BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT2G04350.1
Length=2434
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg905775 jgi|Araly1|905775|Al_scaffold_0003_2903 3535 0.0
> Ahg905775 jgi|Araly1|905775|Al_scaffold_0003_2903
Length=2163
Score = 3535 bits (1914), Expect = 0.0
Identities = 2085/2168 (96%), Gaps = 10/2168 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 142 ATGGAAGATTCTGGAGTGAATCCAATGGATTCACCATCTAAAGGCAGT-GACTTTGGAGT 200
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| || ||||||||
Sbjct 1 ATGGAAGATTCTGGAGTGAATCCAATGGATTCACCGTCTAAAGGCAGTGGA-TTTGGAGT 59
Query 201 CTATGGAATCATAGGAGGTGGAATCGTGGCTTTACTTGTGCCTGTGTTACTCTCTGTGGT 260
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||
Sbjct 60 TTATGGAATCATAGGAGGTGGAATTGTGGCTTTACTTGTACCAGTGTTACTCTCTGTGGT 119
Query 261 GTTGAATGGAACCAAAAAGGGGAAAAAGAGAGGTGTTCCCATCAAAGTAGGTGGCGAGGA 320
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 120 GTTGAATGGAAGCAAAAAGGGGAAAAAGAGAGGTGTTCCGATCAAAGTAGGTGGCGAGGA 179
Query 321 AGGTTACACAATGCGTCATGCTCGAGCTCCTGAATTGGTTGATGTACCTTGGGAAGGAGC 380
||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 180 AGGTTACACGATGCGTCATGCTCGTGCTCCTGATTTGGTTGATGTTCCTTGGGAAGGAGC 239
Query 381 TGCTACTATGCCTGCTTTGTTTGAGCAGTCTTGTAAGAAGTATTCGAAAGATCGGTTACT 440
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 240 TACTACTATGCCTGCTTTGTTTGAGCAGTCTTGTAAGAAGTATTCGAAAGATCGGTTACT 299
Query 441 AGGAACTAGAGAGTTTATAGATAAGGAATTTATTACTGCTAGTGATGGGAGGAAGTTTGA 500
|| ||||||||||||||||||| ||||||| ||||| |||||||||| |||||||||||
Sbjct 300 TGGGACTAGAGAGTTTATAGATAGGGAATTTGTTACTTCTAGTGATGGAAGGAAGTTTGA 359
Query 501 GAAGCTTCATTTAGGAGAGTATAAATGGCAAAGTTATGGAGAGGTTTTTGAACGTGTTTG 560
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||||||||
Sbjct 360 GAAGCTTCATTTAGGAGAGTATAAGTGGCAAAGTTATGCAGAGGTCTTTGAACGTGTTTG 419
Query 561 TAACTTTGCGTCGGGGTTAGTTAATGTAGGACATAATGTTGATGATCGTGTTGCTATCTT 620
||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 420 TAACTTTGCGTCGGGGTTAGTGAATGTTGGACATAATGTTGATGATCGTGTTGCTATCTT 479
Query 621 TTCGGATACTCGTGCTGAGTGGTTTATCGCGTTTCAGGGATGTTTCAGGCAGAGCATAAC 680
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 480 TTCGGATACTCGAGCTGAGTGGTTTATCGCGTTTCAGGGATGTTTCAGGCAGAGCATAAC 539
Query 681 CGTTGTTACTATTTATGCTTCTTTAGGAGAAGAGGCTTTGATTTACTCACTCAATGAGAC 740
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 540 CGTTGTTACTATATATGCTTCTTTAGGAGAAGAGGCTTTGATTTACTCACTCAATGAGAC 599
Query 741 TCGAGTGTCAACCTTAATATGTGACTCAAAACAACTTAAGAAGTTGTCTGCGATACAATC 800
|||||| |||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 600 TCGAGTATCAACCTTGATATGCGACTCGAAACAACTTAAGAAGTTGTCTACGATACAATC 659
