BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT2G03880.1
Length=2167
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg484300 jgi|Araly1|484300|fgenesh2_kg.5__292__AT2G03880.1 3284 0.0
> Ahg484300 jgi|Araly1|484300|fgenesh2_kg.5__292__AT2G03880.1
Length=2088
Score = 3284 bits (1778), Expect = 0.0
Identities = 1993/2097 (95%), Gaps = 14/2097 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 15 GTGGAGACGATGAAGTCAGTAATGTCAAAGATCAAACTTTTTAGACCAGTCGTCACGTTA 74
||||| | |||||||||||||| ||||| ||||||||| |||||||||||| ||||||||
Sbjct 1 GTGGATATGATGAAGTCAGTAACGTCAACGATCAAACTCTTTAGACCAGTCCTCACGTTA 60
Query 75 CGTTGTTCTTACAGCTCCACAGATCAAACTCTTCTTCTTAGCGAATTTACCAGACTCTGT 134
||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 61 CGTTGTTCTTATAGCTCCACCGATCAAACTCTTCTTCTTAACGAATTTACCAGACTCTGT 120
Query 135 TACCAGAGAGACCTTCCCAGAGCTATGAAAGCAATGGATTCATTGCAAAGTCATGGTCTT 194
||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||
Sbjct 121 TACCAGAAAGACCTTCCCAAAGCTATGAAAGCAATGGATTCGTTACAAAGCCATGGTCTT 180
Query 195 TGGGCAGACTCTGCAACTTATTCTGAGCTTATCAAGTGTTG-TATATCTAATAGAGCTGT 253
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | | ||| ||||||||||
Sbjct 181 TGGGCAGACTCTGCAACTTATTCTGAGCTTATCAAATGTTGCT-TGTCTCATAGAGCTGT 239
Query 254 TCATGAAGGGAATCTCATTTGTCGTCATTTATACTTCAATGGTCATCGACCAATGATGTT 313
||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 240 TCACGAAGGGAACCTCATTTGTCGTCATTTATACTTCAATGGTCATCAACCAATGATGTT 299
Query 314 TCTGGTTAATGT-TCTGATCAATATGTATGTAAAATTCAATCTTTTGAATGATGCTCACC 372
|||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 300 TCTGGTTAATGTAT-TGATCAATATGTATGTAAAATTCAATCTTTTGAATGATGCTCACC 358
Query 373 AACTGTTCGATC-AAATGCCTCAAAGGAATGTTATTTCTTGGACTACGATGATTTCTGCT 431
|||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 359 AACTGTTCGA-CGAAATGCCTCAAAGGAATGTTATTTCTTGGACTACGATGATTTCGGCA 417
Query 432 TATTCTAAGTGTAAGATTCATCAAAAGGCTTTGGAGCTTTTGGTTTTGATGTTGAGAGAT 491
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 418 TATTCTAAGTGTAAGATTCATCAGAAGGCTTTGGAGCTTTTGGTTTTGATGTTGAGAGAT 477
Query 492 AATGTGAGGCCTAATGTGTATACTTACTCTTCTGTTTTGAGATCTTGCAATGGTATGTCT 551
|||||||||||||||||||||||| || |||||||||||| |||| ||||||||||||
Sbjct 478 GGTGTGAGGCCTAATGTGTATACTTATTCCTCTGTTTTGAGAGCTTGTAATGGTATGTCT 537
Query 552 GATGTTAGAATGCTTCATTGTGGGATTATTAAGGAGGGGTTGGAGTCTGATGTTTTTGTT 611
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||| ||||
Sbjct 538 GATGTTAGAATGCTTCATTGTGGGATTATTAAGGAGGGTTTAGAGTCTGATGTTTATGTT 597
Query 612 AGGAGTGCTTTGATTGATGTGTTTGCTAAACTGGGTGAGCCGGAGGATGCTCTTTCGGTT 671
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 598 AGGAGTGCTTTGATTGATGTGTTTGCTAAACTGGGTGAGCCGGAGGATGCTCTTTTGGTT 657
