BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT2G04660.1
Length=2913
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg480100 jgi|Araly1|480100|fgenesh2_kg.3__2801__AT2G04660.1 4505 0.0
> Ahg480100 jgi|Araly1|480100|fgenesh2_kg.3__2801__AT2G04660.1
Length=2886
Score = 4505 bits (2439), Expect = 0.0
Identities = 2722/2854 (95%), Gaps = 38/2854 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 79 TGAGAT-TGGTTTCTGATTTTATCTTCTTGCCAGTGAAACCCTAGTAATT-----GT--- 129
||| || |||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||| ||
Sbjct 43 TGAAATGTGGTTTCTGA-TTTATCTTCTTGTCAGTGAAACCCTAGTAATTGCCAAGTGAG 101
Query 130 GATTTTGCTGGGCAAGAAATTAGGGTTTTAGGAGGTTTTGTTACTTACTCA-AGAGTGAA 188
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| | |||||| |
Sbjct 102 GATTTTGCTGGGCAAGAAATTAGGGTTTTTGGAGGTTTTGTAACTTACT-AGAGAGTGTA 160
Query 189 AAAGATGGAAGCTTTAGGTTCCTCTGATTGCAATTTAGAGATTTTAGAAACTCTATCAGA 248
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 161 AAAGATGGAAGCTTTAGGTTCATCTGATTGCAATTTAGAGATTTTAGAAACTCTCTCAGA 220
Query 249 CGATGCGATTCAGGAGATTACTGAAAGCTATGATGGATTTTTCACTACTGTAGAGTCTCT 308
|||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||| | |||| ||||||||
Sbjct 221 CGATGCGATTCAGGAGATTACTGAAAGCTACGACGGATTTTTCAGTTCTGTTGAGTCTCT 280
Query 309 CATTGCTGGTACTGGAGATTCCTTAGTTGAAGATGAGTTTGTGTCTCATGTGTATTGTCT 368
||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 281 CATCGCTGGTACTGGAGATTCCTTTGTTGAAGATGAGTTTGTGTCTCAGGTGTATTGTCT 340
Query 369 CTGCAAGTATGGGCTTGATTCTCTTGTTCGTGATCACTTTCTTAGATCACTTGAGCAAGC 428
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 341 CTGCAAGTATGGGCTTGATTCTCTTGTTCGTGATCACTTTCTTAGATCACTTGAGCAAGC 400
Query 429 TTTTGAGAAGGGAGGTGCATCGAGTTTTTGGCAACATTTTGATGCTTATAGTGAGAAGAA 488
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 401 TTTTGAGAAGGGAGGTGCATCGAGTTTTTGGCAACATTTTGATGCTTATAGTGAGAAGAA 460
Query 489 ACATCATAATTATGGAGAGGAGATTCAGATAGTGTTATGCAAGGCTTTGGAAGAAATTTC 548
|| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 461 ACTTCATAATTATGGAGAGGAGATTCAGGTAGTGTTATGCAAGGCTTTGGAAGAAATTTC 520
Query 549 TATTGAAAAGCAGTATCATGAGAAGTGTCTGTCCATAGTAGTTCATGCTTTGCAGTCGTT 608
| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 521 TGTTGAAAAACAGTATCATGAGAAGTGTCTGTCCATAGTGGTTCATGCTTTGCAGTCGTA 580
Query 609 TAAAGAACAGTCGTCAGAT-GATAGACAGAA-CTCAGATACAGAAAGAGTTCATCTTTTT 666
|||||||||||| |||| | |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 581 TAAAGAACAGTCATCAG-TGGATAGACA-AACCTCAGATACAGAAAGAGTTCATCTTTTT 638
Query 667 TCGAGGTTCCAGTCAATGCTGTCTTCAACTCTGATGACTACACTTCCTCAGCATTTTCCT 726
||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||