Query 801 AAGCTTGAAAACTGTGAAGAACATTATTTACATTGAAGAAGATGGAGTAGATGTTGCTTC 860
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 660 AAGCTTGAAAACTGTGAAGAACATTATTTACATTGAAGAAGATGGAGTAGATGTTGCTTC 719
Query 861 TAGTGA-TGTCAATAGTATGGGTGATATAACTGTTTCGTCGATCTCTGAAGTTGAGAAAC 919
|||||| | | |||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 720 TAGTGACT-TAAATAGTATGGGTGACATCACTGTTTCGTCGATCTCTGAAGTTGAGAAAC 778
Query 920 TTGGGCAGAAGAACGC-TGTTCAACCGATCTTACCTTCGAAGAATGGAGTTGCTGTTATA 978
| |||||||||||| | ||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 779 TGGGGCAGAAGAAC-CATGTTCCACCGATCTTACCTTCTAAGAATGGAGTTGCTGTTATA 837
Query 979 ATGTTTACCAGTGGTAGTACTGGTCTACCAAAGGGAGTTATGATTACCCACGGAAATCTT 1038
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 838 ATGTTTACCAGTGGTAGTACCGGTCTACCAAAGGGAGTTATGATTACCCACGGAAATCTT 897
Query 1039 GTCGCAACTGCTGCAGGAGTTATGAAGGTGGTTCCAAAGTTGGATAAAAATGATACATAT 1098
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||
Sbjct 898 GTCGCAACTGCTGCAGGAGTTATGAAGGTGGTTCCAAAGCTGGATAAGAATGATACATAT 957
Query 1099 ATTGCGTACTTACCTTTGGCTCATGTGTTTGAGCTGGAAGCTGAGATTGTGGTCTTTACC 1158
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 958 ATTGCATACTTACCTTTGGCTCATGTGTTTGAGCTGGAAGCTGAGATTGTGGTCTTTACC 1017
Query 1159 TCAGGTAGTGCCATCGGTTACGGCTCAGCAATGACTTTAACTGACACTTCAAATAAAGTT 1218
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1018 TCAGGTAGTGCCATCGGTTACGGCTCAGCAATGACTTTAACTGACACTTCAAATAAAGTT 1077
Query 1219 AAGAAAGGAACCAAAGGAGATGTTTCAGCTCTGAAGCCAACTATAATGACTGCAGTTCCA 1278
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1078 AAGAAAGGAACCAAAGGAGATGTTTCAGCTCTAAAGCCAACTATAATGACTGCAGTTCCA 1137
Query 1279 GCTATTCTGGATCGTGTCCGAGAAGGAGTTCTTAAAAAGGTTGAGGAAAAGGGAGGGATG 1338
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1138 GCTATTCTGGATCGTGTCCGAGAAGGAGTTCTTAAAAAGGTTGAGGAAAAGGGAGGGATG 1197
Query 1339 GCGAAGACCCTTTTTGACTTTGCATACAAGCGCCGGTTAGCAGCTGTGGATGGAAGTTGG 1398
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1198 GCAAAGACCCTTTTTGACTTTGCATACAAGCGCCGGTTAGCAGCTGTGGATGGAAGTTGG 1257
Query 1399 TTTGGTGCCTGGGGTTTGGAGAAAATGTTATGGGATGCTCTTGTCTTCAAGAAAATACGC 1458
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1258 TTTGGTGCCTGGGGTTTGGAGAAAATGTTATGGGATACTCTTGTCTTCAAGAAAATACGC 1317
Query 1459 GCTGTGCTTGGAGGACACATCCGTTTTATGCTC-GTTGGAGGAGCTCCTCTGTCTCCTGA 1517
||||||||||||||||||||||| ||||||||| || |||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1318 GCTGTGCTTGGAGGACACATCCGATTTATGCTCTGT-GGAGGAGCTCCTCTATCTCCTGA 1376
Query 1518 TTCGCAACGCTTCATCAATATCTGCATGGGGTCTCCCATCGGCCAAGGATATGGATTGAC 1577
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1377 TTCGCAACGCTTCATCAATATCTGCATGGGGTCTCCCATCGGCCAAGGATATGGATTGAC 1436