Query 672 TTCGATGAAATGGTTACAGGTGATGCGATTGTTTGGAACTCGATCATTGGTGGGTTTGCT 731
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 658 TTCGATGAAATGGTTACGGGTGATGCGATTGTTTGGAACTCGATTATTGGTGGGTTTGCT 717
Query 732 CAGAATAGTAGAAGCGATGTAGCTTTGGAGCTTTTTAAGAGGATGAAGAGAGCTGGTTTC 791
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 718 CAGAATAGTAGAAGCGATGTAGCTTTGGAGCTTTTTAAGAGGATGAAAAGAGCTGGTTTC 777
Query 792 ATTGCGGAGCAGGCTACGTTGACTAGCGTATTGAGGGCTTGTACTGGTTTGGCTCTGTTG 851
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 778 ATTGCGGAGCAGGCTACGTTGACTAGCGTATTGAGGGCTTGTACTGGTTTAGCTCTGTTG 837
Query 852 GAGCTTGGGATGCAAGCTCATGTTCATATCGTGAAATATGACCAAGACTTGATACTCAAC 911
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 838 GAGCTTGGGATGCAAGCTCATGTTCATATCGTGAAATATGACCAAGACTTGATACTCAAC 897
Query 912 AACGCACTCGTGGACATGTATTGCAAGTGTGGGAGTTTGGAGGATGCTCTCCGTGTGTTC 971
|||||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||| ||||||||||
Sbjct 898 AACGCACTAGTGGACATGTATTGCAAATGTGGGAGCTTGGATGATGCTCGCCGTGTGTTC 957
Query 972 AACCAGATGAAGGAGAGAGATGTGATTACATGGAGCACTATGATTTCAGGGTTGGCACAG 1031
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 958 AACCAGATGAAGGAGAGAGATGTGATTACATGGAGCACTATGATTTCAGGGTTAGCACAA 1017
Query 1032 AATGGTTATAGCCAGGAGGCACTGAAGTTGTTTGAGCGTATGAAATCTTCTGGGACGAAG 1091
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| |||||||
Sbjct 1018 AATGGTTATAGCCAAGAGGCACTGAAGTTGTTTGAGCTTATGAAATCATCTGCGACGAAG 1077
Query 1092 CCAAACTACATTACGATTGTCGGGGTTCTCTTTGCTTGCAGCCACGCAGGGCTCCTGGAA 1151
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1078 CCAAACTACATTACGATTGTCGGGGTTCTCTTTGCTTGCAGCCACGCAGGGCTCCTGGAA 1137
Query 1152 GATGGTTGGTACTACTTCAGATCAATGAAGAAACTTTATGGAATCGATCCAGTGAGGGAA 1211
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||
Sbjct 1138 GATGGTTGGTACTACTTCAGATCAATGAAGAAACTTTATGGAATCAATCCAGGGAGGGAA 1197
Query 1212 CATTATGGTTGCATGATTGATCTGCTTGGAAAAGCTGGAAAGCTCGACGATGCAGTGAAG 1271
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1198 CATTATGGTTGCATGATTGATCTGCTAGGAAAAGCTGGAAAGCTCGACGATGCAGTGAAG 1257
Query 1272 CTGTTAAATGAAATGGAGTGTGAGCCAGATGCTGTGACATGGAGAACTTTGCTTGGTGCT 1331
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1258 CTGTTAAATGAAATGGAGTGTGAGCCAGATGCTGTGACATGGAGAACTTTGCTTGGTGCT 1317
Query 1332 TGTAGGGTTCAAAGAAACATGGTGCTAGCGGAGTATGCAGCTAAAAAGGTCATAGCACTC 1391
||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1318 TGTAGAGTTCAAAGAAACATGGTGCTAGCGGAATATGCAGCTAAAAAGGTTATAGCACTC 1377
Query 1392 GATCCCGAGGATGCAGGAACTTACACACTATTGTCTAACATATACGCAAACTCTCAGAAA 1451
