BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT2G04270.5
Length=3256
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg480077 jgi|Araly1|480077|fgenesh2_kg.3__2778__AT2G04270.1 4614 0.0
> Ahg480077 jgi|Araly1|480077|fgenesh2_kg.3__2778__AT2G04270.1
Length=3219
Score = 4614 bits (2498), Expect = 0.0
Identities = 2948/3156 (93%), Gaps = 67/3156 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 4 TCGTCCCACCGCTCCGTGTATTGCTGAACTTCTTCATAGCAACTC-A-A-TACCATGGAT 60
||||||||||||||||||||||| ||||| | ||||||||||| | | |||||||||
Sbjct 122 TCGTCCCACCGCTCCGTGTATTGATGAAC--C--CATAGCAACTCAACACCACCATGGAT 177
Query 61 GTTACTGAAGTTCCATGGCGTCGTCTTCCTCAATTTTCCGTTTCTTCACGCGCCTCGTGG 120
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 178 GTTACTGAAGTTCCATGGCGTCGTCTTCCTCAAATTTCCGTTTCTTCACGCGCCTCGTGG 237
Query 121 CTCGTTTCTTCTGGGTTTCC-GCTTTCTTCATATATGTTCTCTCATGTTGAGCGTGGAAA 179
|| ||| ||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 238 CTTGTTACTTCTGGGTTTCCTG-TTTCTTCATATATGTTCTCTCATGTTGAGCGTGGAAA 296
Query 180 GACGTTTAGGCTTACCTTGTGCTTTGGGGTCTCTCGTTTACGTCCAAGGTCTGCTATTCC 239
| |||||||||| ||||||||||||||||||||||| | | ||||||||||||||
Sbjct 297 GTCGTTTAGGCTCACCTTGTGCTTTGGGGTCTCTCG--T--G--CAAGGTCTGCTATT-- 348
Query 240 ACTGAGATTTTTGTTATCTGTATTCTCAGAACAGCCACCTAGTCGT-CTCAAAGGATTAT 298
| | | || || | | | |||||||||| |||||||| | ||||||||||
Sbjct 349 -GT-A-A---GTG-TA-C---A-AC-AAGAACAGCCAGCTAGTCGTAGT-AAAGGATTAT 394
Query 299 GCGAGGTCGTTTGGATTGTGGAAGCTGATCTGGCAGCC-AATGAACATCTCTACGTTACT 357
||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| || ||||||||||||| |||||||
Sbjct 395 GCGAGGTTGTTTGGATTGTGGAAGCTGATCTTGCA-CCTAATGAACATCTCTTCGTTACT 453
Query 358 GGAGATCCTTCTACATTAGGTAGCTGGGAGCCAGACTGCGCAATCTCAATGTATCCTACG 417
|||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||
Sbjct 454 GGAGATCCTTCTGCTTTAGGTAGCTGGGAGCCAGACTGTGCAATCTCAATGTATCGTACT 513
Query 418 GAAAATGATAATGAATGGGAAGCTAAAGTCAAGATTGCTTCTGGTGTAAATTTCAGGTAT 477
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 514 GAAAATGATAATGAATGGGAAGCTAAAGTCAAGATTGCTTCTGGTGTAAATTTCAGGTAT 573
Query 478 AATTATCTGTTAAAAGCTGGATATGGATCTTCATCGGATGTCATCTGGAGACCAGGGCCA 537
|||||| | |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 574 AATTATTTTTTAAAAGCTGGATACGGATCTTCATCTGATGTCATCTGGAGACCAGGGCCA 633
Query 538 CAATTTTCGTTATCAGTTCCTTCCTCTGTCAATCAAGACAGAAAAATAATTATAAGGGAT 597
||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| |||||| || |||||||||||
Sbjct 634 CAATTTTCGTTATCAGTTCCTTCTTCTGTCAATCGAGAGAGAAAAGTAGTTATAAGGGAT 693
Query 598 TCATGGATGAGTATGAGTATTTCCTCAAAATCACAAGAATCCTACGGATGGGGGTCTTGG 657
||||||||||| | | ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 694 TCATGGATGAG--T--G--TTTCCTCAAGATCACAAGAATCCTACGTATGGGGGTCTTGG 747
Query 658 ATTGATGATGCTTACCTTTTTCCAAACTGTGTTACCCCAGCTCAAAGCGAAGATGA-ATG 716
|| ||||||||||||||||||||||| | ||||||| |||||||||| |||| | | ||
