BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT2G03820.1
Length=1841
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg322676 jgi|Araly1|322676|fgenesh1_pm.C_scaffold_5000220 2569 0.0
> Ahg322676 jgi|Araly1|322676|fgenesh1_pm.C_scaffold_5000220
Length=1551
Score = 2569 bits (1391), Expect = 0.0
Identities = 1496/1547 (97%), Gaps = 5/1547 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 99 ATGTCAGTAATGGATGAATCAGGCATGTTTAACGTTCAACAAACCATTGGAAGTGTATTG 158
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1 ATGTCAGTAATGGATGAATCAGGCATGTTTAACGTTCAACAAACCATTGGAAGTGTTTTG 60
Query 159 TGTTGCAAGTGTGGTGTTCCCATGGCACCAAACGCAGCCAACATGTGTGTGAATTGTCTT 218
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 TGTTGCAAGTGTGGTGTTCCCATGGCACCAAACGCAGCCAACATGTGTGTGAATTGTCTT 120
Query 219 CGTTCCGAAGTCGATATCACCGAAGGTTTACAGAAGAGTATTCAGATCTTCTATTGCCCT 278
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 CGTTCCGAAGTCGATATCACCGAAGGTTTACAGAAGAGTATTCAGATCTTCTATTGCCCT 180
Query 279 GAATGCACTTGTTACTTACAGCCACCAAAGACTTGGATCAAATGTCAATGGGAATCTAAA 338
||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 GAATGTACTTGTTACTTACAACCACCAAAGACTTGGATCAAATGTCAATGGGAATCTAAA 240
Query 339 GAGCTTTTGACATTTTGTATCAAGAGGTTGAAGAATCTCAATAAGGTTAAGCTGAAGAAC 398
||||| || || |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 241 GAGCTCTTAACTTTTTGTATCAAGAGGTTGAAGAATCTTAATAAGGTTAAGCTGAAGAAC 300
Query 399 GCTGAATTCGTTTGGACTGAGCCTCATTCCAAGAGGATTAAGGTTAAGTTGACTGTTCAA 458
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 GCGGAATTCGTTTGGACTGAGCCTCATTCCAAGAGGATTAAGGTTAAGTTGACTGTTCAA 360
Query 459 GCTGAGGTTCTTAATGGTGCTGTTCTTGAACAGTCTTATCCTGTTGAGTATACGGTTAGG 518
|||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 361 GCTGAGGTTCTTAACGGTGCTGTTCTTGAGCAGTCTTATCCTGTTGAGTATACGGTTAGG 420
Query 519 GATAATCTGTGCGAGTCGTGTTCGAGGTTTCAGGCTAATCCTGATCAGTGGGTTGCTTCT 578
||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 421 GATAATCTGTGTGAGTCGTGTTCAAGGTTTCAGGCTAATCCTGATCAGTGGGTTGCTTCG 480
Query 579 ATTCAGCTTAGGCAGCATGTTTCGCATAGGAGGACTTTCTTTTATCTCGAACAGTTGATT 638
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 481 GTTCAGCTTAGGCAGCATGTTTCACATAGGAGGACTTTCTTTTATCTCGAACAGTTGATT 540
Query 639 CTTAGGCACGATGCTGCTTCACGTGCCATTAGAATCCAGCAGGTGGATCAGGGGATTGAT 698
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 541 CTTAGGCACGATGCTGCTTCACGTGCCATTAGAATCCAGCAGGTGGATCAGGGGATTGAT 600
Query 699 TTCTTCTTTGGGAATAAAAGTCATGCTAATAGCTTTGTGGAGTTTCTGAGGAAAGTTGTC 758
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||
Sbjct 601 TTCTTCTTTGGGAATAAAAGTCATGCTAATAGCTTTGTTGAGTTTCTGCGGAAAGTTGTC 660
Query 759 CCCATTGAATACCGTCAGGACCAACAGCTGGTGTCTCATGATGTGAAAAGCAGTTTGTAC 818
||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||
Sbjct 661 CCCATTGAATATCGTCAGGACCAACAACTGGTGTCTCATGATGTCAAGAGCAGTTTGTAC 720
Query 819 AACTATAAGTACACTTACTCTGTTAAGATCTGTCCTGTTTGCCGTGAGGATCTTGTTTGC 878