Sbjct 639 TCGAGATTCCAGTCAATGTTGTCTTCAACTCTGATGACTACTCTTCCTCAGTATTTTCCT 698
Query 727 GAAATACTCCACTGGTATTTTAAGGAAAGGCTGGAGGAGTTAAGCGCAATCATGGACGGA 786
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||
Sbjct 699 GAAATACTCCACTGGTATTTTAAGGAAAGGCTGGAGGAGTTAAGTGCAATCATGGATGGA 758
Query 787 GATGGTATTGAAGAACAAGAGGATGATTGCATGGATTTGGACGAGAAGTTGAGATATAAA 846
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 759 GATGGTATTGAAGAACAAGAGGATGATTGCATGGATTTGGACGAGAAGCTGAGATATAAA 818
Query 847 AACGGAGAAATGGATGTTGATGAAGGCTGTTCCCAAGGAAAACGTTTGGGACATGACAAG 906
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 819 AACGGAGAAATGGATGTTGATGAAGGCTATTCCCAAGGAAAACGTTTGGGACATGACAAG 878
Query 907 TTGGTGAAGAACATTGGGAAGGTGGTCCGTGACCTTAGAAGTATTGGATTTACATCTATG 966
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 879 TTGGTGAAGAACATTGGGAAGGTGGTCCGTGACCTTAGAAGCATTGGATTTACATCTATG 938
Query 967 GCTGAAAATGCTTATGCTTCTGCCATCTTTTTGCTCCTTAAGGCGAAAGTCCATGATCTG 1026
|| ||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 939 GCCGAAAATGCTTATGCTTCTGCCATATTTTTACTTCTTAAGGCGAAAGTCCATGATCTG 998
Query 1027 GCTGGTGATGATTACAGGACTTCTGTTTTGGAATCAATCAAAGAATGGATTCAGACAGTC 1086
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 999 GCTGGTGATGATTACAGGACTTCTGTTTTGGAATCAATCAAAGAATGGATTCAGACAGTC 1058
Query 1087 CCTCTACAATTCCTTAATGCACTTCTTTCTTATCTTGGTGATTCCGTAAGTTATGGTACC 1146
|||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1059 CCTCTACAGTTTCTTAATGCACTTCTTTCTTATCTTGGTGATTCCGTAAGTTATGGTACC 1118
Query 1147 ACATCGTCTGGCCTCACGTCCCCTCTGGCTTGTTGCCCATCTCCAAGCTTTTCCAGAGTG 1206
|||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1119 ACATCGTCTGACCTCATGTCCCCTCTGGCTTGTTGCCCATCTCCAAGCTTTTCCAAAGTG 1178
Query 1207 GTGACTCCTTCTGAAGGAATTGTTCGGTGGAAATTACGGCTAGAATATTTTGCATATGAA 1266
||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1179 GTGACTCCTTCCGAAGGAATTGTTAGGTGGAAATTACGGCTAGAATATTTTGCATATGAG 1238
Query 1267 ACACTTCAAGATTTAAGGATTGCCAAA-TTATTTGAGATAATTGTTGATTATCCTGAGAG 1325
||||| |||||||||||||| |||||| || |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1239 ACACTGCAAGATTTAAGGATAGCCAAACTT-TTTGAGATAATTGTTGATTATCCTGAGAG 1297
Query 1326 TTCTCCTGCCATTGAAGACTTAAAGCAGTGTCTTGAATATACTGGACAACATTCTAAGCT 1385
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || |||||||||||
Sbjct 1298 TTCTCCTGCCATTGAAGACTTAAAACAGTGTCTTGAATATACTGGGCAGCATTCTAAGCT 1357
Query 1386 AGTTGAATCTTTTATTTCTTCGCTGAAATACCGTTTGCTCACTGCTGGTGCCTCAACCAA 1445
|||||||||||||||| |||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1358 AGTTGAATCTTTTATTACTTCTTTGAAATATCGTTTGCTCACTGCTGGTGCCTCAACCAA 1417