Sbjct 748 ATCGATGATGCTTACCTTTTTCCAAATTCTGTTACCTCAGCTCAAAGTGAAGGTAACAT- 806
Query 717 CACTTCCGCCGATAGTGCTATAGAAGTCCCGAGAACACATCTGAATGATAAGCAAGTAGG 776
| || | | |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||
Sbjct 807 CTCTACTTCTGATAGTGCTATAGAAGTCCCGAGAACACTTCTGAATGATAAGCAAGGAGG 866
Query 777 AGCTGAATCTTTCTTATGTGATGAGCTTGCAGCCTTTTCGTCAGAGAACTCAAACTTAAG 836
| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 867 AAATGAATCTTTCTTCTGTGATGAGCTTGCAGCCTTTTCGTCAGAGAACTCAAACTTAAG 926
Query 837 TGCGTTATTTTCTGACAACTATCAGCCTATCGAGGAACCGTGGTTGATTCAAGAATCTAT 896
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 927 TGCGTTATTTTCTGACAACTATCAGCCTATCGAGGAACCGTGGTTGATTCAAGACTCTAT 986
Query 897 TACCTTACAACATGAAAGGAATATGCAGACTGATAGCGAACAAGATGTTGAAAGCTGTGA 956
|||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 987 TACCTTGCAACATGCAAGGAATATGCAGACTGACAGCGAACAAGATGTTGAAAGCTGTGA 1046
Query 957 TGACAATGAAAATAACTTAAATACCGATGAACAAAATCACCAGCTGACTGAGACTCTCTT 1016
||| |||||||| | |||| |||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1047 TGAAAATGAAAACAGCTTACATACTGATGAACAAAATCACCAGCTGACAGAGACTCTCTT 1106
Query 1017 ACCAGATGGTGGATTTTTCCAATCAGAATCCATTGCTACTACGATACTGATCAATTCTTC 1076
||| |||||||||||||||||| | ||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1107 ACCTGATGGTGGATTTTTCCAACCGGAATCCATTTCTACTACGATACTGATCAATTCTTC 1166
Query 1077 TATATGTACGGTGCAAAGGATTGCTGTATTGGAAGGTGGAAAGCTGGTCGAGTTATTGTT 1136
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1167 TATATGTACGGTGCAAAGGATTGCTGTATTGGAAGGTGAAAAGCTGGTCGAGTTATTGTT 1226
Query 1137 GGAACCAGTTAAGACCAATGTGCAGTGTGATAGTGTTTACCTGGGCGTAATCACTAAGTT 1196
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1227 GGAACCAGTTAAGACCAATGTGCAGTGTGATAGTGTTTACCTGGGCGTGATCACTAAGTT 1286
Query 1197 TGTGCCCCATATGGGTGGTGCATTTGTGAATATCGGAAGTGCTAGACATTCTTTCATGGA 1256
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1287 TGTGCCCCATATGGGTGGTGCATTTGTGAATATTGGAAGTGCTAGACATTCTTTCATGGA 1346
Query 1257 CATTAAGTCAAACAGGGAACCATTCATATTCCCTCCATTTTGTGATGGATCGAAGAAGCA 1316
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1347 CATTAAGTCAAACAGGGAACCATTCATATTCCCTCCATTCTGTGATGGATCGAAGAAGCA 1406
Query 1317 AGCAGCTGATGGTTCTCCGATCCTCTCTATGAATGACATTCCAGCTCCCCATGAAATCGA 1376
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1407 AGCAGCTGATGGTTCTCCGATCCTCTCTATTAATGACATTCCAGCTCCCCATGAAATTGA 1466
Query 1377 ACATGCTTCCTATGACTTTGAAGCCAGTAGTTTATTAGACATTGATTCAAATGACCCTGG 1436
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1467 ACATGCTTCCTATGACTTTGAAGCCAGTAGTTTATTAGACATTGATTCAAATGACCCTGG 1526
Query 1437 GGAATCTTTTCATGATGATGACGATGAGCATGAAAATGATGAATATCATGTCTCAGAT-C 1495
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1527 GGAATCTTTTCATGATGATGACGATGAGCATGAAAATGATGAATATCATGTCTCAGATGC 1586
Query 1496 ATCTAGCTGGACTAGTTAATGGAACTGTAGTTAACCATGGCGCTGTGGAAGTTGGATCTG 1555
||||| |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1587 -TCTAGTTGGATTAGTTAATGGAACTGTAGTGAACCATGGCGCTGTGGAAGTTGGATCTG 1645
