BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT2G03840.1
Length=837
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg896359 jgi|Araly1|896359|Al_scaffold_0005_325 1360 0.0
Ahg896356 jgi|Araly1|896356|Al_scaffold_0005_322 1354 0.0
> Ahg896359 jgi|Araly1|896359|Al_scaffold_0005_325
Length=840
Score = 1360 bits (736), Expect = 0.0
Identities = 807/841 (96%), Gaps = 5/841 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGGCGAGAGATAAAGAAGATCAAAACAATGAGAATCC-T--TCAATTGTCCAGAACATG 57
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Sbjct 1 ATGGCGAGAGATAAAGAAGAACAAAACAATGAGAACCCTTCGTCATTTATCAAGAATATT 60
Query 58 TCATTTCCATTCAACACCATTTTCTTGATCTCAAGCGCAATCTTCCTCGTCACAGCCGCT 117
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Sbjct 61 TCATTTCCATTCAACACCATTTTCTTGATCTCAACCGCAATCTTCCTCGTCACAGCCGCT 120
Query 118 TTCTGGTTCGTAGCCGTCATGACATTACATTACAGGACCGATGAATGTAACCGGTTCGTC 177
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Sbjct 121 TTCTGGTTCGTAACCGTCATAACATTACATTACAGGACCGATGAATGTAATCGGTTTGTC 180
Query 178 ACAACTCCCGGAATATTCATAAGCTTCTCATTGCTTGCTATGTCCCTCACTGGATTCTAC 237
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Sbjct 181 ACAACTCCCGGAATCTTCATAAGCTTCTCATTGCTCGCTATGTCCCTCACTGGATTCTAC 240
Query 238 GCAGCTTACTTCAAATCCGATTGTCTCTTTCGAATCCACTTCTTTATCTTCTTCTTGTGG 297
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Sbjct 241 GCAGCTTACTTCAAATCCGATTGTCTCTTCCGAATCCACTTCTTTATCTTCTTCTTGTGG 300
Query 298 ATGTTCGTTGTCGTGTCTAAAGCAATCTTTGTCATCTTTCTACATAAGGAGACCAATCCT 357
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Sbjct 301 ATGTTCGTTGTCGTGTCTAAAGCCATCTTTGTCATATTTCTACATAAGGAGACCAATCCT 360
Query 358 AGATTGTTTCCTGGGACCAAGATTTATGAGTTTAGGTACGAGGATTACTCAGGATGGGTT 417
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Sbjct 361 AGGTTGTTTCCTGGTACCAAGATCCATGAGTTTAGGTACGAGGATTACTCAGGATGGGTT 420
Query 418 AGTAGATTGGTCATCAAAGACGATGAATGGTATCGTACAAGGAGATGTCTTGTTAAGGAC 477
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Sbjct 421 AGTAGATTGGTCATCAAAGACGATGAATGGTATCGTACAAGGAGATGTCTTGTTAAGGAC 480
Query 478 AATGTTTGTAACAGGCTAAACCATAAGATGCCAGCTTCTGAGTTTTATCAGATGAATCTA 537
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Sbjct 481 AATGTTTGTAACAGGTTAAACCATAAGATGCCAGCTTCTGAGTTTTATCAGATGAATCTA 540
Query 538 ACTCCTATACAGTCGGGTTGTTGCAAACCACCACTTTCATGTGGATTGAATTACGAGAAA 597
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Sbjct 541 ACTCCTATACAGTCGGGTTGCTGCAAACCACCACTTTCATGTGGATTGAATTACGAGAAA 600
Query 598 CCAAATAAT-TGGACAGTTTCAAGATATTATAACAATTTAGAAGTTGATTGCAAGAGATG 656
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Sbjct 601 CCAAAT-ATGTGGACAGTTTCAAGATATTATAACAATTTAGAAGTTGATTGCAAGAGATG 659
Query 657 GAACAATTCTGCAGATACATTATGCTTCGATTGTGATTCATGTAAAGCTGTGATTATTGC 716
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Sbjct 660 GAACAATTCTGCAGATACATTATGCTTCGATTGTGATTCGTGTAAAGCTGTGATTATTGC 719
Query 717 TGATGTACATAATACTTCATTTTCCATAACAGTTAACATTATTCATATCATCTTTAGTCT 776
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Sbjct 720 TGATTTACATAATAATTCATTTTCCATAACAATTAACATTATTCATATCATCTTTAGTCT 779
Query 777 TTGTATCGGCATGACCGGTTGGTTTGCCTGGTTAAGGATCCTTCGAGAAAGTCAGAAATA 836
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Sbjct 780 TTCCATCGGCATGACCGGTTGGTTTGCCTGGTTAAGGATCCTTCGAGAAAGTCAGAAATA 839