Query 1446 TGATATATTACATCAGTATGTGTCGACTATTAAAGCTCTTCGGGCAATAGATCCAGCTGG 1505
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||
Sbjct 1418 TGATATATTACATCAGTATGTGTCGACTATTAAAGCCCTTCGAGCAATAGACCCAGCTGG 1477
Query 1506 TGTATTTCTGGAAGCAGTGGGTGAACCAATTAGAGACTATTTACGGGGGCGGAAAGATAC 1565
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||
Sbjct 1478 TGTATTTCTGGAAGCAGTGGGTGAACCAATTAGAGACTATTTACGGGGACGGAAAGACAC 1537
Query 1566 CATTAAATGTATCGTCACTATGCTTACAGATGGAAGTGGAGGGAATGCAAATGGTTCCGG 1625
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1538 CATTAAATGTATTGTCACTATGCTTACAGATGGAAGTGGAGGGAATGCAAATGGTTCCGG 1597
Query 1626 AAACCCTGGGGATAGTCTTCTTGAAGAATTAATGAGGGATGAAGAAAGTCAAGAGAATGT 1685
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1598 AAACCCTGGGGATAGTCTTCTTGAAGAATTAATGAGGGATGAAGAAAATCAAGAGAATGT 1657
Query 1686 CGGTTTTGACGATGATTTTCACACCGATGATAAGCAAGCCTGGATCAATGCTTCCCGTTG 1745
||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1658 AGGTTTTGACGATGATTTCCACACTGATGATAAGCAAGCCTGGCTCAATGCTTCCCGTTG 1717
Query 1746 GGAACCGGACCCTGTCGAGGCTGATCCTTTAAAAGGTAGCCTCAGTCAGAGGAAGGTAGA 1805
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1718 GGAACCGGACCCTGTCGAGGCTGATCCTTTAAAAGGTAGCCTCAGTCAGAGGAAGGTAGA 1777
Query 1806 CATACTTGGAATGCTTGTTGATATAATTGGATCTAAAGAGCAACTAGTAAACGAATATCG 1865
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1778 CATACTTGGAATGCTTGTTGATATAATTGGATCTAAAGAGCAACTAGTAAATGAATATCG 1837
Query 1866 TGTTATGCTTGCGGAAAAGCTTCTCAACAAGACTGATTATGACATCGACACTGAGATACG 1925
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1838 TGTTATGCTTGCGGAAAAGCTTCTCAACAAGACTGATTATGACATCGACACTGAGATACG 1897
Query 1926 CACTGTTGAACTTCTCAAGATACATTTTGGAGAAGCCAGTATGCAAAGATGTGAGATAAT 1985
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1898 CACTGTTGAACTTCTCAAGATACATTTTGGAGAAGCCAGTATGCAAAGATGTGAGATAAT 1957
Query 1986 GCTGAACGACCTAATTGATTCTAAGAGAGTGAACACTAACATTAAAAAAGCATCTCAAAC 2045
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1958 GCTGAACGACTTAATTGATTCTAAGAGAGTGAACACTAACATTAAAAAGGCATCTCAAAC 2017
Query 2046 AGGCGCTGAGTTAAGAGAGAATGAGCTTTCTGTTGATACTCTCACCTCAACGATACTTTC 2105
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||
Sbjct 2018 AGGCGCTGAGTTAAGAGAGAATGAGCTTTCTGTTGATACTCTTACCTCGACGATACTCTC 2077
Query 2106 AACAAACTTCTGGCCACCAATTCAGGATGAACCTCTAGAGCTACCTGGACCTGTCGACAA 2165
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2078 AACAAACTTCTGGCCACCAATTCAGGATGAACCTCTAGAGCTACCTGGACCTATCGACAA 2137
Query 2166 GCTGCTATCAGATTATGCCAATCGATATCATGAAATCAAGACCCCTCGTAAATTACTTTG 2225
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2138 GCTGCTATCAGATTATGCCAATCGATATCATGAAATCAAGACCCCTCGTAAACTACTTTG 2197
