BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT2G05170.1
Length=3334
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg480131 jgi|Araly1|480131|fgenesh2_kg.3__2832__AT2G05170.1 4935 0.0
> Ahg480131 jgi|Araly1|480131|fgenesh2_kg.3__2832__AT2G05170.1
Length=3271
Score = 4935 bits (2672), Expect = 0.0
Identities = 3008/3171 (95%), Gaps = 20/3171 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 37 GACCTTTTCGACCGTAAACCGATTGCGATCAAATTAGC-TGATCTGATCGG-AAAATCAC 94
|||| ||||| |||| || |||||||| ||||||||| |||||||||||| |||| ||
Sbjct 19 GACCGTTTCGGCCGTCTACGGATTGCGACCAAATTAGCTTGATCTGATCGGAAAAAACAG 78
Query 95 AAGAAAACCCTAGAAAACTCCTCCGGATTCGAATTCTCGACTCGATTCAATGTATCAATT 154
||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| || ||
Sbjct 79 AAGAAAACCCTAG-AAATTCCTCCGGATTCGAATTCTCGATTCGATTCAATGTACCAGTT 137
Query 155 GAGAAAATTTGACTTCTTCGAGGAGAAATACGGAGGCAAGATACCTGAGGATGTAACCGG 214
||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||| ||||| |||||
Sbjct 138 GAGAAAATTCGACTTCTTCGAAGAGAAATACGGAGGTAAGATCCCTGATGATGTGACCGG 197
Query 215 AGATATACAATGTTGTTCCAGTGGCCGTGGCAAAGTCGTCATCGGCTCTAACGACGGATC 274
||||||||||||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 198 AGATATACAATGTTGCTCGAGTGGCCGTGGTAAAGTCGTCATCGGCTCTAACGACGGATC 257
Query 275 CGTCAGCTTCCTCGATCGCGGTGTAAAGTTCGATTCCGGTTTCCAAGCTCACTCTTCCTC 334
|||||||||| ||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 258 CGTCAGCTTCATCGATCGCGGTATCAAGTTCGATTCCGGTTTCCAAGCTCACTCTTCCTC 317
Query 335 CGTCCTCTTCCTTCAACACCTCAAGCAAAGGAACTTT-CTCGTCACCGTCGGAGAAGATG 393
||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| || |||||||| ||||||||||
Sbjct 318 CGTCCTCTTCCTTCAGCACCTCAAGCAAAGGAA-TTTCCTTGTCACCGTTGGAGAAGATG 376
Query 394 AACAAATATCGCCGCAACAGTCAGGGATGTGTCTTAAGGTTTTTGATCTTGACAAAGTTC 453
|||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||| |||||||
Sbjct 377 AACAAATATCGCCGCAGCAGTCAGGGATGTGTCTCAAGGTATTTGACCTTGAAAAAGTTC 436
Query 454 AGGAGGAAGGTACTAGTTCCTCGGCTCCTGAATGCATTGGTATTCTTAGAATTTTCACCA 513
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |
Sbjct 437 AGGAGGAAGGCACTAGTTCCTCGGCTCCTGAATGCATTGGTATTCTAAGAATATTCACTA 496
Query 514 ATCAGTTTCCTGAAGCTAAGATTACTTCTTTTCTAGTCTTGGAGGAAGTTCCACCAATAT 573
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 497 ATCAGTTTCCTGAAGCTAAGATTACTTCTTTTCTAGTCTTGGAGGAAGTTCCACCCATAT 556
Query 574 TGCTTATAGCCATTGGCTTAGATAATGGCTGCATTTATTGTGTCAAAGGAGACATTGCAC 633
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 557 TGCTTATAGCCATTGGCTTAGATAATGGCTGCATTTATTGTGTCAAAGGAGACATTGCAA 616
Query 634 GAGAGCGTATCACTCGGTTTAAGCTTCAAGTGGATGGACGGTCCGCTATTACAGGCTTGG 693
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | |||||||||||||
Sbjct 617 GAGAACGTATCACTCGGTTTAAGCTTCAAGTGGATGGACGATCTACGATTACAGGCTTGG 676
Query 694 GGTTCAGGATGGATGGCCAAGCGCTTCTGTTGTTTGCAGTCACTCCAGAGTCAGTCAACT 753
|||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||||