Query 1556 AGAATGGCCATATTCCTATGGAGAGAGGACACTCTGCAGATTCTCTTGATTCGAA-CGCA 1614
||||||||| ||||||| ||||||||| |||||||| |||||| || | ||| || | ||
Sbjct 1646 AGAATGGCCTTATTCCTCTGGAGAGAGAACACTCTGTAGATTCCCTCGTTTCTAATC-CA 1704
Query 1615 TCAGTTGCAAAAGCTTCTAAGGTGATGTCGTCTAAGGATAATAAGTGGATTCAAGTTCGG 1674
|||||| ||||| ||||||||| |||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1705 TCAGTTCCAAAAACTTCTAAGGCGATGCCGTCTAAAGATAATAAGTGGATTCAAGTTCGG 1764
Query 1675 AAAGGAACCAAAATTATTGTGCAAGTTGTTAAAGAGGGCCTCGGTACGAAAGGTCCAACT 1734
||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1765 AAAGGCACCAAGATAATTGTGCAAGTTGTTAAAGAGGGCCTCGGTACGAAAGGTCCAACT 1824
Query 1735 CTTACTGCTTACCCGAAGCTGAGAAGTAGATTCTGGGTACTATTGACTCGTTGCAAACGA 1794
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || ||||||| |||||||||
Sbjct 1825 CTTACTGCTTACCCGAAACTGAGAAGTAGATTCTGGGTATTACTGACTCGATGCAAACGA 1884
Query 1795 ATTGGAGTCTCGaaaaaaaTTTCGGGAGTTGAGAGAACCCGGTTAAAAGTTATAGCAAAA 1854
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1885 ATTGGAGTGTCGAAAAAAATTTCGGGAGTTGAGAGAACCCGGTTAAAAGTTATAGCAAAA 1944
Query 1855 ACATTGCAGCCTCAAGGTTTTGGCCTGACTGTAAGGACTGTAGCTGCTGGCCATTCTCTA 1914
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||
Sbjct 1945 ACATTGCAGCCTCAAGGTTTTGGACTGACTGTAAGGACTGTGGCTGCAGGCCATTCTCTA 2004
Query 1915 GAAGAACTGCAGAAAGACTTAGATGGTCTGCTTTTAACCTGGAAGAACATTACAGATGAA 1974
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2005 GAAGAACTGCAGAAAGACTTAGAAGGTCTGCTTTTAACGTGGAAGAACATTACAGATGAA 2064
Query 1975 GCAAAATCTGCAGCCCTTGCTGCAGATGAAGGTGTGGAAGGAGCCATTCCAGCGCTGCTA 2034
||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2065 GCAAAATCTTCAGCTCTTGCTGCAGATGAAGGTGTGGAAGGAGCCATTCCAGCGCTGCTA 2124
Query 2035 CATAGAGCAATGGGTCAAACACTATCAGTTGTGCAGGACTATTTCAATGACAAGGTTGAG 2094
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2125 CATAGAGCAATGGGTCAAACACTCTCAGTTGTGCAGGACTATTTCAATGACAAGGTTGAG 2184
Query 2095 AAGATGGTGGTTGACTCTCCCAGGACATACCATGAGGTCACACACTACCTGCAGGATATG 2154
|||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2185 AAGATGGTGGTTGACTCTCCTAGGACATACCACGAGGTCACACACTACCTGCAGGATATG 2244
Query 2155 GCACCTGATCTTTGTAATCGAGTGGAATTGCATGATAAGGGTATCCCTCTTTTTGATTTA 2214
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2245 GCACCTGATCTTTGTAATCGAGTCGAATTGCATGATAAGGGTATACCTCTTTTTGATTTA 2304
Query 2215 TATGAAATTGAGGAGGAAATCGAAGGTATTCTTAGTAAAAGAGTTCCACTTTCCAATGGA 2274
|| || |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2305 TACGACATTGAGGAGGAAATCGAAGGTATTCTCAGTAAAAGAGTTCCACTTTCCAATGGA 2364
Query 2275 GGTTCTTTGGTGATTGAACAAACTGAGGCGTTAGTCTCTATTGATGTGAACGGAGGACAT 2334
|||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2365 GGTTCTTTAGTGATTGAACAAACTGAGGCGTTGGTCTCTATTGATGTGAACGGAGGACAT 2424
Query 2335 GGAATGTTTGGTCAGGGTAATTCACAGGAGAAAGCTATTTTAGAAGTTAATCTTGCTGCT 2394
