BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT2G03070.1
Length=2086
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg484217 jgi|Araly1|484217|fgenesh2_kg.5__209__AT2G03070.1 2488 0.0
> Ahg484217 jgi|Araly1|484217|fgenesh2_kg.5__209__AT2G03070.1
Length=1809
Score = 2488 bits (1347), Expect = 0.0
Identities = 1639/1774 (92%), Gaps = 44/1774 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 99 TATTTCCCGGTTCTATTTCTCAAACACACTCTCTCGTCTTCTCCAATAACTAACTTCTCC 158
||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 71 TATTTCCCGGTTCTATTTCTCTCACACTCTCTCTCGTCTTCTCCAATAACTAACTCCTCC 130
Query 159 AAATCAAAGCCTTCTTCGAGATTTTGCGCAT--TCCTCGTTTTCTAATTC-GGTTTGTGT 215
||||| ||||||| ||| | |||||| | | | |||||||||||||| ||||||| |
Sbjct 131 AAATC-AAGCCTTGTTCAAAATTTTGAGTGTGGT-TTCGTTTTCTAATTCGGGTTTGTTT 188
Query 216 ATTAGCTCTGTGTTATCAATGGAGACACAGCCGCAGCAACCACCTCCTCCTCCGGTAGCT 275
| |||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||
Sbjct 189 AGGAGCTCTCTG-TATCAATGGAGACACAGCCGCAGCAACCA---CCTCCTCCGGTGGCT 244
Query 276 GAGAAGCTGAATCCAAAACTGGAGAAGGAACTGAATCTGGAGTCGTTGAAGACACGAGCC 335
|||||||| ||||| || ||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||
Sbjct 245 GAGAAGCTAAATCCGAAGTTGGAGAAGGAACTGAATCTTGAGTCATTGAAGACACGAGCC 304
Query 336 GTTAGCTTGGCCAAAGCCATTGCTCGAATCCTTGAAGATTTCGACGCTTATGGTCGAACC 395
|||||||||| ||||||| || |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 305 GTTAGCTTGGTCAAAGCCGTTTCTCGAATCCTTGAAGATTTCGATGCTTATGGTCGAACC 364
Query 396 AACACTACTCCTAAATGGCAGGATATTCTAGGGCAGTATTCGATGGTAAATCTCGAGCTT 455
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 365 AACACTACTCCTAAATGGCAGGATATTCTAGGGCAATATTCGATGGTAAATCTCGAGCTT 424
Query 456 TTTAACATTGTGGAAGAAGTAAAGAGAGTTTCAAATGCGTTTGTTGTGCTTCCTAAGAAC 515
|||||||||||||| ||||| |||| |||||| ||||||||||| |||||||| ||||||
Sbjct 425 TTTAACATTGTGGAGGAAGTGAAGAAAGTTTCCAATGCGTTTGTCGTGCTTCCGAAGAAC 484
Query 516 GTCAATGCTATGAACGCTGCAATTTTACCGGTTATGTTGTCTTCGAAATTACTACCGGAG 575
|||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||
Sbjct 485 GTCAATGCTATGAATGCTGGAATTTTACCGGTTATGTTGTCTTCCAAGTTACTTCCGGAG 544
Query 576 ATGGAAACTGATGACAATGCCAAGAGAGAGCAGTTGCTTCAAGGTGTTCAGAGTTTGCCT 635
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 545 ATGGAAACTGATGACAATGCCAAGAGAGAGCAGTTGCTTCAAGGCGTTCAGAGTTTGCCA 604
Query 636 ATACCAATGCAAATCGAAAGGCTTAAGGCGAGGATGGATATGATTGCAGCAGCTTGTGAA 695
|||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 605 ATACCAATGCAAATTGAAAGGCTAAAGGCGAGGATGGATATGATTGCAGCAGCTTGTGAA 664
Query 696 AATGCAGA-AAGAGTATTAGCTGATACTCGTAAAGCTTACGGATTTGGCACTCGTCAAGG 754
|||||||| || ||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 665 AATGCAGAGAA-AGTATTAGCGGATACTCGTAAGGCTTATGGATTTGGCACTCGTCAAGG 723
Query 755 CCCGTCTATGCTTCCTACTATGGATAAAGGTCAAGCTGCAAAGATTCAGGAGCAGGAGAA 814
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 724 CCCGTCTATGCTTCCAACTATGGATAAAGGTCAAGCTGCAAAGATTCAGGAGCAGGAGAG 783
Query 815 AATGCTACGAG-ATGCTGTAAATGACGGTAAAGGAACACAACTGCCTCCAGACCAGAGAC 873
||||| |||| | ||||||||||| || |||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 784 CATGCTTCGAGCA-GCTGTAAATGATGGCGCGGGAACAAAACTGCCTCCAGACCAGAGAC 842
Query 874 AGATAACCACTGCACTTCCACCACATCTGGCAGATGTGCTAATTATCAATGATGCAGGTA 933
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 843 AGATAACCACAGCACTTCCACCACATCTGGCAGATGTGCTAATTATCAACGATGCAGGTA 902