Sbjct 677 GGTTTAGGATGGATGGTCAAGCGCTTCTGTTGTTTGCTGTAACTCCAGACTCAGTCAACT 736
Query 754 TGTTTAGTATGCAGGCGCAGCCACCGAAATTGCAGACTTTGGATCATATTGGGGGCAGTG 813
||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 737 TGTTTAGTATGCAGGCGCAACCACCTAAATTGCAGACTTTGGATCATATTGGGGGCAGTG 796
Query 814 TGAATACTGTTACAATGAGTGACCGCTCGGAATTAATAGTTGGTCGACCTGAGGCTGTTT 873
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 797 TGAATACTGTTACAATGAGTGACCGCTCGGAATTAATAGTTGGTCGACCTGAGGCTGTTT 856
Query 874 ACTTCTATGAAGTTGATGGACGTGGTCCTTGCTGGGCTTTTGAAGGAGAGAAAAAATTCA 933
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 857 ATTTCTATGAAGTTGATGGACGTGGTCCTTGCTGGGCTTTTGAAGGAGAGAAAAAATTCA 916
Query 934 TGGGGTGGTTCCGTGGCTACCTTTTATGTGTCATTGATGATTCTAAAACTGGGAACACTG 993
||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| |||||||| ||||||||||
Sbjct 917 TGGGGTGGTTCCGTGGCTACCTTTTATGTGTTATTGCTGACTCTAAAACCGGGAACACTG 976
Query 994 TTTTTAATGTCTACGACCTCAGGAATCGGCTTATAGCATATAGCATTGTCGTTGATAAAG 1053
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| |||||
Sbjct 977 TTTTTAATGTCTACGACCTCAGGAATCGGCTTATAGCATATAGTATAGTCGTTGGTAAAG 1036
Query 1054 TCTCCAACATGCTCTGCGAATGGGGAAACATAATACTTATAAAGGCTGACAAATCCTTAT 1113
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||
Sbjct 1037 TCTCCAACATGCTCTGTGAATGGGGAAACATAATACTTATAACGGCTGACAAATCATTAT 1096
Query 1114 TGTGCATTACCGAGAAGGATATGGAAAGCAAGTTAGATATGCTGTTCAAGAAAAACCTGT 1173
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1097 TGTGCATCACCGAGAAGGATATGGAAAGCAAGTTAGATATGCTGTTCAAGAAAAACCAGT 1156
Query 1174 ACACAGTAGCTATTAATCTTGTCCAGAGTCAACATGCCGATGCTGCTGCTACTGCCAATG 1233
|||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1157 ACACAGTAGCGATTAATCTTGTCCAGAGTCAGCATGCCGATGCTGCTGCTACCGCCAATG 1216
Query 1234 TGATGAGGAAGTATGGAGATCATTTATATGGCAAACAGGACTTTGACGAAGCTATGT-TA 1292
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| |
Sbjct 1217 TGATGAGGAAGTATGGAGATCATTTGTATGGCAAACAGGACTTCGACGAAGCTATGTCT- 1275
Query 1293 CAGTACATTAACACAATTGGTTATCTTGAACCATCATTTGTGATACAAAAGTTTCTGGAT 1352
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1276 CAGTACATCAACACAATTGGTTATCTTGAACCATCATTTGTGATACAAAAGTTTCTGGAT 1335
Query 1353 GCACAGAGGATCTACAATCTTACTAATTACCTGGAGAAGTTGCATGAGAAGGGTCTAGCA 1412
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1336 GCACAGAGGATCTACAATCTTACTAATTACCTGGAGAAGTTGCATGAGAAGGGTCTAGCA 1395
Query 1413 TCAAAAGACCACACAACTCTTTTGCTAAACTGTTACACTAAGTTGAAGGATGTAGAAAAG 1472
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1396 TCAAAAGACCACACAACTCTTTTGCTAAACTGTTACACTAAGTTGAAGGATGTAGAAAAG 1455
Query 1473 CTGAACACGTTCATTAGAAAAGAAGATGGCATCGGTGAGCTCAAGTTTGATGTGGAAACA 1532
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1456 CTGAACACTTTCATTAGAAAAGAAGATGGCATCGGTGAGCTCAAGTTTGATGTGGAAACA 1515
Query 1533 GCCATTAGGGTCTGTCGTGCAGCTAATTACCATGAGCATGCAATGTACGTTGCAAAAAAG 1592
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1516 GCCATTAGGGTCTGTCGTGCAGCTAATTACCATGAGCATGCAATGTACGTTGCAAAAAAG 1575
