAATTCAAGAACC 2667
|||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| ||| |||||||||||||| |
Sbjct 2493 ATTCATGGATTTCAACTGAAGATA-TCGACTCAGAGATACGTGTATTGAATTCAAGATTC 2551
Query 2668 AACGGAAACGTTCATCACAAGTCTCCGAAACTAGCTCTATTCGCAACAAACATCACAAAT 2727
|||||||||||||||| ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2552 AACGGAAACGTTCATCTCAAGTCTCCAAAACTCGCTCTATTCGCAACAAACATCACAAAT 2611
Query 2728 TCGGAGTTCGACAGAGCTAAATCCGCAGGATTTGCAGATACGGTAATAATGAAACCGTTA 2787
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2612 TCGGAGTTCGACAGAGCTAAATCCGCAGGATTTGCAGATACGGTTATAATGAAACCGTTA 2671
Query 2788 AGAGCAAGCATGATTGGGGCGTGTCTGCAACAAGTTCTCGAGCTGAGAAAAACAAGACAA 2847
|||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2672 AGAGCAAGCATGATCGGGGCGTGTCTGCAGCAAGTTCTCGAGCTGAGAAAAACAAGACAA 2731
Query 2848 CAACATCCAGAAGGATCATCACCCGCAACTCTCAAGAGCTTGCTTACAGGGAAGAAGATT 2907
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||||||||||
Sbjct 2732 CAACATCCCGAAGGATCATCACCCGCAACTCTCAAGAGCTTACTTACCGAGAAGAAGATT 2791
Query 2908 CTTGTGGTTGATGATAATATAGTTAACAGGAGAGTAGCTGCAGGAGCTCTCAAGAAATTT 2967
|||||||| |||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2792 CTTGTGGTGGATGATAATATAGTTAACCGAAGAGTAGCTGCAGGAGCTCTCAAGAAATTT 2851
Query 2968 GGAGCAGAAGTGGTTTGTGCAGAGAGTGGTCAAGTTGCTTTGGGTTTGCTTCAGATTCCA 3027
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2852 GGAGCAGAAGTGGTTTGTGCAGAGAGTGGTCAAGTTGCTTTGGGTTTGCTTCAGATTCCA 2911
Query 3028 CACACTTTCGATGCTTGCTTCATGGATATTCAAATGCCACAGATGGACGGATTTGAAGCA 3087
|||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2912 CACAATTTTGATGCTTGCTTCATGGATATTCAAATGCCACAGATGGACGGATTTGAAGCG 2971
Query 3088 ACTCGTCAGATAAGAATGATGGAGAAGGAAACTAAAGAGAAGACAAATCTCGAATGGCAT 3147
|||||||||||||| |||||||||| ||| ||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2972 ACTCGTCAGATAAGGATGATGGAGATTGAAGCTAAAGAGAAGACGAATCTCGAATGGCAT 3031
Query 3148 TTACCGATTCTAGCGATGACTGCGGATGTGATACACGCGACCTACGAGGAATGTCTGAAA 3207
|||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3032 TTACCGATTCTAGCAATGACCGCGGATGTGATACACGCGACCTACGAGGAATGTCTGAAA 3091
Query 3208 AGTGGGATGGATGGTTACGTCTCCAAACCTTTTGAAGAAGAGAATCTCTATAAATCCGTT 3267
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3092 AGTGGAATGGATGGTTACGTCTCCAAACCTTTTGAAGAAGAGAATCTCTATAAATCCGTT 3151
Query 3268 GCCAAATCATTCAAACCTAATCCTATCTCACCTTCGTCGTAATCCAATCTTCCGGCGAGt 3327
||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||| |||||||
Sbjct 3152 GCCAAATCATTCAAACCTAATCCAATCTCAGCTTCGTCGTAATCCAATTTTCGGGCGAGT 3211
Query 3328 tttttttCTCTCTCCGCAGCCGGAAGAGTGGACCGATTCTGCTGATTGATATGCATTTTG 3387
||||||| |||||| |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3212 TTTTTTTTTCTCTCAGCAGCCGGGAGAATGGACCGATTCTGCTGATTGATATGCATTTTG 3271
Query 3388 GTTTCTGTACATACAGTAGGTTCACAATCTAGAGATTTTGAAGGtttttttttCTTTCAC 3447
| ||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||| || | |||
Sbjct 3272 GCTTCTGTACATA---TAGGTTCACAATCCAGAGATTTTGAAGGTTTTTTCTTGT--CAC 3326
Query 3448 CGAAGTAATGTAGCTTGCCATGACTAGTGTATGTTGTTAAACGACAACGTCTAAGACGAC 3507
| |||||||||||||||| ||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 3327 CTAAGTAATGTAGCTTGCTATGACCAGT--ATGTTGTTAAACGACAACGTCT----CGAC 3380
Query 3508 GGTTCAGTGTTGATCTTAGCGTAAGTATTAATCCCACGGGA 3548
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3381 TGTTCAGTGTTAATCTTAGCGTAAGTATTAATCCCACGGGA 3421
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 138187047563
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5