Query 934 AGATTGCATTACCTGGGCAATCAAACAACATTAACAATCAAGGAATGATGCAGGTTTCCG 993
|||||||||||||||| |||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 903 AGATTGCATTACCTGGCCAATTAAACAACATCAACAATCAAGGAATGATGCAGGTTTCTG 962
Query 994 GGACTCAATTTGTGGGAAGATCAGCTGCATCTCCATCTGGTCCTAATTTTGATAACACAA 1053
| ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 963 GAACTCAGTTTATGGGAAGATCAGCTGCATCTCCATCTGGTCCTAATTTTGATAACACAA 1022
Query 1054 CATCTCCCTTACCATATTCCAATTCTCCTCGCGCTACGGGTATGGTTAATGTGCCTTCGC 1113
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1023 CATCTCCCTTACCATATTCCAATTCTCCTCGCGCTACGGGTATGGTTAATGCACCTTCGC 1082
Query 1114 CTCAGCATCAAATCCAGCAACAACAGTTTCAACAGCAGCAGCAAAGGTCAAAATTAATGC 1173
||||||| ||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1083 CTCAGCAACAAATCCAG---CAACAGCTTCAACAGCAGCAGCAAAGGTCAAAACTAATGC 1139
Query 1174 AGTTGCCTCAACATCAGCAGCAGCAACTACTTGCACAACAACAACAACAGCTCAGGCAAT 1233
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1140 AGTTGCCTCAACAT---CAGCAGCAACTACTTGCACAACAACAACAACAGCTCAGGCAAT 1196
Query 1234 CTTCTATGCAGGGATTGGGTCAAAGTCAGATACCAGCACTTCATGATATGCATGGGCAAG 1293
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1197 CTTCTATGCAGGGATTGGGTCAGAGTCAGATACCAGCTCTTCATGATTTGCATGGGCAAG 1256
Query 1294 CTCAGCAAAAGTTTCAGACGTCACATGGGCAACATCAAATGCCATATTCCCAGCCAATGG 1353
||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1257 CTCAGCAGAAGTTTCAGACGTTACATGGGCAACATCAAATGCCATATTCCCAGCCAATGG 1316
Query 1354 GCGCGCACCAACAATTCCAAGCTAGACAGCTCTCAGGTGGACATATTCAGCATAGCATGT 1413
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1317 CCGCGCACCAACAATTCCAAGCTAGACAGCTCTCAGGTGGACATATTCAGCATAGCATGT 1376
Query 1414 CTCAAGGACAGCTCAATCCAGCGATGAACCGTCACTTAAACCAGTTTTCAGGTGGAGCCA 1473
|||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1377 CTCAAGGACAACTCAATCCTGCGATGAACCGTCACTTAAACCAGTTTTCAGGTGGAGCCA 1436
Query 1474 ATAGTGCATTGTTTACTTCTGCACAAGGCTCCCCAAGTAGCCAAATGATACCAAACATGT 1533
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1437 ATAGTGCATTGTTTACTTCTGCACAAGGCTCCCCAAGTAGCCAAATGATACCAAACATGT 1496
Query 1534 CATCTATGCAATCTCAGACACTTGTTCCTAGGATGCAGCAATTTGGAGTTTCGGGTACCA 1593
| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1497 CGTCTATACAATCTCAGACACTTGTTCCTAGGATGCAGCAATTTGGAGTTTCGGGTACAA 1556
Query 1594 ATCCCCAAAGAAGCCATTCGTCTCAAATGTTGGGTGACCAGATGTTTAACACCAGCGGAA 1653
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1557 ATCCCCAAAGAAGCCATTCTTCTCAAATGTTGGGTGACCAGATGTTTAACAGCAGCGGAA 1616
Query 1654 TGATgcaaacacagcaaacacaaattcagcaatcgcaacagcagcagcagcagcaacaac 1713
|||||||||| |||||||| |||| | |||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1617 TGATGCAAACGCAGCAAAC---------GCAA-C--AACAGCAGCAGCAGCAACAACAAC 1664
Query 1714 aaGGAGGCTATGGAAATATGCAGACGAATCAGCAGAGTCTACAGCCTAATAACATGATGC 1773
|||||| |||||||| |||||||||||||| | ||||||||||||||||||||
Sbjct 1665 AAGGAGTCTATGGAAGTATGCAGACGAATC-------T--ACAGCCTAATAACATGATGC 1715
Query 1774 AGAATGCTCAACAAAGGCACCAAAATCCTCAATAA-C---CCCTTTTAAATAATTTGGGC 1829
||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||
Sbjct 1716 AGAATGCTCAACAAAGGCACCAAAATCCTCAATAATCAATCCCTTTTAAATAATTTGGGC 1775
Query 1830 TTGTAATGGGCCGATGCCTGTATTTTGTAGTACC 1863
||||||| ||||||||| ||||| ||||||||
Sbjct 1776 TTGTAATAAACCGATGCCTATATTTGGTAGTACC 1809
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 78465904700
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5