Query 1593 GCAGGAAAACATGAGTGGTATTTGAAAATTTTGCTTGAAGATCTTGGAAACTACGATGAA 1652
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1576 GCAGGAAAACATGAGTGGTATTTGAAAATTTTGCTTGAAGATCTTGGAAACTATGATGAA 1635
Query 1653 GCCCTGCAATATGTTTCAAGTCTTGAACCCAGTCAAGCTGGGGTAACAATTGAACAGTAT 1712
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||
Sbjct 1636 GCCCTGCAATATGTTTCAAGTCTTGAACCCAGTCAAGCTGGGGTAACAATAAAAGAGTAT 1695
Query 1713 GGTAAGATTCTTATAGAGCACAAGCCAAAAGAGACTATTGATATACTCATGCGACTTTGC 1772
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1696 GGTAAGATTCTTATAGAGCACAAGCCGAAAGAGACTATTGATATACTCATGCGACTTTGC 1755
Query 1773 ACTGAGCAAGGGATTCCTAATGGTGTGTTCCTGTCCATGTTGCCATCACCTGTGGACTTC 1832
||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1756 ACTGAGCAAGGGACTCCTAATGGTGTGTACCTGTCCATGTTGCCATCACCTGTGGACTTC 1815
Query 1833 ATCACTGTGTTTGTTCAGCATCCACATTCATTAATGCATTTTCTCGAGAGATATGCTGAA 1892
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1816 ATCAATGTGTTTGTTCAGCATCCACATTCATTAATGCATTTTCTCGAGAGATATGCTGAA 1875
Query 1893 ATAGTTCAGGATTCTCCTGCTCAAGCAGAAATCAATAACACACTCTTGGAATTATACTTG 1952
||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1876 ATAGTGAAGGATTCACCTGCTCAAGCAGAAATCAATAACACACTCTTGGAGTTATACTTG 1935
Query 1953 TCTAGGGACTTGAATTTTCCATCAATCTCTCTATCAGAAAATGGTCTAGATAAGGACTTA 2012
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1936 TCCAGGGACTTGAATTTTCCATCAATCTCTCTATCAGAAAATGGTCTAGATCAGGACTTA 1995
Query 2013 ATAGATCATTCGGTAGCAGCTGCGGTGTCTAAAGCCGATCCTGAAAAGAAGACAAATGCT 2072
| ||||||||| |||||| |||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||| ||
Sbjct 1996 ACAGATCATTCAGTAGCACCTGCGGTGTCTAAAGCTGATCCTGAAAAGAGGACAAATACT 2055
Query 2073 GATTCGAAGGATGCAATGGAGAAGGATTGTACGGAAAGACAACAGAAGGGACTGGAGTTA 2132
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2056 GATTCGAAGGATGCAATGGAGAAGGATTGTACCGAAAGACAACAGAAGGGACTGGAGTTG 2115
Query 2133 CTTAAAATGGCATGGCCGTCAGACCTAGAGCAACCCCTCTATGATGTTGACCTTGCTGTA 2192
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2116 CTTAAAATGGCATGGCCGTCAGACCTAGAGCAACCCCTCTATGATGTTGACCTTGCTATA 2175
Query 2193 ATTCTTTGCGAGATGAATTCGTTCAAGGATGGACTTCTGTATCTGTATGAAAAAATGAAA 2252
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2176 ATTCTTTGCGAGATGAATTCGTTCAAGGAGGGACTTCTGTATCTGTATGAAAAGATGAAA 2235
Query 2253 TTTTACAAGGAGGTTATTGCTTGCTACATGCAGAATCATGATCACGAGGGACTGATTGCA 2312
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2236 CTTTACAAGGAGGTTATTGCTTGCTACATGCAGAATCATGATCACGAGGGACTGATTGCG 2295
Query 2313 TGCTGCAAAAGATTAGGTGATTCTAGCAAGGGAGGGGATCCATCTCTTTGGGCAGATCTT 2372
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2296 TGCTGCAAAAGATTAGGTGATTCTGGCAAGGGAGGGGATCCGTCTCTTTGGGCAGATCTT 2355
Query 2373 CTCAAGTATTTCGGTGAAATTGGAGAGGACTGCACCAAAGAGGTGAAGGAGGTTCTCACT 2432
||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| |||
