BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT2G04860.1
Length=2079
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg930806 jgi|Araly1|930806|scaffold_303263.1 2758 0.0
> Ahg930806 jgi|Araly1|930806|scaffold_303263.1
Length=1789
Score = 2758 bits (1493), Expect = 0.0
Identities = 1678/1770 (95%), Gaps = 2/1770 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 311 CACAAATGTTGTTCGATGAAATGCCTGAGAGAGATACAGTTGTTTGGAATGCATTGATTT 370
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 CACAAATGTTGTTCGATGAAATGCCTGAGAGAGATACTGTTGTTTGGAATGCATTGATTT 60
Query 371 GTGGGTATTCACGAAATGGTTATGAGTGTGATGCGTGGAAGCTTTTTATCGTAATGCTTC 430
||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 61 GTGGGTATTCACGAAATGGTTATGAATCTGATGCGTGGAAGCTTTTTATTGTAATGCTTC 120
Query 431 AGCAAGGGTTTTCTCCATCTGCTACTACACTTGTGAATTTGTTACCTTTTTGTGGACAAT 490
|||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 AGCAAGGGTTTTCTCCTTCTGCTACTACGCTTGTAAATTTGTTACCTTTTTGTGGACAAT 180
Query 491 GTGGTTTTGTATCTCAAGGGAGATCTGTTCATGGTGTTGCTGCAAAGTCTGGCCTTGAGT 550
|||| ||||| ||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 GTGGATTTGTTTCTCAAGGGAGGTCTGTTCATGGTATTGCTGCAAAGTCTGGCCTTGAAA 240
Query 551 TGGATTCTCAGGTGAAGAATGCGTTGATTTCGTTTTACTCAAAGTGTGCAGAGTTGGGTT 610
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| ||
Sbjct 241 TGGATTCTCAGGTGAAGAATGCGTTGATTTCGTTTTACTCAAAGTGCGCGGAGTTGGATT 300
Query 611 CAGCAGAAGTCTTGTTTAGAGAAATGAAAGATAAAAGCACAGTTTCTTGGAATACAATGA 670
|||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 301 CAGCGGAAGTCTTGTTTAGAGAAATGAAAGACAAAAGCACAGTTTCATGGAATACAATGA 360
Query 671 TTGGTGCCTATAGCCAGAGTGGTTTACA-GGAAGAAGCCATCACTGTTTTCAAGAATATG 729
||||||| ||||||||||||||| | || |||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 361 TTGGTGCTTATAGCCAGAGTGGTCT-CATGGAAGAGGCCATCACTGTTTTCAAGAATATG 419
Query 730 TTTGAGAAGAATGTGGAAATTAGTCCAGTCACTATCATCAATCTTCTTTCTGCTCATGTT 789
|||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 420 TTTGAGAAGAGCGTCGAAATTAGTCCGGTCACTATCATCAATCTTCTTTCGGCTCATGTT 479
Query 790 AGTCACGAGCCACTACATTGTCTTGTTGTTAAATGTGGAATGGTGAATGATATATCTGTG 849
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 480 AGTCACGAGCCACTACATTGTCTTGTTGTTAAAAGTGGAATGGTGAATGATATATCTGTG 539
Query 850 GTTACTTCTTTGGTCTGTGCATATTCAAGGTGTGGGTGTTTGGTTTCAGCAGAGCGTCTT 909
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||
Sbjct 540 GTTACTTCTTTGGTTTGTGCATATTCAAGGTGTGGGTATTTGGATTCAGCAGAGCGTCTT 599
Query 910 TATGCGTCTGCTAAACAAGATAGTATTGTCGGCTTAACTTCGATTGTTTCATGCTATGCG 969
||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 600 TATGCATCTGCTAATCAAGATAGTATTGTTGGCTTAACTTCGATTGTTTCAAGCTATGCC 659
Query 970 GAGAAAGGAGATATGGATATAGCAGTTGTGTATTTTTCTAAAACGCGTCAGTTGTGTATG 1029
||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||
Sbjct 660 GAGAAAGGAGATATGGACATAGCGGTTGTGTATTTTTCTAAAATGCGTCAGCTGTGTATG 719
Query 1030 AAAATTGATGCTGTAGCTTTAGTTGGAATTCTCCATGGATGTAAAAAGTCTTCCCATATT 1089
||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 720 AAAATCGATGCTGTAGCTTTGGTTGGAATTCTCCATGGATGTAAAAACTCTTCCCATATC 779
Query 1090 GACATAGGAATGTCGTTACATGGTTATGCGATCAAAAGCGGATTGTGCACAAAAACACTG 1149
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||
Sbjct 780 GATATAGGAATGTCGTTACATGGTTATGCGATCAAAAGCGGATTGTGCAGAAAAACGCTG 839
Query 1150 GTTGTGAATGGACTGATAACTATGTACTCTAAGTTTGATGATGTAGAGACTGTCCTGTTT 1209