||||||||||||||||| ||||||||| | |||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1378 GATCCCGAGGATGCAGGTACTTACACAGTGTTGTCTAACATATATGCAAACTCTCAGAAA 1437
Query 1452 TGGGACAGTGTTGAAGAAATTCGGACA-CGAATGAGAGACAGAGGAATCAAGAAAGAACC 1510
||||||||||||||||||||||| | | ||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1438 TGGGACAGTGTTGAAGAAATTCGAA-AGCGAATGAGAGACATAGGAATCAAGAAAGAACC 1496
Query 1511 TGGATGCAGCTGGATCGAAGTAAACAAACAGATTCATGCTTTTATAATTGGAGAC-AATT 1569
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||
Sbjct 1497 TGGATGCAGCTGGATCGAAGTAAACAAACAGATTCATGCTTTTATCATTGGAGACGAAT- 1555
Query 1570 CTCACCCACAGATAGTTGAAGTCAGTAAGAAGCTGAACCAATTGATCCATAGACTCACTG 1629
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| |||||||||| ||
Sbjct 1556 CTCACCCACAGATAGTTGAAGTCAGTAAGAAACTGAACCAACTGATACATAGACTCATTG 1615
Query 1630 GTATTGGCTATGTTCCTGAAACAAACTTTGTGCTACAAGATCTTGAAGGTGAACAAATGG 1689
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1616 GTATTGGTTATGTTCCTGAAACAAACTTTGTGCTACAAGATCTTGAAGGAGAACAAATGG 1675
Query 1690 AAGATTCACTTAGACATCACAGTGAGAAACTGGCTTTAGCCTTTGGCTTGATGACATTAC 1749
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1676 AAGATTCACTTAGACATCACAGTGAGAAACTAGCTTTAGCCTTTGGCTTGATGACATTAC 1735
Query 1750 CTATTGAGAAAGTCATTAGGATAAGAAAGAATCTGAGAATATGTGGGGATTGTCATGTGT 1809
||| |||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1736 CTAGTGAGAAAGTCATTAGGATCAGAAAGAATTTGAGAATATGTGGGGATTGTCATGTGT 1795
Query 1810 TTTGCAAGCTCGCATCGAAGCTTGAAATCCGCAGTATCGTTATACGAGATCCGATCCGTT 1869
||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1796 TTTGCAAGCTCGCATCGAAGCTTGAAAACCGCAATATCGTTATAAGAGATCCGATCCGTT 1855
Query 1870 ACCATCATTTCCAGGATGGCAAATGTTCTTGTGGTGACTACTGGTAACAATCAGATGACT 1929
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||| ||
Sbjct 1856 ACCATCATTTTCAGGATGGCAAATGTTCTTGTGGTGACTATTGGTAACAATCATATGTCT 1915
Query 1930 TTAGATTACTATGAAACAGAGTATAAGATGGTTTAGAAGATTGTTTCTCTGCAAGTTTTC 1989
|||| |||| ||||||||| ||| | |||||||||| |||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1916 TTAGGTTACAATGAAACAGTGTA-A-GATGGTTTAGTAGATTGTTTCTCTGTAAGTTTTC 1973
Query 1990 TTCATCAAATTTTTTGATTAGTGAATCATTTTTGCTTATGAAGAAGCTCATTGATTTGCC 2049
|||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| |||||| |||||||||||||||
Sbjct 1974 TTCATCAAATTTTT-GATTAGTGAATCATGTTTGCTTGTGAAGATGCTCATTGATTTGCC 2032
Query 2050 AAATTTTCCTGATAGGATTTTGTAACATTTGCAAAATTGAATATGTATGATAAAATT 2106
||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||| |||||
Sbjct 2033 AAATTTTT-TGATAGGATTCTGTAACATTTGCAAAATTGAATATTTATGATTAAATT 2088
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 81551214545
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5