Query 2226 GAAGAAAAATCTTGGCACTGTCAAGTTGGAGCTGCAATTTGAAGACAGAGCAATGCAGTT 2285
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2198 GAAGAAAAATCTTGGCACTGTCAAGTTGGAGTTGCAATTTGAAGACAGAGCTTTGCAGTT 2257
Query 2286 CACAGTCTCACCCACACATGCAGCCATTATTATGCAATTTCAAGAAAAGAAAAGTTGGAC 2345
||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2258 CACTGTCTCCCCCACACATGCAGCCATTATCATGCAATTTCAAGAAAAGAAAAGTTGGAC 2317
Query 2346 CTATAAAGATCTTGCTGAAGTCATTGGGATACCCATTGATGCATTAAACCGAAGAGTAAA 2405
||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2318 CTATAAAGATCTTGCTGCAGTCATTGGAATACCCATTGACGCATTAAACCGAAGAGTAAA 2377
Query 2406 CTTCTGGATAAGCAAGGGAGTTCTGAGAGAATCTACAGGAGCAAACTCAAATTCCAGTGT 2465
|||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||| |||||| |||
Sbjct 2378 CTTCTGGATAAGCAAGGGAGTTCTGAAAGAATCAACAGGAGCAAACTCAGATTCCAATGT 2437
Query 2466 GTTAACGCTCGTTGAATCCATAACTGATTCTGGAAAGAACGAAGGC---GAGGAGCTTCT 2522
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2438 GTTAACGCTCGTTGAATCCATAACTGATTCTGGAAAGAACGAAGGCGAGGAGGAGCTTCT 2497
Query 2523 AACAGGTGAGGAAGAGGGTGAAACATCAATTGCCTCTGTGGAAGATCAGCTTCGCAAAGA 2582
||||||||| |||||| |||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2498 AACAGGTGAAGAAGAGAGTGAAACATCGATTGCTTCTGTGGAAGATCAGCTTCGCAAAGA 2557
Query 2583 AATGACGATATACGAGAAATTCATCATGGGAATGCTCACAAATTTTGGTAGCATGGCACT 2642
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2558 AATGACGATATACGAGAAATTCATCATGGGAATGCTCACAAATTTTGGTAGCATGGCACT 2617
Query 2643 AGAACGAATCCATAACACTCTCAAGATGTTTTGTGTGGCTGATCCTTCTTATGACAAGTC 2702
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2618 AGAACGAATCCATAACACTCTCAAGATGTTTTGTGTGGCTGATCCTTCTTATGACAAGTC 2677
Query 2703 ACTGCAACAGCTTCAGAGCTTTCTTTCTGGTTTGGTTTCTGAAGAGAAACTAGAGTTTAG 2762
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2678 ACTGCAACAGCTTCAGAGCTTTCTTTCTGGTTTGGTTTCTGAAGAGAAACTAGAGTTTAG 2737
Query 2763 AGATGGTATGTATTTGCTAAAGAAGTAGATCAACTCTTTACATGTGTTAGACTAGCTAGA 2822
|||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| || |
Sbjct 2738 AGATGGAATGTATTTGCTAAAGAAGTAGAACAACTCTTTCCATGTGTTAGACTA--TA-A 2794
Query 2823 ACTAATTTTGTCTATTGTTGTATCAA---T-A---TCCTTTTCTTTTCTCAATTAAATCT 2875
||| ||||||||||||||||||||| | | |||||||||||||| ||| ||||||
Sbjct 2795 -CTAGTTTTGTCTATTGTTGTATCAAGAATCAAGATCCTTTTCTTTTCTTAATGAAATCT 2853
Query 2876 CATA-TAGTT---A-GTGATAAACAATTACTACT 2904
|||| | ||| | |||||||||||||||||||
Sbjct 2854 CATACT-GTTCTCAAGTGATAAACAATTACTACT 2886
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 109966537315
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5