Sbjct 2356 CTCAAGTATTTTGGTGAAATTGGAGAGGACTGCTCCAAAGAAGTGAAGGAGGTTCTTACT 2415
Query 2433 TATATTGAACGGGATGATATTTTACCTCCTATCATTGTTCTTCAGACCCTGGCAAAGAAT 2492
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2416 TATATTGAACGGGATGATATTTTACCTCCAATCATTGTTCTTCAGACCCTTGCAAAGAAT 2475
Query 2493 CCATGCCTCACACTTTCTGTCATCAAAGACTACATAGCTCGGAAACTTGAGCAAGAGTCA 2552
|||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||| |||
Sbjct 2476 CCATGCCTCACACTCTCTGTCATCAAAGACTATATAGCCCGGAAACTTGAACAAGAATCA 2535
Query 2553 AAAATAATTGAAGAGGACCGGCGAGCTGTAGAGAAGTATCAGGAAACGACTAAAAACATG 2612
|| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2536 AAGATAATTGAAGAGGACCGGCGAGCAGTAGAGAAGTATCAGGAAACGACAAAAAACATG 2595
Query 2613 AGAAAAGAGATTGAAGATCTCAGGACCAATGCCAGAATATTTCAACTTAGCAAGTGTACT 2672
||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2596 AGAAAAGAGATTGAAGACCTCAGGACGAATGCCAGAATATTTCAACTTAGCAAGTGCACT 2655
Query 2673 GCTTGCACTTTCACATTGGATATCCCAGCTGTCCATTTCATGTGTATGCATTCATTCCAT 2732
|||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2656 ACTTGCACTTTTACATTGGATATCCCAGCCGTCCATTTCATGTGTATGCACTCATTCCAT 2715
Query 2733 CAACGCTGCCTCGGTGACAACGAAAAAGAATGCCCCGAGTGTGCTCCCGAGTACAGATCT 2792
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2716 CAACGCTGCCTCGGTGACAACGAAAAAGAATGCCCTGAGTGTGCTCCCGAGTACAGATCT 2775
Query 2793 GTGATGGAAATGAAGAGAAGTTTGGAGCAGAACTCGAAAGACCAAGATCTGTTCTTCCAG 2852
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2776 CTGATGGAAATGAAGAGAAGTTTGGAGCAGAACTCGAAAGACCAAGATCTGTTCTTCCAG 2835
Query 2853 CAAGTGAAAGGCTCGAAGGACGGGTTTTCTGTGATTGCAGAGTACTTTGGGAAAGGAATC 2912
||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2836 CAAGTGAAAAGCTCGAAAGACGGGTTTTCTGTGATTGCAGAGTACTTTGGGAAAGGAATC 2895
Query 2913 ATCAGCAAAACTAGAGATGCAACATCTTAATTCTCTTCACGCCTGAAGGGAAGGCGGCTG 2972
|||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2896 ATCAGCAAAACTAGTGATGCAACATCTTAATTTTCTTCACGCCTGAGGGGAAGGCGGCTA 2955
Query 2973 AAACATCTCCAACTCAAGTGAGGCCGGCATAAACTTTGTGGCATCTGTGTATTCTGTGAA 3032
||||||||| |||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| | |
Sbjct 2956 AAACATCTCAAACTCAAGTGTGGCCGACATAAACTTTGTGGCATCTGTG-A-------A- 3006
Query 3033 TGTGAGGTATCCTTTGAATCTACTTTATCGGCTTAGATATTGTGTAAGAGTGAGTTGTGC 3092
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 3007 TGTGAGGTATCCTTTGAATCTACTTTATCGGCGGAGATATTGTGTAAGAGTGAGTTG--C 3064
Query 3093 TAGTGAAGTTGGGACTGGCTCTA-TGCTTCTTCTTGTATACATTTCTGAGAATCTGTGCC 3151
||||||||||||||| || | || ||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||
Sbjct 3065 TAGTGAAGTTGGGACAGGGT-TAATGCTTCTTCTTGTATGCATTTCTGAGATTCTGTGCC 3123
Query 3152 ATCACTCAGGAAAAGATGCATAGATGTCGACAAGTTATTATGTTTGttttt 3202
|| | |||||||||||||||||||||| |||||||||| | |||| |||||
Sbjct 3124 ATGAATCAGGAAAAGATGCATAGATGTTGACAAGTTATAAAGTTTATTTTT 3174
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 125856393911
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5