Query 837 G 837
|
Sbjct 840 G 840
> Ahg896356 jgi|Araly1|896356|Al_scaffold_0005_322
Length=840
Score = 1354 bits (733), Expect = 0.0
Identities = 806/841 (96%), Gaps = 5/841 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGGCGAGAGATAAAGAAGATCAAAACAATGAGAATCC-T--TCAATTGTCCAGAACATG 57
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Sbjct 1 ATGGCGAGAGATAAAGAAGAACAAAACAATGAGAACCCTTCGTCATTTATCAAGAATATT 60
Query 58 TCATTTCCATTCAACACCATTTTCTTGATCTCAAGCGCAATCTTCCTCGTCACAGCCGCT 117
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Sbjct 61 TCATTTCCATTCAACACCATTTTCTTGATCTCAACCGCAATCTTCCTCGTCACAGCCGCT 120
Query 118 TTCTGGTTCGTAGCCGTCATGACATTACATTACAGGACCGATGAATGTAACCGGTTCGTC 177
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Sbjct 121 TTCTGGTTCGTAACCGTCATAACATTACATTACAGGACCGATGAATGTAACCGGTTCGTC 180
Query 178 ACAACTCCCGGAATATTCATAAGCTTCTCATTGCTTGCTATGTCCCTCACTGGATTCTAC 237
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Sbjct 181 ACAACTCCCGGAATCTTCATAAGCTTCTCATTGCTCGCTATGTCCCTCACTGGATTCTAC 240
Query 238 GCAGCTTACTTCAAATCCGATTGTCTCTTTCGAATCCACTTCTTTATCTTCTTCTTGTGG 297
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Sbjct 241 GCAGCTTACCTCAAATCCGATTGTCTCTTCCGAATCCACTTCTTTATCTTCTTCTTGTGG 300
Query 298 ATGTTCGTTGTCGTGTCTAAAGCAATCTTTGTCATCTTTCTACATAAGGAGACCAATCCT 357
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Sbjct 301 ATGTTCGTTGTCGTGTCTAAAGCCATCTTTGTCATCTTTCTACAAAAGGAGACCAATCCT 360
Query 358 AGATTGTTTCCTGGGACCAAGATTTATGAGTTTAGGTACGAGGATTACTCAGGATGGGTT 417
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Sbjct 361 AGGTTGTTTCCTGGGACCAAGATTCAGGAGTTTAGGTACGAGGATTACTCAGGATGGGTT 420
Query 418 AGTAGATTGGTCATCAAAGACGATGAATGGTATCGTACAAGGAGATGTCTTGTTAAGGAC 477
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Sbjct 421 AGTAGATTGGTCATCAAAGACGATGAATGGTATCGTACAAGGAGATGTCTTTTTAAGGAC 480
Query 478 AATGTTTGTAACAGGCTAAACCATAAGATGCCAGCTTCTGAGTTTTATCAGATGAATCTA 537
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Sbjct 481 AATATTTGTAACAGGTTAAACCATAAGATGCCAGCTTCTGAGTTTTATCAGATGAATCTA 540
Query 538 ACTCCTATACAGTCGGGTTGTTGCAAACCACCACTTTCATGTGGATTGAATTACGAGAAA 597
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Sbjct 541 ACTCCTATACAGTCGGGTTGCTGCAAACCACCACTTTCATGTGGATTGAATTACGAGAAA 600
Query 598 CCAAATAAT-TGGACAGTTTCAAGATATTATAACAATTTAGAAGTTGATTGCAAGAGATG 656
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Sbjct 601 CCAAAT-ATGTGGACAGTTTCAAGATATTATAACAATTTAGAAGTTGATTGCAAGAGATG 659
Query 657 GAACAATTCTGCAGATACATTATGCTTCGATTGTGATTCATGTAAAGCTGTGATTATTGC 716
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Sbjct 660 GAACAATTCTGCAGATACATTATGCTTCGATTGTGATGCGTGTAAAGCTGTGATTATTGC 719
Query 717 TGATGTACATAATACTTCATTTTCCATAACAGTTAACATTATTCATATCATCTTTAGTCT 776
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Sbjct 720 TGATTTACATAATAATTCATTTTCCATAACAATTAACATTATTCATATCATCTTTAGTCT 779
Query 777 TTGTATCGGCATGACCGGTTGGTTTGCCTGGTTAAGGATCCTTCGAGAAAGTCAGAAATA 836
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Sbjct 780 TTCCATCGGCATGACCGGTTGGTTTGCCTGGTTAAGGATCCTTCGAGAAAGTCAGAAATA 839
Query 837 G 837
|
Sbjct 840 G 840
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 30955808604
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5