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 721 AACTATAAGTACACTTACTCTGTTAAGATCTGTCCTGTTTGCCGTGAGGATCTTGTATGC 780
Query 879 TTGCCTTCTAAAGTTGCTAGCGGCTTGGGGAACCTTGGTCCACTTGTGGTTTGCACAAAA 938
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 781 TTGCCTTCAAAAGTTGCTAGCGGCTTGGGGAACCTTGGTCCACTTGTGATTTGCACAAAA 840
Query 939 GTCTCTGATAATATCACTCTACTTGATCCGAGAACTCTAAGGTGTGCCTTCTTGGATGCG 998
|| |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 841 GTATCTGATAACATAACTCTACTTGATCCGAGAACTCTAAGGTGTGCCTTCTTGGACGCG 900
Query 999 AGACAGTACTGGAGGTCTGGGTTCCGATCTGCGCTCACCAGTAGACAACTTGTCAAGTAC 1058
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 901 AGACAGTACTGGAGGTCTGGGTTCCGATCTGCGCTCACCAGTAGACAACTTGTCAAGTAC 960
Query 1059 TTTGTGTTTGATGTTGAGCCACCTGTTGGTGAAGCGACTGTTGGTGGGCAAAAGTACGCT 1118
|||||||| |||||||| ||||||||| |||||||||||||||| || ||||||||||||
Sbjct 961 TTTGTGTTCGATGTTGAACCACCTGTTAGTGAAGCGACTGTTGGCGGACAAAAGTACGCT 1020
Query 1119 CTTTCCTATGTCCAGATTGCCCGTGAATCAGACATTGGTAAGATGTTTTATGTCCAAACT 1178
|| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1021 CTATCCTATGTCCAGATAGCCCGTGAATCAGACATTGGTAAGATGTTTTATGTCCAAACT 1080
Query 1179 CATCTTGGACACATTCTGAAACCTGGGGATCAAGCTTTGGGTTATGACATCTACGGAGCT 1238
||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1081 CATCTAGGACACATTCTGAAACCTGGGGATCAAGCTCTGGGTTATGACATCTACGGAGCC 1140
Query 1239 AATGTGAACGACAATGAAATGGAGAAATACCGTCTGAGTGTGAAGAATGGGCTTCCTGAA 1298
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1141 AATGTGAACGACAATGAAATGGAGAAATACCGTCTGAGTGTGAAGAATGGGCTTCCAGAA 1200
Query 1299 GCAATTCTGATCAAGAAATGTTACGAGGAGCAGAGAGAGAGGAAGCAGAAGAAATCCCGT 1358
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1201 GCAATTCTGATCAAGAAATGTTACGAGGAGCAGAGAGAGAGGAAGCAGAAGAAATCCCGT 1260
Query 1359 AACTGGAAACTCAAGTCGCTTCCAATGGAAATGGATGATTCAAGAGGCAGGGTTGATCCA 1418
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1261 AACTGGAAGCTCAAGTCGCTTCCAATGGAAATGGATGATTCAAGAGGCAGGGTTGATCCA 1320
Query 1419 GAGAAGACAGACAAAGAATACGAAGAGTTTTTGAGGGATCTTGAAGAAAACCCTGAGCTA 1478
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1321 GAGAAGACAGACAAGGAATACGAAGAGTTTTTGAGGGATCTTGAAGAAAACCCTGAGCTA 1380
Query 1479 AGGTTCAACATATCTTTGTACAGGGACAAGGATTATCAAGCTTCTGAGACTGCTTCAATG 1538
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1381 AGGTTCAACATATCCTTGTACAGGGACAAGGATTATCAAGCTTCTGAGACTGCTTCAATG 1440
Query 1539 ACAGATGGAGAAGGTGCACCATCTGTTCCAATTGAAGAGTTGCTTGCTGACCTTGACCTA 1598
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1441 ACAGATGGAGAAGGTGCACCATCTGTTCCAATTGAGGAGTTGCTTGCTGACCTTGACCTA 1500
Query 1599 AGCTTTG-AGGAAGAAGACGATGATGA---CGAGGACGACATGGCTG 1641
|| | | ||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||
Sbjct 1501 AG-TGAGGAGGAAGAAGACGATGATGATGACGAGGAGGACATGGCTG 1546
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 69133794675
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5