|||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 840 GTTGTGAATGGACTAATAACGATGTACTCTAAGTTTGATGATGTAGAGACTGTCCTGTTT 899
Query 1210 TTGTTTGAGCAACTGCAGGAGACTCCTTTAATTAGCTGGAACTCAGTGATATCCGGGTGT 1269
|| ||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 900 TTATTTCAGCAACTGCAGGAGACTCCTCTAATTAGCTGGAACTCAGTGATATCCGGGTGT 959
Query 1270 GTACAGTCTGGAAGGGCAAGTACAGCTTTTGAGGTGTTCCATCAGATGATGTTAACTGGT 1329
||||||||||||| |||||| ||||| |||||||||||||||||||||| ||||| ||||
Sbjct 960 GTACAGTCTGGAAAGGCAAGCACAGCGTTTGAGGTGTTCCATCAGATGAAGTTAAGTGGT 1019
Query 1330 GGACTTTTGCCGGATGCCATTACGATAGCCAGTTTGCTTGCTGGCTGTTCCCAGCTTTGT 1389
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||
Sbjct 1020 GGACTTTTGCCGGATGCCATTACGATAGCAAGTTTGCTTGCTGGCTGCTCCCAGCTCTGT 1079
Query 1390 TGCTTGAATTTGGGGAAGGAGCTTCATGGCTATACTCTTAGGAACAATTTTGAAAATGAG 1449
| |||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1080 TTCTTGAATTTGGGGAAGGAACTTCATGGTTATACTCTTAGGAACAATTTTGAAAATGAG 1139
Query 1450 AACTTTGTTTGCACTGCTCTGATAGATATGTATGCCAAATGTGGAAACGAAGTACAAGCG 1509
|| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1140 AATTTTGTTTGCACTGCTCTGATTGATATGTATGCCAAATGTGGAAACGAAGTACAAGCG 1199
Query 1510 GAAAGTGTGTTCAAGAGTATAAAAGCTCCGTGTACAGCAACATGGAACTCAATGATATCA 1569
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1200 GAAAGTGTGTTCAAGAGTATAAAAGCTCCGTGTACAGCAACATGGAACTCAATGATATCA 1259
Query 1570 GGATACAGCTTATCGGGGTTACAACATCGAGCTCTTTCTTGTTACTTGGAAATGCGAGAG 1629
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1260 GGATACAGCTTATCGGGGTTACAAAATCGAGCTCTTTCTTGTTACTTGGAAATGCGAGAG 1319
Query 1630 AAGGGGTTGAAACCTGACGAGATCACCTTTTTGGGGGTTCTGTCTGCATGTAACCATGGA 1689
|||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1320 AAGGGGTTGAAACCTGACAAGATCACGTTTTTGGGGGTTCTGTCTGCATGTACCCATGGA 1379
Query 1690 GGCTTTGTCGATGAAGGAAAAATATGTTTCAGAGCAATGATCAAAGAGTTTGGAATATCT 1749
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1380 GGCTTTGTCGATGAAGGAAAAATATGTTTCAGAGCAATGATCAAAGAGTTTGGACTATCG 1439
Query 1750 CCAACTTTACAGCATTATGCACTTATGGTTGGCTTGTTGGGAAGAGCATGTTTATTTACT 1809
||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1440 CCATGTTTACAGCATTATGCACTTATGGTTGGTTTGTTGGGAAGAGCATGTTTGTTTACT 1499
Query 1810 GAGGCATTGTATTTAATTTGGAAGATGGATATAAAGCCGGATTCTGCAGTATGGGGTGCT 1869
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1500 GAGGCATTGTATTTAATTTGGAAGATGGATATAAAGCCGGACTCTGCAGTATGGGGTGCT 1559
Query 1870 CTACTTAGCGCGTGCATTATTCACAGAGAGTTGGAGGTTGGGGAATATGTAGCTAGGAAA 1929
|| ||||||||||||||| | ||||||||| ||||||||||||||||| |||||| ||||
Sbjct 1560 CTGCTTAGCGCGTGCATTGTGCACAGAGAGATGGAGGTTGGGGAATATATAGCTAAGAAA 1619
Query 1930 ATGTTTATGCTGGATTACAAGAATGGAGGGCTGTATGTATTGATGTCAAACCTATATGCA 1989
||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1620 ATGTTTATGTTGGATTACAAGAATGGAGGGCTATATGTATTAATGTCAAACCTATATGCA 1679
Query 1990 ACAGAAGCAATGTGGGACGACGTAGTTAGAGTCAGGAATATGATGAAAGATAATGGATAC 2049
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||||||
Sbjct 1680 ACAGAAGCAATGTGGGACGACGTAGTCAGAGTCAGGAAGATGATGAAAGATAGTGGATAT 1739
Query 2050 GATGGTTATTTGGGAGTTAGCCAAATATAA 2079
|||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1740 GATGGTTACTTGGGAGTTAGCCAAATATAA 1769
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 78199272985
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5