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2425 GGAATGTTTGGTCAGGGTAATTCACAGGAGAAAGCTATTTTAGAAGTTAATCTTGCTGCT 2484
Query 2395 GCCAGACAAATTGCAAGGGAGATTCGGCTGAGAGATATTGGCGGTATCATTGTGGTAGAT 2454
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2485 GCCAGACAAATTGCAAGGGAGATTCGGCTGAGAGATATTGGCGGTATCATTGTGGTAGAT 2544
Query 2455 TTCATCGACATGGCAGATGAATCAAATAAGAGACTCGTTTATGAAGAGGTTAAGAAAGCC 2514
||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2545 TTCATTGACATGGCAGATGAATCAAATAAGAGACTTGTTTATGAAGAGGTTAAGAAAGCA 2604
Query 2515 GTGGAGAGAGATAGGTCACTGGTAAAAGTATCAGAGCTGTCTAGACACGGACTTATGGAG 2574
|| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2605 GTTGAGAGAGATAGGTCACTGGTAAAAGTATCAGAACTGTCTAGACACGGACTCATGGAA 2664
Query 2575 ATAACAAGAAAAAGGGTTCGGCCGAGTGTAACATTTATGATCAGTGAACCATGTTCTTGC 2634
|||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2665 ATAACAAGAAAAAGGGTTCGACCGAGTGTAACATTCATGATCAGTGAACCTTGTTCTTGC 2724
Query 2635 TGTCACGCAACTGGTAGAGTGGAGGCACTGGAGACTACCTTTTCCAAAATTGAACAAGAG 2694
||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||| || |||||||||||||||
Sbjct 2725 TGTCATGCAACTGGTAGAGTGGAGGCACTGGAGACTTCCTTCTCAAAAATTGAACAAGAG 2784
Query 2695 ATTTGTCGGCAGCTTGCAAAGATGGAGAAAAGAGGAGACCTGGAAAACCCCAAATCGTGG 2754
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||
Sbjct 2785 ATTTGTCGGCAGCTCGCAAAGATGGAGAAAAGAGGAGACCTAGAAAACCCCAAGTCTTGG 2844
Query 2755 CCAAGATTCATATTGCGGGTGGACAGTCATATGTCAAGCTTCTTGACTACGGGGAAGAGG 2814
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2845 CCAAGATTCATATTGCGGGTGGACAGTCATATGTCAAGCTTCTTGACTACTGGGAAGAGG 2904
Query 2815 ACGCGGCTTGCAATCCTCAGTAGTTCCCTGAAAGTATGGATTCTCTTAAAGGTTGCTAGA 2874
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2905 ACGAGGCTTGCAATCCTCAGTAGTTCCCTGAAAGTATGGATTCTCTTAAAGGTTGCTAGA 2964
Query 2875 CATTTCACCAGAGGAACCTTTGAGGTTAAACCGTTCATGGATGAGAAGACAGTAAACGAA 2934
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2965 CATTTCACCAGAGGAACCTTTGAGGTTAAACCGTTCATGGATGAGAAGACGGTAAACGAA 3024
Query 2935 AGACAGCATCAAGTTGCCATTTCACTGCTCAAGAAAGCTGACGCCATAGCAGACTCCTCC 2994
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3025 AGACAGCATCAAGTTGCTATTTCACTGCTCAAGAAAGCTGACGCCATAGCAGACTCCTCA 3084
Query 2995 GGCAAGAAGAAGCTCACTCTAATTCCAATTAAGAAGGAGAAGACCAGTGGTAAACAAAGG 3054
| |||||||||||||||||| ||||| | | |||||| ||||||||||||||||| ||
Sbjct 3085 GCCAAGAAGAAGCTCACTCTTATTCCCA--A-GAAGGAAAAGACCAGTGGTAAACATAGA 3141
Query 3055 CGATGAGACTATTTTTCTTTCTTGGCATCACTTTTGTTAGTTGTATCAAATAATACTGTA 3114
||||||| | || | | | ||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 3142 CGATGAG-C-AT----C---------A-C--TTTTGTTAGTTGTCTCAAATAATACTGTA 3183
Query 3115 CCGAATCAATTTTTGTGTATCAATATCATCTTCTTC 3150
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3184 CCGAATCAATTATTGTGTATCAATATCATCTTCTTC 3219
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 122887903217
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5