Query 1578 TGAAACGTGTGCTGGAGCTACGTTTTCTGAGTGGGACGATCCTGCTGTTGGTCGTGTTGG 1637
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||
Sbjct 1437 TGAAACGTGTGCTGGAGCTACGTTTTCTGAGTGGGACGACCCTGCTGTTGGCCGTGTGGG 1496
Query 1638 ACCTCCACTTCCATGCGGCTACGTTAAGCTCGTTTCTTGGGAAGAAGGTGGCTACAGAAT 1697
||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1497 ACCTCCACTTCCATGCGGCTATGTGAAGCTCGTTTCTTGGGAAGAAGGTGGCTACAGAAT 1556
Query 1698 TTCAGATAAACCAATGCCTAGAGGGGAGATTGTGGTAGGTGGTAACAGTGTAACAGCAGG 1757
|||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1557 TTCAGACAAACCAATGCCCAGAGGGGAGATTGTGGTAGGTGGTAACAGTGTAACAGCAGG 1616
Query 1758 TTACTTCAACAATCAAGAAAAAACCGATGAGGTTTACAAGGTCGATGAGAAGGGCACAAG 1817
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1617 TTACTTCAACAATCAAGAAAAAACCGATGAGGTTTACAAGGTCGATGAGAAGGGCACGAG 1676
Query 1818 GTGGTTTTACACCGGAGATATTGGGAGATTCCACCCTGATGGATGTCTCGAAGTCATCGA 1877
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||
Sbjct 1677 GTGGTTTTATACCGGAGATATTGGGAGATTCCACCCTGATGGATGTCTCGAAGTTATTGA 1736
Query 1878 TAGAAAGAAAGATATTGTTAAACTTCAACATGGGGAATACGTATCCCTTGGAAAGGTGGA 1937
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1737 CAGAAAGAAAGATATTGTTAAACTTCAACACGGGGAATACGTATCCCTTGGAAAGGTGGA 1796
Query 1938 GGCAGCTTTGGGTTCGAGCAATTACGTTGATAACATCATGGTCCACGCAGACCCAATTAA 1997
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||
Sbjct 1797 GGCAGCTTTGGGTTCGAGCAATTACGTTGATAACATCATGGTACACGCAGACCCAATGAA 1856
Query 1998 CAGCTACTGTGTAGCTCTTGTTGTTCCATCACGAGGAGCATTAGAGAAATGGGCAGAGGA 2057
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1857 CAGCTACTGTGTAGCTCTTGTTGTTCCATCACGAGGAGCGTTAGAGAAATGGGCAGAGGA 1916
Query 2058 AGCTGGAGTTAAACACAGCGAATTCGCTGAGCTATGCGAGAA-AGGTGAAGCAGTCAAGG 2116
||| |||||||||||||| || ||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||
Sbjct 1917 AGCAGGAGTTAAACACAGTGACTTCGCCGAGCTATGCGAGAACAG-TGAAGCAGTCAAGG 1975
Query 2117 AGGTTCAACAATCTCTTACCAAGGCCGGGAAGGCGGCAAAGCTCGAAAAGTTTGAGCTTC 2176
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1976 AGGTTCAACAATCTCTTACCAAGGCCGGAAAGGCGGCAAAGCTCGAAAAGTTTGAACTTC 2035
Query 2177 CAGCAAAGATCAAGTTGCTGTCAGAGCCGTGGACACCGGAGTCGGGATTGGTCACTGCTG 2236
|||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2036 CAGCAAAGATCAAGTTGCTGCCGGAGCCGTGGACACCGGAGTCGGGATTGGTCACAGCTG 2095
Query 2237 CTCTTAAGATAAAGAGAGAACAAATAAAGTCCAAGTTCAAAGATGAACTCAGCAAGTTAT 2296
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |
Sbjct 2096 CTCTTAAGATAAAGAGGGAACAAATAAAGTCCAAGTTCAAAGATGATCTCAGCAAGTTGT 2155
Query 2297 ATGCCTAA 2304
||||||||
Sbjct 2156 ATGCCTAA 2163
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 91721309960
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5