BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT2G04540.1
Length=1544
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg480093 jgi|Araly1|480093|fgenesh2_kg.3__2794__AT2G04540.1 2425 0.0
> Ahg480093 jgi|Araly1|480093|fgenesh2_kg.3__2794__AT2G04540.1
Length=1515
Score = 2425 bits (1313), Expect = 0.0
Identities = 1453/1521 (96%), Gaps = 7/1521 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 16 CCCATCATCGCCGTCGTCTCCGTCACCGTCGCTGTGAAATGGCGACATCTAATCTCCGTA 75
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| |||||||||
Sbjct 1 CCCATCATCGCCGTCGTCTCCGTCACGGTCGCTGTGAAATGGCGACCTCTTATCTCCGTA 60
Query 76 GACACTTGAGCGCAAGTCGCCTCCGCTTAAACCGCTTCATCTCTACTTCTTCTTCTTATC 135
||||| ||||| ||||||| |||||||| | |||||||||| |||||||||| || |||
Sbjct 61 GACACCTGAGCTCAAGTCGTCTCCGCTTGACCCGCTTCATCACTACTTCTTC-TC--ATC 117
Query 136 ATTCACATCGCCGTGTTGTTGTCACTGGTCTAGGCATGGTGACTCCACTTGGTAGAGGCG 195
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 118 CTTCACATCGCCGTGTTGTTGTCACTGGTCTAGGCATGGTGACTCCACTTGGAAGAGGCG 177
Query 196 TTGAAACAACGTGGAGGCGTTTAATTGATGGAGAATGTGGGATTAGAGGATTGACTCTTG 255
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 178 TTGAAACAACATGGAGGCGTTTAATTGATGGAGAATGTGGGATAAGAGGATTGACTCTTG 237
Query 256 ATGATCTCAAGATGAAGTCTTTTGATGAAGAGACAAAGTTATATACTTTTGATCAGCTTT 315
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 238 ATGATCTCAAGATGAAGTCTTTTGATGAAGAGACAAAGTTATATACTTTTGGTCAGCTTT 297
Query 316 CTTCTAAAGTTGCTGCTTTTGTGCCTTATGGATCAAACCCTGGTGAATTTGATGAAGCCC 375
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 298 CTTCTAAAGTTGCTGCTTTTGTGCCGTATGGATCAAACCCTGGTGAATTTGATGAGGCCC 357
Query 376 TTTGGCTAAACTCTAAGGCAGTTGCGAATTTTATCGGATATGCTGTATGTGCTGCCGATG 435
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||
Sbjct 358 TTTGGCTAAACTCTAAGGCAGTTGCGAATTTTATCGGATATGCTTTATGTGCTGCTGATG 417
Query 436 AAGCTTTGAGAGATGCAGAGTGGTTACCAACTGAAGAAGAAGAAAAAGAGAGAACAGGAG 495
|||| ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||
Sbjct 418 AAGCCTTGAGAGATGCAGAGTGGTTACCAACTGAGGAGGAAGAAAAAGAAAGAACAGGAG 477
Query 496 TCTCTATTGGTGGTGGAATTGGAAGTATATGTGATATTGTGGAGGCAGCGCAGCTGATTT 555
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 478 TCTCTATTGGTGGTGGAATTGGAAGTATAAGTGATATTGTGGAGGCAGCGCAGCTGATTT 537
Query 556 GTGAAAAGAGGCTGCGGCGGCTTAGTCCGTTTTTCATTCCAAAAATATTGGTAAACATGG 615
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 538 GTGAAAAGAGGCTACGGCGGCTTAGTCCGTTTTTCATTCCAAAAATATTGGTAAACATGG 597
Query 616 CATCTGGTCATGTGAGCATGAAGTATGGATTTCAGGGGCCAAATCATGCTGCTGTGACAG 675
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 598 CATCTGGTCATGTGAGCATGAAGTATGGATTTCAGGGGCCAAACCATGCTGCTGTGACAG 657
Query 676 CTTGCGCAACTGGTGCACATTCTATAGGCGATGCCACTAGGATGATTCAATTTGGAGATG 735
||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 658 CTTGCGCAACTGGTGCACACTCTATAGGGGATGCCACTAGGATGATTCAATTTGGAGATG 717
Query 736 CAGATGTTATGGTGGCTGGTGGAACTGAGTCTAGCATTGATGCTCTGTCCGTAGCTGGAT 795
|||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||
Sbjct 718 CAGATGTTATGGTGGCAGGTGGAACTGAGTCCAGCATTGATGCTCTGTCTGTTGCTGGAT 777
Query 796 TCTCTAGATCAAGGGCTTTGTCAACTAAATTCAATTCTTCTCCACAAGAAGCTTCACGGC 855
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 778 TCTCTAGATCAAGGGCTTTGTCAACTAAATTCAATTCTTCTCCACAAGAAGCTTCACGGC 837
Query 856 CTTTTGATTGTGACCGGGATGGTTTTGTGATAGGGGAAGGTTCAGGGGTTATAGTATTAG 915
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 838 CTTTTGATTGTGACCGGGATGGTTTTGTGATAGGGGAAGGTTCAGGGGTTATAGTATTAG 897
Query 916 AGGAATATGAGCATGCAAAAAGACGAGGAGCAAAAATTTATGCTGAGCTTTGTGGATATG 975
||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 898 AGGAATATGAGCATGCAAAAAGACGCGGAGCAAAGATTTATGCTGAGCTTTGTGGATATG 957
Query 976 GGATGTCAGGCGATGCACACCATATTACTCAACCTCCTGAAGATGGAAAAGGAGCTGTTT 1035
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 958 GGATGTCAGGCGATGCACACCATATTACTCAACCCCCTGAAGATGGAAAGGGAGCTGTTT 1017
Query 1036 TGGCCATGACGCGTGCCTTAAGACAGTCTGGTCTGTGTCCAAACCAAATTGATTATGTAA 1095
|||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||
Sbjct 1018 TGGCCATGACACGCGCCTTAAGACAGTCTGGTCTGTGTCCAAACCAAGTTGATTATATAA 1077
Query 1096 ACGCACATGCAACATCAACCCCAATAGGCGATGCCGTGGAAGCGAGAGCTATCAAGACGG 1155
|||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||| |
Sbjct 1078 ACGCACATGCAACATCAACCCCAATAGGTGATGCTGTGGAAGCAAGAGCTATCAAGACCG 1137
Query 1156 TATTCTCTGAACATGCTACTTCAGGCACCTTGGCATTCTCCTCCACCAAGGGGGCTACTG 1215
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1138 TTTTCTCTGAACATGCTACTTCAGGCACCTTGGCATTCTCCTCCACCAAGGGGGCTACTG 1197
Query 1216 GTCATCTTCTTGGAGCAGCTGGAGCAGTGGAAGCTATTTTCAGTATCCTTGCTATACATC 1275
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1198 GTCATCTTCTTGGAGCAGCTGGAGCAGTGGAAGCTATTTTCAGTATCCTTGCTATACATC 1257
Query 1276 ACGGGGTTGCTCCTATGACGCTGAATGTCAAGAATCCAGATCCCATCTTCGACAAGAGGT 1335
|||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| || ||| |||| |
Sbjct 1258 ACGGGGTTGCTCCTCTGACGTTGAATGTCAAGAATCCAGATCCCATGTTTGACCAGAGTT 1317
Query 1336 TCATGCCTTTAACCACTTCGAAAAAGATGTTAGTTAGGACAGCAATGTCGAATTCGTTTG 1395
||||||||||||||||||||||||||||| | ||| ||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1318 TCATGCCTTTAACCACTTCGAAAAAGATGCTCGTTCGGACAGCAATGTCCAATTCGTTTG 1377
Query 1396 GCTTTGGAGGAACAAATGCATCTTTGCTCTTTGCCTCTATCTAAACTTGTGTAAACAGCA 1455
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || | ||||| ||
Sbjct 1378 GCTTTGGAGGAACAAATGCATCTTTGCTCTTTGCCTCAATCTAAAGTTAT--AAACAACA 1435
Query 1456 TAGCAA-AAGTTTTGAACTGATCTTGCTTTGATTGCATAGAAGATTACATTAGTGAGTTC 1514
|||||| || ||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1436 TAGCAACAAATTT-GAACTGATCTTTCTTTGATTGCATAGAAGATTACATTAGCGAGTTC 1494
Query 1515 CCTATGAAATTACAGATAAAG 1535
|||||||||||||||||||||
Sbjct 1495 CCTATGAAATTACAGATAAAG 1515
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 57820991910
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5